日軍的撤退過程正如伊藤博文所預料的一樣，他們在展開一輪暴風驟雨般的攻擊之後，太平軍的攻勢便被其壓制了下來，而趁此機會，日軍實施了原定的主力大撤退計劃。
一切竟然出奇的順利，日軍主力安全地撤走了。
當城外的李秀成發現情況有異，再重新發起猛攻之時，爲時已晚。
而直到那支被做爲疑兵而留守在京都的日軍讓太平軍斬殺乾淨之後，李秀成才終於明白了全部事情的真相。
日軍跑了，而且是在太平軍的眼皮底下溜走了。
而面對這樣的局面，李秀成不得不發出這樣的感慨，這個伊藤博文，真是個老狐狸，不過，在他的心裡面，還真有點佩服老狐狸這一招耍得高明。
沒辦法，李秀成在悔恨之餘，只能一面派出大軍追擊日軍，一面將此處的情況飛報黃旭。
而此刻身處大阪的黃旭自從到達大阪之後，也同樣沒有閒着，他一直關注着前線戰事的情況，不過，還好，前線無大事，黃旭心情也很不錯。
而按照李秀成一直以來的回報，前線的形勢都是非常的樂觀，估計不日就可拿下京都。
黃旭被這種勝利的氣氛感染着，一直都很高興，他是滿懷期冀地等着這勝利一刻的到來。
可是，到最後，勝利是等來了，但這勝利來的卻不是很完美，至少與黃旭心中的期待還有很大一段距離。
黃旭等來的雖是拿下京都的好消息，但日軍主力卻溜走了，看起來是個不錯的結果，實際卻是太平軍輸了一籌。
面對這樣的結果，黃旭着實有點高興不起來。
可是。結果就是結果，不高興也只能不高興，結果卻必須接受。
而在鬱悶了好一陣之後，黃旭這才收起心中所存的那點不高興，着手準備率軍進入京都。
一切都只能到了京都再說了。
而在稍作準備之後，黃旭便連同李鴻章。東方不惑等人一起率領後援大軍趕到京都城與李秀成所部匯合。
經過急行軍，很快，黃旭等人便進入了京都城。
入城坐定之後，李秀成便將中日雙方交戰的細節又向黃旭做了詳細的彙報，末了，他又向黃旭請罪，說是對於日軍逃脫一事，他甘領責罰。
李秀成是個高傲之人，就這麼被伊藤博文擺了一道。他除了懊惱之外，更覺得顏面無光，黃旭如要施以處罰，那他必定是心甘情願地接受。
可是，黃旭卻不會處罰李秀成，畢竟，既定的目標已經達成，京都城也已在太平軍的掌握之中。李秀成並沒有做錯什麼，不但無錯。而且有功。
如果嚴格說起來，進佔京都之後，李秀成就算是完成了任務，這可記一功，而如能打掉日軍主力，那可再記其一功。而日軍逃脫，那也只不過是讓李秀成的名字在功勞薄上少出現一次罷了。
說穿了，也就那麼回事。
而李秀成見黃旭不罪，只能感激地謝過。
然後，黃旭又問起日軍此時的動向。
李秀成便又說。他在攻入京都之後，便已派人對日軍進行了追擊，但是，日軍就象是兔子，跑得很快，太平軍在追出好幾十裡地之後，堪堪才追上日軍斷後的大軍，雙方經過一場激戰，太平軍全殲了日軍的斷後大軍，但是，就是這麼一耽擱，太平軍就再也無法再追上日軍主力了。
於是，太平軍便只能迴轉京都，再作打算。
而黃旭將一切瞭解清楚之後，便命令大軍略作休整，二天之後，再繼續前進，他們的下一下目標是名古屋。
只不過，黃旭等人此刻並不知道，名古屋已經一座空城，日軍已經直接撤退到日本國的心臟-東京了。
與此同時，就在太平軍朝名古屋進發之際，明治率領的先行大軍也已經抵達了東京。
他們這一路來真是趕得急，也許這就叫亡命而逃呢。
而直到抵達東京之後，明治的心才安定了下來，他在稍作歇息之後，便發出一道道命令，直接將整個東京都緊急動員起來，他明白時不我待的道理，在太平軍到來之前，明治必須抓緊時間加強東京的防守。
就當明治忙得熱火朝天的時候，伊藤博文率領的日軍主力也是安全地撤回了東京。
這讓明治非常之欣喜。
他當晚就舉行豐盛的晚宴，慰勞這些飽受捱打之苦的日軍將士。
而晚宴過後，明治又與伊藤博文進行了單獨的談話。
他們談論的核心問題只有一個，那就是防守東京。
“此次大軍主力能夠安然無恙地撤回東京，伊藤君當記首功。”明治稱讚道。
這是明治的肺腑之言。
“陛下言重了，這是臣的責任，況且，此次大軍主力能夠全身而退，完全是仰仗陛下的天威，臣不敢居功。”伊藤博文謙虛地道。
將功勞歸之於明治，這馬屁拍得的確是有水平。
明治聽聞此言，很是高興，內心更是無比受用，他覺得這伊藤博文太會講話了。
“伊藤君過謙了，你所做的一切，朕都會記住的，等戰事結束，朕必有重賞。”明治滿面春風地道。
他是好久沒有這樣高興過了，這一次，伊藤博文可真爲他長臉了。
“謝陛下！”伊藤博文跪下謝恩道。
“罷了，伊藤君，起來吧，今晚單獨將你留下來，朕是有些事想與你合計合計。”明治的心情逐漸平復了下來，臉色也開始慢慢轉爲平淡，只聽他道。
“是，陛下。”伊藤博文恭敬地道。
他當然知道明治是有要事與其相商，這不是明擺着的嗎？
“伊藤君，這東京可是帝國的根本，絕不容有失，你說說看，我們應該如何防守？”明治迫不及待地道。
這是當前最急迫的問題，明治心裡也沒底，他必須得與伊藤博文好好商議一番。
而且，他現在能信任，能倚重的，也只剩下伊藤博文一人而已。
“陛下，臣在回來的路上已經仔細考慮過了，臣認爲，我方在此戰中佔有多重優勢，首先，東京是我帝國的心臟，城高牆厚，對太平軍來說，無異於天險，他們如想強攻此處，其難度可想而知，況且，太平軍此次進攻我本土的人馬並不多，也就一個軍團，約二十萬人左右，如果算上先前在與我軍作戰的過程之中發生的一些損傷以及防守所侵佔城池所需的兵力，太平軍真正用來進攻東京的大軍恐怕已是不多，最多也就十數萬人，再加之，他們在異國他鄉的土地上作戰，很多事都不是很方便。”伊藤博文說到這，稍微停了停，竟有點神思恍惚。
這異國他鄉作戰幾個字勾起了伊藤博文的心思，他對此是深有體會，而且，絕對可算得上是刻骨銘心，坦率地說，時至今日，朝鮮戰場上所發生的一切無時無刻不在困擾着他，他有時候甚至在反思，當初他們發動朝鮮戰爭是不是錯了。
可是，過去的事不能再重來，現在的事卻必須要面對。
“伊藤君，你怎麼了，伊藤君…..”明治感覺到伊藤博文有點不對勁，不由出聲喚道。
伊藤博文驟然驚醒，忙對明治道：“陛下，對不起，走神了，臣接着說，如論整體實力，我軍雖處下風，但憑藉人數上的優勢以及天時，地利，人和等先機，一定可以頂住太平軍的進攻，而且，再往深處想一想，即便是要一鼓而勝之，也並非毫無機會，所以，陛下，此一次，我們不必要做太多的考慮，只需要傾全國之力進行防守，將此戰當做決戰來打即可。”
戰事進行到了這一步，毫無投機取巧的可能，伊藤博文將這一切都已經看得十分之通透。
“好，伊藤君，既然你已成竹在胸，那此戰就交給你全權負責，你可以調動全國的力量與太平軍作戰，這一次，我們是不成功，便成仁。”明治斬釘截鐵地道。
情勢已是如此，只能是拼了。
“是，陛下，臣還是那句話，定將不負所托。”伊藤博文也不推辭，慨然應諾。
這事也容不得他推辭。
“那就看你的了。”明治滿是期待地道。
“請陛下放心。”伊藤博文擲地有聲地道。
聽完伊藤博文的話，明治點了點頭，輕輕出了一口氣，已是放心不少。
然後，他們又繼續談論一些具體的防守細節。