他來到馬來亞後發現反對陣營存有兩種不同勢力，左派真正目的是結束英國統治，是真正危險所在。
而蘇丹和巫統祗要求恢復戰前保護國地位，他們要求馬來人有特權，其矛頭並非針對英國，而是反對輕易給非馬來人公民資格。
麥克唐納授意放棄馬來亞聯邦的政策，由英殖民政府、馬來蘇丹和巫統三方代表組成憲制工作委員會，重新起草一部新憲法，這個憲制工作委員會故意不讓左派和非馬來人(即華人和印度人)參加。
終於在十二月底制定新憲法，並以藍皮書形式公佈，藍皮書把馬來亞聯邦改稱馬來亞聯合邦，新加坡仍分割出去。
聯合邦有強大的中央政府，由英國委任最高統治者，掌握行政立法大權，只是不再稱爲總督而改稱高級專員。
各土邦蘇丹大體恢復昔日名義上的統治者地位，藍皮書強調馬來人的特權，對非馬來人取得公民權規定了比白皮書更爲苛刻的條件。
這藍皮書引起以華人爲主的非馬來人反對。
全馬聯合行動委員會，馬華公會等組織號召舉行罷市、罷課，整個新加坡的動脈驟然停頓，其它馬來亞城市也陷於癱瘓狀態，但麥克唐納不理會總休業，堅決成立馬來亞聯合邦及執行偏袒馬來人的新憲法。
英國殖民當局將馬來人拉到自己一邊後，便於1948年6月12日，突然在霹靂州宣佈進入緊急狀態，又在全馬來亞半島實施緊急法令，授意軍警任意捕人和殺人的無限權力。
於是全國各地的特務，警察、軍隊大舉出動，襲擊工會、左翼政黨、人民團體社團，搜捕民主人士、反英份子，宣佈馬來亞國民黨、全馬總工會、馬來亞華人抗日軍退伍軍人協會、青年團等黨團爲非法組織，血腥鎮壓和屠殺以華人爲主的無辜人民。
僅六月二十日晚，全馬各地就有以華人爲主的六百多人被捕，三百多個以華人爲主的工會和社團被封。
這年年底，已有以華人爲主的13341人被關進監牢或被驅逐出境，以華人爲主的四百多人被屠殺，主要針對華人的白色恐怖籠罩全馬。
英殖民者宣佈進入緊急狀態的目的是企圖以突然襲擊的辦法，先發制人，把以華人爲主的反對力量一網打盡。
但有很多工會和社團的骨幹份子在反白皮書和藍皮書的鬥爭中已認清英國遲早會下毒手，在大搜捕前已轉移他處。
當年的華人抗日軍紛紛走回森林中，重新拿起武器進行自衛鬥爭，併成立以華人爲主的馬來亞民族解放軍。
英殖民者把馬來亞民族解放軍誣衊爲土匪，把這場鎮壓以華人爲主的戰爭對國際描繪成維持治安的警察行動。
英國殖民當局發動了剿匪月，調動數萬正規軍，以飛機大炮、坦克、裝甲車等現代化軍事裝備妄圖在一個月內將以華人爲主的馬來亞民族解放軍消滅。
在剿匪月結束時，英國保守黨議員甘蒙承認在剿匪月英國保安隊的傷亡比解放軍嚴重，竟成五與一之比。
前殖民大臣在議會大聲疾呼：我請求政府把整個馬來亞問題看作首要問題，假如我們在馬來亞打敗仗一切都完蛋。
後來新上任的田普勒高級專員上任後，從東非、斐濟、澳大利亞、新西蘭等英聯邦地區招募軍人。
他把英殖民地正規軍從五、六萬擴充到十三萬，加上武裝警察和保安部隊，共46萬人，差不多每十五個馬來亞居民配一個士兵或警察。
田普勒的作戰計劃包括在森林上空撒化學藥劑以破壞解放軍在森林中的糧食種植基地。
並建立546個戰略村，把579800多人強迫移入，以防止糧食流入解放軍手中。
所以，英國使用戰略村和落葉劑早於美國使用。
英國甚至僱用264名婆羅洲達克族人，以獵人頭的原始辦法，狩獵解放軍人頭。
到1952年底英國在馬來亞進行的戰爭已踏入第四年頭了，英國動員了英聯邦內很多國家的力量，使用了四倍英軍用於在抵抗日軍人侵馬來亞的兵力，運用了各種海陸空軍現代化裝備，對抗只有不及華人抗日軍半數即約7500人的解放軍。
這場耗費巨大，曠日持久的戰爭不知何時才結束。起先英國不打算很快給予馬來亞獨立，故非到不得已是不會給予馬來亞民主權利。
但到了1952年的馬來亞，對英國殖民者來說是已到了非不得已的時候了。
因爲早在1949年底英國爲了避免到了非不得已的時候而措手不及，便已開始出面鼓勵支持一些親英份子組織政黨，許多官方委任的立法和行政議會的成員就成了這類政黨的骨幹。
1951年又開始在聯合邦內實行閣員制度，把一些次要部門如農林和土地、礦產與交通、教育與生活等部門的職權從英人轉到英國人認爲可靠的上述以馬來人爲主的政黨領導人手裡。
至於財政、律政、防務、警政等要害部門仍控制在英人手中。
非馬來人的公民權問題是一個敏感問題，在藍皮書裡英國人以犧牲非馬來人的公民權來爭取馬來人支持其殖民統治。
所以在馬來亞聯合邦成立後，只有五分之一的華人取得公民權。
英國人知道長期不給華人公民權是不行的，不給華人公民權便不能將大多數華人拉到政府這邊來，於是便設法取得馬來人上層的諒解，將原來的在馬來亞居住十五年纔有資格申請公民權的期限縮短爲十年，公民權解決後便可爲未來的全國議會選舉準備了必要條件。
1952年2月，吉隆坡市議會選舉是有指針意義的一次，由拿督奧恩－加爾法爾領導的獨立黨，先前他組織巫統成爲主席，後因主張吸納非馬來人成員而被罷免，至今巫統仍爲純馬來人組織。
獨立黨有政府的支持又是由馬、華、印三族所組成，陣容強大，但選舉結果不敵巫統和馬華結成的聯盟。
十二個議席中，聯盟得9席，獨立黨得2席，獨立人士得一席。
英殖民政府開放選舉的目的是以民主政治的假象吸引羣衆，孤立解放軍，並不是真的要讓馬來亞很快獲得自治。
但既然允許選舉就無法完全迴避聯盟提出的要求往中央一級的選舉發展，經過多方爭執的結果，最後決定1955年7月27日舉行部份中央一級的立法議會選舉。
此次選舉聯盟提出的口號是獲選後在任內和馬來亞解放軍和談結束戰爭。
選舉結果是在開放選舉的52個立法議會席位中，聯盟獲得51席，選後英國便讓馬來人的巫統主席擔任首席部長。
聯盟爲了履行競選諾言便與馬來亞解放軍談判，1955年6月，馬來亞民族解放軍主動建議和英國政府，就實現馬來亞和平、民主與獨立問題舉行談判，也願與馬華印聯盟和其它主張以談判方式結速戰爭的政黨會商和平問題。
東姑鴨都－拉赫曼和陳禎祿等人便在北部一個小鎮－華玲與馬來亞解放軍的領導人陳平舉行談判，但這次談判在英人的操縱和破壞下於1955年11月底破裂，未能達成協議。
後英國殖民者改變主意給予馬來亞自治。
1956年1月，東姑鴨都－拉赫曼率馬來亞聯合邦代表團與英政府舉行談判並達成協議，同意馬來亞聯合邦於1957年8月31日在英聯邦內完全自治與獨立。
雙方同意談判結束後由英方指派李德憲制調查團就聯合邦未來憲制問題擬出報告書，獨立後馬來亞聯合邦仍承認英國有充份權利在聯合邦保持爲履行英聯邦義務和國際義務所必需的武裝力量，隨後馬來亞聯合邦又同英國簽訂外部防禦和互助協議。
東姑鴨都－拉赫曼在馬來亞聯合邦獨立後，便計劃將沙勞越、沙巴和新加坡納人組成馬來西亞。
英國也支持以此對抗印度尼西亞，這個野心在1961年得到實現。
李光耀起初也很熱心此計劃，並在1960年在新加坡舉行表決，結果大多數贊成加入馬來西亞，但後來以華人爲主的新加坡對馬來西亞的馬來人擁有特權的作法難以接受，故在1961年又退出馬來西亞。
綜觀馬來西亞和新加坡的獨立過程，英人一直在打壓華人，偏袒馬來人，其深層的顧慮是不願馬來半島出現一個華人國家，那怕是華人只擁有一半的國會席位和掌握一半的國家權力。
故便將以華人爲主的新加坡分割出去，以減低華人在馬來西亞的比例，又限制華人成爲公民的資格以減少華人的選民數量，最後做成一個馬來人擁有特權的馬來西亞。
這導致至今華人不能擔任重要的部長職位，武裝部隊和警察的中高級指揮官必定是馬來人，馬來語定爲官方語言，華語、印度之泰米爾語或巴基斯坦的烏爾都語並非官方語言。
新加坡則將英語、華語、馬來語、印度之泰米爾語爲官方語言，又立法讓馬來人子弟入大學有優先權，導至很多華人子弟被迫到海外上大學。
馬來政府更制定對馬來人的經濟優惠政策，保障馬來回教徒在公立大學及政府的工作機會，馬來回教徒貸款及爭取政府合約也有優待，包括受教育機會和企業股份擁有比例等。
至此華人和印巴人已淪爲二等公民。
一個國家的稅款是由全體人民貢獻的，華人較勤奮和經營生意，實際交稅較多，但政府開支卻嚴重傾斜到馬來族羣身上是平等嗎？
舉例來說各族羣學生一同考大學入學試，馬來人如成績比不上華人或印巴人，卻可以憑藉馬來人保障名額進入大學，考取公務員的職位時亦然，你認爲合理嗎？
如果這樣在加拿大優待英裔，法裔魁北克會馬上獨立，如果這樣優待法裔，全加拿大非法裔都會暴動抗議。