黃旭現在是帝國的皇上,他雖然仍是軍隊的最高統帥,但他也不可能事都親躬，所以，找到一個合適的代言人那是很有必要的，如此一來，整軍備戰這個重任，自然而然地就落到了曾國藩的頭上.
曾國藩被任命爲太平軍的元帥，負責掌管整個軍隊的具體事務。
在黃旭的建軍思想指引下，在曾國藩的主持下,整個太平大軍進行了擴編，大軍以軍團爲主要單位，軍團之下是師，師之下是旅，旅之下是團，團之下是營，再連再排，而後到班，最後是列兵。
而每一級按三三編製成軍，即三個班爲一個排，三個排爲一個連，三個連爲一個營……以此類推。
普通騎兵,重裝騎兵,普通步兵,重裝步兵等四個兵種,總計擴編爲八個軍團,也就是說，每個軍種下轄兩個軍團,而每個也有自己獨立的番號，第一,二軍團爲普通步兵,第三,四軍團爲重裝步兵,五,六軍團則爲普通騎兵,七八軍團爲重裝騎兵.
步騎的司令官仍然是保平安,副司令官爲崔敏，步騎大軍也是太平軍中人數最多，份量最重的主力大軍，保平安與崔敏的責任不可謂不大。
在保平安與崔敏之下，各軍團的主官也已確定下來。
第一軍團,軍團長由崔敏兼任,不設副軍團長.
第二軍團,軍團長盧博,副軍團長餘震東, 盧博與餘震東一直以來的心願就是能馳騁疆場，爲國殺敵，此次，在黃旭的授意下，曾國藩對二人做此任命，盧餘二人終於是得償所願.
第三軍團,軍團長鬍林翼,副軍團長羅澤南
第四軍團,軍團長曾國華,副軍團長彭玉麟
第五軍團,軍團長曾國荃,副軍團長曾三
第六軍團,軍團長呂擎天,副軍團長李開芳,其中,副軍團長李開芳是太平軍將領中的後起之秀,他是曾國藩慧眼識珠,從最低層提拔起來的優秀將領。被委以重任，那是衆望所歸.而呂擎天則是軍中元老，除了所建戰功頗多之外，他還曾經與黃旭兄弟相稱。也算是黃旭名義上的一個兄長來的。雖然說，他們誰都沒當一回事。也沒有多少人知道，但畢竟這也是事實，所以，他做這第六軍團的軍團長也是實至名歸。
第七軍團,軍團長田小二,副軍團長東方不惑,黃旭的這兩個兄弟,帶領特戰分隊爲國征戰多年,不但積累了豐富的實戰經驗,而且。功勳卓著，所以,既然是龍,那就應該放之於大海,任其遨遊,所以,黃旭也願意給自家兄弟一個機會,讓他們去建功立業。
第八軍團,軍團長陳玉成，副軍團長羅大綱, 說起來這陳玉成與羅大綱,那也不是平常的人物,此二人都是太平軍中著名將領，特別是陳玉成，他有一個綽號，名叫“瘋狗”，意思是說。他這人就是個拼命三郎，打起仗來，那是不要命的主。
步騎總計八個軍團，的確算得上是軍中主力。
步騎軍團之後。得到升格的是弓箭手獨立大隊，弓箭手獨立大隊升格爲弓箭軍團,番號爲第九軍團,軍團長由原主將楊宜清升任,原副將呂擎天已升任第六軍團的軍團長,所以,副軍團長由楊宜清的兄弟傅忠信接任.
弓箭軍團也是軍中利器，太平軍中的又一主力。
除了這兩大主力之外，還需大書特書的則是可稱之爲國之利器的火器軍團。
由左宗棠統領的火器軍團，在原先那一個軍團的基礎上,又增設了二個軍團,總計是組建起了三個軍團,司令官仍然是左宗棠,但不設副司令官，一應大事全都由左宗棠說了算。
三個火器軍團的番號分別是,第十軍團,第十一軍團,第十二軍團.
第十軍團的軍團長由李秀成擔任,同樣不設副軍團長。.
這第十軍團也就是原先左宗棠率領的那個火器軍團的老底子,也是三個火器軍團中綜合實力最強的一個軍團,而李秀成出任這第一軍團的軍團長也是最合適的，因爲，他在出任大內總事務長及九門提督之前，原本就是火器營的主將，對火器那是非常之熟悉，而且，他爲將多年，同樣是戰功卓著，如果讓這樣優秀的將領去做一個近侍，那不是暴殄天物嘛，黃旭與曾國藩可不願意這樣幹。
而李秀成大內及九門的職務則由關唐接任,本來，關唐也想來軍中，但黃旭不讓，關唐也只好勉強接受了新的職務，不過，黃旭還是答應他，在合適的時候，他會允許關唐到軍中效力，這樣一來，關唐也就安心地做他的大內總事長及九門提督了。.
第十一軍團軍團長爲李元度,副軍團爲胡四兒
第十二軍團軍團長爲劉坤一.,副軍團爲江忠源.
以前的工兵營升格爲工程兵特種師,師長官朱衣點,不設副長官.
後勤保障大隊擴編爲後勤保障軍團,軍團長餘一龍,副軍團長段一虎.
特種作戰分隊擴編爲特種作戰大隊,總計爲三千人,直接隸屬於黃旭,由黃旭出任總統領,大隊下轄三個分隊,每個分隊再設三個小隊,分隊長及小隊長由黃旭再委派心腹將領擔任.
關鍵的三個分隊長分別由李世賢，韋俊，林鳳祥擔任.這三人也是太平軍中的後起之秀,屬於完全效忠於黃旭個人的那種將領.
情報處升爲情報部,由姚大洪任部長,劉玉華任副部長.
另外,黃旭還特別組建了一支新的軍種,名爲海軍,黃旭明白,如想征服列強,那免不了要漂洋過海,而要飄洋過海，那就少不了海軍，先不說其它遠一點的國家,就說這一衣帶水的倭國,那如果沒有海軍,想要戰勝他們，那是相當困難的，所以,黃旭開始花大力氣組建海軍.
而出乎很多人意料之外的是，他將這個組建海軍的重要任務交給了他手下的兩員文官。李鴻章與駱秉章.
很多人都覺得黃旭這樣的任命是暈了頭，但是，黃旭卻清醒的很。
其實,黃旭以前也還真不知道這二人有這方面的才幹,只是由於一次無意間的談話改變了黃旭的看法。
那是一次非常普通的庭議，黃旭偶爾提起了海軍之事,朝中諸臣大多數都對此抱以冷漠的態度,唯有李。駱二人卻是侃侃而談,而且論道之精闢。讓黃旭歎爲觀止。這事給黃旭留下了深刻的印象，所以。當他下決定意欲組建海軍的時候，頭腦中馬上想到的就是這兩個人。
所以,當天國真正準備籌備海軍的時候,黃旭毫不猶豫地就認命二人出任海軍的兩大頭目,分別以海軍司令及海軍副司令的身份全權負責海軍的一切事宜.當然,這只是他們在海軍中的官位,他們軍機大臣的身份還在,還是要協助黃旭處理天國的軍國大事.
說起軍國大事，那就不得不說說這軍機處.
軍機處就是相當於後來的中常委,是太平天國的核心管理層,負責處理所有的軍政要務.
軍機處的人不多,除了軍機大臣之外,再就是軍機章京，軍機大臣,那不用說。主角嘛，而這所謂的軍機章京，那就是軍機處的小兒科了，說的白一點，就是在軍機處爲皇帝及軍機大臣跑腿的,還有一種說叫做軍機行走,當然，能在這當跑腿的，那也不是一般的人物。這腿也不是想跑就能跑的。
軍機大臣共有六位，曾國藩,趙小鋒,李鴻章,駱秉章,王小勇,諸葛吹燈。
前四人,我們再熟悉不過,都是跟隨黃旭許久的老人,而且都是黃旭身邊的核心智囊,王小勇就更不用提了,那是黃旭的兄弟,而諸葛吹燈其人,卻讓人有點陌生了.
說起這諸葛吹燈,還有一段往事。
其實，他是黃旭在一次微服私訪的過程中發掘出來的人才。
話說這諸葛吹燈在碰到黃旭之前,只是一介泥瓦匠,一番機緣巧合下,他結識了黃旭，從而得以飛黃騰達。
而這諸葛吹燈是如何認識黃旭的呢。這就要從諸葛吹燈泥瓦匠的身份開始說起，這諸葛吹燈與其他泥瓦匠很是不同，別人砌牆是一塊疊着一塊的往上砌,簡單,成本低而且效率又高,而他卻不同,他偏要將牆砌成格子狀的玩意,四塊磚爲一個單元,然後這樣慢慢往上砌.
而且,他這人還認死理,有些好心的泥瓦匠勸他說,如果他繼續如此做爲,恐怕沒有哪個老闆願意再請他,可是,諸葛吹燈卻不以爲然,只要有人請他，他就非得這樣幹不可,所以，最後的結果可想而知。
結果是什麼呢，結果就是,慢慢地,請他砌牆的人是越來越少,最後,諸葛吹燈吃飯都成了問題.
不過,這諸葛吹燈卻是個十分樂觀的人,不是沒人請他砌牆嗎,那不要緊,他可以爲其他的泥瓦匠打下手,做一些簡單的粗活,只求溫飽.
所以,很多人見他這樣,都笑他,說,諸葛吹燈啊,你這人可不咋地,好好的泥瓦匠不當,卻要去幹那些粗活,真是個榆木腦袋,但諸葛吹燈聽後,卻只是笑笑,並不以爲意,他想啊,這沒什麼不好啊,他靠自己的雙手勞動,養活自己,又沒當寄生蟲,別人愛怎麼說,就由他去吧.
黃旭聽說此事之後,覺得這諸葛吹燈還真有點意思,所以,就與他隨便交談了幾句,沒想,這一談不打緊,卻談出問題來了.
原來,這一談,卻是談出了一個大才.
黃旭在與諸葛吹燈交談的過程之中,發現這人的確是一個不可多得的人才,對很多事情,有自己獨到的見解,更難能可貴的是,他不受外界因素的影響,懂得獨立思考,堅持真理.
黃旭需要的就是這種人才.
因此,諸葛吹燈就跟着黃旭回了天京。
剛開始的時候，由於是新人,黃旭並沒有委他以重任,不過,在後續一系列的事件當中,諸葛吹燈用他的才幹證明了他是一個不可多得的宰輔之才,最終讓所有人都心服口服,黃旭也樂得順水推舟,將他提拔爲軍機大臣,居於這權力中樞,處理軍國大事.
說完了這六位軍機大臣,再來說說這四位軍機章京.
這四位軍機章京分別是姚大洪,田小二,劉玉華,以及東方不惑.
黃旭的其他四位兄弟。
這四位兄弟之所以能出任這軍機章京,有兩方面的原因,一方面,他們的確是才幹卓越,而且人也機靈,深受衆人好評,另一方面,黃旭也希望這幾位兄弟能再多多歷練,歷練,將來好委以重任,他需要這幾位兄弟將來幫他照看這個龐大的帝國呀.
軍隊整編完了,權力架構也搭建的差不多了,錢不缺,人不缺,糧不缺,可能,黃旭現在缺的就是一塊磨刀石,一個機會,那麼,誰會有幸成爲黃旭的這塊磨刀石呢,答案很快就會見分曉.