朝廷關於設立五省總督的事情，正式提上了議事日程，在陝西和山西遭遇到打擊的流寇，開始分散活動，一部分留在了山西，一部分進入陝西漢中府，一部分進入河南，一部分進入湖廣，一部分進入了四川，流寇充分利用了各省巡撫之間的事權不統一的弊病，遊走於各省之間，而各地的巡撫，也是將流寇趕出自己的轄區，至於說其他地方的事情，他們不會過問，也不會干涉，這就導致流寇的隊伍不斷的壯大，總人數已經超過二十萬人，各地深受其害。
徐光啓早就建議設立五省總督一職，只是皇上在人選方面有些猶豫，故而遲遲沒有下定決心，不過如今的形勢，逼迫朝廷必須要設立五省總督一職，協調各地的力量，共同來剿滅流寇了，要不然流寇的隊伍還將繼續發展壯大。
早朝之後，諸多的文武大臣紛紛舉薦三邊總督洪承疇出任五省總督，統領剿滅流寇的事宜，不過皇上沒有同意，洪承疇熟悉陝西、寧夏、延綏一帶的情況，正是因爲洪承疇的努力，陝西和山西的流寇，遭遇到沉重的打擊，若是調走了洪承疇，這些地方不能夠穩定了，那就得不償失了。
舉薦人選這件事情，風險是非常大的，若是被舉薦的人遭遇到敗績，那麼舉薦他的人，也會遭遇到彈劾和追究，洪承疇在山西等地剿滅流寇，取得了很不錯的戰績，出任五省總督是沒有任何問題的，也是很安全的，所以說滿朝的文武大臣，不會舉薦其他的人選，就連新上任的內閣首輔溫體仁，舉薦的也是洪承疇。
也就是在這個時候，病中的徐光啓上書，舉薦右僉都御史陳奇瑜。
皇上和徐光啓早就商議過，事情到了眼前，皇上終於下定了決心，擢升陳奇瑜爲兵部右侍郎、五省總督，聖旨之中，對於陳奇瑜的職責，也進行了明確，重點協調河南、湖廣、山西以及四川等地剿滅流寇的事宜，至於說陝西、寧夏、延綏等地剿滅流寇的事宜，依舊是以三邊總督洪承疇爲主。
陳奇瑜順利的出任五省總督，預示着朝廷加大了對流寇的圍剿力度。
皇上和朝中絕大部分的文武大臣，此時的想法也出現了根本性的改變，以前他們認爲流寇是因爲生活所迫，聚衆造反，朝廷無力救濟災民，故而對流寇有一定的愧疚心理，認爲還是以招撫爲主、以剿滅爲輔，不過流寇的不斷髮展壯大，以及殺官吏、劫掠地方的行爲，讓朝廷沒有了同情的心理，認爲流寇已經成爲心腹大患，必須要徹底剿滅，還地方上安寧。
出任五省總督，陳奇瑜沒有來得及接受同僚的慶賀，隨即趕赴河南省的開封上任，五省總督府就設在河南的開封，這裡正好處於中部的位置，便於協調指揮。
陳奇瑜首先與三邊總督洪承疇取得聯繫，洪承疇坐鎮山西的平陽府，這裡緊靠着河南的開封，距離不是很遠，在接到陳奇瑜的信函之後，洪承疇交代總兵曹文詔暫時協理諸多的事情之後，親赴開封。
五省總督府。
陳奇瑜和洪承疇終於見面了，兩人以前就認識，陳奇瑜也曾經在陝西一帶剿滅流寇，如今兩人都是以兵部右侍郎的身份，兼任五省總督和三邊總督。
簡單的寒暄之後，兩人的話題轉向了剿滅流寇的事宜。
桌上擺着碩大的地圖，陳奇瑜已經在上面密密麻麻做了一些標記，對於這些標記，洪承疇是爛熟於心的，這些都是流寇活動的地方。
“洪大人，流寇老回回屯兵河南南陽等地，羅汝才屯兵湖廣襄陽等地，張獻忠屯兵四川夔州和林縣等地，李自成屯兵陝西漢中等地，還有一部分的流寇，在山西平陽府等地盤旋，這些流寇力量分散，若是不能夠集聚各方的力量，恐怕難以在短時間之內剿滅。”
“陳大人說的是，流寇大都離開了陝西和山西等地，朝着河南、湖廣和四川等地流竄，若不能夠事權統一，形成合力，流寇就會利用這之中的漏洞，來回盤旋，各省巡撫因爲職責所限，不要越界剿滅流寇，讓流寇有了喘息的機會。”
“洪大人說的是，我的想法，是調集河南、湖廣以及四川的十萬大軍，專事剿滅流寇，不管流寇到什麼地方，都要跟隨剿滅，寸步不離，如此可以解決流寇四處流竄的問題，洪大人負責的山西和陝西兩地，早已經採取此等的辦法，讓流寇在陝西和山西幾近滅跡，如今剩下的事宜，就是洪大人與我之間的協調事宜了。”
“陳大人乃是五省總督，統領陝西和山西剿滅流寇事宜，若是有什麼安排，儘管開口就是了。”
“那好，事急從權，我就不客氣了。”
陳奇瑜的手指指向了延綏鎮。
“延綏巡撫鄭勳睿，麾下的鄭家軍和延綏邊軍，聽聞戰鬥力很強，洪大人熟悉延綏之情況，可否讓鄭大人調集一部分的軍士，加入到剿滅流寇的大軍之中。”
洪承疇臉上出現了危難的神情。
“陳大人，你是知曉的，調動邊軍，除非是有皇上的聖旨，否則是不能隨意調動的，邊軍職責重大，寧夏、延綏、大同等地的邊軍，歷來都沒有調動過，若是因爲調動了榆林邊軍，導致邊關出現危險，你我都難以承擔這等的責任啊。”
陳奇瑜也輕輕的嘆了一口氣，洪承疇說的情況實實在在，曹文詔率領一千五百關寧鐵騎進入關內剿滅流寇，那是皇上親自下旨，否則誰也不能夠輕易調動的，關於榆林邊軍和鄭家軍的事宜，陳奇瑜也曾經向皇上提及過，可是皇上沒有表態。
陳奇瑜早就想到了，鄭勳睿麾下的鄭家軍，剿滅了流寇神一魁、不沾泥張存孟、紫金樑王自用，以及闖王高迎祥，斬殺了四人，要知道神一魁、王自用和高迎祥，都是流寇之中赫赫有名的首領，影響很大，實力也很是強悍的，若是這次集中剿滅流寇，能夠調動鄭家軍，那肯定會取得絕佳的戰績，而且流寇普遍都畏懼鄭家軍，根本不敢進入延綏各地了。
可惜榆林是邊鎮，職責不一般，這讓陳奇瑜有些望洋興嘆，其實他也就是試探着提一提，看看洪承疇是什麼態度，要是能夠調遣鄭家軍和榆林邊軍，洪承疇身爲三邊總督，豈不是早就動手了。
洪承疇麾下有總兵曹文詔，還有從遼東來的一千五百關寧鐵騎，不要看關寧鐵騎的人數不多，可是已經成爲流寇的夢寐，凡是與流寇作戰，只要關寧鐵騎參戰，流寇必定是大規模的潰敗，幾乎是無法抵抗的，曹文詔的指揮能力也是很不錯的，他不會在流寇聯合的時候打擊，而是等到流寇分兵的時候，予以打擊和剿滅，讓流寇莫可奈何。
正是因爲如此，當初齊聚山西、聲勢大振的流寇，不長的時間，就被迫分兵朝着各個地方流竄，當然這不能夠說是關寧鐵騎和曹文詔的全部功勞，至少這一點是非常重要的。
“洪大人，我也就是說說，皇上已經下定了決心，一定要徹底剿滅流寇，恢復五省的安寧，你我責任重大，決不能夠辜負了皇上的期望。”
“聽從陳大人的安排，只要是有什麼需要，我一定全力以赴。”
在陳奇瑜的面前，洪承疇是不需要稱下官的，這也是因爲聖旨裡面，對兩人之間的分工是明確的，一人負責一塊，總協調是陳奇瑜，也就是說洪承疇不是陳奇瑜的下級。
陳奇瑜提到的延綏巡撫鄭勳睿，洪承疇早就想過了，可惜他也沒有辦法，人家鄭勳睿是有着不一般背景的，殿試狀元，內閣次輔徐光啓大人的學生，內閣輔臣文震孟大人的孫女婿，再說鄭勳睿當初出任延安府知府的時候，就有特殊的政策，延安府州縣不負責供給朝廷大軍的糧草，那個時候，洪承疇是非常惱火的，認爲鄭勳睿是依仗權勢，就任延安府知府以後肯定是要壞事情的，可讓洪承疇預料不到的事情，一件件發生。
特別是鄭勳睿生擒和斬殺闖王高迎祥的戰鬥，給與了洪承疇巨大的震動，到了這個時候，他才知道這個鄭勳睿是真的不簡單，人家做出的任何決定，都不是隨隨便便的，朝廷決定設立五省總督一職，洪承疇認爲自己就任的可能性很大，若是他真的出任五省總督了，一定會舉薦鄭勳睿出任三邊總督，儘管說鄭勳睿不過十九歲的年紀，顯得過於年輕了。
鄭勳睿麾下的鄭家軍不能夠參與到剿滅流寇的事宜，洪承疇也是有些遺憾的，不過邊軍的職責不一樣，當初他就任延綏巡撫，負責剿滅流寇，也不敢輕易調動榆林邊軍。
陳奇瑜的作戰思路很是清晰，洪承疇覺得，只要按照這樣的思路貫徹下去，流寇被滅亡的時間就不遠了，只是這中間不能夠出現太大的偏差，要知道流寇的移動能力太強了，稍不注意就讓他們溜走了。