明朝精銳大軍正在寧夏如火如荼進行平叛，寧夏巡撫朱正色、甘肅巡撫葉夢熊、監軍御史梅國楨，大將劉承嗣、董一奎、李如鬆先後抵達。六月初，明軍再次發動攻城，仍連戰不下寧夏鎮城。
四鎮總督魏學曾派使者葉得新招降哱拜叛軍大將劉東暘、許朝，命二人殺死哱拜父子以贖罪。劉東暘、許朝等叛將將計就計，誆騙使者葉得新入城，打斷使者葉得新小腿，關入獄中。
劉東暘、許朝等叛將要求官軍再派使者商議，寧夏巡撫朱正色認爲叛將有心歸降，派曾經總管寧夏軍的張傑進城招降。結果葉得新罵賊遇害，張傑也被扣壓。
魏學曾、朱正色招降叛軍大將不成，卻無心插柳柳成蔭。叛將百戶姚欽、武生張遐嶺等見叛軍難成氣候，在寧夏鎮城中用箭將一信射到城外，相約爲內應，半夜點火爲信號。
火點後，城外的官軍未到。官軍兩次上當，也不敢輕信叛軍再次上當。投誠叛軍將領與姚欽同謀的五十餘人被殺死，姚欽慌忙縋繩出逃城外明軍大營。
哱拜叛軍對進剿官軍假意要求撫卹以爲緩兵之計，暗地裡與盜匪勾結，然而城中糧食已吃完，形勢更爲不利。魏學曾因請求安撫叛軍，被皇帝朱翊鈞嚴詞責備。
七月，魏學曾與葉夢熊、梅國楨定下計策，決黃河堤壩，以水灌城。黃河水衝到寧夏鎮城下。河套諸部著力兔歹成臺吉、莊禿賴率三萬騎兵進犯定邊、小鹽池，以鐵雷爲前鋒，另派宰僧領一萬騎兵從花馬池西沙湃口進攻，聲援哱拜。
麻貴在右溝成功將其阻擊，使其分路赴下馬關及鳴沙州。魏學曾命遊擊龔子敬扼守沙湃口，徵延綏總兵官董一元搗毀鐵雷巢穴，斬首一百三十餘級，河套諸部大驚而走。在沙湃口包圍龔子敬，龔子敬戰死。
寧夏哱拜叛軍至此失去外援，被迫困守寧夏鎮城，拼死抵抗，明軍也沒有立即展開進攻，只等城中叛軍內訌生變，再一舉攻克寧夏城。
朝鮮使節李德馨奉命趕到遼陽城屢次上書明朝遼東巡撫郝傑，並在巡撫帳下日夜痛哭不走，堪比申包胥哭秦庭。隨着朝鮮王李昖君臣渡海內附大明，大明朝廷開始接手朝鮮軍政事務。
朝鮮八道淪陷，只剩下平安道北部靠近大明遼東都司鴨綠江一帶被寬甸副總兵佟養正出兵奪回，咸鏡道已被加藤清正第二軍團攻陷，朝鮮世子李琿率領的分朝逃亡被囚訥殷部，朝鮮名存實亡。
大明朝廷內部寧夏叛亂尚未平定，又不得不接手朝鮮爛攤子，以兵部尚書石星爲首的主戰派提出：“倭寇之圖朝鮮，意實在中國，而我兵之救朝鮮實所以保中國。”
內閣代首輔趙志皋按照皇帝朱翊鈞旨意命兵部尚書石星調兵遣將出戰，大明朝廷出現兩種軍事分歧，朝廷以次輔張位、兵部尚書石星爲首，地方以及遼東巡撫郝傑爲代表提出從遼東出兵進攻侵朝日軍，張位提出吞併朝鮮未獲準。
朝廷以首輔趙志皋、戶部尚書楊俊民爲首，地方以浙江巡撫常居敬、福建巡撫張汝濟、臺海遊擊將軍陳瀚爲代表提出浮海征伐日本，直搗黃龍，永絕後患。
大明朝廷內部爲援朝還是徵倭展開激烈辯論，朱翊鈞、趙志皋君臣順勢引導，成功將朝臣目光從立儲一事上轉移到朝鮮戰事上。
朱翊鈞下旨兵分南北兩路大軍進攻日本本土及侵朝日軍，北路以遼東巡撫郝傑爲總理徵倭大軍糧草輜重，遼東總兵楊紹勳率遼東兵五千出征朝鮮倭寇，並節制朝鮮兵馬。同時徵調建州衛左都督努爾哈赤五千建州兵，共計一萬兵馬。
南路爲徵倭主力，以福建巡撫張濟汝爲徵倭總理，坐鎮福州調集糧草輜重。啓用前狼山副總兵老將陳璘暫代徵倭總兵，統率浙江、福建、兩廣兩萬五千大軍浮海征伐日本本土，直搗黃龍。
朱翊鈞下旨命臺海遊擊將軍陳瀚爲徵倭水師提督（臨時官職），統率臺海遊擊將軍府三萬大軍協助徵倭總兵陳璘渡海征伐日本。並許諾攻滅日本後，封陳瀚爲東瀛大都督，統兵鎮守東瀛，永絕倭患。
臺海遊擊將軍府治下也開始熱鬧起來，從國朝不斷渡海前來臺海的遊俠多不勝數，明朝俠風盛行，最出名者當屬掌控大明朝政的邵大俠。
邵大俠曾自請協助徐階起復，徐階不納，後轉投高拱。最終協助高拱再入內閣，掌控朝政。高拱下臺之後，邵大俠爲張居正不容所殺。
東洋商行招募探險隊告示在國朝沿海各城一經張貼，遊俠兒、江洋大盜等藝高人大膽之徒紛紛聞訊渡海趕來臺海城，應聘者如雲，不下三千餘人。陳瀚指示毛文龍、曾大牛悉數招募進探險隊。
東洋商行迅速組建起來，擁有武裝戰船三十八艘，武裝人員三千餘人，都是些藝高人大膽的窮兇極惡之徒，更有不少是在國朝行兇逃出海的通緝犯，紛紛被陳瀚收入麾下東洋商行武裝殖民探險隊。
東洋商行總部設在臺海城，在李建秀、毛文龍、陳申、曾大牛主持下在淡水縣港口碼頭舉行放洋儀式，曾大牛、毛文龍爲武裝探險隊隊長兼總管事，兩人分別統率十六艘新式福船武裝船隊搭載佛朗機炮放洋出海北上琉球國。
陳申也帶着兩千餘挑選的強壯軍民及數千石糧食、土豆種、紅薯種，隨行北上，準備在蝦夷建立據點，阻止豐臣秀吉向蝦夷大舉擴張，從北方牽制臣服於豐臣秀吉的最上氏、南部氏及伊達氏兵力。
負責統率南路徵倭大軍進攻日本本土直搗黃龍的暫代徵倭總兵陳璘從老家韶州府翁源縣帶着數百家丁親兵南下廣州府，帶着兩廣五千精兵北上福建省城福州，深諳官場的陳璘忙去拜揭上司福建巡撫張汝濟商議出兵征伐日本之事。
張汝濟對陳瀚不前來福州府拜揭自己頗爲不滿，更是對陳瀚擁兵割據海外，不斷招收逃亡軍戶、流民遷徙海外不滿。以右副都御史巡撫福建的張汝濟接連不斷往死裡上奏彈劾陳瀚不法之事，但都猶如石沉大海沒了迴音。
張汝濟向陳璘面數陳瀚不法之事，向陳璘面授機宜，要求陳璘依計行事。貪財的陳璘自己就沒少幹違法亂紀之事，早已深諳官場的陳璘滿口應承着張濟汝，隨即率一萬餘大軍渡海前往臺海城。
浙江參將駱尚志、左營遊擊將軍陳寅（又稱陳烎）、右營遊擊茅國器、福建水師千總沈有容、千總王望高等東南沿海驍勇善戰將領紛紛率軍渡海趕來臺海城匯合。
渡海前來的明軍被陳瀚派李阿嵐安置在新設置的淡水縣縣城外，大明水師戰船紛紛停泊在擴建後的淡水港中，明軍在淡水城外連營數裡，淡水縣的治安問題也凸現出來，幸得陳瀚派一千大軍前往淡水縣維持治安。
臺海遊擊將軍府大堂中，南路徵倭大軍各省將領紛紛趕來齊聚一堂，王旭帶着侍衛忙着爲一衆將領斟茶。
一身山紋甲身披大紅披風，花甲之年的老將陳璘帶着六名親兵虎虎生風進大堂來。
“標下恭迎總兵大人”一衆將領紛紛起身見禮，陳瀚站在左下方也跟着衆將恭迎見禮，見徵倭代總兵陳璘鬍鬚都白了，倒是老當益壯，走路都帶風。
“衆將免禮”陳璘大紅披風一揚端坐上位，六名親兵立於左右下方，陳璘目光掃視衆將問道：“臺海遊擊將軍陳瀚何在？”
陳瀚忙出列見禮道：“標下在”
陳璘打量着未及弱冠的陳瀚問道：“陳遊擊打算出兵多少啊？”
“五萬大軍”
“五萬，這麼多。”衆將聞言無不驚歎不已，國朝一時都難以調集五萬大軍，陳瀚一個鎮守海外的遊擊將軍居然有如此雄厚實力。陳瀚這個臺海遊擊將軍就有些不倫不類，說是國朝將領，卻又與土司相似。
陳璘原本不過是想試探一番，看看這位本家是何居心，陳璘聞言深感震驚問道：“可是實數？”
“正是”陳瀚忙稟道：“標下接到朝廷渡海徵倭軍令後，已先期派遣三萬大軍前往琉球國，尚有兩萬大軍隨國朝大軍渡海前往琉球國，標下已在琉球國今歸仁城建立輜重補給地，只待朝廷大軍渡海趕來。”
陳璘長滿皺紋的老臉爲之一喜讚賞有加道：“想不到陳遊擊早已部署周詳，老夫倒也省心了。”
“聽聞陳遊擊是在東瀛起兵，爲豐臣秀吉所敗才浮海南下據有東番。”卻見一名五十來歲身形較瘦的老將看向陳瀚笑容滿面道：“此番朝廷大軍渡海征伐倭國，陳遊擊應該是期待已久了吧。”
陳瀚目光看向一張瘦猴臉透着一股陰狠勁的老將，一將成名萬骨枯，在場一衆武將誰不是靠着軍功摸爬打滾爬上來，沒有股狠勁如何能上位，陳瀚朝着那員老將問道：“不知這位老將軍如何稱呼？”
“福建水師千總王望高見過陳遊擊”王望高朝着陳瀚拱手見禮，眼神中卻是帶着一絲不滿，陳瀚與福建水師提督施德不對付，福建水師將領自然對陳瀚多有不滿，向上司提督施德看齊不會有錯，否則以後還怎麼在福建水師中混下去。
陳瀚恍然大悟，尷尬笑道：“原來是王千總，我說怎麼這麼眼熟啊，原來我們早已有過一面之緣，幸會啊，王千總。”
“幸會”王望高也是尷尬一笑，心說幸會個屁，我們福建水師都被你小子罵跑了，還被趙軍門調到浙江避開你小子。
駱尚志帶着幾名浙江將領上前朝着陳璘單膝跪拜見禮道：“標下浙江參將駱尚志（遊擊將軍陳寅、遊擊將軍茅國器、……）參見總兵大人”
陳璘忙揮手示意道：“衆將免禮”
“謝總兵大人”駱尚志隨即帶着陳寅、茅國器起身回坐
“我豈有不知”陳瀚見一衆將領紛紛叫嚷着願爲先鋒直搗黃龍，心說就你們這點兵力能在九州站穩腳跟就不錯了，豐臣秀吉在名護屋十五萬預備役是吃素的。