劉進忠得到報告，四軍主將椿樹灣了明軍的計策傷亡慘重，大敗而回，大批的明軍已經殺到城下。
劉進忠大驚，戰場真是瞬息萬變，剛纔不是大西軍攻進了明軍的大營，明軍被殺得大敗，怎麼轉眼之間有如此慘敗？
很快，劉進忠明白了。李自成製造了兵變，雞鳴山劫糧肯定不會成功。想讓明軍首尾難顧已經成爲奢望，椿樹灣的明軍大營本來是朱由崧故意露出的破綻，在這種情況下四軍主將不敗等什麼呢？
劉進忠不敢再追殺李自成了，現在他調動的人馬全都是守城的兵將。
按照張獻忠事前的分工，劉進忠的主要任務是守住夔州城，保護皇宮，現在皇宮出了這麼大的事，張獻忠還沒找他算賬，如果夔州再丟了，張獻忠非刨他的祖墳不可。
負責鎮守夔州的大西軍共有5萬，除去守把皇宮的一萬軍隊，實際城防力量只有4萬人，李自成製造了夔州兵變殺進了皇宮，劉進忠又緊急抽調了兩萬多人馬，這樣算來現在守城的人馬不足兩萬人，這麼大的夔州城一萬多人如何守得住？
而且現在更要命的是，四軍主將帶着殘兵敗將大敗而回，明軍緊追不捨，尾隨而至，明軍士氣正盛，大西軍軍心渙散。
還有北城門現在尚未奪回，李自成這幾千人馬也不是好對付的，雖然他們只有4000人左右，李自成悍猛，李過，高一功，袁宗第，劉芳亮，田見秀，皆是萬人敵。
因此劉進忠權衡利弊之後，決定不再追擊李自成了，必須得糾集人馬守住夔州城。
因此劉進忠指揮着人馬打算城守城。
現在四軍主將帶回來的人馬也不知道有多少，在椿樹灣明軍大營，前軍主將王定國遇到了馬金花，王定國捱了一槍，已經死在亂軍之。現在四軍主將逃回夔州城的只有軍主將王尚禮，左軍主將馬元利和右軍主將張化龍。
等這三員主將糾集殘部在劉進忠的人馬屁股後面準備城守城的時候，已經晚了。
李柱石的炮營壓制住城頭城的火力之後，守城的人馬來來回回，增增減減，軍心早已浮動，有的指揮混亂，一會兒東一會兒西，弄得這些守城的兵將暈頭轉向，不知道該聽誰的，不少軍將罵罵咧咧擠在一起，還沒到指定的地點便被炸得稀爛，有的乾脆趁着混亂逃命了。
因此李柱石的炮營停止攻擊之後，大批的明軍一鼓作氣便攻城頭。
大西軍剛剛在椿樹灣吃了敗仗，也不知道又明軍又衝來多少，因爲這是黑天，到處是火把，喊殺聲震天動地，大西軍軍心大散，兵無鬥志，這些殘兵敗將很大一部分是在逃命，因此明軍很快攻入城。
從明軍開始攻城到大批的軍隊攻入城，只用了一頓飯的時間。這可以說是朱由崧的軍隊攻城最快的一次，稱得是閃電戰，對固若金湯的夔州城，簡直是一種諷刺。
此時城的大西軍隊並不少，如果數一數，應該不會少於10萬，但是再多的人馬軍心浮動，指揮不靈也形不成戰力，這像是人沒了精神，軍隊沒有了軍魂，只能幹吃敗仗，任人宰割。
劉進忠一看夔州是守不住了帶着一支人馬，退下城頭，火急火燎的來見張獻忠：“陛下，城破了，微臣有罪，先讓微臣護駕離開夔州這是非之地，然後臣再領罪。”
張獻忠聞言大怒，御醫現在正在搶救他的愛妃李納，李自成造反打亂了他的全盤計劃，他也知道椿樹灣一戰必敗，雞鳴山劫糧也不會有結果，但是沒想到夔州成這麼快破了，正愁沒地方撒氣呢，此時的劉進忠便成了他的出氣筒。
“廢物，留你何用？”張獻忠一刀把劉進忠劈倒在地。
劉進忠身後的幾名親隨兵將，在宮門口看到這一情景嚇得差點尿褲，全都跪趴在地，大氣都不敢哈一聲，他們的頭兒劉進忠都死了，估計他們也得倒黴。
但是張獻忠沒有拿他們開刀，這也算是法不責衆吧，另外，張獻忠不能把自己的人都殺了，非常時期正在用人，那樣誰來護駕呢？
殺一個罪魁禍首劉進忠出口惡氣行了，其實劉進忠成爲替罪羊並不冤，皇宮他守不住，夔州城他還守不住，難怪張獻忠要拿他開刀了。
不過歷史的劉進忠可不是這樣死的。
據記載，弘光帝政權滅亡以後，清軍大舉南下不久進圖四川，清廷勸張獻忠投降，張獻忠不理不問，堅持抗清。張獻忠御駕親征西充鳳凰山扎御營，廣寧守將劉進忠率衆投降了韃子，背叛了張獻忠當了可恥的漢奸。
劉進忠給清廷獻計，導致鳳凰山一戰，張獻忠大敗，張獻忠箭落馬，結束了他叱吒風雲的一生。
現在由於朱由崧的穿越，不但改變了李自成的命運，也改變了張獻忠的命運，這樣劉進忠不但沒有機會背叛張獻忠投降韃子當漢奸，反而被張獻忠所殺，這也算是輪迴報應吧。
張獻忠殺完劉進忠之後，知道夔州城已經守不住了，讓軍主將王尚禮護駕，帶着已經脫離生命危險的李納從南門倉皇出逃。
留下左軍主將馬元利和右軍主將張化龍各率領本部馬守城斷後。明知道守不住了還讓他們守城，其實張獻忠是讓他們留下當炮灰，否則他沒有機會逃跑。
馬元利和張華龍不敢抗命，椿樹灣一戰，二將大敗而回，損兵折將，張獻忠沒有治他們的罪，二將感念皇恩浩蕩，現在讓他們斷後，無疑也是對他們的信任，也是將功補過的一個時機。
因此這二將毫無怨言，帶着四萬多人拼死力戰，在夔州城內跟明軍展開了巷戰，以掩護他們的陛下張獻忠撤退。
夔州激戰一直殺到天亮，直到馬元利和張華龍兩員主將，雙雙死於亂軍之，剩餘的萬餘大西軍全部棄械投降，這場大戰才宣告結束。
這天午巳時過後，朱由崧在御營衛隊的保護下，浩浩蕩蕩的開進了夔州城。