曹越知道，如今的天下大勢變幻莫測，孫傳庭的兵敗及敗逃後蟄伏，還有李巖的早早被殺，都預示着更加劇烈的演變隨之而來。他必須爲此做好一切準備，以免到時無法應對。
而就在這個時候，一件讓曹越始料不及的事又發生了。
在言官劉宗周等有的彈劾下，崇禎皇帝做出了極端的決定，撤銷孫傳庭的三邊總督職務，改由遼東總督洪承疇擔任。崇禎皇帝令兵部尚書陳新甲，接替洪承疇的職務，鎮守遼東，令曹變蛟副之。
孫傳庭原本在朝中就沒什麼人緣，幾乎沒什麼人喜歡他，這次從監獄中出來，直接被給予高規格的重用已經讓很多人不服氣。如果孫傳庭打了勝仗，那些對他不滿的大臣不至於站出來彈劾他。偏偏孫傳庭在打了幾次勝仗後，遭遇了慘敗，麾下人馬大部損失。朝中這班大臣，最喜歡做的就是利用這種機會清除異己，在劉宗周的鼓動下，許多言官站出來，以一副牆倒衆人推的樣子，集體彈劾孫傳庭。
聽聞孫傳庭遭遇大敗後，崇禎皇帝已經非常惱怒，言官們的集體彈劾，他當然不能無動於衷，最終他做出決定，免去孫傳庭的職務，令其回北京領罪。免去孫傳庭後，陝西、河南的軍務朝廷又找不出得力的大臣去統領，最終聽從了陳新甲的提議，讓負責遼東事務的洪承疇去陝西，接替孫傳庭。
提出這個建議的陳新甲，也被崇禎皇帝抓了丁，去松山主持軍務。吃了自己建議虧的陳新甲，百般推辭都被崇禎皇帝嚴詞拒絕後，只能灰溜溜地去遼東主持軍務了。他慶幸的是，進行召回了曹變蛟的人馬，如今的建奴又不如從前，只要不主動進攻，憑曹變蛟人馬的戰鬥力。擋住建奴的攻擊應該無大礙。他也清楚，崇禎皇帝也認爲，現在的建奴並沒有能力繼續大規模南征，只不過是想佔關外的一些地方。因此在召回曹變蛟這員大將後，纔敢將洪承疇派往陝西，接替孫傳庭。
消息傳到曹越這裡，他直接被驚呆了，繼爾大怒。
朝廷這樣折騰。朝中那般官員這般難以容忍孫傳庭這個偶爾打了敗仗的三邊總督，要治其罪，不給他戴罪立功的機會，真是把天下大事當作過家家看待。
臨陣換將是兵家大忌，孫傳庭遭遇兵敗後，退守陝西，想利用潼關天險固守，再慢慢恢復實力，繼續與流寇作戰。曹越認可孫傳庭的做法，也相信孫傳庭能成功的。但現在朝廷卻不給孫老頭以機會，直接免了他的職，還要重新將他投入監獄，“這是自毀長城啊！”曹越忍不住仰天長嘆。
曹越清楚，如今孫傳庭再次被投入監獄中，那再無重生之日，說不定就死在了牢中。曹越也馬上上奏朝廷，爲孫傳庭求情，並說願意用自己的免死金牌，換孫傳庭無罪。
曹越再給洪承疇寫信。希望洪承疇也能上奏朝廷，替孫傳庭求情。
曹越的請求，崇禎皇帝並沒馬上給予迴應，不過洪承疇馬上給曹越回了信。說願意替孫傳庭求情。
洪承疇知道孫傳庭的能力，兩人曾一起主持過討伐流寇的戰事，取得了巨大的成功，要不是建奴犯邊，上次兩人合作討伐流寇，已經能將李自成消滅。那次。孫傳庭指揮曹變蛟部，窮追李自成，最終李自成只率十八騎逃走，差點失了性命。
洪承疇也在第一時間上奏朝廷，請求免了孫傳庭之罪，希望朝廷繼續起用孫傳庭，令其督辦三邊軍務，但崇禎皇帝不客氣地拒絕了洪承疇的建議。洪承疇再次上奏，推薦孫傳庭到遼東領軍，接替他的職務，但崇禎皇帝再次拒絕了洪承疇的請求，表示一定要追究孫傳庭兵敗的責任。
洪承疇不甘心，再度上奏，請求免孫傳庭之罪，可令其到南京做事，協助曹越練兵。
而這時候，曹越第二份上奏也送到了北京，依然是替孫傳庭求情。最終崇禎皇帝給了洪承疇和曹越以面子，不治孫傳庭的重罪，但免去所有官職，令其到南京，協助曹越練兵。
這個結果，還是讓曹越稍稍滿意的。他知道孫老頭是個非常有能耐之人，這次意外兵敗，是諸多因素使然，而且孫傳庭也並沒將老本丟光，麾下精銳的人馬還在，只要經過一段時間的休養和整頓，補充兵員，還是有實力再與流寇決一死戰的。
朝廷不用這樣的人才，陳新甲、劉宗周那樣的庸才卻一直身居高位，曹越對崇禎皇帝和現在的大明已經徹底失望。一切只有推倒重來，纔有可能走好。他能預見，許多事情依然會和原來歷史一樣發展，李自成的人馬說不定依然會攻入北京，崇禎皇帝的命運也會如原來一樣悲慘。
他最終做出了一個殘忍的決定，那就是聽任這一切發生，等北京朝廷覆滅後，他再擁立崇禎皇帝的哪個兒子即位，靠自己的軍事實力，掌控一切，再徐圖其他。因此他最終接受了孫傳庭到他手下任職這個事實，並且還熱切期盼孫老頭早日到他這裡來。
也就在崇禎十五年十二月初，洪承疇冒着大雪和嚴寒，抵達了西安。與孫傳庭交接了軍務後，洪承疇正式接任三邊總督職，主持對流寇的軍事行動。
而孫傳庭則帶着幾名隨從，冒着嚴寒從西安出發，往南京而來。
在孫傳庭離開西安之前，曹越已經派出了特衛營的一支小分隊，抵達西安秘密護送孫傳庭。曹越嚴令率隊的把總，無論如何都要將孫傳庭平安送到南京。
孫傳庭在和洪承疇交御了軍務後，兩人一起痛飲了一番離別酒。最終兩人都喝的大醉，並大大醉後嚎啕大哭，爲自己的命運，還有大明的命運而悲傷。雖然他們嘴上沒說，但兩人都知道，如今的大明，已經到了日暮窮途的地步，最終結局會怎麼樣，誰也沒辦法預料。
“希望曹越能早日將新軍訓練完成，天下的大勢要扭轉，只有看他的新軍了！”這是孫傳庭最後和洪承疇說的一句話。對此，因爲染了風寒，咳嗽不止的洪承疇，也基本認同。。