儘管盟軍方面已經意識到了事情的嚴重性，但是爲時已晚，在他們得知日軍開始準備從海外殖民地撤兵的消息時，第一批近40萬日軍已經抵達了日本沿海的各個港口。
日軍大本營對於此次撤兵行動極爲重視，畢竟這關乎着整個日本列島的安全，關乎着大和民族的生死存亡。因此在撤兵開始的時候就是採用的雙向同時開動的戰術，在日本本土的船隊出發趕往殖民地的時候，駐紮在海外殖民地的日軍則是利用徵集到的船隻返回日本，兩邊同時開動。
盟軍知道必須要在日軍船隊返回日本前將其攔截在日本外海，因此，在尼米茲上將和陳紹寬上將的指揮下，盟軍六百餘艘大小戰艦紛紛從菲律賓、南洋領以及夏威夷趕往日本列島。
然而這次日本海軍也拼了命，儘管剩餘的日本戰艦並不多，尤其是可供作戰的大型航母只有三艘，其餘大型戰艦也不是很多，最多的則是以前老式的巡洋艦和小型的驅逐艦，儘管雙方實力相差懸殊，但是日軍還是沒有後退，主力勇敢的迎向盟軍艦隊。
日本方面也知道雙方是在趕時間，那個如果在時間上取勝，那麼此次戰略撤兵就等於哪一方取得了戰爭的主動權。
不得不說日軍在這次撤兵行動中的表現令人驚豔，事先保密情報做得非常到位，不但美國和蘇聯的情報機關沒有收到半點風聲，就連號稱世界上最強大的情報機關的中國國安局也沒有任何察覺。
而在整個行動中，日軍不但行動迅速，同時分工明確，什麼人負責什麼活計，撤的時候井然有序，僅僅付出了不到40萬人的損失，就在短短半個月的時間將250餘萬部隊撤回了日本本土。與之相比，英國所謂的“發電機”計劃簡直弱爆了。
不過盟軍也不是一無所獲，最起碼菲律賓羣島上的三十餘萬日軍算是完了。沒有援兵沒有後勤保障，與數倍於己的盟軍作戰，即便是號稱“馬來之虎”的山下奉文也無能爲力。4月4日盟軍終於攻佔了馬尼拉，山下奉文率領數萬日軍殘兵轉入菲律賓西北部山區繼續與盟軍周旋，但是包括山下奉文自己也知道這不過是盡人事聽天命，日軍不過是秋後的螞蚱。
1941年4月中旬，盟軍重新佔領了南太平洋地區，具體局勢是中美澳三國共同佔領了菲律賓，英軍佔領了馬來西亞，中國佔領了朝鮮、緬甸、泰國、寶島、港島以及整個法屬印度支那。美英兩國佔領了荷屬東印度。而南洋領的一支分艦隊則是攻佔了新加坡。至於之前在南太平洋地區有很重要的話語權的法國和荷蘭則是什麼也沒撈到。
盟軍在太平洋戰場取得空前大捷的事情，迅速傳遍了整個世界，全世界反法西斯國家的民衆都似乎看到了勝利的曙光。
與之相反，德日兩國的高層和民衆則是另一番景象。惶惶不可終日，似乎世界末日已經到了，國內的氣氛十分的緊張，尤其是日本。
日本與德國不一樣，德國雖然在蘇德戰場和北非戰場找到了重創，蘇聯紅軍已經收復了絕大多數的國土，同時已經將部隊推進了東歐。但是德國現在還控制着整個西歐和南歐，包括法國、比利時、盧森堡、荷蘭、葡萄牙、丹麥、挪威在內的十幾個國家還在德國人的控制之下，所以德國還沒有到山窮水盡的地步。
但是日本卻不一樣。在失去了朝鮮和中國東北這兩塊重要的資源基地以及荷屬東印度這個能源基地之後，日本的主要戰略物資基本上失去了補充，而且日本國內的鋼鐵和石油等戰略物資的儲備十分稀少，根本就支撐不了多長時間。
再加上這次撤兵的時候日軍損失了80%的重武器以及30%的輕武器，同時損失了50%的軍工生產能力。可以說現在的日本除了還有七千萬人口之外，已經沒有什麼和盟軍戰鬥下去的資本了，說是山窮水盡一點都不誇張。
正因爲如此，日本高層對於怎樣阻擊盟軍登陸日本本土想法不一，以大本營爲首的作戰部隊指揮官，對敵軍登陸部隊立即在海岸發動攻勢予以消滅，還缺乏信心。加上在之前菲律賓作戰中，日軍對盟軍的艦炮射擊和轟炸以及火焰坦克的威力的深刻體驗，很多人認爲在海岸與盟軍決戰是不明智的，很大一部分高級軍官認爲縱深攻擊防禦方式更適合日本，甚至有的指揮官還提出“在不得已時允許敵軍登陸部隊獲得橋頭堡”。
有的指揮官則是過份考慮敵軍炮擊和轟炸造成的損失，主張由海岸後退，在高地構築洞窟陣地。例如，日本關東的第12方面軍的作戰設想就是對從九十九里濱或相模灣方面登陸的盟軍，將預定投入決戰的兵團保持在利根川上游地區，待斷定敵軍主力的主攻方向之後，再向該方面求得決戰。
昭和19年（1944年）4月18日，當盟軍攻佔硫磺島，兵鋒逼近琉球羣島的時候，大本營和新設總軍司令部的首腦認爲在佈置本土決戰之前必須要統一國內民衆的思想，如果沒有一個統一的思想，想要抵擋中美英蘇四國的登陸作戰根本就不可能。
因此大本營嚴厲要求改變這種消極傾向，貫徹本土決戰的基本思想，並且提出了“一億玉碎”的作戰口號。
4月22日，參謀總長指示本土的全部陸軍：“本土作戰採取進攻戰，決戰地區需選在沿岸、尤其是在海濱地區。其作戰指導，須在登陸敵軍尚未建立橋頭堡之前，以縱深部署猛攻登陸未完的敵軍弱點。”
25日，大本營陸軍部頒發了《國土決戰戰法手冊》，強調國土決戰是進攻的殲滅戰，不可依賴防禦和陣地工事，沿岸防禦也應按決戰方式進行。陣地的構築應選在敵軍必攻之地，要重視平地的作戰工事。要重視確保機場，作戰工事、訓練和戰鬥均應以反坦克戰爲主，要注重突擊肉搏戰法。
同一天，大本營陸軍部發布了“國民抗戰必攜”，要求國民以參加決戰的決心，即以一億人奮起特攻的精神爲保衛國土而戰鬥；並組成國民義勇戰鬥隊，進行戰鬥訓練和構築陣地；各自保衛鄉土，以突擊肉搏戰法，協助軍隊作戰。
在日本政府的宣傳中，本土決戰是日軍最後的決戰，日本陸軍把建軍八十年來的光榮傳統賭以這次最後一戰，在本土決戰中只能也必須取得最後勝利。然而認爲，勝利的關鍵在於登陸敵軍的戰線未穩時，傾注全軍力量，拼死猛擊敵軍；除此之外，別無他法。
而且，沿岸地區不僅是住有衆多國民的政治、經濟、交通要地，而且由於本土的地勢關係，許多重要的航空基地都設置在這些地區。加之，從菲律賓和硫磺島等戰役的教訓來看，一旦將這些地區交給敵人手裡、使敵軍鞏固了橋頭堡，再想以皇軍的火力和突擊裝備拔掉它，極爲困難，對大日本皇軍作戰十分不利。
此外，日軍大本營還向各部隊下達了作戰方法的最高指示——《迎擊決戰的一般要領》，根據《要領》指示，日軍的進攻，首先以海軍航空兵的精銳部隊和潛艇攻擊爲第一批次。在此前後，從敵軍登陸部隊的船隊接近本土海岸三百公里左右時起，以陸、海軍的全部航空部隊和配備在這些海域的中、小型潛艇對該運輸船隊猛然發動特攻作戰。
與這一進攻相呼應，集中埋伏在沿岸的特攻舟艇也在敵軍運輸船隊駛進停泊地前後，以主力展開進攻。隱蔽在沿岸洞窟陣地的長射程炮也對停泊地的盟軍運輸船隊進行炮擊。
對盟軍運輸船隊的進攻，在其駛進停泊地前後達到最高潮。在進攻期間，以航空部隊和部分潛艇對盟軍機動部隊和擔任支援炮擊的艦艇以及擔任補給的運輸船隊發動進攻；並讓特攻舟艇中的部分“蛟龍”和“肉雷”參加此種作戰。
當盟軍登陸部隊到達海岸開始進攻時，即將大日本皇軍全部武器的火力集中於登陸點。部署在沿岸陸地的各部隊應頑強地、神出鬼沒地反覆進行反擊，阻止美軍建立橋頭堡，並將敵我戰線引入交錯混戰狀態，使美軍難以進行轟炸和艦炮射擊。
另外，當決戰兵團認準敵軍的登陸方面時，應立即利用幾條準備好的道路，迅速向預定的主要決戰方面前進和集中，並在主攻正面的攻擊陣地展開兵力。
鑑於在之前的戰鬥中，中國陸軍的裝甲力量超出了大日本帝國的預計，並且給大日本皇軍造成了難以想象的損失，所以在《要領》中特別強調了反坦克的戰術方法。原本對付坦克最好的戰術就是同樣的坦克對攻，但是由於日本的坦克無論在數量、裝甲方面，還是在火力、裝備方面，都遠不及中國坦克。
不僅如此，日軍的反坦克炮在數量和裝甲穿透力方面都很差，急待增產的自動炮也因遭受空襲，根本滿足不了要求。因此日軍大本營認爲補救這種反坦克現代裝備劣勢的方法，只有採取特攻戰法?，即同以一架飛機摧毀一艘軍艦的航空特攻一樣，以一兵擊毀一輛坦克的肉搏進攻戰法。
列如步兵手持火焰瓶，逼近敵軍坦克，投入坦克機艙，以使起火。或者是將小包炸藥裝入坐墊式的袋中，並裝上緩燃的雷管。逼近敵軍坦克，扔在坦克正面或突起部上，使之爆炸。過去在南方各戰場上，日軍曾以此種戰法，屢建奇功。