等朱由校來到別墅時，徐光啓，葉向高，孫傳庭竟然都在。朱由校奇道：“孫卿竟然有時間來京師大學堂？”
孫傳庭笑道：“正好今天公事處理得差不多了，聽說研究院有些課很有意思，想來聽聽學點東西。”
朱由校點點頭道：“確實，多學點東西總是好的。今天朕想到了一個問題，有很多困惑，想要來請教葉師和先生，你也聽聽，看有沒有什麼好的辦法。”
孫傳庭道：“跟着陛下，臣能學到更多東西。”
朱由校沒有理這個生硬的馬屁，說道：“朕覺得我們的朝廷結構有些不大合理，想要專門讓一個部門負責審案子，可是一時又找不到那麼多會審案的人，衆卿可有教我？”
葉向高問道：“陛下，如今審案有三法司，可以互相監督，這不是比一個部門審案子更好嗎？”徐光啓和孫傳庭也覺得是這樣，不明白皇帝爲什麼想要一個專門的部門審案。
朱由校道：“三法司審案，只是在京城裡纔會有。三堂會審，確實可以互相監督，但也會出現一些情況，比如大家都不想擔責任，或者互相之間有不同意見，往往是以官職高低爲準，這個不好。而在下面就更差，專職審案的只有通判。縣裡就只有縣令審案，縣丞協助，這不好。縣令一般是進士出身，學的是文章詩詞，又如何能精通法律呢？”
葉向高道：“下面也會有巡按御史，他們也可以審案的。不過陛下所說，倒是很有道理的。有些官員，只知道詩詞文章，對於民政一竅不通，更不用說審案了。小民受了冤屈，確實無處可申。”
徐光啓問道：“那陛下的意思是專門讓一個部門來管理審案，然後這個部門在各府縣設置機構專門管理審案，讓縣令之類的官吏不再管理審案的事情？”
朱由校道：“就是這個意思，朕的意思是讓大理寺負責審案，都察院監督，刑部辦案，三者各負其責。大理寺則在各省，府，州縣都設立分支，這樣就是所謂的垂直管理。”
幾人很快就明白了垂直管理的意思，都覺得這個辦法不錯。葉向高問道：“既然陛下有這個想法，那就頒佈聖旨，不就可以了嗎？”
朱由校道：“光頒佈聖旨有什麼用呢？審理案件的人從哪裡來？”
葉向高奇道：“原來不是有審理案件的縣丞，通判，巡按御史嗎？讓他們都歸入大理寺，然後派到下面不就行了嗎？”
朱由校道：“這些人不專業，朕想要在吏員學堂先培養一批專門學法律的學員，然後再設置這樣的機構，但是又覺得我們的律條有一些應該要修改才行，這樣一來，要花大量的時間。朕粗略地算了一下，修改法律就算一年，學法律的學員就算三年，那也至少要四年的時間。而朕想越快實現這種制度越好，所以這個矛盾不知道如何解決，纔來問衆卿的。”
葉向高道：“陛下，臣知道陛下求全求好的意思。但臣以爲，我們可以先改組機構，同時修改法律，招收學員。以前大家都是用縣令審案，也沒有出多大的漏子，難道這四年就不行了嗎？”
徐光啓也說道：“陛下，不要太着急，大明雖然有些問題，但總體上是好的。特別是我們現在已經完全控制住了遼東局勢，我們的近衛軍也在不斷地成長，這就保證了整個國家的安全。老子云，治大國如烹小鮮，太急其實效果不一定好。臣等垂垂老矣，但看着我大明一天天變得更好，心裡都很欣慰，陛下春秋鼎盛，必然會將大明打造成一個勝過漢唐的大帝國，何必要急在一時呢？”
朱由校有些不好意思地一笑：“是呀，朕心裡很急。總想着一覺醒來，大明已經變成了朕希望的樣子。年輕人還是沉不住氣呀。”
葉向高笑道：“年輕人勝過老人的正是這一點，有衝勁，有想法，老臣等當初也曾年輕過，那時也想着要協助先帝將大明打造成一個國泰民安的帝國，結果卻處處碰壁。慢慢地心就淡了下來，天幸在老臣等花甲之年，還能遇到陛下這樣的明主，實在是大明的邀天之幸呀。”
孫傳庭深有感觸地道：“陛下登基不過四年多，而我大明在各方面都有着以前想都不敢想的進步，實在是天佑大明，降此聖主呀。”
朱由校笑道：“又來了。那就如葉師所言，下次的大朝會上聽聽大臣們的意見，然後進行改制。這大理寺在各地的分支就叫某某府州縣法院，這樣的名字應該可以讓民衆一目瞭然地知道它的功能。裡面的官吏就叫法官如何？”
在下一次大朝會上，各個部門都報告了這一週時間裡的基本情況後，朱由校說道：“朕準備將有些部門的職責範圍調整一下，想聽聽衆卿家的意見。”
孫傳庭出列道：“大理寺專門負責審理案件，並於各省府州縣設立分支機構。刑部負責緝拿兇犯，提供其犯罪證據。都察院負責監督大理寺與刑部，防止有枉法之事。”
衆臣一聽，這是明顯地削弱了刑部的職權，而增加了大理寺的重要性。以前雖然大理寺卿，都察院之都御史、通政使司之通政使與六部尚書拿稱九卿，但一直都是弱於六部的，這樣一改，就顯得比刑部更重要了。
朱由校道：“所謂審理案件，指的是大理寺根據刑部提供的證據，按照大明的律條來給人定罪。他們只是判斷此人是否犯罪，應該根據其罪行給予何種懲罰，這就要求他們非常熟悉大明律條。而我大明律條包括《大明律》、《明大誥》、《問刑條例》、《明會典》等。如此繁多之律令，他們都要熟悉，堅持按律審判。”
“而朕以爲，可以將所有的律條重新進行編纂，制定出新的《大明律》，此事交由翰林院辦理，但我們的法律中有一個原則，朕認爲是否可以修改一下，那就是刑罰世輕世重的原則。”
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