兩淮兵，尤其是淮西兵，確實爲大秦雄兵，他們看到賊軍被團練軍幾輪槍炮打得神搖魂散之際，不約而同地發起了攻擊。
淮西兵以長槍兵聞名，三五成羣，結隊而行。他們分成上百個小陣，合爲一支鋒矢大陣，對着賊軍右路猛紮了過去。這些淮西兵小隊往往是先左右晃刺，牽擾敵手，讓其心神皆亂。這時經驗老到的老兵一前一後，趁虛而入，一槍不行再來一槍，連綿不絕，總能要了敵手的命，端是老辣狠毒。
遇到扎手或結隊的敵手，左右長槍手自會上前，看似左右亂扎，實際上是不動聲色間將敵手分割開來，落單的敵手自然由中間的老兵照顧，幾槍要了他的命，再轉下一個。他們互相配合，極爲嫺熟，進退有度，攻守有方。不一會就把賊軍右路扎得千倉百孔。
團練軍的鴛鴦陣的四名長槍手，就是傳承這淮西軍的槍術。都是由淮西軍將世家帶到九邊，經過上百年曆練精簡，然後再由劉玄帶過來的家將軍官們傳授下來的。
淮東兵善用雁翎刀，尤其左手圓盾，右手刀，搶進貼近，搏殺於咫尺間。他們在左路，先全軍待發，蹲在那裡，等後面的弓箭手對着前面的賊軍先來上三輪急射，射得對方陣形疏散。淮東刀手們一聲暴喝，搶將上去，分成數百小隊，各自廝殺，就跟數百把匕首扎進了賊軍的身體，扎得他們到處流血。
這個時候，賊首巫多寶、巫寶佛、彭明燈等人都看出來，前軍非常危險，一旦最精銳的前軍被打崩了，整個大軍就會土崩瓦解。唯一之計就是往後退，讓出地方來。一來可以避開官軍的鋒銳；二來把官軍進攻隊形拉出空隙，以便有機可乘；三是騰出地方來，可以發揮他們人多勢衆的優勢。
但是這時他們又不敢叫全軍轉進後退，幾個賊首都知道，他們部衆不是訓練有素、紀律嚴明的官軍，一個不慎引發崩潰，二十多萬人瞬間能給你跑得乾乾淨淨。
於是他們叫心腹將領分批下去，指揮各營各隊緩緩後退。幸好賊軍人太多了，前軍被打得血肉橫飛，後面隔得老遠，完全看不到，只是聽着熱鬧，心裡有些彷徨而已。在上百賊首的調度指揮，先後軍各營，再中軍各營，緩緩向後退。前軍後隊也緩緩向後退。官軍歇了一會，又開始逼了上來，又是同樣的套路，還是打得賊軍沒有脾氣，又陷入此前同樣的困境。
不過一個時辰，賊軍前軍三四萬死傷近半，就算他們是最狂熱、最癲瘋的教衆，也要撐不住了。而前軍不利的消息也終於傳到中軍，開始向後軍蔓延，各色消息亂飛。賊首們帶着執法隊，在各營各隊巡邏，一口氣殺了數百人，終於制住了這股“邪風”。
“賊軍退到哪裡？”劉玄放下單筒望遠鏡，頭也不回地問道。
“回大人，賊軍後軍退到了錢江邊上了，陣營離江邊不過百丈。”李公亮馬上答道。
“該結束了。發信號！”
“遵令！”
聽到中營傳來的悠長雄渾的號聲，官軍各營各隊都聽出了，“此戰勝敗，在此一舉！”
團練軍最先響應，軍官大聲吼道：“臨兵鬥者皆陣列在前！”
衆軍齊聲高喊：“呼！呼！呼！”
軍官繼續高聲大吼道：“侵掠如火！”
“火！火！火！”團練軍各營齊聲高呼響應道，剛纔他們一直壓着賊軍什麼“神兵聖兵”打，打得他們步步後退，也把已方的士氣打得萬分高漲，對妖教邪祟之術的畏懼也早就煙消雲散。聽到這總攻令，不由歡呼雀躍，各個奮勇向前，就連後面的輔兵也拔出柳葉刀，跟在大隊人馬後面，向賊軍衝去。
兩淮軍也接到命令，同時在左右兩路不留餘力地兵力齊發。剛纔在後面一直閒散不動，只是墜在步軍後面的兩千淮西騎兵開始行動了。他們從兜裡掏出一把黃豆，給坐騎餵了一把，然後摘下長槍，拔出馬刀。
李純臣策馬走到了最前面，身後跟着數十位帳門披甲。他緩緩拔出馬刀，轉過頭來對身後的騎兵部衆大聲吼道：“兒郎們！”
“在！”騎兵們大吼應道。
“來世有緣再做兄弟！”
“好咧！”衆騎齊聲應道，幾乎把胸膛都要吼裂了。
“走起！”李純臣一舉馬刀，高聲道，然後策馬啓動。
“走起！走起！”騎兵們紛紛應道，揮動着刀槍，策動着坐騎，跟着李純臣繞過淮西步軍軍陣，畫出一道弧線，向賊軍右側翼直衝過去。
這時，一支火箭飛上了天，在空中炸開，現出一團巨大的火花，五顏六色甚是好看。
這團火花，賊軍後軍也看到了，就在他們仰着脖子，看着天邊，想着不知道還有這麼好看的煙花沒有，卻沒有注意到錢江上緩緩駛過來一行船隊。都是數丈高的三桅海船，黑黝黝的炮口已經拉了起來。這是兩浙水師的主力炮艦，除了十三艘閘船外，只有兩艘海鷹船，不過火炮很多。少則二十四門，多則四十六門，最多的是二十四斤短炮，還有部分三十六斤炮。
這十五艘船慢慢地靠近了北岸，賊軍們也終於發現它們，轉過身來，圍着這些一字排開的海船，指指點點。有機靈的賊軍連忙向上稟報，只是還沒等報到巫多寶等人跟前，何芝貴已經叫人發出了旗語，用獨彈，自由射擊，可視與敵距離和殺傷效果更換彈種。
等到其餘船隻回覆確定收到的訊息後，何芝貴狠狠地下令道：“開炮！”
兩三百門二十四斤以上短炮開火，聲勢遠勝團練軍火炮隊數十倍，就是遠在十幾裡外的杭州城也被嚇住，整個城池在無比巨大的聲響中瑟瑟發抖。
火光中，一枚枚灼熱發紅的鐵彈從濃煙中鑽了出來，飛向耳朵幾乎被震聾的賊軍們。一路過去，任何物體，包括血肉，都會被擊得粉碎。不少賊軍看到身邊的同伴突然間頭碎了，剩下一具無頭屍身站在那裡好一會都不倒；又或者中間軀幹被打成一團血霧，只留下四肢和脖子頭在地上抽搐滾動着；又或者半邊肩膀和手瞬間就不見，他卻渾然不知，還站在那裡對着你傻笑。
種種慘狀，比賊衆們能夠想象的地獄還要慘數倍。他們或者被嚇得失聲尖叫，或者是屎尿齊流。有的運氣好，下一輪炮擊他們就中了，不用在這人間煉獄中遭受折磨了。
後軍都是老弱病殘，他們的鬥志和意念比起前軍那些狂熱分子差之千百倍，只是兩輪，反應過來的他們就哭爹喊娘地向前狂奔，只求離開這該死的地方。執法隊開始還想着阻攔一二，不想瞬間就被推倒在地，然後無數雙腳板從他們身上踩了過去，將他們與地上黑紅色的泥土混爲一體。
上十萬的後軍炸了營，後果極其嚴重，他們形成了一股勢不可擋的洪流，橫掃着擋在他們前面的一切。已經集結好，正要上去增援前軍，並準備趁着官軍接連進攻，鋒芒已頓的大好時機發起反攻的中軍，被後軍從後面一衝，也亂了。
他們雖然經歷過戰事，都是青壯中堅，可畢竟沒有接受過正規嚴格的訓練。看到已軍從身後烏泱泱地衝了過來，就跟炸了窩的螞蟻一般，惶惶不可終日，裡面甚至還有他們的親友，也不知該怎麼辦。部分中軍下意識地也跟着跑了起來，一傳十，十傳百，不一會，中軍被後軍完全給衝潰了，不到半個時辰，二十多萬賊軍跑得漫山遍野都是。
何芝貴看到三輪火炮就把賊衆後軍打崩，便下令停止炮擊。這彈子藥子很貴的，可不能順便浪。他接着傳令，叫停在後面的其它海船靠岸，三千全副武裝的水兵結隊上岸，開始對賊軍發起夾擊。
宋輔臣也帶着六千守軍衝出了城，與團練軍、兩淮軍和兩浙水師水兵一起，追着賊軍窮追猛打。大部分賊軍沿着富春江蒙着頭往嚴州老巢狂奔，少部分賊軍比較機靈，脫離開大隊人馬，往於潛、餘杭一帶逃去。
根據劉玄、何芝貴的聯合命令，水師船隊在富春江上游弋，嚴防賊軍過江。團練軍、兩淮軍沿富春江，追擊賊軍主力，杭州守軍直插餘杭、於潛，防止賊軍向天目山區逃竄。並傳檄各州縣，諭曉地方鄉紳民勇，擒獲賊首可得銀若干，賊衆又可得銀若干。
不過兩日，檢得賊衆首級一萬九千顆，其中有神兵、紅巾聖兵、持燈兵有一萬四千餘，還有不少估計是拼都拼不齊了，只好作罷。俘獲賊衆近二十萬。賊首巫多寶、巫寶佛以下三百餘賊首被執，更有兩百餘賊首被斬殺，以首級留檔。彭明燈等少數賊首逃遁入嚴州，僅以身免。
停了三日，等到城外賊蹤難覓，劉玄遣人向兩浙布政使李秀其稟告，求入城。第三日，李秀其遣署理轉運使衛仲凌、杭州通判署理知杭州事桂修文以及寧師道等人爲代表，出迎劉玄、何芝貴、李純臣、寧世衡、胡伯恩、賈政等得勝之師。
而在諸暨縣城下，杭州大敗的消息傳來，賊軍頓時炸了窩，潘籍、樊春霆、李續斌、姜忠源領兵出擊，追殺了上百里，巫金剛等賊首數百人死於亂軍，田七寶少數人遁逃無影。