桓振大敗魯宗之的軍隊後,往回返程,於路望見城中處處火起,心知城已陷,便帶軍隊先駐紮在溳川,收集餘衆,不久後軍士達數萬。當他得知劉毅回軍,司馬休之鎮守江陵的消息後,大喜道“休之乃我家手下敗將,這回江陵城又要歸我了!”於是帶領數萬大軍前往攻城。時城內只有守軍萬餘,休之認爲桓振勢力已衰,便冒險出城迎戰。桓振帶數十騎衝鋒挑戰,在休之軍中進出數次,連殺數百人,如入無人之境。休之等兵士人人恐懼,大軍相接,休之迅速落敗,腰中一流矢,慌忙逃跑,奔至襄陽。
時劉懷肅屯兵在雲杜,聽聞江陵城被陷後帶兵數千急赴,日夜兼行,七日而至。桓振已將兵三萬陣於沙橋等待,旗幟蔽野,晉軍軍士皆有懼色。劉懷肅躍馬持槍,帶隨從數十騎先行突陣。桓振令前方軍士放箭,一時箭如雨下,懷肅身旁倒下十餘騎,又有一箭正中懷肅額頭。懷肅拔箭大呼,一馬當先,直衝入敵陣,揮槍急刺,當其前者無不立斃。晉軍士氣高漲,緊隨其後殺入敵軍,個個爭先,奮命搏戰。
桓振見劉懷肅勢頭如此之勁,心想不殺此將我軍難勝,便恃勇拍馬來戰。槍戟交接,劉懷肅雖勇,終究遜桓振一籌,數合之後漸覺難以抵擋。劉懷肅的隨身小將唐興見狀後拼命殺出一條血路前來助戰。懷肅與唐興夾鬥桓振,這回桓振有些難以招架了,躲過此槍再躲彼槍,應接不暇。數合後,懷肅與唐興走馬繞桓振轉起了圈,時不時冷不丁的就刺出一槍。這下桓振之戟可就更加撥擋不及了,走馬顧得了這邊,顧不了那邊。走馬數圈後,唐興一槍刺來,桓振慌忙隔開,而此際劉懷肅已繞至另一側,刺中了他的腰部,桓振落馬,唐興緊接着一槍洞透其胸。桓振已死,其衆也迅速鳥散。桓振族人桓謐、桓怡與溫楷等投奔後秦。至此,桓氏之亂基本結束。江陵城平定後,司馬休之回來見到劉懷肅,緊握其手說道“多虧將軍奮勇戰勝桓振,不然,我將無家可歸!”懷肅言道“爲國而戰,義不容辭!”之後不久,劉裕向皇帝進言,認爲休之不適宜再鎮守荊州,便讓他去做了會稽內史,而讓劉道規做了荊州刺史。
皇帝到達建康,見到劉裕,如見恩人。言道“我今日能重回帝位,可是多虧了愛卿啊!”劉裕言道“這都是衆將士用命,臣何功之有。”爲獎勵諸將,帝以劉裕爲侍中,車騎將軍,總督中外諸軍事並領徐、青、兗三洲刺史。劉毅爲左將軍,無忌爲右將軍、督豫州揚州五郡軍事。劉道規爲輔國將軍,督淮北諸軍事。
桓振初陷江陵時,毛璩整衆三萬順流東下欲攻桓振。使其弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑗出外水,參軍譙縱、侯暉出涪水。蜀地素來富饒,軍民安逸日久,不樂遠征。侯暉軍至五城水口,與陽昧謀作亂。侯暉向兵士們說道“如今天下紛亂,唯有蜀地最爲殷富安寧。毛璩私心太重,欲使我們賣命爲其建功,東晉連年戰亂,我們此行怕是有去無回啊!”兵士們個個心動。侯暉繼續說道“我們不如回軍趕走毛璩,保有家鄉,自守一方,不管外界紛擾,自得其樂何如!”軍中歡呼“好!好!好”
譙縱爲人和謹,頗得衆心,蜀人愛之,於是暉、昧等共推縱爲主。譙縱本有稱雄之心,但想此事重大,需探測一下軍心,於是假裝他拒絕道“我無甚才能,難堪此任,還請另選他人”。說完就跑。暉、昧帶軍前追,譙縱跑至河邊,竟然跳了下去。幾個兵士趕忙入水將其扶出。之後侯暉、陽昧與幾名軍士將其強行扶至乘輿上坐下,然後帶領衆軍士下跪言道“請將軍爲我等做主!”見衆軍士言辭懇切,譙縱心中暗喜,就做了首領。
大軍返還,先攻涪城,毛瑾沒想到會有此變,倉促帶軍出戰,兵敗被殺於陣。大軍繼續向成都進發。毛璩派毛瑗出戰,一戰而敗,死者什之八九,毛瑗被譙縱弟譙明子活捉。打亂之際李騰進入毛璩室中,說道“戰敗了,我們下一步該做何計?”毛璩言道“唯有拼死守城,城內尚有軍民數千,何況成都城池甚爲堅固,短時間內亂軍難以攻克。等敵攻勢略緩,我們派兵殺出城去蜀南搬救兵,到時裡應外合,定能擊破亂賊。”李騰冷笑道“呵呵,只怕百姓已經對你失去了信心!”毛璩觀李騰面露兇狠之色,驚慌道“你想怎樣?”“譙縱爲主,更受推戴。”言畢抽劍殺掉毛璩,打開城門迎接譙縱。譙縱自稱爲“成都王”,以從弟譙洪爲益州刺史,譙明子爲巴州刺史、屯兵白帝。
桓氏之亂既平,朝廷安定。劉裕向皇帝建議對百姓薄賦輕徭,皇帝應允。民間人人大喜,軍士亦得以充分的休養生息。這段時間也是劉裕最安定平和的日子。皇帝爲劉裕在建康起了宅地,劉裕將母親與愛妻、女兒都接來建康。更喜的是,劉裕所納三妾先後都爲其生了兒子,劉裕分別取名爲劉義符、劉義真、劉義隆。唯一讓劉裕感到傷心遺憾的是故交好友王謐病逝。
毛修之自父親毛瑾、伯父毛璩被殺後,無日不想復仇,時時向劉裕懇求伐蜀。408年,劉裕向皇帝請求伐蜀,他向皇帝言道“蜀地山川勢險,地富民殷。古來多人割據稱雄,然亦只能於亂世保守一隅。雄傑如公孫述、劉備等也最終都被破敗。其地雖險,然譙縱纔不及古人遠矣,討之應非難事。”皇帝當然答應。於是劉裕使劉敬宣帶衆五千伐蜀,劉道規爲徵蜀都督,並讓自己愛妻之弟臧熹跟隨前往。七月,軍隊進入峽口後,敬宣與劉道規、臧熹等統衆由內水水路轉戰而前,一路勢如破竹,所過皆克,直至黃虎。
譙縱得知晉軍前來驚慌不已,派使者向後秦稱臣求救。桓謙也趁機向秦主姚興言道“晉軍兵少,不自量力前來。蜀地多險,難以持久。我們只需發兵助其聲勢,不用接陣,晉軍必退,譙縱也一定會感恩戴德,對我們忠心不二!”秦主允諾,派姚賞將兵二萬前往相助。
晉軍已至黃虎,黃虎至成都有五百里。譙縱派族弟譙道福斂衆守險,就是不出戰。劉敬宣與譙道福對峙六十多天,前進不得,糧草用盡,軍人不服蜀地水土又染上了疾疫,死者、病者十有六七,不得已帶軍返還。劉敬宣與劉道規都被官降兩級。之後譙縱便有輕視朝廷之意,想東寇荊州,他認爲桓謙多年在江陵,頗得民士之心,便想從姚興那裡借桓謙來相助,姚興答應,桓謙便來到了成都。