確立建國思想之後，曾紀澤還對大漢國的國民進行了深入瞭解，此時在南洋地區的華人，主要是經商的，礦工，多數爲流民，都是目不識丁的勞動力，原本都是受人欺負的豬仔，對比以前的生活，所有華人都期待有一個新的政權能讓他們翻身，過上好日子。曾紀澤能感到他們的切身利益和希望，他和陳金聲能人謀劃的新政推行，估計也會順利，不過以當時大漢國的城市規模和人口結構，共和新政和工商立國的政策無法全面推行，曾紀澤必須要未雨綢繆，腳踏實地一步步走，而改革的第一步，就是要進行軍事改革，槍桿子裡出政權，這是亙古不變的真理。
人爲財死，鳥爲食亡。當時的社會，在一個人擁有巨大財富後，又沒有強大的武力保護，很容易遭到外人窺探和掠奪，一個國家也是一樣的。更不用說處於“全球搶劫”的殖民時代，當婆羅洲是一片原始森林時，沒有任何經財富價值時，那些強盜自然不會“撐着”沒事幹來搶它。但蘭芳國經過百年建設，其他華人和荷蘭人也開發了這片土地，上面的金礦和礦產，帶來了鉅額財富。曾紀澤知道，大漢國移民過來再開發一段時間，將婆羅洲建設成一個富裕的地區，肯定會招來英國和法國那些歐洲列強的覬覦，他們就像嗜血的狼，到那時如果沒有強大的武力保護，一番努力肯定白費。所以大漢國要想立足南洋地區就必須自力更生，在從廣東和江浙地區來了五萬移民後，曾紀澤就開始對大漢國的軍事力量徹底改革，槍桿子要重新建設。
統一婆羅洲後，經過擴軍，曾紀澤擁有的武裝，黑旗軍加蘭芳國的當地華人武裝，已經達到二萬人，其中經過初級軍事訓練的人在八千左右，經過戰場生死考驗的核心戰鬥人員有四千人。
曾紀澤的華人武裝佔領婆羅洲後，面臨不再是陸地上的威脅，而是來自海上的掠奪，除了列強海軍，還有各種海盜，曾紀澤急切需要對華人武裝力量進行整編改革，於是他策劃了《婆羅洲軍事力量建設》指導方案：建立曾紀澤爲首的軍事指揮機構，包含總參謀部、軍事情報部、後勤裝備部、大漢軍事學院等，並逐步完善各部門機構。建立陸海作戰兵種體制，依據當前實際情況，建立陸軍、海軍兩大主要作戰力量，陸軍包含步兵、炮兵、騎兵、通信兵、工程兵等兵種，海軍包括海軍岸防兵、陸戰隊等兵種，曾紀澤還建立了特種部隊，屬於最高領導人曾紀澤親自指揮，由陸海兵員中選拔軍事素質最優秀、最忠誠的兵員組成，四百人，由蘇慕白擔任特種兵指揮官。
曾紀澤還在島上建立預備役體制，預備役兵一萬人，確保作戰兵員及時補充，原來蘭芳國就是全民皆兵的制度，這一點並不困難。另外，這一萬預備役部隊就相當於民兵，隨時準備跟婆羅洲的土著開戰，保護華人的財產和人身安全！每個礦山平時也派民兵保護，確保生產安全。
以上是曾紀澤的建設軍事力量的設想，以當前地資源和條件尚無法一下子建立起來，主要原因缺乏高素質的軍事人才。所以曾紀澤決定先建立大漢軍事學院，親自擔任校長，以劉永福等黑旗軍骨幹爲教官，重視實踐訓練。
大漢軍事學院以培養青年軍官爲主要目的，以前曾紀澤粗糙訓練黑旗軍的方式，也被整理成《青年士官訓練指南》，內容重新規範。規定陸軍青年士官主要訓練：隊列、擒敵、戰術、體能。
射擊訓練爲練習一百米站臥蹲三姿精度射擊，軍事學院海軍分院多了游泳的科目。
隊列訓練包括：單兵隊列、集團隊列、軍姿儀表等。
擒敵訓練包括：姿勢、步伐、拳法、腿法、防擊打技術、擒拿等內容。
戰術訓練包括：單兵戰術有臥倒、持槍臥倒、端槍臥到、運動姿勢爲低姿匍匐、高姿匍匐、側身匍匐，高姿側身匍匐、滾進等；集體戰術排除陣列對射戰術，採用使用的散兵作戰小組制，每三至五人爲一個戰鬥小組，分散出擊相互配合，進攻時以班排爲最小作戰單位，依次掩護、交替出擊、梯子配置，減少被射擊面積，降低傷亡率。
體能訓練包括：五公里越野、百米衝刺、蛙跳、俯臥撐、組合體能練習等。
另外還有軍事思想教育，爲了保證這支軍隊的絕對控制權，每週五接愛軍人的價值教育，包括學習軍歌，保密條例，內務條例，隊列條例，紀律條例等，其中紀律的第一條就是堅決擁護和執行曾紀澤的命令，保家衛國。
而且曾紀澤在大漢軍事學院分科進行兵種專業技能訓練，如步兵科：專業訓練射擊、體能、擒敵、格鬥、槍械保養等各種軍事技巧。炮兵科：加強炮兵的要求和建設，主要包括炮兵技術訓練和炮兵戰術訓練。技術訓練包括炮擊、兵器與操作，包括火炮、彈藥和技術裝備的性能、構造、工作原理和操作使用、維護保養，炮兵偵察測地，炮兵通信，工程保障等。
炮兵戰術訓練包括：合同戰術原則、炮兵戰鬥基本原則、戰鬥指揮、戰鬥保障，攻防作戰中炮兵戰鬥行動和專業兵之間、兵種之間的協同訓練。
工兵科：主要是學習遇山開山，縫水架橋，構建營地等。
後勤科：主要是學習如何保障部隊或者基地的糧食、水、彈藥補給等問題。
軍事學院一期招收學員兩千名，曾紀澤要求這批人大半來自貧苦華人家庭，還安排了文化課，教這些軍官讀書識字，他這個校長還親自去軍事學院授課。
曾紀澤成立陸軍部，劉永福擔任陸軍參謀長，陸軍編制一萬二千人，建制仿照二戰時期英軍編制，旅下設兩個步兵團一個炮營一個通訊連，每團下設三個步兵營一個通訊排，每營下設三個步兵連一個通訊班，每連下設三個步兵排一個5人通訊組，每排下設三個步兵班，每班編9個步兵人員。
海軍部八千人，曾紀澤直接指揮，組建三個港口炮臺，岸防兵員1500人，大型千噸級蒸汽軍艦除了“龍騰號”，在爪哇海戰中俘虜的荷蘭主力艦也被改造成“龍興”號，還用五六百噸的商船改造了十來艘炮艦。
不過，大漢國的海軍總體實力較弱。不過好在當時資本主義國家奉行自由貿易，國家沒有軍事限售一說，有黃金白銀不只能買到軍艦，整支艦隊都能買到。一些政府經常做一些賣老艦買新艦的交易，借其他國家急需之際，高價出讓本國的現成軍艦，比如英國就曾想賣給大清國阿思本艦隊：阿思本艦隊計有中級兵輪三艘，小級兵輪四艘，造艦武器總經費計八十萬兩，艦隊有七艘在英國購置的軍艦，由英國海軍上校舍納德·阿思本爲司令，船上六百名軍官及水手俱在英國招募。艦隊1863年開到天津，但由於艦隊的司令和清政府對指揮權、用人及花費等各方面皆出現嚴重分歧，最終雙方解除合約，這支艦隊解散，各軍艦由阿思本帶回倫敦拍賣。
曾紀澤知道戰艦可以通過二道販子來買，完成新一輪軍事改制訓練後，曾紀澤便派人去歐洲購買武器，並派了一批技術工人，去英國和德國船廠學習建造技術，作爲海洋中島國，面對四周的汪洋大海，海軍是必不可少的防衛力量，曾紀澤想與英德簽訂購艦協議和軍火採購協議。這一點，只要有錢，加上有陳金聲等華僑商人從中牽線搭橋，並不困難。
當時歐洲各國的軍火商，也是唯利是圖的。曾紀澤用荷蘭人戰敗賠償的二十萬兩白銀，加上蘭芳國庫裡的三十萬兩白銀，採購了兩艘英國軍艦和一大批克虜伯大炮和後膛槍，補充大漢國的軍事武裝，使得大漢國的軍事力量一日千里，當時足夠在南洋地區立足。
軍事力量大大增強後，曾紀澤決定在大漢國成立專門的移民部，從廣東和江浙一帶大批運移民到婆羅洲，這時候英法聯軍佔領了廣州，抓了兩廣總督葉名琛，清政府無力控制當地老百姓，加上太平天國的戰亂，當地百姓民不聊生，很多人聽說大漢國華人地位高，都願意出海謀生。
很快，大漢國的華人，就達到上百萬人，曾紀澤下令免費分給到婆羅洲的華人一定的土地和森林，讓他們安家。