孫立人第二天早上。再一次來到明陽山草山行宮的廢區，他命令第四軍官訓練班從新一軍調來的一百多名參加緬甸過作戰時期的訓練班的教員。他命令自己的這些老部下，再認真清理一遍廢區，一定要查明蔣介石的下落，尤其是要注意總統行宮中到底有沒有地下通道，他告訴自己幾個絕對親信，如果有地道，在地道中要發現“可疑的人”不用請示，予以擊斃，然後毀屍滅跡。
在中午時，搜查終於有了結果，在草山行宮原來中庭的小花圃旁邊，發現了一個設計的很隱蔽，但已被炸塌了的一條地道。孫立人的這些親信隨後鑽了進去，在這條長達280多米的地道里沒有發現任何人，只是發現了幾箱故宮博物館的文物和一噸左右的黃金，320多萬美元現金。最後在陽明山上的憲兵大隊隊部的廢區中好不容易的鑽了出來，在憲兵大隊隊部的廢區中除了找到了12具屍體和部分人體的殘骸外，在沒發現什麼有價值的線索。
孫立人不甘心的命令第四軍官訓練班的學員隊，在明陽山周圍的山上進行地毯式搜查，絕不放過任何一個角落。對於蔣介石一定要活見人，死見屍。
孫立人隨後以國民黨陸軍總司令的名義，調集了自己能信得過的190師火速進入臺北。21日晚8點，在陸軍總部小禮堂，召集了臺灣島上的陸海空師以上的將領開會。在會上他宣佈，昨晚總統官邸遭遇空襲，蔣介石總統在空襲中身亡。爲了不使臺灣發生動亂，自己身爲陸軍總司令，在此時必須承擔起對國家的責任來。現在他決定對整個臺灣進行軍管。併成立了以自己爲首和各軍種的參謀長爲副的臺灣軍事管制委員會。
會議開了三個多小時，與會的有些將領表示一定服從軍管會的領導，共赴國難；也有些將領對軍管會的合法性表示質疑，但真正表態的人並不多，絕大部分人持着觀望的心態。但不管怎麼說，孫立人是國民黨陸軍總司令，是現在露臉的軍方最高領導人，出來主持大局也是理所當然的。對於他的命令在沒有更高層的人物和組織出來之前絕大多數的將領還是表示服從的。
不管是什麼人總是懷有有一定的野心，有些野心就是自己在客觀條件不具備的情況下都不知道，但當外界條件適宜時，這種野心就會顯露出來，就會膨脹。孫立人從未擔任過任何行政職務，在黨務和財經系統也無親信幹部，在國民黨內軍內人脈也不是很旺，對那些老資格資歷的將領相比也只是平平，他本人在臺灣並不具備號令四方的個人威望，而對軍隊也只是控制其中一極少部分。但他此時他感到臺灣就在自己的掌控之中了。在洋洋得意之時，難免會有些忘乎所以自我膨脹。山中無老虎猴子稱大王，他也不免做起了在臺灣稱大王的美夢來了。本來和解放軍粵閩前線指揮部約定好了。除掉蔣介石及國民黨軍政要員後，由他掌握臺灣軍權後宣佈起義，迎接解放軍進島。可是當他真的掌握了臺灣的權利後，就又想爲自己爭取更多的權利和利益。
會後他致電解放軍粵閩前線指揮部，表示願意以周恩來提出的和平解決臺灣問題的十條方針，進行和中共進行談判。對解放軍進入臺灣島的問題隻字不提。對解放軍粵閩前線指揮部進島的要求也是以各種藉口一拖再拖。9月25日粵閩前線指揮部致電孫立人，讓他在27日前，派臺灣高層人士前來澎湖島洽談解放軍進島問題。
孫立人上臺第一件事就是從監獄中把被蔣介石關押近三年的原新七軍軍長李鴻和夫人馬真和原新七軍將校級軍官陳鳴人，彭克立，等人放了出來委以重任。
27日孫立人派李鴻，陳鳴人代表自己前來澎湖島想就周恩來提出的和平解決臺灣問題的十條方針和我軍進行談判。到了澎湖島後，他們事先會見了，先期到達的國天亮和陳光。當國天亮聽了李鴻，陳鳴人等人說明了孫立人的想法後，搖了搖頭說：“這事恐怕沒有總座想的那麼簡單。當初我和總座研究時，想能不能象張學良西安事變那樣，先把蔣家父子先抓起來，然後和中共談判接受周恩來得和平解決臺灣十條方針。但算來算去我們沒有那個力量。臺灣沒有一支我們自己能真正掌握的部隊。兵臨城下要想弟兄們能有個好的前途，只有反蔣起義這一條路可走。我來到澎湖後，解放軍制定了斬首行動計劃，在打掉國民黨首腦後。讓總座藉此機會控制檯灣的軍事指揮權，隨後撤出沿海前沿灘頭陣地，迎接解放軍進軍臺灣。如果總座不能控制檯灣的全部軍事指揮權，則令能控制的部隊撤出灘頭陣地，迎接解放軍進島。由解放軍自行解決臺灣島內敢於頑抗的部隊。對於總座和我們這些人，中共方面也都做了具體的安排，原則是願意留在軍隊的可以繼續留在軍隊；不願意留在軍隊的可以在中央和地方安排新的工作，總之時官階和待遇比在國民黨只高不低。但現在總座想按周十條來處理臺灣問題，中共恐怕不會答應。另外，我還要告訴你們，解放軍粵閩前線指揮部，對於總座出爾反爾很不滿。你們談時要注意態度。”國天亮想了想又說“要依我的意見，我們還是按事先和中共約定的辦，這樣對誰都好，免得雙方軍隊骨肉相煎，臺灣百姓生靈塗炭。據我這幾天所瞭解，中共決心已定，軍力強大，現在沒有誰能擋住解放軍進軍臺灣。”接着國天亮講了這幾天在澎湖島的所見所聞。
接待李鴻，陳鳴人一行的是解放軍海軍陸戰一師師長萬均和政委肖強。說實話對於象李鴻，陳鳴人這樣的人在萬均和肖強這樣和國民黨廝殺多年的共產黨員的眼裡是很不受待見的，在他們的思想中被我軍釋放又重新跑到臺灣的人能有什麼好人，絕對是國民黨頑固分子。這次談判本來應該是朱少青和28軍政委和孫立人的代表談，可是這個朱大鬍子先是推拖他28軍的事情太多。這兒忙那兒忙的，後來乾脆說：“談，我和他們談個吊毛！談有什麼還不是說變就變。我可沒閒心和他們扯皮，要談等我們到臺北後再談吧。”
雙方一見面，李鴻就認出了肖強，1948年肖強當時在東北軍區政治部當政工科科長。在長春和平解放後，曾多次找過解放的李鴻談話，勸他不要對蔣介石政權報有什麼幻想，打倒蔣介石，解放全中國，以是不可阻擋的歷史潮流，順者昌，逆者亡。可是李鴻表面哼哼哈哈的答應，心裡不爲所動裡，最後還是跑到臺灣來了，只是讓他沒想到的是，到臺灣讓老蔣關進了監獄。更沒想到今天又在這裡再次的見到肖強。
寒暄了幾句落座後，李鴻率先說：“我們奉孫立人總司令的命令，前來就周恩來提出的和平解決臺灣問題的十條方針和你們進行談判，我們想......”
“停，停，停！”萬均毫不客氣的打斷了李鴻話說：“你要談的內容，你是來錯了地方，到我們這兒來，我們只談我軍何時進駐臺灣，以何種方式進駐臺灣的問題。”
“這兩點並不矛盾，”李鴻說“你們按着你們總理說的十條方針辦，宣佈孫立人爲臺灣特別行政區行政長官。在臺灣實施一國兩制，你們就可以馬上進島。”
“周恩來提出的和平解決臺灣問題的十條方針，是有着時間限制的，是指在1951年8月31日前，這一點我們早在8月15日就正式通知了國民黨當局。”肖強說“所以現在已不存在這個條件了。現在和談只能參照執行1949年4月15日中國共產黨和平協議最後修正案。”
“那樣我們要回去和孫總商量才行，恐怕貴軍就很難馬上進駐臺灣島了”李鴻也有些無奈的說。
“進不進島，何時進島那不是你們孫總說的算的事，”萬鈞很不耐煩的說：“我們現在找你們來，只是給你們一個重新作人的機會。如果你們不知道珍惜那就怪不得我們了。”
“萬長官，我們是你們請來談關於貴軍進駐臺灣問題，”李鴻感到面子上很過不去。他很不滿意的說道：“你這話說的就有點過份了，”
“不過份，一點都不過份，‘萬均搖着手說：“你們回去告訴孫立人，他言而無信，已經違反了我們之間的協定，他說好了起義，可是到現在玩起什麼談判來了。我們現在很懷疑他的誠意。如果他感到他比蔣介石強，比蔣介石有辦法。那他也可以試一試。我這個人不是談判的料，喜歡直來直去，我就和你們直說了吧，9月30前我們一定要進軍臺灣，至於怎麼進就看你們的了，總而言之我們是要進軍臺灣的。”
“我們都是軍人，都槍林彈雨幾十年”李鴻也硬了起來說“誰也不是幾句話就可以嚇回去的。”
“好啊，”肖強笑着對李鴻說：“李軍長，我們沒有絲毫嚇唬你的意思，只是通知你們一聲，如果你們還想打一打也好。毛主席說過：掃帚不到灰塵照例不會自己跑掉。現在看孫立人也不會甘心自己退出歷史的舞臺。”他停了一下，看了看李鴻說：“李軍長，我們是老朋友了。我可以告訴你，你上次可以從長春跑來臺灣，這次恐怕就不會像在長春那樣輕鬆了，你也沒地方再去了。”
國天亮看談的如此這樣僵，知道如果這樣談下去不會有什麼好結果，連忙說：“萬師長，肖政委，李長官也是奉命行事。他剛剛從國民黨的監獄纔出來。對有些情況也不是很瞭解。”
肖強說：“天亮，我們和孫立人之間的事情，前前後後都是你一手經辦的，怎麼回事你是最清楚不過了。現在我們解放臺灣的時間一拖再拖。已經給你們留足了時間，我現在可以告訴你們，9月29日是你們起義的最後的期限。我們不能在等了”說着把最高首長的《向臺灣進軍的命令》拿了出來交給了國天亮。說：“，這是我們的進軍命令，你們再討論一下。給孫立人取個電報。”
休會後，國天亮說：“大家都看到了毛主席，向臺灣進軍的命令。解放臺灣已成定局。現在的局勢十分嚴峻了。我認爲，是戰是和對於臺灣最後的結果是一樣。但對我們這些人就不一樣了。戰，到最後我們這些人就是戰犯；和，我們就是解放臺灣的功臣。現在68師師長王紹輝被任命爲解放軍澎湖警備一師師長兼解放軍澎湖前線指揮部副參謀長，官職副軍級。前天下的任命，晚上興高采烈的請我和解放軍前指的幾個領導一起喝酒。哎，想當初我們沒有談判的本錢時想起義，現在有了點本錢又想和共產黨討價還價。我看總座在這個問題上是聰明一世糊塗一時啊。”
軍事上的威懾，國天亮的勸說，使李鴻等人一行都低下了頭，他們不得不考慮自己今後的前途和出路問題。最後大家一致，決定回去一起勸說孫立人放棄不適合實際的想法，儘快迎接解放軍進島。以免夜長夢多，再節外生枝得搞出點什麼事來，絕了自己的後路。至於哪支部隊想進行抵抗，讓解放軍自己解決好了。
他們和解放軍粵閩前線說明了情況後，馬上乘飛機趕回了臺北。就在他們在國防部向孫立人彙報澎湖島之行和解放軍洽談情況一及他們的想法時。臺灣的局勢發生了讓他們意想不到的激烈的變化。