聶克塞的中軍崩潰，直接導致全場潰敗。這場大戰結束之快，快到滿桂等將領都有點不敢相信。
此戰過後，三部殘留下來的人馬已經徹底失去了抵抗力。三部近十七八萬人馬，超過十萬人被明軍俘虜，尤其是索倫部和科爾沁部兩部殘留的人馬整個部落全部投降了明軍，只有滿清的數萬人馬下落不明。
尤世威率領的五千大軍也包圍了希維爾斯克。希維爾斯克的守將是斯捷潘諾夫，而在希維爾斯克只有不到五百守軍。
尤世威的大軍將希維爾斯克三面團團圍住之後，當天便開始使用火炮轟擊。希維爾斯克只是一座木城，城池極小，在明軍火炮攻擊之下，俄國人死傷慘重，在近半天的火炮轟擊之後，俄國人死傷近三成。
斯捷潘諾夫乞降，遣使要求在保留武裝的條件下撤離希維爾斯克，但被尤世威拒絕。朱由校早有旨意，拒絕接受俄國人的投降。
第二日，明軍繼續使用火炮轟擊，希維爾斯克被明軍轟成了一片廢墟，斯捷潘諾夫被明軍火炮擊中，當天便殞命在希維爾斯克城內。剩餘的俄國人不得不開城無條件投降，希維爾斯克被明軍佔領。
在朱由校的旨意下，尤世威將投降的兩百多俘虜全部吊死在了希維爾斯克。
明軍攻佔希維爾斯克的消息傳到雅庫茨克，雅庫茨克的長官戈洛文大爲震驚，他完全沒想到明軍會主動出擊攻打俄國人的據點。戈洛文意識到接下來明軍可能大舉進攻俄國在西伯利亞的據點，他立刻決定向米哈伊爾三世彙報西伯利亞的情況，請求增兵。
大明這邊爲了堵截滿清殘留在西伯利亞的人馬，明軍開始在勒拿河以西一連修建了十座木城作爲據點。爲了解決食物等問題，明軍再次在西伯利亞實施軍屯的制度，讓當地的駐軍實行自給自足。
明軍對滿清殘留的人馬圍追堵截，也取得了一定的效果，聶克塞率領的數萬民衆在明軍的圍追堵截之下，僅僅不到兩萬人逃過了勒拿河，逃入了俄國人的勢力範圍之內。其餘的人要不就死在了路上，要不就被明軍所俘虜。
六月初，尤世威統兵五千進攻位於勒拿河的雅庫茨克，孫祖壽統兵三千進攻位於勒拿河的奧廖克明斯克。而此時戈洛文請求增兵的公文還在前往莫斯科的路上。
六月十五日，孫祖壽的三千兵馬圍住奧廖克明斯克。而奧廖克明斯克的守軍也只有數百人。
六月十九日，尤世威的五千軍隊圍住日甘斯克這座木石混合結構的小城。
六月二十日，孫祖壽的火炮開始轟擊奧廖克明斯克。在下午時分，明軍組織了第一次強攻，但卻被守城的俄軍擊退。孫祖壽意識到奧廖克明斯克的守軍抵抗要比他想象中的頑強得多。
在第二日的進攻中，孫祖壽沒有再強攻奧廖克明斯克，而是充分發揮自己的火炮優勢，直到第三天，明軍才組織第二次強攻，但這次強攻依然沒有奏效。
孫祖壽知道在西伯利亞的俄軍數量極少，除了雅庫茨克的守軍過千之外，其餘的據點，守軍都只有幾百，而且尤世威已經開始攻打日甘斯克了，所以孫祖壽並不着急。
在奧廖克明斯克的戰鬥一直持續七天，孫祖壽才得以破城，破城之時，奧廖克明斯克的俄軍已經只剩下五十多人了。
而相對於奧廖克明斯克的戰鬥，日甘斯克的戰鬥要快得多，在孫祖壽拿下奧廖克明斯克當日，尤世威也奪取了日甘斯克。日甘斯克的戰鬥之所以如此順利，這主要是戈洛文意識到明軍可能會大舉進攻俄軍在西伯利亞的據點，他將日甘斯克的物資和人員大部分都抽調到了雅庫茨克。
七月初六日，尤世威的大軍布與城西，將戰船佈於城北，所有的火炮集中在城西北。而位於奧廖克明斯克的孫祖壽完全封鎖了勒拿河，一是避免位於基廉斯克的俄軍支援雅庫茨克，二是避免雅庫茨克的俄軍從勒拿河上逃跑。
七月初八，尤世威對雅庫茨克正式展開了攻擊，七十多門火炮一齊開火轟擊雅庫茨克，轟得整個雅庫茨克地動山搖。雅庫茨克的近十門火炮也展開了還擊。
“肖提督，有沒有辦法將對面的火炮先轟掉？”尤世威問道。
“可以使用重炮，現在重炮陣地正在架設，應該很快就可以了。”肖長春用望遠鏡觀察了一會說道。
“先集中重炮將雅庫茨克的火炮轟掉，不然我軍的壓力太大了。”尤世威說道。
“諾。”
第一天的戰鬥就是在雙方的炮戰中結束了，明軍在付出了十八門火炮的代價之後，終於將雅庫茨克的火炮全部摧毀。
從第二天開始，明軍在火炮的支援下便展開了強攻。現在在雅庫茨克的守軍已經接近兩千人，俄軍在戈洛文的率領下，進行了頑強的抵抗，這使得雙方戰鬥是明軍進入西伯利亞之後與俄軍展開的最激烈的一場戰鬥。
雅庫茨克的戰鬥一直持續到了十天，明軍才得以功入雅庫茨克。在攻入雅庫茨克城之後，雙方又進行了激烈的巷戰，戈洛文中彈身亡，托爾布津改任雅庫茨克的長官，帶領剩餘的俄軍繼續頑抗。
而俄國的米哈伊爾三世聽聞明軍出兵西伯利亞的消息之後，一邊派出兩千人的軍隊進入西伯利亞，一邊同時派出使者向大明議和，請求議定邊界。但米哈伊爾三世此刻並不知道明軍正在強攻雅庫茨克。
一直到七月二十九日，明軍才徹底控制雅庫茨克。這場戰鬥，明軍付出死傷一千六百餘人的代價才取得了勝利，而駐守在雅庫茨克的俄軍除了一百多人被俘之外，其餘的人大多都死在了雅庫茨克，只有少數幾個人逃出了雅庫茨克。
明軍進入雅庫茨克之後，發現了許多被殘害當地土著居民的屍體，尤其是當地的土著婦女更多，明軍一次便在雅庫茨克城內救出了多達上百的土著婦女。