自從陳新甲確立了聯虜平寇的國策以後，孫傳庭對此雖然懷有相當程度的不滿——依照他的本意，只要和東虜議和以後，把關寧軍撤入關內剿賊，就已經足夠扭轉大明不利的軍事形勢了，沒有必要發展到和有不共戴天血仇的清軍聯合作戰這種地步。
但是聖意已決，就不再是孫傳庭一個地方督撫能夠改變的了。陳新甲靠着聯虜平寇的國策，終於取得了總制朝野的大權，成爲了崇禎登極以來，權勢最大、權力基礎最爲穩固的一名輔臣，即便是楊嗣昌聖眷最隆的時候，也不能和現在的陳新甲相比。
孫傳庭對於京中發生的這一系列變化，隱憂很深。只是剿賊軍事危急，他能做的也只有先行討平闖逆，再設法回京，爲崇禎皇帝整理朝堂。
聯虜平寇以後，首先被明廷側目重視的是本來就正在關內劫掠的阿巴泰、圖爾格兩支軍隊。這兩支大軍裡，阿巴泰一軍與關寧軍匯合，任務是南下恢復畿南，卻在白溝河遭到了李來亨的激烈阻擊，最終收穫了一場慘痛的失敗。
而另一支原本也在關內進行劫掠的清軍部隊，即圖爾格軍，在京西一帶加入了孫傳庭的麾下。
孫傳庭比較關寧軍諸將還有一個較大的優勢，就是他並非只是一鎮鎮臺，而是可以總制三萬秦軍的剿總大臣。雖然秦軍未必強於關寧軍，可是因爲新安之戰以後，秦軍諸將以高傑爲首，全都和孫傳庭靠攏求生，令出一端，所有人爲生存而戰，爲打回陝西而戰，戰鬥力反而高於諸將都三心二意的關寧軍。
除了圖爾格一支強援以外，更讓孫傳庭擁有戰勝信心的是，聯虜平寇的國策決定不久以後，清軍的睿親王多爾袞就又帶着一支大軍至宣府外與明軍商討入關事宜！
孫傳庭遂多爾袞此人有所瞭解，上一次崇禎十一年清軍入關劫掠時，孫傳庭奉命追擊的就是多爾袞部。他知道多爾袞是清軍中一個足智多謀的名將，實力聲望遠在阿巴泰之上。
雖然孫傳庭本意，並不希望清軍藉着剿闖的機會，一再派兵入關。可是形勢比人強，何況近年來清軍毀邊牆而入，彷彿翻掌一般容易，孫傳庭即便不想不願，又有什麼辦法呢？
孫傳庭的三萬秦軍，再加上多爾袞和圖爾格兩支強援部隊，明軍的這一路兵馬，才能稱之爲真正的主力所在。
也是多爾袞從宣府強勢入關，纔給了孫傳庭實行兵分兩路，重點先取大同，以求轉守爲攻的信心。
孫傳庭以攻取大同爲主要目標，不僅僅是因爲大同的戰略位置特別重要，而且也是因爲李自成把姜瓖從大同總兵的位置上調離以後，引發不少大同降將的擔憂和不滿。
這些反覆小人中很有一些人和孫傳庭建立了聯繫，把闖軍在山西兵力的內幕情況通知給了孫傳庭。
如果沒有多爾袞的強援，孫傳庭即便獲得這些情報，也沒有任何的用武之地。可是現在他兵力大增，自然就有了兵叩代北的作戰信心。
只可惜因爲李來亨的一封信，讓田見秀變得異常信重姜瓖，還把免職以後，一直在大同活動的姜瓖給調去了太原，隨時帶走身邊，極度親寵。使得孫傳庭反而失去了和姜瓖的聯絡渠道，讓明清聯軍收復山西的計劃被迫蒙上了一層陰影。
姜瓖在投降闖軍以前是明朝的大同總兵，威望極高。可是李自成卻用張天琳取代了他，還一度流露出想殺掉姜瓖的打算，這些情況都讓已經舉城投降闖軍的姜瓖產生了新的想法。
他在闖軍和明軍之間首鼠兩端，一再把闖軍于山西的兵力佈置情報秘密送往宣府。可是近一段時間，因爲李來亨反覆勸說田見秀殺掉姜瓖，田見秀反其道而行，日日把姜瓖帶在身邊，結果就讓他錯失了鼓動大同叛變闖軍的好機會。
不過大同邊軍上上下下都對闖軍懷有疑慮，首鼠兩端之人並非僅僅姜瓖一人而已。姜瓖被田見秀帶去了太原，剩下的副將劉遷等人就紛紛行動了起來。
當這些大同邊軍的副將、參將，獲悉了孫傳庭已經和多爾袞聯軍的消息以後，更是異常興奮。他們先將大同制將軍張天琳所部兵力守備情報，全部秘密通知給了孫傳庭，又在聯軍壓境的時候，製造假消息，誘騙張天琳主動出關迎敵。
張天琳爲人還算比較謹慎，他獲悉明軍突然反攻大同的消息後，雖然受到這些降將的蠱惑煽動，以爲只是明軍一次不成氣候的反撲攻勢，但還是把相關消息送往太原，並提醒田見秀代北軍事局面還並不十分安定，讓他如有餘力，可以帶一些援兵來增強代北的防禦情況。
田見秀當然第一時間，就把這條至關重要的軍事情報告知給了被他當做心腹信任的姜瓖。姜瓖瞭解到相關的情況後，馬上就主動請纓，請爲先鋒，率領一支兵馬前往大同增強闖軍的防禦力量。
田見秀不疑有他，不僅允許姜瓖在太原召集舊部，還把自己率領的一部分闖軍精銳戰兵都交給了姜瓖指揮。
這一切形勢的發展，都讓懷有二心的姜瓖大感興奮。他已經感到闖軍末日在即，自己跳回到明朝這條大船上的機會好像也不遠了。
但是因爲姜瓖試圖儘量多的在太原召集一些舊部，就耽擱了幾天時間。在這短短數日時間裡，張天琳已爲原大同副將劉遷蠱惑煽動，冒然出關迎敵。
孫傳庭佈置重兵伏擊，又得到多爾袞的八旗鐵騎增援，張天琳毫無防備地衝進了明清聯軍的包圍網中，雖然奮勇拼殺，激烈抵抗，可是很快副將劉遷等人便紛紛叛變。
叛將們砍倒了闖軍的旗幟以後，又爲東虜指明瞭張天琳所在的位置。多爾袞當機立斷，馬上就精挑細選了一批弓術高超的射手和槍法精湛的銃手，令他們突入闖軍陣前，集火射擊，於亂兵之中先行把闖軍主帥張天琳擊殺。
張天琳一死，大同闖軍又處在明清聯軍的包圍伏擊之中，馬上就損失慘重，幾乎不復爲戰。張天琳的中軍都尉張黑臉率領闖軍餘部，拼盡全力突圍而出，試圖返回大同，憑藉城防固守待援。
可是這時候，大同城內的明軍降將也紛紛行動了起來。他們聯合城內的不法官紳，把闖軍的家屬和其他官吏全部屠殺以後，關閉城門，從城頭開炮射箭，不許張黑臉所部退回大同城。
張黑臉無可奈何，只好轉身與追擊過來的明清聯軍拼死作戰，終於不幸犧牲。