綾波麗是一個人造人，或者說是克隆人，她的靈魂來自莉莉絲，而構成她身體的DNA則來自碇唯。這也是爲什麼，真嗣總能從麗的身上看到他母親的影子。
之前，李曉就一直在猶豫要不要把麗的真正身份告訴真嗣和明日香，後來李曉覺得他不能代替麗做這個決定，還是讓麗自己來抉擇吧，而麗最後選擇說出了真相。
麗說完後，真嗣和明日香驚訝的目瞪口呆，在一起相處了這麼久的朋友、戰友竟然是人造人，這任誰一時半會都不能反應過來。
李曉擔心真嗣和明日香接受不了麗的真正身份，趕忙在旁邊打着圓場說:“真嗣，明日香，你們不要多想，雖然麗的出身有些特別，但是麗依舊是麗，這一點永遠都不會改變的。”
在最初的驚訝過後，明日香漸漸冷靜下來，她雙手一抱膀，滿不在乎的說:“我是覺得沒什麼，對我來講，英雄不問出處。”
明日香說完，李曉扭頭看向真嗣:“真嗣你呢？”
明日香的反應其實是在李曉的預料之中，他真正擔心的是真嗣不能接受麗，一來真嗣的性格就是那麼彆扭；二來對麗來說，真嗣比明日香更重要。明日香如果拒絕麗可能沒什麼，但是如果被真嗣拒絕，那麼麗一定會非常傷心的。
真嗣的臉上帶着糾結的表情，他低着頭思索了好一會兒，然後慢慢擡起頭，一臉迷茫的慢慢說:“綾波是我母親的克隆人，那豈不是說……綾波就是我的母親！”
聽完真嗣這番腦洞大開的聯想，李曉差點沒一頭栽地上，他無語的一巴掌拍在真嗣腦門上，跳着腳衝他吼道:“合着你半天就在糾結這玩意那？我說你平常的腦回路也沒這麼歡脫啊？你就不能把麗想象成你的姐姐或者妹妹？七大姑八大姨也行啊！”
明日香在旁邊斜了李曉一眼:“真嗣這歡脫的腦回路還不是讓你帶的？”
真嗣捂着腦門，委屈的說:“綾波是人造人我雖然很吃驚，但也覺得沒什麼。只是，知道綾波使用的是我母親的DNA，再看綾波的時候就總覺得特別彆扭，總有一種想叫她媽的衝動。”
這時候，麗忽然在一旁悠悠的來了一句:“如果碇君喜歡的話，我不介意。”
李曉:“……”
明日香:“……”
李曉發現麗真是一般不開口，開口不一般，隨隨便便一句話就能把人噎死。
李曉大大咧咧的一拍真嗣肩膀:“以後對麗好一點吧，她體內可留着你媽的血呢。”
真嗣頓時跟吃了黃蓮似的，一臉苦味:“你這麼說我覺得更彆扭了。”
總之，綾波麗的身份就這樣在一番腦洞大開的吵吵鬧鬧後被真嗣和明日香接受了。
現在，量產機也打敗了，綾波麗也留下來了，一切都與李曉的“劇本”一樣，最後皆大歡喜。至於，之後如何與政府和聯合國談判，如何揭露SEELE的陰謀，這些事情李曉就懶得操心了，自有碇司令和冬月副司令處理。就算最後與聯合國談不攏李曉也不在乎，大不了就接着打唄，生死看淡，不服就幹，出門在外，三分天註定，七分靠打拼，剩下的九十分全靠莽！
李曉四個人又瞎扯了幾句就要離開最終教條區了，麗換上她萬年不變的校服，臨走的時候，李曉看見麗一個人站在一旁，仰着頭呆呆的看着莉莉絲，不知道在想些什麼，她的眼神中充滿了悲傷。
李曉走過去，來到麗的身旁，小心翼翼的問:“麗，莉莉絲以後怎麼辦？”
麗搖了搖頭:“我不知道，這個世界已經沒有母親的容身之所，或許，就讓母親在這裡一直沉睡下去，纔是最好的選擇。”
最後，麗眼含淚光的看着莉莉絲，深情的告別道:“再見了，母親，我會回來看您的。”
……………………
李曉四人回到作戰大廳後收到了英雄一般的歡呼聲，李曉驚訝的看着那些不認識的工作人員一個個走過來向自己致敬，整個人都目瞪口呆.jpg了。
看見美里姐過來後，李曉趕忙一把抓住她，指着遠處那些衝自己揮手的工作人員，蒙圈的問:“美里姐，這什麼情況？”
美里的臉上同樣帶着喜悅的笑容:“曉，這是你們應得的，謝謝你們救了大家。”
李曉尷尬的笑了笑，他實在不習慣這種被圍觀的感覺，於是對美里擺擺手：“謝不謝的以後再說，這忙活一天了，我還沒吃早飯呢，給我整點飯唄。”
明日香在後面同意的猛點頭：“嗯嗯嗯，我也餓了。”
美里實在沒想到剛打了一場大勝仗下來，李曉和明日香的第一個要求竟然是吃飯，她無奈的笑道：“好吧，我這就去安排，不過現在是非常時期，你們就吃點泡麪對付一下吧。”
幾分鐘後，在一間完好的休息室裡，李曉、真嗣、明日香、麗，四個人一人捧着一桶泡麪，在長椅上一字排開，開始享用他們大戰之後的第一頓飯。雖然吃的是泡麪，而且還是美里這個黑暗料理大師煮的泡麪，但是李曉卻感覺這泡麪比任何的山珍海味都要好吃，吃進嘴裡的都是喜悅的味道。
美里給李曉他們泡好面後就急急忙忙的走了，一場大戰剛剛結束，打掃戰場、統計損失、救治傷員、重新組織防禦力量，等等等等，需要她忙的事情實在是太多了，李曉都不禁有點心疼美里了，接下來的一段時間裡恐怕有她忙的了。
“啊——爽了！”明日香喝下一大口滾燙的湯汁，舒暢的長吐一口氣，開心的說。“從來沒感覺泡麪這麼好吃過。”
真嗣坐在明日香身旁，與明日香的爽快截然不同，真嗣卻有點憂心忡忡。他嚥下一口泡麪，面帶憂慮的說：“咱們接下來會怎麼樣？敵人還會打過來嗎？”
明日香鄙視的斜了真嗣一眼：“怕什麼？敵人要是敢再來，咱們就再把他們打回去。”
真嗣反駁道：“但是，光憑NERV的話，總不可能與整個世界爲敵吧，SEELE誣陷咱們要引發第三次衝擊，這可已經是世界公敵的程度了。”
這時，一旁的李曉忽然開口了。他非常鎮定，嘴裡一邊嚼着泡麪，一邊含糊不清的說：“真嗣，不要小瞧你的老爹，這事兒有他操心肯定沒問題，他可是把SEELE都玩弄在股掌中的男人。而且這個時間，加持先生應該也快要到了吧。”李曉想了想。“但願他能帶回來好消息。”
……………………
最高會議室，碇司令、冬月副司令、美里、律子、日向誠、青葉茂、伊吹瑪雅、還有一些其他核心人員圍坐在一起，正在討論接下來的對策。
“這次作戰對本部造成的直接破壞超過百分之五十，防禦系統幾乎全面癱瘓，短期內想要恢復根本不可能。”日向誠報告道。
“人員傷亡也超過了一半，守衛部隊已經潰不成軍了，現在本部的防禦完全依賴於四臺EVA。”青葉茂接着說。
伊吹瑪雅：“初步估計，光是清理戰場就需要三天時間，如果要修復一些關鍵設備和重要管道，恐怕至少需要一個月的時間。而且最重要的是，我們沒錢了，失去政府的支持，NERV的資金運轉只夠再維持一週左右。”
碇司令坐在辦公桌後面，保持着他的經典姿勢，等衆人報告完情況後，他張開嘴，慢慢說道：“這些都不是最重要的事項，現在最重要的事情是必須儘快與政府取得聯繫，澄清NERV的清白。”
碇司令說完，美里猶豫了一下，站了出來：“司令，我向您引薦一個人，他或許可以幫您做到這點。”
碇司令看向美里，冷冰冰的問：“誰？”
美里目光凌然的直視着碇司令，回答說：“加持良治。”