接着朱由崧開始調兵譴將了，當即傳旨從京營兵抽調四萬，從附近的鳳陽、泗州、揚州、鎮江、滁州、和州、蕪湖等地抽調三萬，從操江水師抽調五千組成水師營，加五千御營兵，連同馬步軍一共是八萬大軍征討左良玉。
讓鄭鴻逵統兵一萬爲先鋒營，剩餘的六萬人馬組成馬步營，加五千御營由朱由崧親自統領，劉肇基作爲馬步營副統領兼御營統領，還有五千水師營交由鐵臂蒼龍賀兆雄指揮，沿江而，朱由崧的計劃是水陸並進。
現在的操江水師也今非昔，由原來的一萬餘兵馬發展至一萬三千餘人，這主要是綠柳山莊接受朝廷招安以後，山兩千多名莊兵全部編入操江水師的緣故，老英雄賀兆雄也在水師任指揮使，現在朱由崧傳旨把這兩千多莊兵全部抽出，又從操江水師抽出兩千多精銳，合在一起共五千人交由鐵臂蒼龍賀兆雄統領，任命操江水師的僉都御使海盜出身的鄭彩爲水師副統領，賀宣嬌、柳春紅等作爲參將偏將一起隨水師一起出徵。
這次御駕親征與以往不同，朱由崧不知道多久戰事才能結事，參考歷史的大事時間表對京師做了周密部署，不能棋勝不顧家，讓閻應元帶領六萬京營、操江水師提督尚有八千水師配合，負責京畿一帶的安全，錦衣衛都指揮使祖海統領萬名錦衣衛負責維持京師百官秩序，朱由崧把京師軍政事務臨時由交給內閣首輔兼兵部尚書高弘圖和大學士王鐸負責，京師的兵備事宜當然由劉孔昭主事，讓兵部、戶部和御馬監緊密配合，十日之內八萬大軍必須完成集結，所須糧草軍餉也須齊備，朱由崧決定十日後起兵。
今年武科取士的九名榜者，目前只有鄭大木一人在京城，因此朱由崧這次決定帶着他一起征討左良玉，也好讓這位歷史的民族雄走出校門先到戰場歷練一下。
御前會議散去之後，參加的十一位武大員按照朱由崧的龍意擬旨的擬旨，準備糧餉的準備糧餉，該抽調兵馬的抽調兵馬，該發佈檄的發佈檄。
因爲算是朝廷用兵也得師出有名，不是無辜興兵，而且還是朝廷討罰大臣，對方是朝廷親封的平賊大將軍、寧南伯武昌侯、太子少保等，這更得有個名分了。
不然，朝廷知道怎麼回事，老百姓不知，天下之口悠悠。連年的征戰，老百姓飽受戰亂之苦，流離失所，背井離鄉，他們對戰爭深惡痛絕，要罵得讓老百姓罵左良玉是亂臣賊子，而絕不能讓百姓罵他這個帝王縱兵濫伐，昏庸無道。
像是前者朱由崧對四鎮軍將用兵，老百姓都知道高傑泛兵揚州，對抗朝廷，都知道劉良佐和劉澤清不聽朝廷調度，不討賊驅虜，因此朝廷必然要剿滅之。
因此，朱由崧一邊命大學士王鐸擬寫討賊檄，一邊讓內閣首輔與司禮監擬旨，一日內連發了十二道金牌，急詔左良玉進京面聖，共商討賊驅虜事宜。
南京離武漢千里之遙，沒有現代的通訊工具，但古代傳遞烽火有自己的獨特方式，不止是用狼煙，還設有專門的驛站，一日之內能達數百里，因此左良玉接到金牌趕往京城也是綽綽有餘的。
然而十日後左良杳無音訊，十二道金牌全部石沉大海，這也是在朱由崧預料之的，這時兵員糧草等均已齊備，大學士王鐸洋洋灑灑的討逆檄也寫好了，朱由崧看過之後非常滿意，這時南京城外八萬大軍整裝待發。
朱由崧一身戎裝，劉肇基、李全、鄭大木緊隨左右，高弘圖率武百官列隊送行，老百姓知道了紛紛涌街頭，看這位帝王又要御駕親征了，議論紛紛，有人給他盤點了一下，朱由崧從五月登基到現在，半年時間這已經是第五次御駕親征了，前四次是征討四鎮不法軍將的，這次又是討伐誰呀？
朱由崧命人當衆頌讀討賊檄，老百姓這才知道真相，原來是功高蓋世的武昌侯左良玉又造反了，有罵亂臣賊子的，有感嘆朝廷命運多桀的，朱由崧發佈討賊檄之後祭旗起兵。
這時金皇后帶着選侍女嬋兒扯着小柳是也出再現送行的隊伍之，寒風他們如花的小臉泛着紅潤，錦衣玉袍下如尋的肌膚再配金銀玉珠的首飾如鮮花般盛開在朱由崧眼前。
朱由崧向她們微笑致意，昨天晚，朱由崧與皇后和嬋兒同榻而眠，又玩了一次燕雙飛，如今又要分別一段時間了。
三聲炮響，鄭鴻逵的先鋒營開拔了。
一個時辰之後，朱由崧的馬步營和御營也起隊了，水師營逆江而，破冰而行。
寒風蕭蕭，戰馬嘶鳴，戰旗獵獵，八萬大軍浩浩蕩蕩出京師向西開往九江方向。
此時的武昌草木皆兵。左良玉早接到了朱由崧的十二道金牌，知道皇這是要對他對手的前奏。
對這個帝王這幾個月的所作所爲，左良玉遠在武昌但也瞭如指掌，皇勵精圖治，恩威並用，清洗廠衛，先後對四鎮用兵，兩路興師討賊平虜，收復了河南山東大片失地，萬民稱頌，本來他對這個功夫帝王也多了幾分敬畏。
然而，他與東林黨的關係讓這位武昌侯如芒在背，先是侯方域來遊說他，讓他另立新君，儘管他不爲所動，但沒有疏朝廷這是罪狀。現在東林黨垮臺了，錢謙益夫婦出家了，皇家書院代替了東林書院，很多東林的骨幹歸順了朝廷，左良玉覺得皇肯定不會放過他，別的不說，單他與東林黨來往的書信至少得下大獄，如果再加自己到處縱兵搶劫、包庇東林餘孽等等罪名，腦袋肯定保不住了。
這幾天，侯方域拉着左夢庚等一直在他耳邊吹風，說當今天子如何無道，他思前想後終於下定決心大幹一場，於是開始擴張實力，李自成的殘兵敗將跑過來的，他統統全收，又徵招了一部分兵馬，現在他的總兵力突破五十三萬，對外號稱六十萬。
這時朱由崧的十二道金牌到了。