凌晨，5:00，全息會議室。
碇司令坐在一片黑暗之中，冬月副司令站在他的身旁，在他們二人的周圍，黑暗的虛空中漂浮着十二塊黑色的墓碑，每個墓碑上面都有一個鮮血一般赤紅的編號，從01一直到12，再加上碇司令這個“13”，正好象徵着耶穌的十三位門徒。
01基路議長：“約定的日子到了，碇源堂。”
碇司令：“人類應該邁向更加光明的未來，EVA就是爲此而存在的。”
碇司令使徒說服SEELE，但是SEELE不爲所動。
12：“這是爲了讓閉塞的人類獲得新生的必要儀式。”
07：“毀滅的宿命中也包含着新生的喜悅。”
03：“爲了讓神、人與其他所有生物通過死亡融爲一體。”
01基路議長：“死亡，將孕育新生。”
碇源堂：“死亡，什麼也孕育不了。”
01基路議長：“死亡，就給予你們吧！”
話音落下，十二塊墓碑全部消失了，黑暗的虛無中只剩下了碇源堂和冬月。
冬月面色沉重：“談判破裂了啊。”
碇源堂面無表情：“預料之中。”
……………………
6:00
當手機鬧鈴響起來的一瞬間，李曉猛然睜開了雙眼。
此時，李曉正躺在NERV四層的某間臥室中，自從碇司令發佈了“禁止所有人員進出本部”的命令後，李曉和美里他們就睡在了本部中。
鬧鈴是由佩琪控制的，李曉醒了後，鬧鈴就自動停止了。
李曉在牀上慢慢坐起身子，神情嚴肅的盯着前方不知名的某處看了一會兒，似乎是在想什麼事情，一點都不像是剛剛睡醒的樣子。事實上，昨天晚上李曉並沒有睡好，幾乎是一夜未睡，因爲李曉的“HAPPYEND補完計劃”終於走到了最後，最後的終焉之戰即將來臨。
李曉扭頭看了一眼牀頭櫃上的手機，張口問：“佩琪，已經開始了？”
佩琪的聲音隨即響起：“開始了。”
佩琪說完，整個NERV突然響起了刺耳的警報聲……
“嗡——嗡——嗡——”
整個作戰大廳在警報聲中忙作一團，日向誠、青葉茂、伊吹瑪雅，三個人在各自的崗位上神色緊張的忙碌着，美里幾乎是以百米衝刺的速度跑進作戰大廳，進來後第一句話就問：“發生了什麼？！”
日向誠回過頭大聲回答：“有不明終端入侵本部網絡！”
青葉茂：“所有外界終端都有數據入侵，連接外界的所有線路正在被不斷切斷！”
美里的臉色瞬間陰沉下來：“網絡戰……想讓我們變成瞎子和聾子嗎？對方是衝着MAGI來的。”
伊吹瑪雅：“檢測到攻擊數據來源！”
美里扭頭看過去：“是鬆代的MAGI二號機嗎？”
伊吹瑪雅：“不止，檢測到至少五種MAGI型機組！”
“五種？！”美里大吃一驚。“SEELE這次真是下了血本了。”
伊吹瑪雅：“現在，赤木前輩正在MAGI內部署防禦系統！”
“律子……”美里快步走到第二層邊緣，向下面看了看第三層那三臺超級計算機，此時，律子就在那裡面。
這時，日向誠忽然像是發現了什麼了，臉上露出不敢置信的驚愕表情，他愣了一小下，然後急忙向美里彙報：“入侵終端傳來一份來自第二新東京市的A-801通牒！”
美里疑惑的一皺眉，立馬湊過去看向日向誠的屏幕：“A-801？”
“廢除特務機關NERV的一切法律保障，現裁定NERV爲非法組織，並將其移交給RB政府指揮。”日向誠快速的解釋說。
美里飛快的讀完這份通牒，用力的咬了咬牙：“看來這是最後通牒了。”
聽完日向誠的解釋，伊吹瑪雅不禁露出驚恐疑惑的表情，這個可憐的女孩兒還被矇在鼓裡：“爲什麼政府要這樣做？爲什麼要突然取締NERV的合法身份？”
美里看了伊吹瑪雅一眼，沒有解釋，但事實上她心中卻十分清楚，這一切都是SEELE所爲，SEELE的目的就是佔領本部，搶奪EVA、亞當和莉莉絲，因爲如果想要完成人類補完，發動第三次衝擊，亞當和莉莉絲是必不可少的。對MAGI的入侵還僅僅只是開始，真正的動作還在後面。
果然，在網絡戰打響之後，地面戰也隨之開始了。
刺耳的警報聲再次響起，大屏幕上，一塊接着一塊外部監視器的小屏幕變成雪花，失去聯繫。
“第七到第十八觀測站失聯！”
“強羅防線附近發現一支不明炮兵部隊！”
“御殿場附近發現兩支不明步兵大隊！”
“三島方向偵測到三支航空中隊正在快速接近！”
在一份又一份的敵情報告中，碇司令依舊面沉如水的坐在他的位置上，冬月副司令像往常一樣站在他的身旁，不緊不慢的說：“果然，人類最後的敵人還是人類。”
然後，碇司令發佈了命令：“全員，進入第一戰鬥部署。”
伊吹瑪雅聽後大吃一驚，難以置信的小聲說：”第一戰鬥部署？可是對方又不是使徒，同樣都是人類啊！”
日向誠看了她一眼：“對方可不這麼想。”
NERV本部，這座要塞在建立之處就是爲了對抗使徒，面對使徒NERV是一座堅不可摧的堡壘，可是面對人類，它卻脆弱的不堪一擊。人類雖然沒有永恆的生命和強大的AT力場，但是人類比使徒更懂得如何殺人。
戰鬥開始後，局面幾乎是一邊倒的，面對精銳的第一師團。NERV那點可憐的防禦能力毫無招架之力。作戰大廳中，NERV各處失守的消息一份接着一份傳來。
“南部中轉站失守！至少一個大隊的敵人入侵！”
“合嶽隧道失去聯繫！”
“五號輸送管道發生爆炸！”
“入侵部隊已突破本部第一層！”
美里眉頭緊皺的聽着這些戰報，快速部署作戰命令：“西館的敵人只是幌子，命令那裡的守衛迅速撤出，炸掉整個第二十四通道。對方的目標是EVA的話，就一定會鎖定駕駛員。”美里扭頭看向日向誠。“讓真嗣迅速登上初號機！”
日向誠：“明白！”
然後，美里又擡頭問青葉茂：“麗和曉呢？”
青葉茂：“目前未發現第一適格者，綾波麗下落不明！”
“什麼！”美里驚愕的微微睜大眼睛，隨後命令道。“快點找到她！待在EVA外面會被殺的。曉呢？”
美里話音剛落，他身後的自動門忽然打開，李曉一溜小跑衝了進來：“我在這兒！”
美里驚訝的回頭看向李曉：“你怎麼跑這兒來了？”
李曉跑的氣喘吁吁“我來看看有沒有什麼我能幫忙的。”
美里眉頭一皺：“你能幫什麼忙？你現在立刻去登上三號機。”說完，美里扭頭看向青葉茂，又問。“明日香呢？”
青葉茂：“呃……明日香正在第二層的休息室敷面膜！”
美里聽完先是愣了一小下，隨後整個人都跳了起來，怒髮衝冠的暴吼道：“她怎麼總是這麼會挑時候！就不能換個時間敷面膜嗎？！”
伊吹瑪雅：“已接通明日香的手機！”
美里拿起通訊器帶在耳朵上，張嘴就是一通狂吼：“明日香，你敢不敢給我換個時間敷面膜！”
通訊器那頭，明日香委屈的叫道：“你以爲我想啊？誰知道SEELE會這個時間打過來，我這面膜還沒幹呢？”
美里無奈的嘆了口氣：“行了，別貧了，你趕緊登上二號機。”
通訊器傳來明日香粗重的喘氣聲，她似乎是一邊跑一邊說話：“我正在往二號機的停機艙趕，馬上……糟糕！前面有敵人！”
然後，美里就聽到通訊器那頭傳來自動步槍開火的聲音，隨後通訊就掛斷了。
青葉茂隨後叫道：“敵人已侵入第二層，正在嚮明日香方向快速移動！”
“明日香？明日香？該死！”美里大叫了兩聲，但是那邊卻沒有迴應。
美里猶豫了一下，從懷裡掏出配槍，咔嚓一聲拉上槍栓，對日向誠他們說：“你們在這裡盯着，我去找明日香。”說完，美里轉身就想走，卻忽然發現李曉正站在她身後。
“美里姐，你看，需要我幫忙的事情這不是有了嗎？你在這裡坐鎮，我去找明日香。”李曉說完，還不等美里說話，就扭頭向大門跑去。
美里在後面擔心的叫道：“不行！太危險了，曉！”
李曉回頭衝美里自信的一笑：“美里姐你忘了？我現在是使徒！”