應高明的要求，商飛公司單獨成立了一個內部審計部門，對所有的工作的流程和執行都有權進行審覈，以糾正程序和體系上的缺失，這也包括對商飛公司的供應商的審計，因爲供應商的產品質量會直接影響到商飛公司的生產或研發。這個內部審計也是西方大公司的通行的做法，主要是考察財務上和運營上的工作缺失不足，並責令各部門整改。其實這個內審就象人爲了健康要不斷檢查自己的各項指標一樣，對企業的不斷改進和發現問題是極有好處的，所以有些西方的公司內審程序極爲嚴格，甚至強過外審。這個內審部門由高明親自挑人組建，直接向高明彙報，高明不在時就直接向麥基通報。因爲那時的國企對內部審計還很陌生，於是高明在選好了人後就對內審員親自培訓，並帶着他們對公司的各項工作進行了一次試驗審覈。
因爲許多人不瞭解內審是什麼，審覈前公司上下都人心惶惶的，都覺得這個跟檢查組、整風組啥的一樣，怕是又一次整人、整風之類的運動，有許多人都在底下發牢騷，說怎麼美國人也搞這套，還讓不讓人專心工作了！餘世珍聽到後也有些擔心，急忙找到高明問這是要做什麼。高明就給他仔細講解了內審工作的內容和意義。餘世珍這才明白，雙手贊成，兩人一合計，這樣的誤會還不在少數，不如統一講解傳達一下，免得下面誤解做出不配合的動作。兩人就把公司的管理人員都召集起來開了個會，由高明給所有人都上了一課，講述內審工作的內容，方式，和意義，並把內審部的員工分派到各個部門和車間去進行現場教育和培訓，要讓人們都明白內審工作的目的不是爲了整人。
培訓起到了一定的效果，但還是有一部分人不相信公司的目的是這麼純潔的，總是覺得他們會藉機整人報復。這麼多人有這種看法那是很自然的，這也是沒辦法的事，只有用長期的行動來消除人們的疑慮。
經過一系列的鋪墊和準備，試驗審覈很快就展開了，雖然人們都有了準備，但還是查出了無數的漏洞，其中還牽扯到了一起採購部門的涉嫌貪污的事件，普通的工作缺失都可以改善，但貪污腐敗損公肥私是絕不可以允許的，必須殺一儆百以正視聽，這一點上高明和餘世珍的觀點非常一致。涉案的兩人在兵器工業部和航空部裡都有人，有些領導建議給個處分就行了，要不再扣些工資啥的，畢竟要抱着治病救人的原則嘛，但高明堅決堅持開除兩人，其他事情都好商量，但公司決不能養活家賊！那可是他的錢，這跟偷他的錢包有什麼分別？不管遇到什麼阻力或是有多大的後臺，在商飛絕不允許有這類現象出現，一經發現立刻開除，涉及到法律的移送司法機關處理，絕不姑息。
高明的這段話很快就傳到員工的耳朵裡，大部分人聽了都是大快人心，認爲高董做得對，就得這麼整治一下公司的歪風邪氣，給商飛公司一片純淨的樂土，再說那確實是人家的錢，誰家的錢被偷被騙了不得急呀！當然，也有些人則擔心這樣做會不會遭到報復，還有些手腳不乾淨的人則被高明的雷霆手段震懾住了，趕緊收手，畢竟商飛公司提供的各項待遇在當時的國內都是極端豐厚的，無數人都削尖了腦袋想往裡鑽呢，真的犯不着爲點小錢耽誤了前程。
其實，高明要親自領銜內審部門的原因之一就是要從作風上給衆人立起新規矩，他明白國營公司的一個弊端所在就是損公肥私，但人事體制上又錯綜複雜，解決問題時會遇到各種各樣的掣肘，這個問題必須從一開始就給員工明確地表態，公司其他的工作上的失誤和疏忽都可以容忍，畢竟是人，誰都會出錯，但這種貪污的行爲不屬於那個範疇。而且這件事以出資人的身份來做則更容易推行下去，從這點上來講，高明甚至比餘世珍更合適，他可不怕得罪人，官司打到國務院都可以，讓所有那些有後臺的人收手。
當然，也不是沒人想報復一下，但那些後面算計的人對高明一時也無計可施，人家是投資方，根本和自己不是一個系統，從某種意義上講，只要人家不犯法，**也管不着人家，這個工程又是國家的重點工程，想給商飛穿小鞋都要十分小心，上面的一大票大佬們可都在象關注成長的寶貝兒子一樣關注着商飛呢。
商飛的這次內審中出現的其他問題，各部門都在緊張地進行整改，人們看到這次審覈真的是對事不對人，心也就安生了許多，各部門都在暗自地攀比看誰的問題少些，平時走路就腰桿更直些。經過這次試驗審覈，餘世珍對內審的意義有了進一步的瞭解，也很滿意內審部門的工作，對今後的工作更加支持。
商飛公司所有課題中最困難的一項就是發動機，運10現有的915發動機根本無法滿足當時的國際上的噪聲和環保要求，而短時間內又不太可能在研發上有什麼大的突破，所以高明跟董事會商量後提議在加大發動機的研發力度的同時到歐美找找關係，看看能不能說服他們大批地提供航空動力系統，或請到蘇聯的技術顧問幫手。
公司對飛機下一步的定位做了修改，一方面按空軍的要求着力把運10改造成軍用運輸機，一方面開始以運10爲平臺設計運10改進型，爭取在1992年左右搞出樣機並取得適航證。同時運7作爲支線客機的目標同樣繼續試飛和改進，目標是在兩年到三年內拿到適航證並可以具備一定大批量的生產能力。
運10的前期設計已經全面運用了計算機設計，編寫了138項程序，現在資金上的問題解決後，餘世珍和高明等高管們下定決心要在這個方面下大力推動。要知道越大的設計項目計算機輔助設計技術就越能顯示出強大的工作效率，比如原來沒有計算機的時候，設計人員必須把所有部位的圖紙都畫出來，鋪在地上一張一張地連在一起，然後一個一個地查看每個接口的設計和工藝是不是能對接上，如果有問題就得把相關的圖紙重新畫過再拿來對比，這個工作極爲耗時耗力，但如果是用計算機把所有的數據都錄入自行拼接的話，那就省出了不知多少精力了，時間上也會大大地縮短。
在尋找這方面的供應商時，在國內計算機行業中早已鶴立雞羣的高氏科技公司立刻就進入了海選的大名單，並在最後的投標中毫無爭議地拿到了商飛的大批訂單，而幾位保加利亞的專家和相關的科技人員也因此成了國安局重點關照的對象。本來還有人對這個選擇提出質疑，指責公司不扶植國營的計算機單位，但餘世珍拿出其他候選人的投標設計和高氏科技的設計一比，所有人立刻就沒話了，那個設計理念上簡直就是差了一代，就象是火槍對長矛的比較，那還怎麼比呀！
這些外包的訂單對新成立的高氏科技來說意義重大，不單是可以獲得一筆可觀的收入，搞得好了那麼高氏科技的牌子就一炮走紅了，其他國內的大型企業和重點工程的單子就會找上門來，所以全公司上下對這批單子都極爲重視，一切工作都爲這個項目開綠燈，全力組織設計隊伍，加班加點地工作，爭取把第一仗打好。爲了更緊密地和用戶溝通，公司特地在上海設立了一個辦事處，所有可以過來的項目設計人員都移師上海。
同時，由於商飛的項目涉及國家機密，所有相關的人員都和公司簽訂了保密協議和長期合同，也都在國安局掛了號。高明還特地成立了一個內部審查小組，專門防範商業間諜，這些小組的成員都是經過仔細調查，都是比較愛國和謹慎的人，組員的成分很多樣，在公司裡各個級別都有，有一個前臺接待就被髮展成了組員。所有組員獨立地向組長彙報，他們互相都不知道對方的身份，也不可以泄露自己的身份。而這個組長則是高明專門請來的一個國安局的負責情報安全的人員，他叫趙盟，在公司的職位是保衛和監察部的部長，高明特別向各個部門發了正式的關於商業情報的掃盲和防範泄密措施的公函，告訴大家所有高氏公司的科技成果都有可能牽扯到國家安全，趙盟有權力對任何事物任何人員做調查，所有部門和員工包括董事長都必須全力配合其工作。
另外，高明還把後來的成型的3D輔助設計系統跟工程師們探討了一下，大家都覺得從編程上的問題應該不大，但複雜的模型需要有相應的硬件配合，這個很好理解，如果計算機的運算能力不夠就運行不了複雜的程序，這個硬件上的瓶頸也提到日程上來。高氏科技一直是提倡軟硬兩手抓，兩方面的人才也都摽着勁搶着出成果，生怕拖了後腿遭人恥笑。