幾天後，西吉市人*工委要求西吉市中級人民法院對本案進行復查，可西吉市中院依然堅持其錯誤觀點，駁回了申訴。
西吉市和小河縣市地兩級法院以“編書是職務行爲”、“不存在稿費和主編問題”爲由，認定蘇智先有罪。所有的判決、裁定均未指出這筆款是哪個單位的公款，把業餘時間、自籌資金、未利用單位場地等物質技術條件的編書行爲定爲職務行爲。
而市地檢察院也認爲，稿費不發就是公款自九七年至二千年末，蘇智先在擔任小河縣教科所長期間，承擔了一項科研課題（原國家教委“九五”規劃重點課題：“目標教學的理論與實踐”），爲提高教學質量，自籌資金，利用業餘時間，組織了部分教師，由其主持，編寫了一套《目標教學實驗教學指導書》（共41本），供全市初中學生使用。該書經西吉市教委批准後在西吉市新聞出版局辦理書號，按照國家版權局文件精神共獲得稿費30餘萬元左右，暫存於其同事李某的個人存摺上，並定於二千年底課題實驗結束後研究發放。
九九年五、六月期間，蘇智先分兩次借出個人使用，並打了借條，至二千年七月因蘇智先調任小河縣河東鄉中學副校長、副書記止，已分幾次將此款本息全部還清。後來，蘇智先升任校長。
小河縣反貪局聽信蘇智先的同事李某和小河縣教委主任樑某的謊言，製造僞證，以“差價款”、“小金庫”爲由將蘇智先拘留。當他們查明所謂的“差價款”、“小金庫”不成立後，又不惜花費了大量的人力和物力，加大調查蘇智先是否存在貪污受賄問題的力度，大有不把蘇智先打倒誓不罷休的勁頭，讓人發人深思。調查結果還是一無所獲，還是沒有找到證據。參加辦案的人員都對蘇智先暗中豎起了大拇指，要說現在的官員，屁股底下乾淨的簡直是鳳毛麟角，雖然國家反腐倡廉起到了
很好的效果，但是已經形成的官場規律，不是那麼容易改變的。
二千年蘇智先取保候審後，因其向有關部門控告小河縣檢察院違法辦案，爲了掩蓋辦錯案的事實，他們又夥同縣教委主任樑某，把蘇智先向領導正常彙報情況說成“影響教委正常工作”，並製造了“蘇智先要炸教委”的彌天大謊，於二千年九月以蘇智先“影響教委工作”爲由違法將其逮捕。
檢察院在偵查取證過程中，扣押了證人李某的往來帳目記錄本三冊，也沒有隨卷移送到法院。李某的記錄本，記錄了幾年來他所經手的所有款項，是本案一個至關重要的證據，但卻被檢察機關違法扣留，拒不出示，使人們無法瞭解李某所記帳目的真實情況，也無法印證他所作的證言的真僞，更無法瞭解到蘇智先所說的收取稿費的事實真相，以造成“差價款”、“小金庫”的假象。
客觀上他們是在利用國家權力，通過隱瞞事實真象的方法，實現對蘇智先有罪推定、有罪判決的目的；檢察院在偵查取證過程中，採取了法律禁止的引誘方法獲取證人證言，實現對上訴人的指控。如：小河縣人民檢察院工作人員陸某、張某在二千年八月x日對證人李某的詢問中，問證人李某：“蘇智先在教科所任職期間，有沒有經濟犯罪問題？”李某順着回答：“有”。再如：小河縣人民檢察院工作人員李一、李二在二千年七月x日對證人樑某的調查詢問中，問：“對他們教科所自己設帳外帳，蘇智先挪用公款用於個人炒股這件事，你怎麼認識？”檢察機關嚴重違反了《國家刑事訴訟法》第xx條的規定：“嚴禁……以威脅、引誘、欺騙以及其他非法的方法收集證據”的規定，先入爲主，將自己主觀認定的“被告有罪、有問題”的想象用引誘的方式暗示給證人，誘導證人作出對其不利的證言，其目的都是爲了掩蓋事實真相罷了。
小河
縣法院也認爲：編書是職務行爲在一審被髮回重審後，小河縣法院的第二次一審判決更爲荒唐。爲了證明這筆款不是稿費，判決書引用了李某的兩次證言：證據一卷中“證人李某卷：……自九七年下半年教科所按每印張6分錢，從印刷費中扣下作爲所裡的活動經費，這屬於公款。爲此教委主任樑某曾問過我所裡有無帳外資金，我說了假話“沒有”。在蘇智先還錢上交教委時，他讓我在收據上寫成借稿費”。”而在證據三十二卷中“關於《目標教學實驗指導書》幾個問題的說明李某在卷三中，證實了書款的組成部分和各自的比例。同時證實各印刷廠實收印刷費和所開單據數量是否一致，因是廠家給各縣市區開發票，有的按書的定價開，有的按實收錢數開，無統一的標準，差額是多少說不準；教科所所得款無法算出準確數，大約應是50多萬元，是實付給印刷廠每印張0.26至0.30元之間的差額。”兩個證據明顯矛盾，證據一說是每印張6分錢，證據三十二說是4分錢，到底多少錢？小學生都知道6不等於4，小河縣審判長張某不會不知道。
爲了證明編書是職務行爲，該判決書證據三引用了縣教委主任樑某的證言“證人樑某在卷三中證實，目標教學實驗課題組是縣教委在九七年上半年成立的，業務上受省教科所指導，受市教委領導，由縣教科所具體實施，我任課題領導小組組長，教研課題是市教委選擇確定的。
《目標教學指導書》的編寫出版是課題組提出來教委決定的，收費標準作了原則規定，當時課題組沒提過稿費這個意見。因爲這項課題實驗是有組織、有領導、通過行政推動來實施的，如果有稿費的話，應由教委具體作出決定。今年七月x日，蘇智先找我說“所裡有20萬元稿費，原由李某管着，他好喝酒我不放心，現在在我這裡管着”。當時我聽說有稿費還挺納悶。
（本章完）