浙直總督宋應昌指揮浙直各路大軍圍剿倭寇，在陳瀚協助下自寧波、紹興、松江、嘉興四府縣逐步向杭州灣圍剿收網。王安海陸啓航率南洋水師主力在杭州灣沿海配合陸路大軍進剿逃竄的倭軍倭寇。
大批倭軍倭寇被趕着朝杭州府逃去，陳瀚率兩萬義軍沿着浙東運河南北進剿，浙江參將駱尚志率萬餘官兵鄉勇向南越過會稽山進入諸暨縣一帶阻截倭軍倭寇流竄其餘府縣。
宋應昌從蘇州府率五千京營趕到嘉興府指揮各路大軍進剿，命浙江總兵侯繼高出兵湖州府德清縣一帶，又命浙江巡撫常居敬率杭州府官兵鄉勇阻截倭軍倭寇繼續流竄，宋應昌親率五千京營兵馬沿杭州灣北岸圍堵倭軍倭寇登陸流竄。
在舟山海戰中北逃流竄到杭州灣一帶的三千餘倭軍倭寇被王安海指揮南洋水師一路追殺落荒而逃，以大村純宜爲侍大將的倭軍倭寇紛紛向紹興府蕭山縣杭州府之間錢塘江入海口逃去。
隨毛利勝信浮海伐明的九州筑後國上妻郡大名筑紫廣門率六百家臣武士深入湖州府一帶劫掠，沒有接到毛利勝信撤軍令，筑紫廣門得知浙江總兵侯繼高率萬餘明軍殺來，慌忙帶着兩千餘倭軍倭寇賊寇向西竄逃進天目山中躲避。
浙江官軍大多被派到嘉興府寧波府兩線作戰，省城杭州府守軍兵力單薄，浙江巡撫常居敬臨時組織起三千官兵鄉勇巡防。
常居敬吸取杭州府於萬曆十年三月至五月接連爆發兵變民變‘浙二亂’前車之鑑，沒有從杭州城中招募遊手好閒之輩，而是從杭州府各縣招募獵戶及鄉勇巡防，已先支付一半糧餉，避免多事之秋再次發生變故。
萬曆九年三月，大明朝廷開始定各省兵馬錢量數減餉引發矛盾重重，積怨已久的杭州防汛（倭寇秋汛來襲）募兵不滿，募兵聚衆討要說法得到杭州官員接見安撫，但並沒有解決問題。
杭州衙差經常盤剝勒索貧民小商販，縉紳大戶勾結官府免去徭役，社會貧富等級差距加大，募兵中多是依附市井惡少（黑社會）遊手好閒之輩。
激進憤青生員丁仕卿等人商議趁機以變防汛火甲法，杭州百姓都恨嚴苛的防汛火甲法，丁仕卿進京上訪被安撫回杭州，剛回杭州就被抓捕下獄施以酷刑成爲杭州兵變民變導火索。
募兵最先譁變造反，混亂之中，數百名遊手、貧民、小商販紛紛在丁仕卿等激進份子領導下趁着兵變之際襲擊杭州城中縉紳四十戶，杭州府兵變民兵演化成暴亂，雖被迅速鎮壓下去，朝廷地方政府也開始實施緩和社會矛盾措施。
萬曆十九年（1591年）十月初一，京營各武官聽信流言誤以爲朝廷欲減其俸糧，紛紛聚衆衝入長安門，欲向內閣控訴。
正好遇上疏請裁冗員以裕經費的監察御史曾乾享兄長工部尚書曾同亨下朝到長安門，義憤填膺的京營武官們紛紛大聲嚷嚷大譁，對曾同亨圍而辱之。
眼看着大明天子腳下京營武官就要譁變，剛執掌兵部的兵部尚書石星聞訊火速請旨趕來，傳旨解散京營武官。掌後府定國公徐文璧被奪俸半年，守門官由法司提審問罪。
明朝中後期時常發生兵變，原因大多都是糧餉不能按時發放被剋扣。大明財政一向拮据，加上吃空餉，上下盤剝壓榨，底下兵士所得錢糧勉強夠維持生計。如今的大明就處在火山口之上，底下尖銳的矛盾隨時都會爆發。
陳瀚率水陸大軍直奔向紹興府蕭山縣趕來，命陳沖率五千陸師經湘湖以東趕到漁浦（義橋鎮），堵截大村純宜一夥倭軍倭寇沿富春江西竄作亂。
王安海陸啓航兩人率南洋水師從杭州灣一路追殺着倭軍倭寇逃進紹興府蕭山縣龕山與杭州府仁和縣赭山鎮之間的錢塘江口，（錢塘江入海口杭州灣一帶滄海桑田不斷變遷），松田一郎率一萬陸師在南岸對江中倭軍倭寇發起進攻。
大村純宜正被南洋水師一路炮轟追殺着向西逃來，見錢塘江南岸上出現大批東番守備府、陳字旗號大軍，大村純宜慌忙高呼下令道：“忒帶”
大大小小二十幾艘倭軍倭寇船隻紛紛朝着錢塘江北岸的杭州府仁和縣一側撤退，避開南岸的松田一郎發炮轟炸，北岸的京營行軍速度很慢，正從海寧縣城尾隨趕來。
夕陽西下，霞光萬丈，一身銀白鎧甲的陳瀚騎着一匹棗紅大馬率數千大軍剛從蕭山縣西興鎮穿街而過趕來，一名傳令兵跑來稟報道：“報，啓稟主公大人，倭軍倭寇正向杭州府城方向逃去。”
“命王安海率水師給我追上去”陳瀚當即下令道：“命松田一郎馬上趕來匯合，命陳沖分兵渡江在錢塘縣攔截倭軍倭寇向西逃竄。”
“是”三名傳令兵領命而去
駱尚志在諸暨縣北部一帶剿滅不少零星的倭軍倭寇以及趁機作亂的賊寇，得知陳瀚正率大軍圍剿大批倭軍倭寇向杭州省城殺去，駱尚志忙率軍北上直奔漁鋪趕來。
次日一大早，王安海率南洋水師銜尾直追大村純宜，大村純宜帶着三千殘兵敗將不斷遭到南洋水師發炮轟炸，倭軍倭寇船毀人亡，死傷不少，倭軍倭寇紛紛朝着杭州城東南逃來。
一身鬼頭獅面具足的大村純宜指揮着倭軍倭寇高呼鳥叫下令道：“快快趕到前面碼頭，通通棄船上岸。”
“嗨”使番傳令兵立即高呼傳達軍令：“侍大將有令：快快趕到前面碼頭，通通棄船上岸。”
倭軍倭寇將領紛紛高呼下令道：“快快趕到前面碼頭，通通放棄戰船上岸。”
杭州城東南的侯潮門城樓上，一襲緋袍官服上繡錦雞補子年近六旬，身形略微發福的浙江巡撫常居敬帶着一衆浙江三司官員正在觀戰，見大批東番守備府水師戰船從錢塘江下游追殺着不下兩三千倭寇朝着杭州城東侯潮門外江面逃來。
常居敬見倭軍倭寇被東番兵追殺得落荒而逃，更是慌不擇路，向杭州城東南侯潮門逃來，已是窮途末路，當即下令道：“傳令開城門出戰”
“是”棋牌官領命高呼下令道：“軍門大人有令，開城門出戰。”
侯潮門城門突然打開，吊橋放下，三千杭州官兵鄉勇紛紛衝殺出城來。
倭軍倭寇船隊紛紛在侯潮門外江北岸棄船登岸，大村純宜剛率着兩千餘倭軍倭寇登岸，一見杭州城中突然殺出三千明軍，大村純宜狂呼鳥叫道：“醒過（進攻）”
“醒過”倭軍倭寇將領紛紛拔出武士刀一片叫囂
面對前堵後追的明國大軍圍攻，大村純宜疾呼下令道：“駝子你給（衝鋒）”隨即帶着家臣武士衝殺上去
“駝子你給”兩千餘倭軍倭寇紛紛跟着大村純宜朝着杭州官兵鄉勇衝殺上去
“殺”三千杭州官兵鄉勇面對慌不擇路棄船逃上岸的倭軍倭寇紛紛奮勇衝殺，痛打落水狗的大好機會豈能不抓住，杭州官兵鄉勇一片士氣高漲，紛紛高呼着衝殺上去：“衝啊，殺光倭寇。”
衝殺在前的浙兵將領不斷高呼下令道：“放銃……”
‘砰砰……’三四百鳥銃手紛紛端着長長的鳥銃朝着衝上來的倭軍倭寇點火放銃，一陣槍聲過後，時隔很久才聽見稀疏的槍聲響起。
大明南方浙兵大批量裝備火器鳥銃，遼東明軍還未大量裝備鳥銃，明軍中普遍使用落後的三眼銃。鳥銃放火藥鉛彈也很費時，操作更是多有不便，性能與脫胎自葡萄牙人火繩槍的倭軍倭寇鐵炮相對較高，鐵炮槍管較短，射程也相對較短。
大村純宜高呼鳥叫下令道：“殺給給”
‘砰砰……’五六百倭軍倭寇鐵炮手紛紛朝着衝殺上來的杭州鄉勇官兵點火射擊，倭軍倭寇陣前槍聲大作，硝煙瀰漫開來。
衝鋒在前的杭州官兵鄉勇頓時死傷慘重，尤其是臨時組織起來的鄉勇紛紛衝殺在前更是傷亡慘重，慘叫聲一片：“啊啊……”
一名三十來歲身形高大威猛的鄉勇將領身穿鎖子甲左手臂中彈流血不止，咬牙忍痛帶着數百鄉勇與倭軍倭寇揮刀奮勇砍殺，身邊着兩員身穿鎖子甲的小將與衝殺上來的倭軍倭寇拼殺在一起：“殺，殺光倭寇。”
數百鄉勇手中刀弓不斷朝着倭軍倭寇砍殺放箭，給予倭軍倭寇不小殺傷，兩員的小將同那員鄉勇猛將所向披靡，帶着數百鄉勇殺得倭軍倭寇盡招架不住，紛紛朝後退去。
只見那員鄉勇猛將手中大刀上下翻飛砍殺着左右殺傷來的倭軍倭寇，朝着身邊兩員小將叮囑道：“當心倭寇鳥銃”
“是，爹”父子三人帶着數百鄉勇越戰越勇，一路所過殺得倭軍倭寇紛紛退避。
“八嘎”大村純宜見數百甲冑不全的明軍在一員猛將率領下所向披靡，殺得手下死傷慘重，氣憤不已怒喝下令道：“幹掉那員明國將領”
“嗨”一衆倭軍倭寇將領帶着數百倭軍倭寇直奔向數百鄉勇殺來，沿途官兵被來勢洶洶的倭軍倭寇殺得紛紛退避三舍，倭軍倭寇所向披靡，直奔向父子三人率領的鄉勇殺來。
“爹，倭寇衝我們殺來了。”身形高瘦，一身鎖子甲罩着曳撒的小將挽着高髻見來勢洶洶倭軍倭寇疾呼道：“官兵都抵擋不住，我們快撤吧。”
“撤什麼撤”那員猛將揮着大刀疾呼道：“都跟我陳大虎衝上去，殺光倭寇。”
“衝啊”數百鄉勇跟着陳大虎父子三人揮着大刀衝殺上去
“駝子你給”倭軍倭寇紛紛鳥叫着手握寒光閃閃的武士刀衝殺過來
杭州官兵遇到被陳瀚追殺得瘋狂的倭軍倭寇悍不畏死進攻，大部分紛紛朝着侯潮門城門敗退，只剩下不到一千餘鄉勇官兵被倭軍倭寇纏住脫不得身，拼死抵抗。
正在城樓上觀戰的常居敬見官兵不敵紛紛敗退下來，文官出身的常居敬那會領兵打仗，慌忙疾呼下令道：“快發炮助威，不能讓倭寇殺到城下。”
棋牌官忙傳令：“軍門大人有令，發炮助威。”
城牆上的炮兵忙操作佛朗機炮裝填火藥炮彈，炮兵將領高呼下令道：“放”
“九州義統”大村純宜一見陳瀚大纛上的陳字圖騰旗號，驚得不輕，疾呼下令道：“忒帶”
“忒帶”倭軍倭寇紛紛跟着大村純宜撤退出侯潮門外戰場朝着西邊的玉皇山逃過去