文官從九品開始，州、縣分上、中、下縣，下縣主簿從九品，中上縣主簿正九品，下縣丞正九品，中上縣丞從八品，下縣知縣從八品，中上縣知縣正八品。京兆、順天、承天、應天、奉天四府下轄的縣爲直隸縣，縣主簿爲從八品，縣丞爲正八品，知縣爲從七品。
下州知州正七品，州別駕從七品，州通判從八品，中知州從六品，州別駕從七品，州通判正八品。上州知州正六品，州別駕正七品，州通判從七品。要州（即位置要害、人口衆多、十分富庶的州，如徐州、蘇州、揚州、杭州、益州、汴州、洛州、楚州、青州、晉州、荊州、廣州、福州等二十五州），知州正五品，一般加銜。州別駕正六品，州通判正七品。
京兆、順天、承天、應天、奉天五府尹，皆爲正三品，皆由內閣閣老或親王、郡王遙領，無實權。一般遙領京兆府尹的親王，就可默認爲太子。實際管事的爲五府知府，正四品，同知、通判正五品和正六品。一般稱爲京府、遼陽府、開封府、金陵府、西安府。
行省有布政司主理民政，稱巡撫，正四品，有按察司主理司法審判，稱巡按，從四品，有指揮司主理地方兵馬，稱總兵，從四品。還有負責提學的學政，正五品到正四品不等，還有負責錢糧稅賦的轉運司，人稱藩臺或糧臺，轉運司主官參議，正五品或從四品。
還有屬於都察院，分駐和分巡地方的巡道御史，負責肅政糾劾，一般都是八品到七品。
中央分三省六部九署。中書省負責決策，中央政令，包括皇帝詔書，都以中書省名義，或者中書省擬定恩准後發佈。主官中書令，正二品，因本朝太祖未登基前以中書令執政，故避諱不設，以中書侍郎爲中書省主官，從二品。
副職中書省左右丞，正三品，分領二十四廳，對應各部和各行省，廳主官主事，也稱中書主事或中書郎中，正五品，副職僉事，也叫中書僉事，從五品。還有中書舍人兩到三人，直屬中書侍郎，正六品，負責擬定中書省的制令。因爲大秦朝中央政令都由中書省出，中書舍人即負責大秦朝的中央政令的擬定，稱爲外製事。
尚書省負責執行，由尚書僕射爲主官，從二品，下分六部，部下再分各司。各部尚書，正三品，左右侍郎，正四品，各司主官郎中，正五品，副職員外郎，從五品，各司以下有科，主官主事，正六品，副職僉事，從六品。因爲五軍都督府，兵部職權嚴重削弱，只負責地方警戒、治安等其它事務。
門下省負責監督，所有中書省頌布的中央政令，包括皇帝詔書，必須有門下省副署，主官門下侍郎，從二品，副職左右丞，也叫左右散騎常侍，正三品，分領都察院，也叫御史臺。門下左右丞兼領左右都御史，一負責監察殿中、尚書各部等中央機構和京兆府，另一負責地方監察彈劾。門下省還有門下給事中兩到三人，直屬門下侍郎，正六品，負責監督中書舍人的擬製，副署。再下是左右副都御史，正四品。
九署：大理寺，負責對刑部審判案件的審理複覈，尤其是死刑，擁有最高複覈權，主官大理寺正卿，副職左右少卿。
度支司，負責對天下錢糧和賦稅（戶部），各行省、各機構支出進行復覈審計，正卿，左右少卿；
鴻臚寺，負責招待來朝的各外國使團，以及出使各國。正卿、左右少卿；
通政司，主官通政使，左右副使；
國子監，主官國子監祭酒，副職左右司業；
都察院，主官爲左右都御史，分殿中御史，負責朝堂風紀糾察；監察御史，分二十五道，分別監察各行省和各部各署。
樞密院，負責情報和軍事協調。主官樞密使，副職，樞密同知。
市舶司，負責海外船舶出入以及賦稅徵收。
翰林院，比較特殊和重要的部門，職能有三，一是給皇帝、內閣提供諮詢，二是給皇帝、宗室、各文武大臣講課；三是管理下屬的國史館（修史）、弘文館（也叫庶吉館，庶吉士們學習實習的地方）、詹事府（負責王子公主們的教育）、殿中司（知制誥-負責幫皇帝擬定詔書，承旨，負責傳旨；起居舍人，負責記錄皇帝起居）、成均館（掌成均之法，以治建國之學政，國家最高學術機構，包括律令、算學，負責講課的部門），以及集賢館、文淵閣等館閣。
各主官或正四品，或從四品，官職與尚書省各部侍郎並行。其中市舶司、鴻臚寺、通政司、國子監、大理寺、翰林院、度支司名義上屬中書省，但實際管轄權歸政事堂，樞密院直屬軍機班，都察院直屬門下省。
翰林院和樞密院都比較特殊。
中書侍郎、門下侍郎、尚書僕射分領保和殿、中和殿、文淵閣大學士，中書侍郎加平章政事銜，爲宰事，門下侍郎、尚書僕射加參知政事銜，爲執事，組成政事堂。中書左右丞、門下左右丞、吏部尚書、禮部尚書、戶部尚書七人領昭文閣學士，加兼知政事銜，爲參事，與宰事、執事組成內閣。中書舍人、門下給事中則以參掌機密的名義，均可參與到政事堂和內閣的所有決議中，但沒有表決權。
所有政事以宰事、執事決議於政事堂，或宰事、執事、參事決議於內閣，呈交皇帝批覆，然後中書舍人擬定、門下給事中副署，以“三省同奉聖旨”名義頌布，決議的具體細則有規定。也有皇帝直接下的詔書，叫中旨，但必須由知制詔擬定、知承旨遞到三省備案，否則也是不合法的。
真正負責翰林院事務的是掛着掌院學士頭銜的都知院事。
翰林院下屬殿中司、詹事府，國史館、成均館、集賢館、文淵閣。
保和殿、中和殿、文淵閣、昭文閣大學士、學士是專給內閣要員們掛職用的。大學士，學士，只是一種稱呼頭銜，無品級。
殿中司，翰林院最核心的兩個部門之一。裡面的知制誥負責皇帝詔書赦令的擬定，知承旨負責把詔書傳遞到中書省，由其會同門下省公佈，知制誥和知承旨爲從五品。一般知制誥和承旨的職位也會同時授予某人身上，也稱都知制誥承旨，正五品。皆稱爲內製事。
成均館是另一個核心部門，它主要皇帝和內閣做諮詢，也負責給皇帝、宗室、大臣們講課，所以成均館學士一般也叫侍講/侍讀學士。
大秦朝沿襲前周習慣，非侍講/侍讀學士不得擬定製令。即中書舍人、知制誥承旨必須是成均館學士。而要想進成均館，必須是庶吉士出身。而爲中書侍郎、門下侍郎或尚書僕射等宰輔閣相者，必須有當過中書舍人或知制誥承旨的經歷。所以纔有非庶吉士不得爲相的說法。
國史館，顧名思義，就是修前朝國史，而加國史館學士，只是一種榮職，並不真正來修史。集賢館，則是給一些學術拔尖、或精通雜學的文官特殊的榮譽職位。
武官系統，大秦朝沿前周制，有文武科舉。武科舉分州試、省試和會試。由州守備、行省總兵府和都督府主持。
武官之首爲上將軍，正二品，一般都是虛職，由王子遙領（一旦遙領即默認爲太子）。
以下爲五軍大都督府，上將軍即兼兵馬大都督，再分中前後左右五軍都督。中軍都督爲大都督府實際主持者，負責大秦朝的軍備防務，以大都督府的名義任命各級軍官武將。只有皇帝授權，方有調兵權。中軍都督也稱爲爲大司馬，從二品。
前後左右四軍都督爲中軍都督的副職，正三品，負責管理參軍、輜重、情報、武備等大都督府下屬各司。各司主官爲都司，從三品，副職爲都監，正四品。
各行省指揮使，邊疆軍鎮的軍兵馬統制一般爲從四品，鎮兵馬統制一般爲正四品，全稱爲提督某某行省等處兵馬指揮使，或統制某某軍鎮兵馬指揮使。兩者的區別是統制有部分便宜行事的權力，對屬下將領軍官的支配權更大些。兵馬提督和兵馬統制加普通將軍號（包括鎮守京師的鎮朔、金吾、龍虎）一般爲從三品。加鎮東西南北將軍號的，爲正三品，加徵東西南北將軍號的爲從二品。
五府守備爲從正四品，要州守備爲正五品，上州守備爲正六品，中州守備從六品，下州守備正七品。總兵官和守備之間還有某州防禦使，即巡視以某州爲核心的某幾州地區的防務兵備，爲總兵官的佐官，從五品或正五品。
中下縣尉從八品，上縣尉正八品，下面還有巡檢，即駐守要害關隘的軍官，從九品到正九品，爲縣尉佐官。
軍隊中分小旗、旗把總，都是未入流，類似士官、士官長，總旗從九品（連級，小旗十人，把總領三十人，總旗領百人）、幢武侯（副職），正九品，幢都武侯（正職）從八品（幢領五百人）；隊虞候（副職）正八品、都虞候（正職）從七品，營提轄（副職）正七品，都提轄（正職）從六品。小旗爲基本作戰單位，營是最高常規單位，以上就是軍、鎮，如泰寧軍先鋒營，或東寧鎮前鋒營。都提轄以上有管領，正六品，都管領，從五品，都是兵馬統制下屬，負責領兵，兵額不定，可能一營，也可能兩營。還有負責輜重糧草的提調、負責軍紀的提監，分別爲正五品，爲兵馬統制官的副職助手。
中軍都督可加柱國銜，爲領班軍機，協辦軍務的左右軍都督可加上護軍銜，加護軍的節度使（以上皆爲武將，需邊鎮軍帥出身，爲邊鎮地方軍代表），樞密使（皇帝代表）、同知樞密使（文官代表）組成軍機班，直接負責處理軍務，一般七到九人。
五軍都督、節度使、樞密使、同知樞密使以上皆稱之爲太尉。其中節度使可爲軍鎮主將，稱之爲節帥或軍前太尉，也可出巡邊關或地方，巡視防務軍備，此時被稱爲檢校太尉。只有加了護理軍務的護軍頭銜，不再兼任軍鎮主將的節度使，被稱之爲上護軍（上三節度使）或左右護軍（十二節度使），纔可入班軍機，協理軍務（作爲軍隊的代表）。
武官也分十八級，從從九品的旗把總到正四品的總兵和兵馬統制，再到正一品的上節度使。（地方爲總兵，邊關軍鎮爲兵馬統制）
如關東一般加鎮夷將軍號，西北一般加平戎、徵戎、鎮戎將軍，漠北一般加平虜、徵虜、鎮虜將軍，西南和南邊一般加平蠻、鎮蠻、安蠻將軍。負責北直隸安全、京師外面總預備隊的北外大營統制加奮武將軍，負責南直隸外圍安全的加奮威將軍。京營都指揮使加鎮朔將軍號，侍衛司都指揮使加金吾將軍號，殿前司都指揮使加龍虎將軍號。
如果遇到大的外敵入侵的戰事，一般加鎮東西南北將軍號，負責東西南北方向的防務。如果要出征外敵，一般加徵東西南北將軍號。只有加了這些將軍號，纔有調兵權，地方必須配合糧草。如果武將不僅加將軍號，還加了節度使號，就稱爲節帥，等於前漢晉的持節，戰時可斬殺麾下違反軍令的文武官將。
樞密院名義上屬於兵馬大都督府的常設辦事機構，但實際上樞密使是皇帝的代表，同知樞密使是文官的代表。它只是負責代表皇帝和文官體系溝通和監察武官體系。
文武官員，從正九品官稱爲末流官，從八品官到正六品官，都叫外官，就是還有沒有資格上朝的官員。從正五品官，叫殿下朝官，就是有資格到殿外排着上朝了，從四品以上，叫殿上朝官，屬於有資格上朝的高官了。正職，可以坐在大堂上執掌權柄的叫堂上官，其餘叫堂下官。