鮑超解決了駐守集賢關外赤崗嶺的劉瑲琳部，接下來曾國荃就該表現了，他決定解決菱湖北岸的太平軍十三壘和南岸五壘，這裡有陳玉成留下的一萬人。
而菱湖北岸十三壘與南岸五壘互通聲氣，南岸五壘又與安慶北門石壘互爲犄角，相互聲援，這條壘鏈，安慶與外界最後的交通線和補給線，曾國荃有兩萬人，他決定主動進攻，不僅要幹掉菱湖南岸和北岸的堡壘，還要拿下安慶北門，儘早拿下安慶。
曾國荃的作戰計劃得到了曾國藩的支持，他下令楊載福的水師全力配合曾國荃，封鎖菱湖湖面。
對付太平軍的連環守壘法，曾國荃決定還是用老辦法：挖壕溝，打硬仗。
曾國荃一邊命吉字營日夜施工，開挖內外兩條深壕，將北岸十三壘包圍隔離，一邊將營壘延伸到安慶北門，切斷安慶城內外的聯繫，以便將城外十八壘各個擊破。
曾國荃的吉字營戰鬥力也很強，而且人數上有優勢，經過兩天一夜的大戰，菱湖南岸五壘太平軍傷亡過半，便被迫撤到安慶城內，菱湖北岸十三壘的數千太平軍更加孤立，加上彈盡糧絕，處境十分艱難。
北岸十三壘中的太平軍已經得知赤崗嶺上慘無人道的大屠殺，他們唯一的活路就是突圍出營壘，陸路已經被曾鐵桶的湘軍封鎖，他們只有遊過菱湖跑回安慶城裡。
此時正是初夏時節，安徽也沒什麼工業污染，菱湖的湖面澄清平靜，看起來水也不深，水裡面叢叢菱葉隨波起，一些會水的太平軍盼望着能快些游到對岸逃生。
那天風高月黑，太平軍悄悄跑出石壘，準備游到安慶城裡。但好幾千人的集體夜遊，動靜可不小，有一些士兵來自廣西山區，根本不熟悉水性，跳進湖裡咕咚幾下就沉底了，大喊救命。
剛開始，有一些太平軍士兵假裝是鴨子在叫，但很快，湘軍的水師巡邏隊就發現異常。
早就接到曾國藩手令的楊載福下令：“馬上開炮！”
“轟隆隆！”
頓時，湖面上便立即就響起隆隆的炮聲，炸雷一般，可憐在湖水中奮力遊動的太平軍都成了湘軍水師大炮的移動靶，水面上登時漂起密密麻麻的屍體，迷茫的夜色中隱約可見湖面上泛着血腥的紅色。不少屍體浮到水面上，跟被炸死的魚兒一眼漂浮。
曾國荃接到楊載福派人送來的情報，知道石壘裡的太平軍很多已經跑了，他馬上下令吉字營發動強攻，“一舉聚殲北岸十三壘的長毛賊“。
“殺！”在湘軍吉字營的強攻下，正準備接着跳水的幾千名太平軍，被湖中那些漂盪的同伴們的屍體摧毀了抵抗意志和僥倖逃生的念頭，紛紛向湘軍繳械投降
。
一下子俘虜了三四千人，全部殺掉的話，曾國荃也是讀書明理的人，內心一下子無法接受。曾國荃不知道怎麼辦纔好，畢竟幾千人一頓飯就要吃掉很多軍糧，而且殺人越貨是土匪的勾當，他寫信請示曾國藩殺還是不殺。
曾國藩此時的大營裡也已經快沒軍糧了，他回信說：“你爲大將，現已獨立帶兵，自然要以殺賊爲志，何懼殺人多？切勿因爲一時之仁，壞了拿下安慶的大事。”
曾國荃惱怒這些太平軍見了棺材才落淚，又得到了曾國藩的明確指示，於是照搬鮑超對待赤崗嶺太平軍的做法，將這幾千名太平軍集體殺害，一時間安慶城外冤魂遍野。
夕陽西下，殘陽如血，盛夏的風都是酷熱的。
這是曾國荃第一次殺這麼多的俘虜，看着太平俘虜一個個如被砍頭，血流成河，他也感覺很無奈，大熱天的，額頭上卻直冒冷汗，感嘆“天地不仁以萬物爲芻狗”。
晚上，曾國荃還做起了噩夢，他只好用做大事來安慰自己，畢竟拿下安慶纔是他的大事。
安慶城裡的太平軍見投降不成，更加拼命守城，太平軍安慶守將葉芸萊在安慶城北門外增加三壘，對陣曾國荃部。
但是，菱湖北岸十三壘被摧毀後，一萬將士含冤而死，陳玉成帶着六千人的隊伍還被多隆阿一路追殺，狼狽不堪。無法回救安慶，安慶北門便成了安慶最後一道屏障，也是雙方爭奪的最後焦點。
太平軍見曾國荃的湘軍殺俘如麻，一個個死戰，曾國荃的吉字營久攻不下，傷亡也很大，很是鬱悶煩躁。
就在雙方僵持不下的關鍵時刻，一個叫做孫雲錦的桐城讀書人向他獻計，說有一個計謀可以保證攻破安慶北門。
“帶他來見本帥！”曾國荃命親兵將孫雲錦帶來大帳之中。
“曾大帥，久仰大名。孫某特來道賀！”孫雲錦一身青衫，見了曾國荃，不卑不亢地說。
“道賀？本帥何喜之有？”曾國荃問道。
孫雲錦說：“將軍攻下安慶，指日可待。”
曾國荃道：“拿下安慶?還是拿下安慶北門再說吧。快說，你有何妙計拿下北門？如果有效，本帥就賞你五百兩白銀！若是浪費時間，就休怪軍法處置。”
“我不要你一分錢。只要你答應我一件事。若不然，我寧死不會說的。”孫雲錦大義凜然地回答。
“好！”曾國荃道：“難得你不貪財，看來還真是個讀書人。說吧，有什麼條件？”
孫雲錦說：“要你保程學啓和安慶百姓的性命。他們都是無辜的，受長毛脅迫，城裡已經沒有糧食，人吃人的事情都發生了。將軍要是攻入安慶，切勿傷害百姓
。”
曾國荃說：“這個自然。湘軍一向愛民如子，對老百姓秋毫無犯。”
孫雲錦說：“口說無憑，將軍能否立個字據！”
曾國荃有些不高興，道：“你這個狂生，軍中豈會有戲言？”
曾國荃答應孫雲錦不殺安慶百姓，孫雲錦給曾國藩獻了奪門之計，對曾國荃說：”北門最後三壘的守將程學啓，和在下是同鄉好友，祖籍都在舒城，世代居住在皖西地區，都是以務農爲生。程學啓的童年生活非常悲慘，從小就成了一個沒人管的孤兒，餓肚子那是家常便飯。族人程惟棟的母親是個好心人，見這個孩子太可憐，便將他領回家中將其撫養成人。”
“那又如何？”曾國荃問道：“你能去勸降他麼？”
孫雲錦說：“不能，長毛有恩於程學啓。他雖出身農家，可舞槍弄棒纔是他的最愛，八年前他參軍成了一名綠營兵，做到千夫長，鎮守廬州西門，卻很不幸地做了俘虜。陳玉成沒有殺他，重用了他，還讓他帶兵協助葉芸萊鎮守安慶，並被封爲弼天豫。葉芸萊倚重他，甚至還特以自己妻妹舒城高崇善次女配之爲妻，籠絡程學啓以爲心腹，與他做了連襟。大帥圍攻安慶後，北門成了唯一與外界交通的通道，爲了維繫這個最後的生命線，葉芸萊把鎮守北門外三座石壘的重任交給了程學啓。程學啓就帶着從家鄉桐城招來的五百精兵守北門。”
“才五百人？我以爲北門三壘至少有三千人呢。這程學啓果然是將才。”曾國荃道，“不過你說了半天，不能去勸降，有什麼用？”
孫雲錦說：“將軍可綁架程學啓的養母，也就是程惟棟的母親，他們都在桐城。程學啓很孝順。天不怕，地不怕，唯一怕的就是從小撫養他長大的養母。程學啓感激程母的養育之恩，一直對她言聽計從，從來不敢有絲毫忤逆。”
“我們剛做了土匪，沒想到又要去做強盜，只能盼着這仗早日打完！”曾國荃心裡苦笑，和弟弟曾國葆一商量，覺得此方法或許可行，反正一時難以攻下安慶北門，乾脆死馬當活馬醫。
“來人。”曾國荃下令十來名親兵，跟孫雲錦去桐城把程惟棟母子抓來湘軍大營，以便威脅程母前去勸降程學啓。(。)