留下一部分人馬與御營親衛一道保護行宮，有人打掃行宮前的戰場，把屍體擡走，把鮮血用清水沖洗乾淨，黃得功自然不會管這些瑣事，他提鞭馬，帶着一支人馬一陣風似地走了。
半夜三更來了這段插曲，朱由崧重到回行宮也睡不着了，眼前是四更天了，朱由崧興致尚濃，在行宮的舞池裡舞起劍來，劍光繚繞，劍風呼嘯，一直到天亮。
早膳之後，朱由崧安排人立即出榜安民，身爲大明龍興之地的都，深更半夜老打仗，老百姓人心惶惶，這一出榜詔告天下，都知道怎麼回事了，原來是不法軍將造反，詐降殺駕，現在皇已經控制了局面，對這些人必將嚴懲不貸。
午巳時，有人來報，黃得功帶着丘鉞、張傑和陳獻策跪倒在宮門外請罪。
朱由崧知道黃得功等人又沒抓着李成棟，這傢伙真是個泥鰍，滑的還滑，於是傳見黃得功等四人。
四將進來跪伏在朱由崧近前，滿面羞愧，由黃得功稟陣經過，果然不出朱由崧所料，丘鉞和張傑、陳獻策連夜追殺李成棟和王直，一直追到東城門。
這時東城門處正在激戰，原因是王直事先安排的人要搶佔城門，守城兵將誓死力戰，城門才未被搶下，李成棟和王直敗到，三總兵帶人馬追到，自然又是場混戰，結果李成棟的人馬和王直的人馬全部戰死，但查找屍體卻沒有少了李成棟和王直，這時黃得功趕到了，傳令全城搜查，一直搜到天亮也沒有發現這二人的影子。
後來有人發現南城牆下有幾具裸屍，裸屍旁邊有一段由腰帶和軍衣做成的特殊繩子，經辨認死者全是黃得功的部下，黃得功明白了，肯定是李成棟和王直趁亂在夜幕的掩護下跑到這裡，殺了守城兵卒，用他們的衣服和腰帶做成繩子從這裡墜城而逃了。
黃得功氣得臉都青了，掄起鐵鞭咔嚓一聲將南門守將的腦袋砸了個稀巴爛，但還不解氣，又甩了丘鉞、張傑和陳獻策三個總兵每人一頓嘴巴子，三個總兵臉當時胖了，順着嘴角流血，但是三將連個扁屁也不敢放，知道他們撿大便宜了，若非他們身爲總兵，侯爺也會像砸南門守將一樣用鐵鞭砸爛他們的腦袋。
黃得功拿他們撒完氣之後，帶着三個總兵這纔來向朱由崧請罪。
朱由崧仍然沒有怪他們，不是黃得功等人無能，而是因爲李成棟太奸猾了，但皇越寬恕，黃得功四將心裡越不安，這樣一個罪大惡極之人這便宜地成了漏之魚？
朱由崧笑了：“衆卿，放心吧，他跑不了！”
四將自然不知其奧妙，驚疑地看着朱由崧，朱由崧笑而不答，他自然也不敢多問。
這時有人來報，總兵官黃名因傷勢過重，失血過多，不治而亡。
黃得功等人肅然，朱由崧以沉重的語氣道：“黃總兵是朕的英雄，也是我大明朝的脊樑，傳朕的旨意按公侯的規格厚葬之，並撫卹其妻女家小，公侯世襲。”
這時陳獻策的副將來報，李成棟和王直本次投誠的部衆全部抓起來了，除了八千三百人了參與昨晚的兵變，這八千三百兵將當大部分戰死，一部分被皇直接處死，還有二千人一百人再次被俘。另外還有一萬三千四百五十人未參與昨晚的兵變，經查他們對昨晚之事一無所知，對這些人特來請示如何處置。
黃得功把眼一瞪，“蠢才，請示的何來，沒他孃的一個好東西，全都凌遲處死，一個不留！”
“慢！”朱由崧制止了他，“朕只殺該殺之人，不能濫殺無辜，對未參與昨晚之事的一萬三千四百五十人全部釋放，繼續進行改編，對參與昨晚兵變的二千一百名俘虜全部斬首。”
當天一萬三千四百五十名軍將被無罪釋放，而那參與兵變的二千一百人被砍了頭，消息傳出，全城轟動。市農商賈，街頭巷尾，議論紛紛，無不豎大指贊成他們的陛下是一位賞罰分明、敵我分明、功過分明的英明帝王。
最感激的當然是這一萬三千四百五十名兵將，他們原是高傑的舊部，被編在李成棟和王直手下聽用，自此以後，感激涕零，感念皇恩浩蕩，死心踏地地歸順了朝廷。
鳳陽城現有五萬軍隊，大致可分爲三部分，一部分是黃得功從滁州帶出的人馬，一部分是朱由崧從南京帶來的京營兵，還有一部分是高傑的舊部，原直屬於李成棟和王直的人馬，又用了三天的時間，朱由崧對這五萬人馬進了整編，全部成了他的死忠。
這時又一個大好的消息傳來，李全帶着四萬人馬浩浩蕩蕩開到了鳳陽南門之外。
朱由崧喜出望外，數日之前，他親自指揮的儀真大捷成功伏擊了高傑的主力，四萬人馬全軍覆沒，算胡茂楨的一萬前軍先頭騎兵，準確地地說，那一戰使高傑的五萬大軍吹燈拔蠟，光俘虜接近三萬，再算傷兵營，超過三萬一千人。
當時朱由崧急着出兵泗州，給李全留下一萬人馬處理儀真伏擊戰的戰後事宜，打理戰利品，清掃戰場，改編俘虜，救治傷號等等，全都交給這位東廠的掌刑千戶。
如今屈指一算，半個多月過去了，李全也該回來了。
朱由崧帶着黃得功等人大開城門，接出南城。
皇親自出城迎接軍將入城，那排場不是一般的大，大街小巷早站滿了執勤的甲衣兵士，一直排出城外。
此時南城外的官道，旌旗漫天，號帶飄揚，如巨龍般的隊伍佈滿了官道，一眼望不到邊。晴空秋日下，軍將們甲衣閃亮，刀槍如麥穗，劍戟似麻林。
黃得功帶着三個總兵官親自護駕，加逾千名御營衛隊，沒頂盔貫甲，着一身嶄新的黃色團龍袍、頭戴束髮金龍冠的朱由崧不坐龍輦而是騎着千里一盞燈，款步前行，引得早安定下來的城百姓再次涌街頭競睹龍顏。
當朱由崧的馬頭剛出城門洞時，百米開外的李全已經跳下戰馬，風塵僕僕的他一路小跑來到距離朱由崧十步左右站定，整甲抖袍，跪倒在地，往叩頭，“東廠掌刑千戶李全參見皇，吾皇萬歲萬歲萬萬歲。”