天啓四年正月，杭州有諸生家張燈，不慎火起，延燒房屋，九營兵卒乘亂而起，據錢塘門外更樓十座。當時有楊把總，約束營兵勿予亂，被各兵捆綁還營，懸之高竿，欲以弓箭射之，兩遊擊好言撫慰乃定。
朱由校接到消息後，心裡氣得要死，這樣的軍隊，有不如無。看來用近衛軍來代替衛所兵的事要加緊進行了。
而上次近衛軍新招收的士兵，在拱極城訓練了這麼長的時間，鹿善繼和孫祖壽都認爲，他們已經具有了一定的戰鬥能力，欠缺的只是戰場的鍛鍊了。
朱由校命令這三萬多人全部組成步兵營，一共組成了三十個步兵營。抽調了九個步兵營前往第一師，與第一師的步兵旅的九個步兵營進行混編，組成了六個步兵旅。
再從六個步兵旅中抽調三個步兵旅，組成第四師，由曹文詔任師長，調到日本及濟州府。在日本守衛的滿桂獨立旅則回到國內。
獨立旅回國後，從新兵營中抽調了六個步兵營加入獨立旅，改組成第五師，由滿桂任師長，調往遼東接替第三師魯欽的部隊。
第三師回到國內後，加入了九個新兵營混編，新建了第六師，由周遇吉任師長，調往覺華島接替第二師的防區。
第二師回國後，剩下的六個營加入到裡面，混編之後，組建了新的獨立旅，共有六個步兵營，一個騎兵營，由楊光皋任獨立旅旅長，專門負責拱衛京師。而第二師師長由趙率教接任。
混編後的第二師趙率教部和第三師魯欽部，前住山海關，接下了山海關的駐防。而山海關原來的部隊，則由王在晉在鹿善繼和孫祖壽的幫助下進行初步的整編，然後由鹿善繼和孫祖壽帶回拱極城進行訓練。
山海關的明軍部隊極其複雜，有從甘肅，寧夏，四川各地來的客軍，也有原來遼東的衛所兵。按照朱由校的意思，客軍都應該回到原籍，以後不再有客軍這種情況。但這一想法被徐光啓等人打消了。
徐光啓和黃克纘都認爲，按籍貫而成軍有大弊端，如今近衛軍六師大多是遼東人，如果加進一些其它地方的官兵，這樣就可以保證士兵有不同的籍貫，成爲大明的近衛軍而不是遼東或者某地的近衛軍。
朱由校自然同意了這樣一個對軍隊的長期建設有利的建議。於是山海關原有的近八萬士兵經過初步的挑選整編，部分年老體弱者發放軍費送回原籍以外，餘下的七萬士兵全部進入京師進行訓練。
皇太極被送到京師時，正是朱由校抽調新兵，全國換防的時候，所以一直到兩個月後，朱由校纔想起這回事，親自接見了皇太極。
這種接見顯然不可能在大朝會上進行，所以參與接見的人只有內閣和六部尚書，地點就設在雲臺。
皇太極見到皇帝后，立即跪倒在地，口稱罪臣：“陛下，罪臣努爾哈赤之子皇太極見過吾皇，願吾皇萬歲萬歲萬萬歲。”
這就讓朱由校有些看不懂了。皇太極不是大清開國皇帝嗎？史書上說的雄才偉略可能有些水分，但他接任爲汗後，確實在對明的戰爭中佔據極大優勢，收服蒙古和朝鮮，這樣的人竟然直接就跪倒叩頭了？
他沉吟一下道：“爾父自立爲汗，又豈是一句罪臣就可以掩蓋他的惡行的。”
皇太極立即道：“陛下，臣父一直爲大明藩屬，爲大明守邊。然遼東之明軍將領，處事不公，多處爲難臣父，臣父欲白於皇上卻不可得，爲保首領，不得不奮起反擊。只願征討大明之貪官，卻絕無反對陛下之意。陛下天縱聰明，當不問可知。”
朱由校笑道：“廣寧與建州遠隔，爲何也遭到爾父子攻擊？”
皇太極回道：“廣寧明軍，不滿臣父日久，多次啓釁，殺我邊民，故臣父不得不還擊。”
朱由校拍掌微笑道：“果然一張好嘴，顛倒黑白，混淆是非，端得是厲害。”
方從哲道：“是呀，四貝勒這口才如果去說書，那絕對是能夠賺很多錢的，只是要擔心被書中人物的後代打死。”
葉向高也說道：“蠻夷無理，不值一笑。”
徐光啓笑道：“四貝勒，你們打贏了薩爾滸，打贏了遼陽，瀋陽，薩爾滸不說，遼瀋乃到廣寧，哪一個不是遠離你建州。你如此說，不過就是打贏了就覺得有理而已。”
皇太極也笑道：“難道不是這樣嗎？打贏了說明是民心所向，我軍進瀋陽時，漢民張燈結綵歡迎我父汗，不知徐閣老如何看此事呢？”
徐光啓說道：“不知在海州，在新安堡，在雲陽堡是誰贏了。”
皇太極笑道：“我早就說過，我父之所以起兵，是因爲有奸臣對建州不公，今日聖天子在位，能還我建州公道，贏或者輸，有什麼關係呢？”
朱由校不由得大爲歎服，皇太極之所以能成一代梟雄，果然是有過人之處的。前面已經見識了他顛倒黑白的功夫，現在看來，臉皮之厚也真是罕見呀。
他笑笑道：“不知四貝勒對現在的形勢有什麼看法呀？”
皇太極叩頭道：“罪臣不敢當陛下如此稱呼。臣父起兵乃迫不得已，罪臣願勸我父親，永爲大明藩屬，爲大明鎮守建州等地。”
朱由校說道：“你說得輕巧，聖人有言，以德報德，以直報怨。鮮血只能用鮮血才能洗淨，女真之族必滅也。”
皇太極大驚道：“陛下，臣等爲蠻夷，不識華夏禮數，故有遼東之變。然臣父只爲被逼無奈，方纔起兵。聖人有言，惟兵不祥，請陛下深思。”
朱由校笑道：“那你現在修書一封，命爾父自縛而來，女真歸還遼東之地，並退回建州，如此可好？”
皇太極道：“陛下，臣之修書並無作用，可否讓臣前去遼東，勸諭臣父，退出遼東原屬大明之地，然後臣再代父自縛御前請罪，請陛下恩准。”
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