通過“根”部的五項測試後，宇智波祭正式加入了“根”部。
進入“根”部的第一個月，宇智波祭每天都在接受“根”部安排的的諸多訓練。
思想訓練、體術訓練、忍術訓練、幻術訓練……
每一天艱苦的訓練，都會令宇智波祭在半夜回到家後感覺渾身的痠痛和疲憊。
而自來也，這個曾經的老師，並沒有像宇智波祭想象的那樣放棄自己。相反，每天半夜，自來也都會在房門前留一盞燈，打開家門後，撲面而來的，是餐桌上飯菜的噴香。
由於白天都會待在“根”部基地，一個月來宇智波祭根本沒有機會見到白天的陽光。而自來也，在宇智波祭回家後，不是外出執行任務，便是臥躺在牀上，早已睡下。
而宇智波祭年滿十六歲後，便搬離了自來也的房屋，獨自居住在一棟簡易的公寓內。當然，這就是後話了。
度過了漫長的一個月後，宇智波祭終於贏來了自己的第一個任務。
此後，除了在“根”部基地接受訓練，宇智波祭便一直在世界各地執行着各種各樣的絕密任務。
刺殺、綁架、偷取情報……
這期間，宇智波祭經歷了無數死戰。
憑藉柱間細胞發揮出的強大的生命力，每一次死戰，宇智波祭都化險爲夷。
就這樣，“根”部的功名冊中，一個編號爲03406的人的數據不斷更新着：
s級任務：107次
a級任務254次
任務總次數：361次
任務成功率：96.7%
……
不知不覺中，宇智波祭已經爲“根”部執行了361次任務了，而96.7%的任務成功率，力壓多名“根”部精英，位列“根”部第一。
五年間，宇智波祭不僅被授予了“上忍”的稱號，更是成爲了“根”部爲數不多的分隊長。
同樣，五年間，宇智波祭翻閱了“根”部上千支記載各種忍術、體術、禁術（少部分公開的、供暗部根部忍者使用的）、忍具使用方法的卷軸，掌握了許許多多曾經覬覦過的忍術和禁術。
過分地沉浸工作，不過是爲了更好地忘記羈絆。
五年間，即使是在大街上碰見波風水門等人，宇智波祭（戴着面具）也會裝作不認識他們，悄悄離開。
而對於千本木子，宇智波祭心中充滿了愧疚。
因爲工作的保密性，宇智波祭根本不會有多少機會見到這個自己曾經日夜牽掛着的女子。同樣，爲了千本木子的安全，宇智波祭也刻意躲避着千本木子。
宇智波祭不知道的是，五年間，三代火影可是沒少找志村團藏要人。
然而，每一次，志村團藏都會以各種各樣的理由拒絕三代火影的“非分”要求。
畢竟，作爲一個掌握木遁、實力高強的忍者，宇智波祭已經成爲“根”部一名不可多得的人才了。
不過，對於宇智波祭，志村團藏還是不可避免地保持了警惕。
由於大蛇丸的干涉，宇智波祭並沒有被志村團藏種下“舌禍根絕之印”。這也使得宇智波祭在“根”部的五年間並不被志村團藏所信任。
像是“聯合半藏逼死彌彥”這種任務，志村團藏便沒有帶上已經成爲“根”部分隊長的宇智波祭。
而隨着宇智波祭的實力越來越強，志村團藏對宇智波祭的忌憚逐漸增大。
一開始，志村團藏還懷疑宇智波祭是大蛇丸或者三代火影派來監視自己的人。只不過，隨着時間的流逝，志村團藏漸漸發現宇智波祭並沒有刻意去探查自己的一些安排。
即便如此，敏感多疑的志村團藏也沒有放棄對宇智波祭監視。
木葉41年。
六月的一天早上。
宇智波祭剛剛吃過午飯。
一個戴着面具的“根”部忍者突然出現在宇智波祭的面前。
對於這種現象，宇智波祭早已見怪不怪了。
“蛟，團藏長老有要事吩咐。”“根”部忍者毫無感情地說道。
“知道了。”宇智波祭冷漠地回覆了一句，停下了手頭的工作。
蛟，是宇智波祭第一個代號。在宇智波祭成爲分隊長後，便被志村團藏授予了這一長期代號。
“根”部基地。
宇智波祭已經無數次來到這個地方了，無論是志村團藏吩咐命令還是做完任務後回村覆命，宇智波祭都會來到這裡，感受着基地內無時五刻不存在的肅嚴和壓迫。
“都來了嗎？”
志村團藏從側門走出來後，掃了一眼眼前的四個戴着面具的忍者。
確定沒有人缺席後，志村團藏開始下達這次的命令。
“蛟。”志村團藏對着其中一個戴着青色花紋狀面具的忍者喊道。
“在。”宇智波祭向前走了一步。
“這次任務，你和貉、緋基、葉卡一同執行，由你擔任隊長。”志村團藏揹着手念道，“任務的內容，是刺殺霧隱村的高層鬼燈七月。”
鬼燈七月？
雖然面色不改，不過聽到這個名字後，宇智波祭心裡還是咯噔了一下。
別人可能不知道，不過宇智波祭肯定忘不了這個名字。
忍者學校畢業後，宇智波祭在大蛇丸班的第一個任務，便是去霧隱村刺殺昆士卑嵐。
在霧隱村內，宇智波祭三人同趕來的鬼燈七月進行了一場死戰。
轉眼間，八年過去了，當年的一幕幕就像過電影一樣，出現在宇智波祭的眼前，令宇智波祭不勝感慨。
“怎麼，你有意見？”
察覺宇智波祭許久沒有說話，志村團藏板着臉問道。
“沒有。”宇智波祭淡淡回覆道。
“那你們現在就出發吧，這是鬼燈七月的住址和資料。”將一張卡片遞給宇智波祭後，志村團藏自顧自地說道，“這次任務是s級任務，任務內容高度保密。”
“明白。”宇智波祭四人齊聲回覆道。
走出“根”部基地後，宇智波祭掃了一眼一旁沉默不語的三人，道了一聲“出發”。
“是。”三人齊聲道。
雖然三人在明面上是宇智波祭的下屬，不過，宇智波祭相信，志村團藏一定提前告知他們要時刻監視自己的行爲了。