整個天啓5年，就在這種轟轟烈烈的大事件裡結束了，天啓六年，就在一場覆蓋了整個北方的大雪裡掀開了新的篇章。
就在大明朝廷上下吉祥喜慶的年的時候，孫承宗病倒了，他不得不請求致仕修養了。
這次可不是歷史那樣被閹黨逼迫的請辭的，是實在身體不行了。
皇上同意了他的請求，但這個位置最終還是被東林高第佔據了。
努爾哈赤乘遼東明軍易帥和匆忙撤軍之機，寧遠形勢混亂的時候，親統金蒙八旗軍約六萬人（號稱十三萬）於明天啓六年、後金天命十一年正月十四出瀋陽，十七日西渡遼河，直逼寧遠。此時孤城寧遠守軍不滿兩萬，前有勁敵，後無援兵，形勢險惡。
袁崇煥臨危不懼，召集諸將議戰守，決定採取堅壁清野之策，組織全城軍民共同守城。他在衆將士面前刺血爲書，誓與寧遠共存亡，兵民爲之感奮。
袁崇煥旋以總兵滿桂、副將左輔、參將祖大壽、副將朱梅分守城東、西、南、北四面，自與滿桂提督全城。在城上配置西洋大炮十一門。東、北兩面及西、南兩面，分由彭簪古、羅立指揮。動員城廂商民入城，盡焚城外房舍、積芻，讓後金軍露處嚴寒野外。
袁崇煥還針對努爾哈赤善用間諜，親督同知程維楧稽查奸細，派人巡守街巷路口，又動員街民配合士兵逐戶搜捕。令通判金啓倧編派民夫，供給守城將士飲食。又派官吏帶領城內商民籌辦物料，運矢石、火藥等。軍民還在城牆外側潑水爲冰，以阻後金軍登城。一切守禦準備於正月二十二日就緒，穩定了軍心民心。
正月二十三日，後金軍進抵寧遠，離城五里橫截山海大道，安營佈陣，切斷寧遠與關內的聯繫，在城北扎設大營。努爾哈赤遣被擄漢人入城勸降，被嚴辭拒絕。?【9】??袁崇煥命羅立等向城北後金軍大營燃放西洋大炮，後金軍傷亡甚重，被迫將大營西移。【1】?
正月二十四日晨，努爾哈赤發動攻城，命後金軍推楯車、運鉤梯，步騎蜂擁攻城西南角，萬矢齊射城上，城堞箭鏃如雨注，懸牌似蝟刺。袁崇煥命發西洋大炮，又殺傷後金軍甚衆。?【1】?
左輔率軍民依託堅城，死戰不退；祖大壽率軍應援，銃炮齊發，藥罐、雷石齊下，後金軍死傷累累。據說，此次袁崇煥親自發炮，擊中努爾哈赤。
然而活蹦亂跳的努爾哈赤見攻寧遠不下，就調轉槍口，突襲覺華島。時值隆冬，海面冰封，無險可守，明將姚撫民等率領官兵鑿開一道長達15裡的冰濠，正月二十六日武訥格以騎兵進攻覺華島，明軍最後全員戰死，金兵焚燒城中囤積糧料。
當時守將金冠剛死，其子金士麒與親兵800人至覺華島迎櫬，亦與後金軍作戰，全部被殺。島上軍民1.4萬餘口都被後金軍殺戮。
糧草18萬餘石，五十萬儲備在這裡的銀子被搶掠。2000餘艘戰船都被焚燒，這座明朝關外的後勤基地被後金軍摧毀。
此時毛文龍還是出兵襲擊後金後方永寧，對建奴進行力所能及的騷擾，努爾哈赤得報，不得不停止繼續對山海關對攻擊，就在緊閉不出的寧遠城前，帶着海量的繳獲，三十萬俘虜的蒙漢百姓率兵回軍，二月九日返回到瀋陽，寧遠之戰結束，歷史上被稱爲寧遠大捷。
至於覺華被破，錢糧被搶，百姓被俘，不過是一個春秋筆法罷了，那都是小事。
不管怎麼說，寧遠之戰是明金交戰以來明軍所獲得的第一次大勝仗。它遏止了後金對關內的進攻，挫傷了他們的銳氣，穩固了明朝寧錦防線。同時努爾哈赤亦因中炮負傷，不久即告身亡而使得後金國內部產生權利之爭，有相當一段時間不敢南犯中原。這就是大勝。
孫承宗病退，明軍寧遠大捷，袁崇煥升任巡撫，現在的袁崇煥總算是得償所願，成爲了薊遼第二人，於是，他認爲他應該是這薊遼第一人，他膨脹了。
於是，就和總兵官滿貴鬧彆扭，最終，向朝廷以與總兵滿桂不協，請移之他鎮，朝廷廷議之後，乃召滿桂還。
及王之臣代高第爲經略，復奏留滿桂，袁崇煥又與不協。朝廷慮敗事。命王之臣督關內，袁崇煥督關外，劃關而守。袁崇煥慮廷臣忌己，乃上書請“惟聖明與廷臣始終之。”
朝議以袁崇煥、王之臣不相能，結果又召王之臣還，罷經略不設，以關內外盡囑袁崇煥，與鎮守中劉應坤、紀用等便宜從事。從此，袁崇煥真正成爲了薊遼第一人。
大權在握，當然要更進一步，於是，袁崇煥脅着聖眷和內閣對他的依賴，以事權統一，和毛文龍不和爲由，請將毛文龍移他鎮，親自指揮東江鎮。這個，皇帝和內閣研究之後認爲——不行。
袁崇煥就再次上書，既然自己已經巡撫關內外，當有節制關內外一切軍事民事之權，，若事權不能統一，南北不能統一調度，不能如臂使指，建奴難滅。再請節制毛文龍。皇上和內閣陷入兩難抉擇。
對於袁崇煥想要染指東江鎮的做法，毛文龍並沒有像往常一樣，誰伸手東江鎮就剁誰的手，而是不溫不火的給了袁崇煥一悶棍。直接發公文給袁崇煥：“東江鎮一直歸薊遼督師衙門管，這是自己的組織，這一點自己從來沒有否定，既然我是你的一部分，在朝鮮戰爭覆滅日本戰爭，和歷次對建奴的戰爭中，我一共損失了20萬將士，撫卹合計600萬銀元。從開鎮以來，這些年軍費拖欠合計一千萬銀元，歷次戰爭所消費物資，五千一百萬兩，政府開支，難民安置，收買建奴人頭，林林總總，合計8000萬銀元，看着你我同爲大明效力的份上，利息就免了，合計一萬萬六千萬，咱們打個折，一萬萬五千萬，請巡撫大人撥付，十萬火急。”
袁崇煥斷然拒絕。然後毛文龍立刻將呂一學帶着一羣能說會道的人，直接去了寧遠討債。
呂一學是秉承了毛文龍的意見，進行的軟磨硬泡，攔路堵截，半夜院外呼喊，大牆潑漆寫字，手段無不用其極。而且冠冕堂皇，既然你是我的上司，你就必須給我這些錢，不然我這二三百號就死在你面前。用盡了毛文龍教導的暴力討債的手段，簡直讓人煩不勝煩，躲無可躲。