西班牙遠征軍總指揮官達斯麻雷那斯留下胡安·德薩爾塞多統率兩千西班牙大軍及不斷招募的一萬餘以漢奸爲主的僕從軍鎮守福建沿海。
胡安·德薩爾塞多以福建省城福州爲指揮部，加強對福建沿海府州縣控制。西班牙遠征軍主力北上進攻浙東沿海後，胡安·德薩爾塞多也開始調集五千大軍，徵集五十餘艘平底戰船親自領兵沿閩江逆流北上進攻福建巡撫許孚遠等福建文武駐守的延平府。
福建巡撫許孚遠也正在積極籌備收復省城福州計劃，福建總兵王尚文遲遲還未趕來上任，原因是總兵王尚文得知老家寧波府被西班牙大軍攻佔，朝廷正調集各省大軍與西班牙大軍在浙江作戰，王尚文剛到金華府就掉頭了。
福建巡撫許孚遠下令緊急抽調建寧、邵武兩府三千官兵鄉勇趕來延平府城南平，在新年過後總算是集結了五千餘福建軍民，許孚遠接到剛從福州府逃來的文武百姓彙報西班牙大軍主力北上進攻浙東，許孚遠決定率五千餘福建軍民順江而下收復福州城，儘量彌補喪師失地大罪，同時派人進京請求一衆浙江老鄉朝中重臣幫着轉圜求情。
正月初二，胡安·德薩爾塞多也統率五千西班牙軍及僕從軍沿閩江逆流北上，正好與順江而下的福建巡撫許孚遠統率的五千餘福建軍民先鋒船隻在大溪匯入閩江河口水口鎮相遇，五十餘艘西班牙大軍戰船紛紛停止繼續前進，在水口擺開陣勢迎戰。
水口上游九龍山下的谷口鎮（今黃田鎮）江面上，不下六十艘福建明軍大小戰船正在谷口鎮碼頭稍作停泊補給休整，接到先鋒船隊派人來報西班牙大軍不下五十艘戰船正逆流而上殺來，許孚遠忙下令迎戰。
福建明軍戰船都是些較小的漁船商船爲主，艦炮以大將軍炮爲主，還有不少佛朗機炮爲輔。明軍順流作戰比逆流作戰的西班牙大軍有利，但艦炮射程不及西班牙大軍裝備較少的艦炮。
一艘高大的平底沙船上，一身山紋甲身形高瘦年過半百的福建巡撫許孚遠身披大紅披風，一張長滿皺紋的國字老臉，幾縷花白鬍須在呼呼作響的江風吹拂下輕飄，頗有幾分仙風道骨。
許孚遠本是書生，雖在廣東任上帶兵擒獲過七十名倭寇，但面對來勢洶洶的西班牙大軍入侵根本來不及反應就被兵臨福州城下，福州城破只能帶着福州文武殘兵敗將逃往延平府，福建水師提督施德政、都司劉彥等相繼戰死殉國，許孚遠只能親自帶兵上陣督戰。
許孚遠指揮着官兵鄉勇駕船順流而下殺來，見在水口擺開陣勢的西班牙大軍戰船高大，前方的十幾艘大船上都配置有令福建文武膽顫心驚的艦載加農炮，許孚遠與福建文武認真總結福建水陸大軍與西班牙遠征軍作戰失敗原因，深知對方艦載加農炮射程比己方大將軍炮更遠。
“傳令下去，馬上準備十幾艘火船。”許孚遠決定艦炮射程不足用計謀破敵。
“是”旗牌官領命忙趕去傳令，明軍將士忙準備火船作戰。
一艘高大平底沙船上，胡安·德薩爾塞多看着順流衝殺來的福建明軍大小戰船衆多，不敢掉以輕心，高呼下令道：“炮兵準備”
西班牙炮兵忙操炮對準正順流殺來的福建明軍戰船，卻見福建明軍戰船後陣突然衝殺出十幾艘小船，小船正飛快順流衝殺而來，十幾艘小船突然起火，冒着濃煙直奔西班牙戰船襲來。
“火船”胡安·德薩爾塞多一臉震驚不已，手中十字劍劍指火船狂呼下令道：“快開炮幹掉火船，別讓火船靠近，快開炮。”
‘轟轟……’西班牙炮兵紛紛發炮炮擊江面上的十幾艘火船，不少火船被擊沉。
許孚遠正指揮着福建官兵鄉勇趁着西班牙炮兵開炮對付火船來不及再次發炮順流快速衝殺下來，許孚遠拔出腰間佩劍高呼下令道：“發炮進攻”
明軍將領紛紛高呼下令道：“放……”
‘轟轟……’順流衝鋒的福建明軍戰船紛紛發炮炮擊西班牙戰船，頓時打得西班牙陣前戰船損失慘重，戰船上的艦載加農炮被炸得橫七豎八滾落墜江，砸死砸傷西班牙將士不少，慘呼聲不絕於耳：“啊啊……”
西班牙船隊頓時混亂不堪，漢奸僕從軍見勢不妙紛紛掉頭就跑，胡安·德薩爾塞多看着上游瘋狂衝殺下來的福建明軍已經衝近前方戰船，前後陣漢人僕從軍戰船竟然紛紛開溜了，氣得直跳腳怒罵道：“該死的漢人僕從軍”
胡安·德薩爾塞多沒心思去管開溜的漢奸僕從軍，正全力迎戰福建明軍駕船進攻，狂呼下令道：“開炮，快開炮幹掉明軍戰船。”
福建明軍鄉勇都是邵武建寧兩府戰鬥力較強的山民組成，平時就沒少爲了各自村寨家族利益爭鬥幹架，戰鬥力很生猛，再加上水戰是福建人特長，更是對閩江航道上的淺灘漩渦激流暗礁瞭如指掌，在雙方兵力裝備相差無幾下不懼西班牙軍及其僕從軍。
福建明軍將士中有不少是海壇海戰逃回來的福建水師將士，福建明軍武將大多戰死殉國，文官們也都硬着頭皮上陣，四十來歲一身戎裝的福州知府王士琦在陣前統領福建明軍衝鋒作戰，王士琦揮劍高呼道：“衝上去，準備接舷戰。”
許孚遠在後陣坐船大沙船上看着奮勇衝殺上去的大軍戰船已經開始接舷戰，官兵鄉勇紛紛跳上西班牙戰船與一千餘西班牙兵拼殺起來，西班牙大軍戰船編隊中不下三十艘戰船紛紛掉頭逃奏，原本信心不足的許孚遠頓時猶如打雞血般高呼下令道：“都給本官衝上去，殺光大弗朗機夷寇，衝啊。”
“衝啊”後陣只剩下兩艘戰船護衛軍門許孚遠坐船左右，忙跟着許孚遠駕船衝殺下去。
胡安·德薩爾塞多親自率一千餘西班牙兵及數百呂宋僕從軍二十幾艘戰船迎戰衝殺下來的福建明軍戰船，福建明軍將士趁着接舷戰紛紛扔出飛爪抓住西班牙戰船船舷，一躍而起上到西班牙戰船同西班牙兵攻殺起來。
許孚遠親自指揮坐船衝鋒作戰，福建明軍將士倍受鼓舞，頓時士氣高漲，越戰越勇，殺得西班牙兵死傷慘重，同時自身也損失慘重，西班牙兵被兵力雄厚的福建明軍殺得難以招架。
許孚遠忙派人星夜兼程頂着寒風雨雪宋捷報前往北京向朝廷報大捷，水口之戰被福建文武誇大成大捷，意圖將功補過。許孚遠對收復福州城信心倍增。