孔有德叛軍攻克登州的消息傳來，東江震動，一些對現實不滿的東江舊將如旅順守將陳有時，廣鹿副將毛承祿等先後起兵響應。
衆人建議孔有德稱王，聯合各軍作戰。此舉名義上是尊崇，實際上是要徹底斷絕其後路，讓其反態大露，罪不可赦，從而固其反志。
孔有德對此心知肚明，他不想把自己放在火盆上烤，按照朱元璋高築牆、廣積糧、緩稱王的成功經驗，他拒絕了衆人的美意，只稱都元帥，李九成爲副元帥，耿仲明、陳有時、毛承祿等爲總兵官。
孔有德不願在名義上與明朝鬧得“不可調和”，是一個明智之舉，這爲他後來實施“詐降”保留了餘地。
叛軍攻克登州後，以此爲基地，招降納叛，四出攻掠，擴大戰果，一時山東大亂。
明廷急令謝璉爲副都御使接替孫元化巡撫登萊，擢參政徐從治接替餘大成任山東巡撫，駐守萊州城，同時調兵遣將，對叛軍進行圍堵。
崇禎五年（1632年）二月，叛軍乘勝進攻軍事重鎮萊州，徐從治、謝璉和萊州知府朱萬年帶領萊州軍民頑強抵抗。徐從治親上城樓指揮戰鬥，不幸被叛軍炮火擊中，傷重不治。他的死更激發了萊州軍民守城的決心。
萊州城堅炮利，儘管叛軍將其包圍了四個月，依然無法得手，而城內雖己彈盡糧絕，軍民仍堅持抵抗，拒不投降，雙方僵持不下。
就在這時，明總兵劉同柱從北京南下，鄧圮、王洪率川兵萬人北上，剛剛在大淩河吃了敗仗的遼軍也開向山東，對叛軍形成夾擊之勢。
情急之下，孔有德再次進行詐降，希望智取萊州。
儘管謝璉等人鑑於孫元化的前車之鑑，堅決反對招撫，但是大學士周延儒與兵部主事張國臣等人卻認爲不妨再給孔有德一次機會。
幾經交涉，最終雙方決定在萊州城外舉行受降儀式。
然而就在謝璉、朱萬年以及兩名太監出城對孔有德宣讀招撫詔書的時候，孔有德突然發難，將四人抓捕，並急令攻城。朱萬年情急之下，大喊關閉城門，被叛軍殺死。
好在城內守軍有所準備，及時關閉城門，孔有德的陰謀沒有得逞。
沒有什麼比公平和正義遭到踐踏，法律和制度遭到破壞造成的損失更大，因爲這樣會失去人心，使社會變成一盤散沙。這是一切不安定因素的源頭。
官軍上兵伐謀，想不戰而屈人之兵，但是官軍的招撫往往以犧牲公理和正義，踐踏法律制度，姑息養奸爲代價，這實際上是飲鴆止渴，自欺欺人，問題沒有徹底解決，暫時掩蓋起來，將來會帶來更大的麻煩。
官軍沒有認識到這一點，孔有德卻深知一日爲娼，終生是妓的道理，他是無論如何也不會受撫的，詐降不成，他就撤回登州，繼續與明軍周旋。
孩子屢教不改，不打是不行了，崇禎任命朱大典爲督師指揮官軍全線出擊。
剛剛在大淩河慘敗的遼軍正需要一場戰功來將功贖罪，找回自信，因此表現異常神勇。大淩河之戰的長腿將軍、祖大壽的妹夫兼大舅哥吳襄一馬當先，連克招遠、黃縣，解了萊州之圍。
九月，官軍將孔有德叛軍圍於登州城中。十月，官軍開始攻城，戰事進行得很激烈，叛軍二號人物，副元帥李九成被官軍火炮擊斃，官軍中也有多名戰將傷亡。
崇禎六年（1633年）二月，官軍加大的攻城的力度，叛軍損失巨大，孔有德和耿仲明看到登州難保，就乘夜色渡海，打算經旅順附近海域投奔後金，皮島總兵黃龍預料到叛軍在走投無路的情況下會渡海投降後金，因此在海面上佈下重兵，嚴陣以待。叛軍在海面上與官軍狹路相逢，雙方在海上大戰二日，叛軍損失慘重，毛文龍義子毛承祿被擒，孔、耿二人率殘部沿海岸向東逃竄，伺機登陸。
官軍水師一路尾隨，窮追猛打，叛軍狼狽不堪。最後，在後金的接應下，叛軍終於從鴨綠江入海口登岸，投降了後金。
對於孔、耿二人的歸降，皇太極是極其歡迎的，給予他們相當的禮遇，還保證了他們在政治、經濟和軍事上的獨立性，使他們能夠在後金的土地上當土皇帝。
皇太極對明朝降人的歡迎是有原因的。
明朝官兵雖然不俱備後金兵那種原生態的勇猛，但是明朝在經濟、政治和文化上比後金發達得多，後金對明朝的文明十分仰慕，然而明朝卻不願搭理後金，皇太極只能從明朝降人那裡感受明朝的先進性。
對於皇太極來說，明朝降人代表先進生產力和先進文化，如果再能從根本上代表後金的利益，那就非常完美了。
因此他下大力氣爲明朝降人營造一個自治區，吸引他們到這裡來安居樂業，孔、耿二人是第一批享受這種優惠政策的明朝降人，他們的到來起到了示範和宣傳作用，此後那些在明朝錯綜複雜矛盾中混不下去的人都願意效法，尚可喜就是其中之一。
尚可喜原本也是毛文龍舊部，但是他跟孔有德、耿仲明可能不是一派，當年孔、耿二人被黃龍擠兌去登州的時候，尚可喜卻成了黃龍的親信干將。
黃龍打擊孔、耿二人不遺餘力，他驅逐旅順的叛軍陳有時，切斷了孔有德、耿仲明叛軍的退路，並在海上進行截擊，讓叛軍吃盡了苦頭，在此過程中，尚可喜出了大力，工作做得十分可喜。孔有德對黃龍恨之入骨，耿仲明更是與黃龍有殺弟之仇，兩人都想報仇雪恨。
孔有德、耿仲明投降後金以後，多次慫恿皇太極出兵攻打駐在旅順的黃龍，企圖借刀殺人。皇太極知道八旗兵不善於守城，即使攻下也很難固守，對此建議並不感興趣。但是在孔有德等漢族將領的一再勸說下，也改變了主意，崇禎六年（1633年）六月，皇太極派貝勒嶽託、德格類率軍萬餘，以孔有德、耿仲明爲嚮導，攻打旅順。
旅順明軍拼死抵抗，但最終失敗，總兵黃龍自殺，尚可喜倖免於難，其弟尚可義戰死，尚可喜衆多親屬被俘。
黃龍死後，尚可喜失去靠山，新任總兵沈世魁與尚可喜關係不睦，雙方互相猜疑，齟齬不斷，矛盾逐漸不可調和。崇禎七年（1634年）二月，尚可喜率島民數千戶投降後金，受到了皇太極的熱烈歡迎。
由於孔有德、耿仲明、尚可喜都是在走投無路的時候投降後金，並且受到了有意邀買人心的皇太極的高度禮遇，因此三人都對皇太極感激涕零，心甘情願地爲其賣命，成爲皇太極的忠實鷹犬。