兵部更是不得了，尤其是出兵討伐後的軍費報銷，若不與兵吏打點講好“斤頭”，則種種挑剔，層層駁回，窮年累月，不得竣事，而且這種打點是公開直言不諱毫無顧忌的。諸將想拿到糧餉，不掏點羊蛋錢，當然是不可能的了。遼餉貪墨案中以兵部這些吏員伸手最多。
刑部的書吏也是利藪。但他們卻有着生殺大權，人命關天的大案、要案，都要經刑部這一道坎。誰不要起生還生或死裡逃生，刑吏能夠把已定刑要正法的犯人救活過來，這不是深諳律例的刑部司員辦不到的。傳說刑吏都有舞文弄法瞞天過海的辦法。說是江南有一富家子弟犯了死罪，部文已經覈准，釘發文書遞到便要行刑。刑吏得了巨賄，把發往江南的文書和發往雲貴的文書互換一下，到達後雙方發現犯人之名有誤，只得退回刑部更正，如此往一來，耽擱年月不少。而刑吏又早已算好，在這期間必逢着皇帝、太后萬壽之類的慶典，一定頒施覃恩，赦免或減刑天下罪犯。這樣，一個死囚便不致斬決了。而刑吏這種錯封文書之失，則並非什麼重罪，只是革去吏職而已。
工部雖居六部之末，其利更厚。皇帝死後葬的墳墓，叫作“山陵”，其建造工程便叫“陵工”，當皇帝的毫不忌諱，一登了基，便要興建陵工，而且皇帝一天在位，陵工一天不能修竣，拆拆修修，有的命長皇帝在位六十年，陵工便要興建一甲子，這筆費用每年報銷。其實都入中飽。此外如皇帝的大婚，官殿的繕修，尤其是特大的工程項目，；以及黃河惟恐不決口，決了口便得發放大量治河經費。叫做“河工”，種種工程費用，能夠實際到工的，據說能有四成，便可算是廉潔奉公的了。當然，工吏憑着他們的本領和商人勾結去搞那些銀錢。自然不便獨吞。工部司員樂得沾些光，開一眼閉一眼。
六部書吏之富，可以敵國，有了錢便可使鬼推磨，若有人敢得罪或懲治他，報復起來。可使一二品大員丟官。書吏的氣焰之囂張比起閒散的京官要強的太多了。
所以京吏比那小京官更加的牛氣轟轟，京官只能守着這個官是官，吏是吏這塊遮羞布了。
朱由校對此情況也通過情報部門瞭解到了一些，但管又能管得了誰，風氣盡然，他一個皇帝工作者整天把心思放在吏員的反腐倡廉上，還幹不幹點正事。最好的方式就是把這些吏員全部的撤換掉。
對於官員的大材小用，朱由校也是相當的看不慣，在他看來，一個市長，不去爲百姓辦點實事，把經濟發展上去，整天的泡在公安局、法院、教育局，稅務局裡辦着各局、院一把手的事，這是多麼可笑又可悲的事。這種情況必須得改過來！
“皇上請慎重，這官與吏之間。絕非可以並提之事。官爲與國同休之人，而吏只是被官員役使之人，豈可同日而語。”
朱由校，將官與吏這層壁壘要給捅破，這一下如果讓官員們知道。還不一下子捅個馬蜂窩？從九品官到一品官，這十八級官員，估計一下子都能跳起來反對，十年寒窗、鐵硯磨穿，考取的功名，卻與下等人看齊了。這讓他們情何以堪？
孫承宗相當的激動，他也是官員，當然無法接受這等等於踐踏蹂躪官員權威的評論。半天不說話，憋出來了這話。那樣子就差跳起來大罵昏君了，這是官員不能忍受的極大污辱，就象是有一天，縣太爺與一叫花子一齊坐堂審案一樣。
“孫老師無須着急，現在官不如吏的情況比比皆是，說是官員貪墨，其實比起酷吏的吃喝拿卡來，對百姓所擾更重。朕免除天下稅收，最大的原因恰恰針對的就是酷吏。而在京官之中，吏的待遇比起京官更是強上數倍不止。有的官員的確在辦事能力方面不如一位能吏，這些都是一種畸形的現象。”
“皇上此言倒是符合時政，吏的素質參差不齊，的確害人菲淺。”朱由校的話的確如此，讀書人的出路很窄，最地一用是書生，直到考出了秀才來纔可以有免稅、免遙役之類的好處。再到中了舉人之後，路子才寬了起來，要麼直接的考中進士爲官，要麼當個西席教個書，當個幕僚之類的。孫承宗就是選擇了教書。
“朕想着改革吏制，朕所要做的是天下無吏，並非將如今天下的吏一一的變爲官，而是讓越來越多的有官身之人卻閒置在家的舉人，取代吏。首先是人員問題，想我大明，每三年纔有一次會試，名落孫山者何其之多，這些人空有一個舉人的名號，卻沒有實際的職責，空閒在家等着實缺。可以將這些人組織起來培訓專門的業務，然後再經考覈，充抵到各地去擔任。”朱由校想的不是將原有的吏提到官的位置上來，而是將‘官員預備役’提了進來。
對於大明的酷吏，朱由校沒有半分的好印象可言，他們仗着身份，在大明狐假虎威，四處的漁肉百姓，甚至敲詐低級官員。這種‘大明窗口’的腐敗，直接導致了百姓對於大明政權的一種極大的不滿，再加上一些誘因。使得遍地峰火，一發而不可收拾。大明的滅亡有人說亡自自身，而這個自身之中，酷吏佔的比重相當之大。
所以挖掉這塊大明的腐肉，是重中之重。朱由校廢除稅收制度，利害攸關最大的就是這些酷吏。所以他們的反對也是最大，各地冒天下之大不韙違反這種硬性規定的，也就是這些酷吏，沒有了稅收這塊收入，他們的損失相當之大。朱由校對此實施了最爲嚴厲的打擊，抄沒財產、沒收房屋，罰款苦役，受百姓圍觀嘲笑，以敬效尢。
想要將酷吏們清理出去，在這種那就得找一批人一代替他們，否則只會是一雞死，一雞鳴，治標不治本。大明的舉人大軍也是相當多的。有明一代二百餘年，出的舉人總共有十萬之衆，而在各個時期也存活在各個時代的舉上也是幾千之多。
現在將新科進士一網打盡，收攏到自己的麾下，以皇莊的形式讓他們學習，接受自己的改革方式。而後再把全國的舉人來個一鍋端，慢慢的以實務出發進行培訓，讓他們接受自己的相對高效的機關效能。長此以往，這天下的官員都將是出自自己之手，都是自己的勢力。各地的發展當然的打上了自己的烙印。各項改革還不是自己說了算，哪裡會有什麼阻力可言？
開創以官爲吏的局面，這是一項最爲省心的一種方式。鄉試之後所中的舉人，這個舉人就代表着有了一張官場的入場卷，他們的身份就是官，但如果沒有官位實缺給他們，他們只能在家裡閒爲吏之職卻擔着吏職。
所以說鄉試也可以當作爲官員資格賽。中舉了，就擁有了這個資格，但有了資格，並不一定就能當上官，許多的人，終生與官場無緣。他們這批舉人在百姓眼裡是個舉人老爺，但在官員眼裡比秀才也就高一級而已，什麼都不是。以前唯一的收入來源就是有個免稅權，有人將產業安置到他的名下，藉以逃稅、遙役。國家是一分錢都不會給他們。
如此將這批人拉過來，集中辦個職業學校，專門讓他們學習一下吏的業務。他們帶個從九品或者八品的官身到各地去，不會引起太大的反彈。幾年下去，潛移默化之下，中舉之後就有官當，並不誤考進士，這個條件對閒雲野鶴在家，看着官員無比渴望的舉子們也算是多了一條路。
而隨着每年舉人的選出，加上全民教育的推廣，舉人們會越來越多，吏這個詞，就會成了歷史，而不必等孫中山先生的辛亥革命再來去除了。
“皇上之計倒是兩全其美。舉子的辛苦，老臣也是經歷過的，因不願靠着免稅而佔大明的便宜，所以老臣當年也是充當了教習，輾轉到了大同教書謀生。直到中了進士，情況方能好轉。”
“孫老師之言朕道知曉，比如宋家兄弟、孫元化、蔣秉採他們中舉已經十年了，但並沒有什麼俸祿在身，宋應升哥倆，堅持着走進士之路，四次未中。孫元化則跟着徐愛卿或者是袁崇煥以謀生，而唯有蔣秉採幸運一些，到了山西當上了一個縣令，之前也是毫無生計。他們在舉人當中，還是幸運的，多數的舉人，則只是靠着祖產，或者接納族中、鄰里的土地，以免稅名額而取利。如今天下免稅，這項收入也被朕給堵死了。此次正好給他們找條出路。”
舉人免稅賺錢的方式很簡單，就是收了別人的土地，本來按國稅該交一兩銀子的，搞到他的名下不用交錢給國家了。然後舉人自己再收個半價七折之類的。