這樣的解決方案當然是讓所有人都滿意，特別是顏思齊，面子裡子都有了。他心裡對盧象升充滿感激，說道：“盧總長才思敏捷，思齊佩服。”
只有滿桂有些不高興：“陛下，那臣怎麼辦呀。天天在京城裡都養胖了，等兩年真的提不動刀了。”
他這麼一說，其他將領也嚷嚷了起來。朱由校無奈地說道：“參謀總部還沒有正式成立，朕還要和孫兵部、盧總長、熊先生和各位將軍們仔細商量，將近衛軍進行改組，在全國劃成不同的軍區，比如曹將軍的黑龍江將軍就是黑龍江軍區的將軍。你們很快就要奔赴各地，到時有你們忙的時候，怕什麼髀肉復生。”
五天後，在兵部議事堂，召開了全軍少將以上的軍官會議，所有在京的將領都參加，會議由孫傳庭主持。
朱由校將大明國內劃分成六大軍區：管轄北直隸和山西山東河南及遼西的北方軍區，由周遇吉任北方將軍。管轄陝西，朵甘思宣慰司，烏思藏宣慰司的西北軍區，由滿桂任西北將軍。管轄四川，雲南，貴州的西南軍區，魯欽任西南將軍。管轄湖廣，廣東，廣西，江西的南方軍區，楊光皋任南方將軍。管轄南直隸，浙江，福建的東南軍區，趙率教任東南將軍。管轄黑龍江流域包括遼東的黑龍江東方軍區，曹文詔任東方將軍。
除了這六大軍區外，還設有海軍軍區，象顏思齊便是北海東海總督，包括濟州，新州在內的整個東海北海海域都是他的管轄範圍。而鄭芝龍則是南海總督，包括瓊州島，呂宋各島，越南及周圍的各處海域都是他的管轄範圍。至於張千方則因爲已經出洋而暫時沒有封號。
大明兵部參謀總部正式成立，盧象升任參謀總長，熊廷弼和楊光夔任副總長。白健森和李德林爲少將參謀官，帶領以下各級參謀員。
每個軍區按照其管轄範圍分配數量不等的常備軍，常備軍以師或者旅爲單位每三年一輪換，而將軍府及其下的各地分處則爲固定組成，這些都屬於護衛軍。
而除了護衛軍以外，各軍區還有由兵部直管的野戰軍。平時各軍區將軍負責野戰軍的訓練和後勤供應，但無權指揮野戰軍。如果有戰事發生，則由參謀總部派將領組成野戰兵團，但戰後會立即解散野戰兵團，這就讓各大軍區將軍無法將軍隊變成自己的私人部隊。
孫傳庭宣佈完畢後，朱由校開始講話：“建奴已滅，我們很多軍官擔心沒有仗打了，是不是要刀槍入庫馬放南山了。朕要說，我們還有很多仗要打，很多地方要佔，很多東西要搶。這話文官們不愛聽，好在這裡只有孫兵部一個文官，他沒有關係，他愛聽。”
衆將一起大笑鼓掌，都覺得皇帝這話實在是太妙了，不搶地方不搶東西打什麼仗，以前建奴搶我們的地方殺我們的人，我們就要反搶回去，反殺回去，這樣纔會爽。
朱由校等掌聲稍息，又接着道：“我們現在有兩個進攻方向，一個是向西北，一個是向東南。蒙古人已經沒有了當初的銳氣，但是他們佔着的地方太大了，北方的草原我們可以不要，因爲我們不擅長放牧。但河套之地，自古以來便是我中華領土，必須收回，此事朕已經知會了林丹汗，但林丹汗推託鄂爾多斯部不聽從其號令，無法讓出河套地區。”
“既然你們不能讓出河套地區，那我們就自己來取吧，所以下一階段我們在北方的重點便是復套。此事牽涉到北方軍區和西北軍區，參與戰鬥的軍隊將從這兩個軍區裡挑選，爭取在三年之內收復河套地區。”
“至於東南方向，便是東方領土的收回及海外領土的開拓。此事牽涉到東方軍區和整個海軍，東方領土由曹將軍負總責，北海艦隊予以協助。南方海外則由南海艦隊在南海經略的命令下行動，將整個南海變成我大明的內海，所有的有敵意的西方人都必須趕將出去。”
“朕負責提出要求，參謀總部負責制定計劃，協調兵力，組織軍隊和保障後勤，具體的戰鬥便要由各位將領來實施了。非軍功不得封爵，這是一條鐵律，相信不久以後，你們中會出現很多的伯爵，侯爵甚至公爵。”
衆將都大爲振奮，雖然封爵不是世襲，但這種榮譽對於大明人來說是具有致命的吸引力的。大丈夫在世，當憑手中刀槍，搏出個封妻廕子，纔不負這一世。
此次會議過後，便是繁雜的全國軍隊大調動。這次調動對於東方軍區和東南軍區倒是簡單，東方軍區全是新收回的地方自然是不必說，東南軍區原來的軍力已經差得無以復加，衛所裡十中留一已經算是很不錯的了。所以朝廷一紙詔令便將各個衛所關閉掉了，也相當於是重建，但其它軍區便沒有那麼簡單了。
第一個便是各地土兵的定位問題，這牽涉到了西南，西北和南方三個軍區，而其中最麻煩的便是西南軍區。自奢安之亂後，西南反叛土司已經被打怕了，而且在洪承疇的屠刀之下，大家也熄了造反的心事，只留下少量的土兵來供自己作威作福。而秦良玉的白桿兵則成了西南最多最強的一股力量了。
秦良玉被封爲忠貞伯，對她的忠心，朱由校因爲前世所知道的一些事，是絕對放心的，但其它的官員和將領則沒有這種信心。非我族類，其心必異這種觀念，以前是文官們唸叨得多，但現在武將也受了影響。所以魯欽專門提出了這個問題，要請皇帝和兵部一起給個準話，到底如何對待白桿兵。
朱由校道：”這件事你可以放心，朕早就給忠貞伯去了信，徵詢她的意見。她已經回信，願意讓白桿兵成爲西南地區的野戰軍，要徹底將西南地區安定下來，不打仗是不可能的，到時你麾下可就有了一支在當地戰無不勝的精兵可用了。“
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