萬曆三十七年，東林黨人和非東林黨人的鬥爭從幕後走上臺前，從暗鬥發展到明爭，雙方開始在朝堂上展開惡鬥。
這年二月，御史鄭繼芳彈劾戶部給事中工科右給事中王元翰侵佔公私財產，“奷贓數十萬”。王元翰曾上疏要求起用顧憲成等被罷免的十多名人士，被認爲是東林黨人，這是他被攻擊的真實原因。
鄭繼芳在上疏的同時，暗中派人對王元翰家進行監視，主要觀察哪些東林黨人與王元翰往來並防止轉移財產。王元翰悲憤不己，把家裡的箱子、櫃子全部擡到朝廷門口，讓士兵搜查，然後慟哭辭朝而去。
非東林黨人小試牛刀，幹掉了王元翰這個小蝦米，於是乘勝追擊，屠刀舉向了東林黨的大魚淮撫李三才。在東林黨的反對者後來編寫的《東林點將錄》中，李三才名列第一，超過老資閣的首輔葉向高，被稱爲託塔李天王，可見他是一個不同凡響的人物。
李三才比較有政治手腕，好玩弄權術，擅長拉關係。史書上說他“才大而好機權，善籠絡朝士，撫淮十三年，結交遍天下。”共同的興趣愛好使顧憲成與李三才走到了一起，兩人私交甚厚。
萬曆三十二年八月，顧憲成專程赴淮安找李三才“商議國事”。李三才也爲了顧憲成復出奔忙。萬曆三十五年七月，他上疏建議啓用被廢棄的官員，其實就是爲顧憲成跑官要官。
李三才幹着漕運總督的肥差，兜裡向來“不差錢”，生活很奢侈，但在生人面前卻裝得很樸素，以示清廉。有一次他宴請顧憲成，開始雙方還不是很熟，飯桌上只有三四個青菜。經過一天暢談“國事”，雙方很投機，引爲同志。第二天，李三才再次宴請顧憲成，山珍海味上了一大桌子。顧憲成很奇怪，問道：“昨天就幾樣青菜，今天怎麼這麼豐盛呀”，李三才笑着說：“昨天沒東西，就上得少，今天偶然有點東西，所以就上得多”。
內閣首輔朱賡退休以後，一直找不到合適的繼任人選，萬曆想讓王錫爵復出任首輔，於是派人請他出山，同時給他出了一道考題，題目是：如何對付強悍的言官。年己七十四歲的王錫爵不想再出來招惹是非，十分猶豫，但是對於皇上出的考題，他還是作出了答覆，他的答案是：一概留中不發，就當是禽鳥之音。爲了防止泄密，王錫爵派自己的家人將信送到朝廷，並交待家人無論如何也不能讓任何人見到這封信。
李三才對於朝廷的動向十分關注，此次萬曆找王錫爵的事情被他得知，雖然他與王錫爵有師生之誼，關係曾經很密切，但政治上卻不是一個派系，因此他不希望王錫爵成爲首輔。爲了弄清王錫爵給萬曆覆信的內容，李三才心生一計。
當信使路過淮安的時候，李三才以敘舊爲名請他吃飯，由於是老相識，信使也沒有在意，於是欣然赴會。在飯桌上李三才頻頻勸酒，將信使灌醉，然後打開他隨身攜帶的箱子偷看了信件的內容。
信使走後，李三才便將信件的內容透露了出去，鐵齒銅牙的言官們聽說王錫爵將他們比作禽鳥，怒火萬丈，對王錫爵進行了大規模的口誅筆伐，信使還沒有走到京城，彈劾王錫爵的奏疏己經堆滿了萬曆的御桌。
萬曆對此事並不在意，依然堅持起用王錫爵，然而本來就猶豫不決的王錫爵十分受傷，他無論如何也不願赴任，甚至連信也不敢再給皇帝回，這樣，王錫爵任首輔的事就不了了之。
萬曆三十七年，內閣缺人。有人建議內閣不應當只用翰林，應當結合地方官員，意在讓李三才入閣。李三才作爲東林黨的骨幹，一旦入閣，將對非東林黨人構成很大威脅，因此非東林黨的官員將其列入黑名單，作爲定點清除對象。
其時東林黨人員還比較隱蔽，藏在暗處。非東林黨官員推測，如果攻擊李三才，東林黨人必定上疏申救，這樣就會使東林黨人浮出水面，暴露身份，從而一網打盡。
議定以後，非東林黨人開始引蛇出洞，發動了一場圍點打援的戰役。
工部郎中邵輔忠打響了第一槍，萬曆三十七年（1609年）十二月，他參論李三才大奸似忠、大詐以直，實際上是一個貪婪、虛僞、陰險、霸道的小人。餘黨紛紛跟進彈劾，火力很猛。
東林黨人不知是計，給事中王紹、馬從龍、御使董兆舒等“交章論救”。連身居家鄉的顧憲成也憋不住親自出馬了，他寫信給大學士葉向高、吏部尚書孫丕揚，爲李三才辯護，御使吳亮還將顧憲成的來信“附傳邸報中”。
非東林黨人看到東林黨人勢力如此之大，唏噓不己，火力進一步加大。
由於雙方參與的人員越來越多，論戰不斷升級，李三才事件逐漸發展成爲東林黨和其反對黨之間的第一次大對決。
顧憲成實在是幫倒忙，御史徐兆奎攻擊朝廷內有許多官員與削職爲民的顧憲成勾結一起，結成東林黨，以至於顧憲成以在野之身，遙制朝政。這樣，東林黨的問題公開化，對東林黨人更加不利，最終李三才被免職。
李三才被幹掉之後，東林黨人和非東林黨人繼續以京察爲主要戰場，進行惡鬥，雙方狗咬狗，一嘴毛。
雖然東林黨人有大學士葉向高的支持，取得了一些局部勝利，但從大勢上看，東林黨並不得人心，逐漸式微，到萬曆四十二年葉向高離職後，非東林黨人的勢力徹底壓倒了東林黨人。到了萬曆四十五年，浙黨首領方從哲當上了內閣首輔，這一年的“京察”中，東林黨人受到很大的打擊。