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鑑於盧曉航的經驗，宋獻策緊急準備了一支防疫部隊，這支防疫部隊由清風帶隊，臨走之前盧曉航交給了他用麻布矇住口鼻做口罩的方法，並告訴他，接收城市時，必須要在每一處街道噴灑石灰水。
說起石灰在中國七世紀便開始應用了，李時珍更是將這種東西列到了《本草綱目》之中。所以原料倒是不用發愁。石灰水具有消毒殺菌的作用，是一種低成本的消毒製品，相當於今天的八四消毒液。
另外盧曉航命人在江南大量收集防疫的藥材，開始向京師運送，寧可信其有不可信其無，萬一京師真的又瘟疫，河洛軍沾上可就要全軍毀在瘟疫之上了。
盧曉航還告訴清風，要在京師的各處修建公共茅廁，盧曉航可是知道，到了後世的解放之前，京師的衚衕裡還會每天有人提着夜壺倒在街面之上，解放之後修建了廁所這種情況纔好一點。所以修建公共茅廁迫在眉睫。
這一個建議被宋獻策果斷的拒絕了，宋獻策的理由便是，誰也不會閒着沒事去大街上倒糞便，現在地裡的肥料都不夠，京師的每一處都有搶着收糞的農戶，所以修建公共茅廁沒有什麼用處，盧曉航說的那種情況絕對不會出現。
盧曉航這纔想起來，現在大明還是以農業爲主的國家，京師府中的廁所都能作爲人情送給鄉下人的，不像後世的時候一處四合院裡住了十多戶人家，人都擠不開更別說廁所了，所以只能往大街上潑灑了。據說解放前同仁堂的夥計每天早晨起來的第一件事就是將自己門前的糞便清掃乾淨，由此可知隨地潑灑糞便情況有多麼嚴重了。
不過這個時代好多了，正如宋獻策所說的，糞便都是地裡的寶貝，隨地潑灑糞便就跟隨地扔糧食一樣是敗家子的行爲。
清風帶着防疫軍走了，這支部隊雖然只有幾百人的規模，卻承擔着重大的人物。
與此同時，盧曉航下令大明各地開始進行防疫工作，當然現在大明治下的百姓只能勉強吃飽，對他們談防疫實在是有點早了，但是這種事情必須要慢慢發展的，若是等天下統一了再發展可就太慢了，最少要現在他們心裡種下防疫的種子，而且阮大鋮現在可是巡視各地，這種事情他們也不敢違抗聖意，只要養成了防疫的意識，這大的瘟疫便不會在整個大明蔓延。
當然江南之地肯定是要先作爲實驗的地方開始施行的，畢竟他們比較富庶，今年盧曉航大婚又免了他們一年的賦稅，他們閒下來的時候便要開始普及防疫知識，這一點盧曉航命令姜曰廣去辦了，至於那些大夫擔心自己家的秘方外傳造成醫術泄密不肯傳授真的本事怎麼辦，那就看姜曰廣的手段了。
十天之後盧曉航開始啓程向着京師進發，史可法也和南京的文武開始啓程，在他們這些老臣的心中，北京纔是大明的京師，南京只不過是一個陪都，只有被貶出京師的大臣纔會送到南京養老，所以一聽說進京都很高興。這纔是飛黃騰達，中興大明的事情，至於有人說的故土難離，不過是因爲官做的不夠大罷了。
盧曉航想到史可法進京，苦笑一聲，史大人，揚州十日保衛戰是沒你什麼事了，這揚州城可沒你的紀念碑了，你若是在京師演一出，到了後世可是在天子腳下，到時候紀念碑可就值錢了，我可只能幫你到這兒了。
史可法當然沒跟盧曉航走在一起，只是在路上憑空打了幾個噴嚏，還在想難不成是路上受了涼？
盧曉航在二十天之後趕到了京師的範圍，看着永定門的大門，感概異常，自己第一次來這裡的時候是因爲着急救莫秋蝶，所以根本沒來得及仔細看着永定門的城門。第二次來的時候，崇禎站在這永定門上，斬殺了陳奇瑜全家，逼反了陳奇瑜，這才導致了他吊死煤山，李自成佔了京師，這一次來，想不到京師竟然屬於自己了，真是世事無常，變幻萬千。
周奎和朱純臣跪在城門之前都快哭了，自己這一輩子都混成三姓家奴了，遺臭萬年是跑不了了，更加嚴重的是，人家當奸臣都是大富大貴，自己當貳臣卻混得如此落魄，早知道還不如早點陪着崇禎死了，還能留下一個忠臣之名。
這一次回京師，盧曉航身邊帶着朱媺娖和朱勝楊，他們兩個一個是崇禎皇帝的女兒，一個是建文帝的後人，倒是算得上皇親國戚，這樣一來盧曉航也不至於被人稱作孤家寡人，再說若不是蜀中需要一個聲威俱全的人守衛，自己早就將朱至澎調過來了，畢竟他家做了幾百年的蜀王，若是自立簡直就是發一道文書的事，不過盧曉航相信他，所以一直讓他守衛川蜀之地。
朱媺娖看着朱純臣冷笑一聲：“朱將軍當初可是倒在了血泊之中啊。”說着又轉過頭：“外祖父，聽說李自成一進京師你便將你自己的親外孫全都交了出去。”
兩個人頭都大了，這個小祖宗怎麼回來了，人人都知道，崇禎皇帝最寵這個小女兒，所以她養成了刁蠻任性的性格，更是時不時帶着人溜出宮門，假稱微服私訪，崇禎不但不生氣，反而很高興，所以朝中的大人們幾乎都認識長平公主。
朱媺娖接着說道：“朱慈烺被你們勸着登基爲帝，我那兩個哥哥呢。”
當初李自成攻進京師的時候，崇禎將朱慈烺、朱慈炯和朱慈照三個兒子全部送到了國丈周奎的府上，誰知道李自成剛一進城，周奎便前去告密，李自成派人來到了周奎的府上拿人，周奎還裝作誓死護衛的樣子，但是暗中卻將他們全都交了出去，這些全都被皇家天字號侍衛看在了眼裡，現在天字號侍衛全都在朱媺娖手下，所以朱媺娖自然知道怎麼回事。
但是朱慈烺不知道怎麼回事，所以他登基爲帝之後不但沒有怪罪周奎，還以爲他是一個大大的忠臣重用了他。