大順在西域三疆中，對東疆的控制力最強，但是最重視的地區則是北疆。
因爲北疆畢竟是衛拉特人長年的遊牧地，大量草場便於蒙古人繁衍生息，一旦稍有放鬆，就可能使得蒙古諸部重新崛起，成爲順朝邊患。
所以雖然東疆和南疆的農業條件，都比北疆好。但李來亨還是力排衆議，將安西大都督府的治所設置在了北疆的伊犁。
歷代中央王朝統治西域，爲了養兵，莫不興辦屯田。但是，像順朝統治西域以後後，天法皇帝如此大力提倡興辦，卻前無古人；而屯田規模之大、地域之廣、形式之多、成效之顯著，更是歷代所不及。
漢朝首創西域屯田，其功自不可沒，但主要是兵屯，規模也較小，目的也僅僅是爲了解決駐軍和過往行人吃糧的問題。
唐朝在西域駐軍較多，在天山南北屯田規模也較大，但唐代在西域屯田的總數還不及大順在北疆一區屯田之數。
世祖朝時期，西域有兵屯、民屯、犯屯、回屯和莊屯等多種屯田形式。與歷代中央王朝統治者不同，李來亨更加重視民屯，而以回部爲主的“回屯”和由內地大商人出資建設的“莊屯”則是歷代中央王朝統治西域時所未實行的，實屬創新。
大順收復後的西域地區，由於長期戰亂，土地荒蕪，人口銳減，生產遭到極大破壞。李來亨認爲“武定功成，農政宜舉”，把恢復西域的生產，特別是農業生產當作主要任務。
爲了解決大批駐軍的糧食供應，李來亨與歷代中央王朝統治者一樣，首先在南北疆各地組織遠征軍將士就地屯田。
當時在西域的大順暫留駐軍一萬五千餘名中，“屯田之兵居其大半”，可見，屯田規模一開始就較大。到安西大都督府時期，僅北疆兵屯已達二十二萬七千餘畝之多。
但是，與歷代中央王朝統治者不同，李來亨更加重視組織農民屯田。兵屯雖有見效快、組織容易等優點，但廣大屯田士兵對土地沒有任何權利，收穫糧食也全部上交國家。因此，士兵生產積極性不高，國家往往得不償失。
爲了自己的長遠統治，李來亨一再對下屬官吏說“西域屯政屢豐，如伊犁等處糧貯甚爲饒裕，且其地泉甘土沃，並無旱澇之虞，如令甘肅接壤居民，量其道里近便，遷移新屯居各處，則腹地資生既廣，而邊隅曠土愈開，實爲一舉兩得”，要地方官吏設法開導內地窮苦農民到西域屯田安家。
爲了鼓勵內地農民到西域屯田落戶，首先，允許北疆屯田士兵移家居住，在當地直接安家。
對安家落戶的士兵，朝廷規定在四年之內“除原食錢糧外，復支給鹽菜銀兩。……加恩賞給雙份，使伊等生計有資”，進行鼓勵。
先後到西域落戶的屯田士兵和他們的子弟，逐漸遍佈西域各地，都慢慢成爲當地居民，爲開發邊疆作出一貢獻。
其次，也是更主要的，是直接遷移內地窮苦農民到西域屯田。西北經略使周祚鼎在安西、肅州二處，“招得貧民百戶，情願攜眷”到伊犁屯田。周祚鼎對這批農民，“給以車輛口糧衣服，派員照料起程”，沿途給以各種方便和照顧。
李來亨對楊應琚這一措施，特在其奏摺上批“好”字，大加稱讚。
對到西域屯田的農民，朝廷大多給“每戶地三十畝，官給籽種、牛具”鼓勵進行生產。一般五年或六年土地升科交賦，畝交糧八升至九升六合不等。
在朝廷的鼓勵下，內地農民大批到西域安家落戶，開墾種地，把往日一片片荒涼的原野變成了一塊塊肥沃的良田。
另外朝廷還允許一部分發配到西域服罪的犯人攜帶家眷，增加西域屯田力量。大順對隨犯人一齊到烏魯木齊的家眷，“酌給地五畝，自行開墾，其未收穫以前，官爲養贍家口”，作爲臨時性措施進行安置。
回屯則是組織大批貧苦的東疆回部土著，前往北疆開墾荒田，組織生產。
莊屯，則是由內地的富豪、大族和大商幫直接投入資金組織生產。由於朝廷在內地對於土地兼併，往往設置了大量限制性條件，所以在內地投資土地甚爲不便。
但是在西域地區，朝廷不僅沒有限制富戶兼併土地，反而出臺大量政策吸引內地富商到北疆組織莊屯。
莊屯生產出來的糧食，也由安西大都督府和本地順朝駐軍直接收購。
這種一本萬利的生意，吸引來了陝西、山西兩省，甚至是一部分遠在浙江的紳商，西出玉門經營牟利。
世祖朝的民族遷徙，改變了西域的整體面貌，破壞了過去西蒙古諸部對北疆地區的壟斷權力，便於大順朝廷採取分而治之的管理手段。
西域的地理位置，由東北而西南，先後與喀爾喀蒙古、甘肅、青海和西藏爲鄰。這些地方，除甘肅之外，均爲少數民族居住區，農業比重很小。
甘肅地方，多年供應順軍，民力極其疲憊，平定準噶爾，該省人民雖除掉挽運之勞，而其本身糧食不能自給。
朝廷若從外省調撥糧食，須經河西走廊運送，路程幾近上萬裡。那時西域地區路程，從北疆巴里坤到南疆葉爾羌就有六千里。順朝即使財物充足，客觀條件也不允許，朝廷深知西域駐軍糧食必須自力更生，唯有大興屯田。
那時的情況，可以說先種糧食後駐兵，或者說有多少糧食決定駐多少兵，所以，朝廷自然希望生產糧食愈多愈好，反對減少種地畝數。
甚至出現過伊犁駐軍守將因當地糧食生產連年豐收，奏請停止由內地派往伊犁屯田士兵，結果被李來亨大加斥責。李來亨明確說：“西域地方，開墾地畝以備積穀，甚屬緊要。積穀雖多，不患無用，且多墾土地自必多需兵丁，即稍有費用亦屬無幾。今卿等如此奏請甚屬煩瑣，伊從前不致如此糊塗！”
李來亨鼓勵屯田多多益善，才促使天山北部屯田星羅棋佈、四處開花。從東部的巴里坤到西邊的伊犁，北至塔爾巴哈臺，南抵庫爾喀喇烏蘇，從蒙古牧民到回回農民、漢族移民、遣犯、商人，都投入到墾荒的熱潮中。
結果北疆的糧食生產不僅大大滿足順軍設防之需，而且開始外調。西北經略使周祚鼎就因爲西域糧食充裕，商販稀少，提出在烏魯木齊、巴里坤、哈密等地區准許商民報監捐糧，就是向朝廷交納一定數量糧食獲得監生資格。周祚鼎計劃於烏魯木齊、巴里坤、哈密三地，各收監糧十萬石；濟木薩、奇台、穆壘、昌吉等處，各收監糧五萬石，總計爲五十萬石。大量糧食儲備除滿足軍事需要外，還爲移民開發西域準備了條件。