崇禎六年九月十八日傍晚，剛插上大清旗幟不足一年的北京城，再一次響起了震天的喊殺聲。
打着“援救遼東”的旗號，聲稱要趕往山海關佈防的三萬關寧軍，在路過京畿之時突然發動兵變，對北京城發起突襲。而京中預先安排的內應也打開了城門，讓關寧軍一路殺進了北京城的各條衚衕裡。隨即城內駐紮的漢軍，也相繼潰散或倒戈，跟隨關寧軍對盤踞內城的滿洲八旗發動猛攻！
一時間，北京城內彷彿亂成了一鍋沸水，街巷間燃起了成千上萬的火把，將整個城市照得一片通明，各種口音的士兵發出殺氣騰騰的吶喊，城內數十萬百姓的哭喊聲震天，而北京城頭原本對外瞄準的大炮，此刻居然全部掉轉了方向，一發一發地朝着內城猛烈轟擊，將那些精美奢華的宅邸，全都砸得磚石迸飛。
在這一片硝煙瀰漫、刀光劍影之中，大清帝國對北京城不足一年的短暫統治，終於宣告結束。
雖然自從入主北京以來，清廷一直都在提防漢人勢力坐大。無奈女真八旗的人口有限，政治頭腦和文化水平則更是悲劇，如果不依賴明朝留下來的官僚系統，就根本無法統治這片廣袤的江山。尤其是在皇太極御駕南征之後，就連北京城的一部分日常防務、治安巡邏，也不得不交給投誠的漢軍來負責。
如果是在大清帝國節節勝利、凱歌高奏的情況下，這些漢奸部隊的忠心，應該還是很有保證的。但是，當遼東全境瞬間失陷，血淋淋地撕掉了女真八旗那層光鮮的外衣之後，除了少數鐵桿漢奸之外，恐怕任誰也都會覺得這些成了喪家之犬的遼東蠻族，在中原的下場多半是兔子尾巴長不了。
於是，隨着關寧軍的再一次倒戈叛亂，整個北京城內的文武漢官全都不肯爲大清王朝陪葬，不是躲在家裡袖手旁觀，就是一塊兒加入進去反攻倒算，準備趁着大清帝國的覆滅再撈上一筆好處。
大約三千名奉命留守北京的八旗兵，倒是進行了殊死的抵抗，但由於事發倉促，只能各自爲戰，而且各處城門從一開始就已經失守，滿洲八旗一向引以爲傲的騎射之術，在極度混亂的夜間巷戰之中也發揮不出任何優勢。所以，無論他們再怎麼捨生忘死帝拼命搏鬥，也還是被蜂擁而來的關寧軍殺得步步後退。
於是，在一番絕望的抵抗之後，北京的內城也宣告失陷，城內的六萬多名八旗眷屬，只得倉皇退入紫禁城皇宮。儘管這些人多爲老弱婦孺，但在如今等絕境之下，依然表現出了非同尋常的勇氣，哪怕是小孩和老人，也拿起了棍棒刀槍，哲哲皇后和大玉兒皇妃更是親自披上了鎧甲，號召衆人廝殺到最後一刻！
不過，作爲歷史上著名的變色龍和牆頭草，吳襄和祖大壽縱然已經把大刀朝韃子砍去，卻沒有把事情做絕的意思，反而很懂得“做人留一線，日後好相見”的道理因此，正當困守在紫禁城內的“女真餘孽”，滿心悲涼地準備集體赴死之時，卻沒有迎來關寧軍的大舉猛攻，而是等到了祖大壽派來的勸降使者。
按照這位勸降使者的說法，雖然眼下雙方已是兵戎相見，但上天有好生之德，憑着過去的交情，關寧軍並不打算將八旗眷屬斬盡殺絕，而是準備讓開一條路，將北京城內的滿蒙旗人一律“禮送出境”，其隨身財物也可以保留。在出城之後，無論他們是打算返回老家，還是去山東找他們的皇帝，都悉聽尊便。
只有皇太極的嬪妃和子女，還有滿洲八旗各位旗主的妻妾，得要被暫時扣留下來。因爲吳襄和祖大壽需要用她們作爲籌碼，跟清廷交換目前正隨駕在皇太極身邊的關寧將門子弟。爲了讓她們能夠安心，吳襄和祖大壽願意當衆指天發誓，一定對她們以禮相待。當然，如果紫禁城裡的八旗家眷硬是不肯接受關寧軍的“好意”，那他們也沒辦法，只好讓八旗就此滅族了。
此番通告一出，退守到紫禁城內的六萬八旗家眷，立刻就開始人心動搖。
之前大家以爲這回是死路一條了，這才滿心悲壯地準備垂死掙扎，即使去見閻王也要拖幾個墊背的。可是既然眼看着似乎還有活路，又爲什麼不試一試呢？跟舉族全滅相比，就是再壞又還能壞到哪裡去？
再說，眼下幾萬人都困守在紫禁城裡，內無糧草外無救兵，連兵器都做不到人手一件，而外面的關寧軍已經把紅夷大炮都架了起來，就算大家拼死抵抗，又能支撐上幾時？還不是白白送死？
最終，在求生的渴望之下，紫禁城內的八旗家眷還是同意了關寧軍的招撫，心驚膽戰地打開了宮門，期盼着對方的守信履約。而關寧軍居然也真的履行了諾言，在軟禁了皇太極的後宮嬪妃和一部分八旗顯貴的妻兒之後，便下令打開城門、讓出通道，甚至還蒐集了一些船隻，讓這些旗人可以從運河上撤離。
至此，這場短促的“北京之變”，徹底塵埃落定。次日清晨，隨着滿街張貼的《討虜檄文》，在喊殺聲和爆炸聲中躲進牀板下顫抖了一夜的北京市民，終於得知這座城市又一次更換了主人。
“……昔年明廷無道，苛待良臣，盤剝萬民，天下民不聊生。吾輩奮而起兵，不得已與韃虜歃血訂盟，暫借夷兵數萬，欲揮師入京，肅清奸賊，匡正朝綱。孰料狡虜逆天背盟，乘我內虛，雄據燕都，竊我華夏神器，變我中國冠裳，吾輩方知拒虎進狼之非，莫挽抱薪救火之誤，只得姑且飲泣忍隱，未敢輕舉。
而今，僞清韃虜寵奸臣，貪斂賦，重刑罰。不能救民於水火，反倒日罄師旅擄人錢財，吸髓剝膚，奸人妻女，與禽獸何異？故而前有黃將軍犁庭掃穴，盡除關外妖氛，還遼東一個朗朗乾坤，足見韃虜氣數已盡。後有我軍急興仁義之師，拯民塗炭。今已定京師，故遣牌知會：士民勿得驚惶，各安生理。爾民有棄暗投明，檢舉滿洲蠻夷藏匿民間者，立得重賞。其餘毋得戎服，玉石難分，悔之不及。此檄！”
緊接着，在關寧軍四出彈壓，捕殺了少許趁亂搶劫的青皮流氓之後，北京城的秩序便再次安定了下來。
另一邊，雖然北京城裡的數萬八旗婦孺老弱，最終都平安地出了城，而關寧軍也沒有毀約追殺的意思。但這並不意味着這些傢伙就真的逃出了生天。因爲在得知了北京之變的消息後，北直隸各府縣的縉紳地主們也是彈冠相慶，隨即羣起而響應，紛紛組織鄉勇扯旗反清，爭先恐後地打起了落水狗。
當穿越者在各處佔領區殺縉紳搞土改的時候，八旗大爺們同樣也在京畿周邊一帶大肆跑馬圈地，同時把那些土地上的縉紳佃農統統貶爲包衣奴才。雖然皇太極身爲一代豪傑，不會看不出這種破壞性掠奪政策的危害，但不管怎麼說，他也首先是滿人的君王，必須首先滿足自己人的利益。畢竟得到利益的都是作爲大清朝廷統治根本的八旗貴族，哪怕是皇太極也只能睜一隻眼閉一隻眼地表示默認。
於是，那些在“八旗跑馬圈地運動”之中深受其害的縉紳鄉民，很快就變成了最堅定的潛在反清分子。
結果，倉皇逃亡的八旗婦孺，剛剛離開北京不過二十里，就遭到了京郊鄉民的襲擊和搶劫，一度損傷慘重。幸好，同樣是由於跑馬圈地的緣故，如今的北直隸鄉間也散落着不少小股的八旗兵馬，此時聞訊紛紛趕來匯合，經過一番廝殺，總算是打退了鄉民和土匪的進攻，護送着八旗婦孺逃進了天津城。
更要命的是，隨着北京陷落，關寧軍叛清自立的消息傳開，整個北直隸的殘餘清佔區，也都出現了一系列轟轟烈烈的連鎖反應。那些被滿清朝廷委任的地方官吏，不是被人武力驅逐，就是主動扯旗反清，整個偌大的華北平原上，到處都是一片樹倒猢猻散的鬧騰景象。
尤其是直接面臨着未知強敵的山海關守軍，在得知背後也變成敵境之後，更是立刻爆發了譁變由於滿洲八旗基本都在中原腹地南征，此時的山海關守軍主要由漢軍旗和蒙軍旗組成，在愕然得知盛京和北京相繼易手之後，其對清廷的忠誠心立刻爆發了極大的動搖。最終，絕大多數蒙古人選擇了打開營門，策馬北上逃亡草原，而漢軍旗和投降明軍則集體剪了腦後的辮子，同時派人去跟關寧軍聯絡投誠事宜。
九月二十八日，關寧軍在和平接收了山海關之後，又掉頭向着天津逼近。雖然無論是祖大壽還是吳襄，都無心跟八旗兵死磕到底。但天津乃是北京的門戶，直扼京師之咽喉，沿着運河乘船旦夕可至北京、通州，一日未下天津，關寧軍就一日不敢離開京畿，所以無論如何也得把這顆釘子拔下來才行。
幸好，之前北京的陷落，就已經意味着清庭在直隸統治的徹底瓦解。雖然天津衛城十分堅固，存糧也算豐足，但城內的人心卻早就已經亂了。那些驚魂未定的八旗眷屬，眼看着返回遼東無路，只得立刻又沿着運河繼續向南方逃亡。而天津城內的守軍也是暗流涌動，與逼近的關寧軍之間使者往來不斷。
接下來，在一個月黑風高的夜晚，祖大壽親自率領一支關寧軍，對天津發動了突然襲擊。不過從軍事上講，這場夜襲其實並無任何必要，因爲當時天津城內的大部分兵馬，都在事前得到了消息，不是抓緊時間逃跑，就是預先做好了投降準備，所以城破之後的天津居然顯得非常安詳，民居街道俱是寂靜無聲。
總之，隨着天津城頭的悄然易幟，整個北直隸都永遠地脫離了大清帝國的版圖。
至此，在突然失去了整個遼東，又遭到登州鎮的進攻和關寧軍的背叛之後，短短兩三個月之內，整個大清帝國已經從盤踞幾乎整個北中國的龐大版圖，一口氣萎縮得只剩了北到德州，南到揚州，沿着大運河分佈的一條狹長地盤，變成了一個極度奇葩的“運河帝國”。
雖然這條京杭大運河，乃是中國十七世紀的黃金水道，沿河皆是繁華城邑，如果用心治理的話，賦稅收入足可以支撐十幾萬大軍。然而女真八旗佔領這塊地盤不過短短半年，完全沒來得及紮下根基。在如今這般局勢劇變、人心叵測之下，誰也不知道這個史無前例的“運河帝國”還能維持幾日。
或許，這個曾經如日中天的大清帝國，很快就會如曇花般迅速綻開，也如曇花般驟然凋零。
所以，虎落平陽被犬欺的皇太極陛下，在濟南御營不幸得知上述噩耗之後，饒是他心志再怎麼堅韌，也是當即又嘔血三升，同時破口大罵祖大壽和吳襄腦後生反骨，將來必然不得好死。而八旗將士則是抱着各自的家眷親人，齊聲垂淚嚎哭，對失去的家鄉和未知的前途命運感到無限悲傷。
只是在哭完了之後，皇太極還是不得不擦乾眼淚，捏着鼻子跟關寧軍的使者達成了協議，用之前隨駕在身邊兼作人質的關寧將門子弟，換回了自己的後宮嬪妃，以及諸位八旗權貴留在北京的家眷。再接下來，沒等皇太極想好是否要立刻揮師北上，狠狠報復祖大壽和吳襄這兩個反骨仔，新的災難又已經接踵而至！
初步平定了青州府的縉紳叛亂，並且完成了民兵動員的登州鎮，再一次對濟南發起了大舉進攻！