然而，古代瑪雅人給我們的困惑還遠不止於此。科學家們發現，當有光束照在這顆頭骨上時，隱藏在基底的棱鏡和眼窩裡用手工琢磨的透鏡片組合在一起，能產生一系列光學變化，它所發出的炫目光束，有一種催眠般的魔力，會讓人出現幻覺、幻聽等現象。曾經研究水晶頭骨長達6年之久的水晶專家富蘭克。多蘭德先生說，他在與水晶頭骨共處時，能聽到一種”非常安靜又引人注意，像是從高音大鐘發出”的聲音，還能從水晶頭骨上看到”山巒、廟宇”等圖像。更有人在撫摸過水晶頭骨後，發現自己身上的疾病居然奇蹟般地治癒了，種種神奇的現象實在讓人無法理解。近代光學產生於17世紀，古代瑪雅人不可能會運用。
所有集中在水晶頭骨上的謎團都讓人匪夷所思，於是一些崇尚神秘主義的人們乾脆把它歸之爲是天外來客的傑作。而當他們即將離開之前，又把水晶頭骨作爲禮物送給了瑪雅人，之後，瑪雅人就把它一直保存在金字塔裡直到被安娜所發現。對於這種說法，科學家們無從考證，但當科學不能對一些神秘現象做出合理解釋時，這種推測反而更容易讓人接受，或許它真是外星人的傑作呢。
真實來歷遭質疑
米歇爾？黑吉斯水晶頭骨聚集了種種神秘現象和不解之謎，使得人們對它的猜測也越來越離奇，但實際上，這顆頭骨並不是第一個也不是唯一一個被發現的頭骨。
到目前爲止，世界上總共發現了大約十幾顆水晶頭骨，其中有3顆保存在博物館或研究機構內，其餘都被私人收藏。
而且，這十幾顆水晶頭骨也不全是瑪雅人的遺物。但是在所有的這些頭骨中，米歇爾。黑吉斯頭骨無疑是純度最高、最完美也最神奇的一個。
也許正因爲這顆頭骨太完美了，以至於遭到了人類的妒嫉，讓人懷疑起它的真實來歷。尤其是這個水晶頭骨的具體出土時間，安娜本人竟有不同的說法。她在1962年接受採訪時說，水晶頭骨是在30年代末，由她的父親在一次挖掘瑪雅遺址的時候發現的;1968年，她給一個研究水晶頭骨的專家寫信時又說頭骨是在1926年發現的;1982年，她回答學者尼克爾的詢問時，又變成是1924年;在1995年出版的《水晶頭骨之謎》裡面，又說水晶頭骨是在安娜17歲生日那一天發現的。
這些，都不得不讓人懷疑米歇爾。黑吉斯水晶頭骨的真實來歷。
一切也許都是謊言
調查者還發現，在印第安人中，只有古阿茲特克人有雕刻頭骨的習慣，而古代瑪雅人並沒有這樣的習慣，這就更使得籠罩在這顆頭骨上的神秘光環顯得越來越虛假了……
科學家們認爲，水晶是一種神奇的東西，很容易令人着迷，另外，頭骨也很容易讓人聯想到死神和死亡，用水晶來雕刻頭骨，這種催眠的作用一下子就加倍了，所以容易受到暗示的人就會被它催眠，產生幻聽、幻覺。
2005年1月，一起震驚考古界的事件發生了:英國大英博物館的墨西哥古阿茲特克人的水晶頭骨被科學家正式鑑定爲是贗品，考古界爲之譁然。
與此同時，人們對米歇爾。黑吉斯頭骨也提出全面質疑。
這兩顆頭骨雖然來源不同，但總體形狀卻非常相似，而且都是以一具女性頭骨爲模型，不同的是，大英博物館的頭骨是一整塊水晶，而米歇爾。黑吉斯頭骨的下頜則是獨立的，可以拆下，做工更爲精緻，但是兩顆頭骨的驚人相似，讓人很難相信它們是獨立製作的。
英國大英博物館所珍藏的那塊水晶頭骨，最早據稱是在墨西哥古阿茲特克人遺址上被發現的。而科學家發現這個水晶頭骨是用輪式工具打磨並且切割的，而這種技術在當時的美洲大陸根本就不存在。毫無疑問，現在人們更有理由懷疑米歇爾。黑吉斯水晶頭骨的真實性了。
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有一部分科學家傾向於它不是瑪雅人的遺物，而是19世紀現代人的產物。但是，這種百分之百純淨透明的水晶，就算它不是一件文物，其價值也無法估量。誰會用它來製作一件冒充文物呢？如今，安娜已經拒絕對水晶頭骨再做任何科學鑑定，因此，它究竟是不是現代人制作的贗品，科學家們還不能論斷。
但人們還是願意相信，終有一天，現代科技會把水晶頭骨上的神秘徹底揭去，讓真相浮出水面，事實大白於天下。
在美洲的土著人中，一直流傳着一個古老的傳說。傳說中講述，他們的祖先在世上留下了十三塊和真人頭骨一般大小的會說話、能唱歌的水晶頭骨。他們堅定地相信着，這些祖先留下的頭骨中蘊含着有關人類起源、發展和死亡的重要信息，甚至還能幫助人類解決許許多多未解之謎。瑪雅人留下的神秘符號。根據傳說中的記載，當人類終有一天把這十三塊水晶頭骨全部發現，並且聚集到一起的時候，這些神奇的頭骨會爲人類破解那些被深藏的秘密。
在世界古代文明中，生活在中美洲的古代瑪雅人所創造的文明最讓人感到迷惑不解：它們似乎是從天而降，在公元3世紀到9世紀達到了鼎盛，之後又戛然而止。
人們不知道公元9世紀這100年間到底發生了什麼，人們只瞭解其間瑪雅人修建的各種浩大工程金字塔、宮殿和神廟都突然停止了施工，所有瑪雅人像是接受了某種神秘指令，遺棄了辛勤修築的家園而向更加荒蕪的深山遷移。這是瑪雅人留給後人的謎，不僅如此，瑪雅人還留下了另一個令人匪夷所思的謎團———神奇詭秘而又鬼斧神工的水晶頭骨。
在美洲印第安人中流傳着一個古老傳說：古時候有13個水晶頭骨，能說話，會唱歌。這些水晶頭骨裡隱藏了有關人類起源和死亡的資料，能幫助人類解開宇宙生命之謎。傳說還認爲，總有一天人們會找到所有的水晶頭骨，把它們聚集在一起，集人類大智慧於一體，發揮它們應有的作用。這個傳說在美洲流傳了上千年。一直以來，人們都認爲它只是一個美麗的神話或是天方夜譚而已，沒有人知道傳說中的水晶頭骨到底是什麼，從傳說的內容來看，它像是一個包羅萬象的信息庫，也像是一部無所不知的天書，但人們對它一無所知，甚至懷疑它的存在。