衆人皆跪拜接旨，然後召開司以上軍官大會，討論近衛軍改制的事宜。
前面楊光皋等人已經將戰事過程詳細上奏給了皇帝，並且指出了現在軍隊面臨的主要問題：一是白刃戰有待加強，特別是多人對付一人的攻法，而且敵人攻擊一強就會出現潰散現象，二是指揮方法有待改進，三是醫官數量太少。朱由校強調，針對這些問題，各位軍官要羣策羣力，一起提出意見，彙總以後再報來。現在這份建議書已經交上來了，所以這次改制其實是近衛軍各級軍官的集體意見的結果。
朱由校宣佈道：“近衛軍全部重新打亂編排，保證每個參加過遼河戰役的老兵帶一到兩個未參戰的新兵，並選五百名習水性的士兵編成水營，前往泉州幫助張千方。淘汰一部分戰兵進入輜重營，每旗配備一個信號兵，營及以上軍官配備多個信號兵，各級軍官和信號兵統一集中學習信號指揮的細則。近衛軍改編成步兵營五個，騎兵營三個，炮兵營兩個，每個戰兵司設醫官兩名，另每營加設醫官兩名，重新編營以後，於京師附近進行野營拉練，並進行白刃對戰訓練。”
等大會散了以後，朱由校和近衛軍幾個營長以上的軍官開始開小會。首先，他拿出一支懷錶道：“這是西方的計時之器，叫做懷錶，把每天十二個時辰分二十四個小時，然後每小時分六十分鐘，每分鐘分六十秒，朕這裡有一箱子，你們先拿去，局以上軍官均要配備，至於使用方法朕會讓孫郎中的手下告訴大家的。”衆將大喜過望，時間的精確性使得戰術的運用可以更加多姿多彩，平日的計時方法複雜而且不精確，這種懷錶的使用，能夠大大增強軍隊戰力。
朱由校又取出一個望遠鏡，讓軍官們試看了一下，然後滿意地看着嘖嘖稱奇的軍官說道：“這個叫望遠鏡，可以看遠物，在行軍偵查作戰時都有很大作用，這個營以上軍官配備，斥候旗長也要配備，方法也讓兵仗局的人講解。這兩樣物事，對作戰當然是有極大好處的，但是要注意，最重要的是人，帶刺刀的燧發步兵只要陣形不亂，在相當甚至更多的敵人面前都是無敵的，所以陣形還要練，多練下行軍和作戰時的陣形變換，然後這次作戰中亂跑的士兵給他們一個機會，就不再用軍規處罰了，換一種方式，召集士兵開會，在會中必須要狠狠批評他們，讓他們自己做檢討，絕對不能再出現潰逃的情況，燧發兵潰逃後，戰場上就只能任人宰割了。”
此事交待後，朱由校開始詢問大家對遼東局勢的看法。
楊光皋首先發言：“王巡撫曾言，如若過河，則軍糧可取自海州，河東義民則會簞食壺漿以迎王師，且西虜可提兵四十萬而夾擊建奴。以臣等所見，廣寧軍裝備不齊，訓練不足，如若過河，其敗可期。至於義民縛敵將以迎王師只怕未必，臣可聽說瀋陽之漢民可是盛裝打扮將建奴迎接進城的。西虜哪來四十萬精兵，何況其狡詐異常，只想要朝廷賞銀，不足爲信。”
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曹文詔也道：“巡撫只想過河擊奴，已先後派遣五支部隊過河，均大敗而歸，逃回者百中無一，現廣寧軍中只巡撫一人以爲建奴即日可破，其它軍將均畏與建奴野戰，廣寧軍守城倒是可以，但出擊只怕不行。”
周遇吉的意見也差不多，覺得廣寧軍戰力差，王化貞想當然爾。
曹文詔本來來自廣寧軍，他的話應該代表了廣寧軍中的多數將士的看法，朱由校當然會重視，只是現在朝廷大臣們可不是這麼想的。於是朱由校要他們合寫一個奏摺，將廣寧情況做一說明，並提出自己的意見。
上次王化貞的建議被熊廷弼否決以後，深恨熊廷弼，把軍事全推託在熊廷弼身上。熊廷弼於是請朝廷警告王化貞，不得藉口有人節制，坐失戰機。此前，四方援遼的軍隊，王化貞全改名號爲“平遼軍”，遼人很不愉快。熊廷弼說：“遼人又沒叛亂，請改爲‘平東’或‘徵東’，以快慰遼人的心。”從此以後王化貞與熊廷弼矛盾益深。
八月初一，熊廷弼上書說：“三方面佈置的戰略的實施，必須聯絡朝鮮。請抓緊時間派欽差使臣去訪問朝鮮的君臣，讓他們徵發八道的全部兵力，在江面上設立連營，助我軍的聲威。”並舉薦監軍副使樑之垣，說他在海濱長大，熟知朝鮮的事情，可以充任欽差使臣。朱由校馬上就同意了，並且按照行人奉使的慣例，賜給一品官以示寵信。樑之垣於是上書提出加強他們的事權、確定自己職責等八條要求，朱由校也都同意。樑之垣正在和有關部門商議兵餉的事，王化貞所派遣的都司毛文龍已經襲取了鎮江，奏上了捷報。滿朝爲此大喜，立即命令登、萊、天津派出兩萬水師接應毛文龍，王化貞率四萬廣寧兵進據河上，和蒙古軍一起乘機進取，由熊廷弼在中間調度。命令下達以後，經略、巡撫所轄兵鎮相互觀望，熊廷弼根本沒辦法指揮王化貞，所以最終兩方都沒有出兵。
熊廷弼因爲毛文龍報功繞過了他，所以說：“三方兵力未集，文龍發之太早，致敵恨遼人，屠戮四衛（指金、復、海、蓋四衛），軍民殆盡，灰東山（指礦徒起義）之心，寒朝鮮之膽，奪河西之氣，亂三方並進之謀，誤屬國聯絡之算，目爲‘奇功’，乃奇禍耳。”這種說法就有點牽強了。朝廷大臣們看到他的疏言，多不信服，王化貞更不滿，屢次反駁熊廷弼對他的批評。
王化貞向朝廷許下諾言：“仲秋之月，可高枕而聽捷音！”意思是明年三月，即可取勝。而熊廷弼上言皇帝：“明諭撫臣，慎重舉止，毋爲敵人所笑。”兩人關係越來越僵。