在乾隆時期，乾隆下令編纂《貳臣傳》，這本書主要介紹明末降清的官員，乾隆認爲這些貳臣“遭際時艱，不能爲其主臨危授命”，實在是“大節有虧”，簡單來說就是這些人就是漢奸，在國家遇到危難的時候，不能爲國盡忠，有愧列祖列宗。
同時乾隆又下令編纂《欽定勝朝殉節諸臣錄》，這本書主要介紹明惠帝建文靖難及晚明殉節的諸臣，暨以表彰這些爲國盡忠的忠烈之士，並且爲這些人建忠義祠奉祀。
而在歷史上，盧象生抗清戰死後三年多才被崇禎追贈太子太師、兵部尚書，到南明福王時才被追諡“忠烈”，建祠奉祀。到乾隆時期被追諡“忠肅”。朱由校覺得對盧象生有所虧欠，這次才特意重重賞賜了盧府。
離開宜興縣，朱由校決定再次隱藏自己的行程，甚至在路過溧陽之時都沒有入城。失去了朱由校的蹤跡，江南一地的官員又急了，成天都有人來問王禮乾朱由校的蹤跡。
七天之後，朱由校抵達了南京城。此時的南京城是外送內緊，錦衣衛和東廠的密探遍佈。朱由校決定先回宮，王禮乾已經快被這羣官員逼瘋了。
“陛下，明日是不是召見羣臣？”王禮乾問道。
“明日也好，先處理完政事，再辦理私事。”朱由校點頭道。
“諾，那臣此刻去通知各位大臣。”王禮乾說道。
實際上，現在的政事主要都是內閣處理，而朱由校只是處理一些內閣無法決定的事情，還有就是軍事上的事務。朱由校採取軍政分離，軍事上事務一律都由朱由校、大都督府、都督府來處理，朱由校是很看重對軍權的掌握，參將及以上的職務任免必須經過朱由校，軍隊調動，對外開戰等等都重大的軍事決定都必須要有朱由校的旨意。
“陛下，今年三月份，林丹汗再次犯邊搶掠，被姚元軍提督率軍擊退。”魏國公徐文爵稟告道。
“損失如何？”朱由校問道。
“近百戶百姓被劫掠，百姓死傷數百人，軍隊死傷三十六人，姚提督斬獲首級一百一十五級，俘虜敵軍五十二人。”徐文爵報告道。
“對於林丹汗，你們覺得應該如何處理？”朱由校問道。
“根據東廠密報，插漢部極度缺糧，甚至到了殺人易食的地步。東廠密探趁機成功策反巴達西寨桑等五個頭目，這五個頭目願意歸降大明。”王禮乾說道。
“臣以爲既然東廠既已在插漢佈置了內應，不如兵發青海一舉殲滅林丹汗。”徐文爵提議道。
“陛下，林丹汗已經與與漠北外喀爾喀的卻圖汗、西藏的藏巴汗、康區的白利土司月頓多吉結盟。”王禮乾接着說道。
“馬世龍和姚元軍如何說的？”朱由校問道。
“馬世龍請求將邊境百姓遷至鄂爾多斯，擴大防守範圍，將原有五千騎兵擴建到兩萬，以增加大軍的機動性，應對林丹汗的四面出擊。”徐文爵說道。
“就按馬世龍的意見辦，現在不是出兵的最佳時機，我軍並不適應在青海作戰，去那裡作戰士兵連氣都喘不過來，如何作戰？如果用命去堆，這不是朕想要的戰果。”朱由校說道。
“諾。”
“等等。”朱由校一想，又說道，“漢人從邊境內遷二十里，其他的百姓一律遷往鄂爾多斯，如有不從者一律向西向北驅趕出帝國的領土，朕要堅壁清野。”
“諾。”
“告訴姚元軍，邊境之地，辦事不可心慈手軟，你夠狠，他們纔會怕你，纔會聽你的。”朱由校說道。
“諾。”
“原話告訴姚元軍，不要改一個字，他會明白的。”朱由校強調道。
“諾。”
“陛下，呂宋總督信王爺請求從當地土著中招募軍人，將呂宋的本地駐軍擴充到十萬。”徐文爵說道。
“不準，呂宋外無強敵，在內只不過是一羣毫無戰鬥力的土著，五萬駐軍足以保護呂宋。”朱由校拒絕道。
“這封上疏還有誰的署名？”朱由校一想又問道。
“都督王夢熊，提督李自成。”徐文爵問道。
“李自成調任大都督府作戰指揮部擔任提督一職。”朱由校說道。
“諾。”
“陛下，李自成調任大都督府之後，由誰出任遠征軍提督一職？”徐文爵問道。
“大都督府這邊可有好的建議？”朱由校問道。
“臣以爲副提督熊安穩最合適，第一批新軍的軍人。”徐文爵回答道。
“那就熊安穩。”朱由校說道。
……
這次需要朱由校處理的軍政事務並不多，朱由校一天便處理完了一大半。
回到後宮，王禮乾跟在朱由校身後輕聲問道：“呂宋藩司的事情如何處置？”
“王夢熊，熊安穩都忠心可嘉，呂宋翻不出大風浪，反而這段時間信王做得還不錯，呂宋發展速度超乎朕的預料，再過數年，呂宋必定會成爲帝國賦稅大省。”朱由校說道。
“諾。臣會加派在呂宋的人手。”王禮乾躬身說道。
“如此甚好。”朱由校說道。
“後金這塊要加大人力物力的投入，後金目前纔是帝國最大的敵人。”朱由校說道。
“根據探子回報，皇太極已經重新完全掌握了大權，並且在着手整編蒙八旗，帝國與後金之間偶爾會有衝突，但整體來說比以往平靜了許多。”王禮乾彙報道。
“自瀋陽一戰，後金勢力大損，等後金勢力稍微恢復一點之後，就是帝國再次對後金用兵之時。”朱由校微笑着說道。
“以帝國目前的實力，陛下完全可以一次永絕後患。”王禮乾輕聲說道。
“發動戰爭需要藉口，需要整個帝國的支持，此時在帝國北方有一個更加強大的國家正在崛起，這個國家現在距離帝國還很遙遠，但如果朕派兵遠征這個國家，不但勝負難料，而且一旦失敗可以想象朕面對的壓力，但如果置之不理，只需要幾十年的時間，這個國家將會帝國接壤。”朱由校說道。