作爲大明的留都，南京官府機構的設置，與京城幾乎是差不多的，這裡有六部和都察院等朝廷機構，也有司禮監和錦衣衛等皇家特別的機構，包括翰林院、國子監等等，都是一應俱全，只是從職責方面來說，南京的六部及都察院等等，與京城的大不一樣，其中最大的不同之處在於，南京沒有內閣。
按照朝廷的要求，南京是皇太子駐紮的地方，不過這已經是老黃曆了，實際上沒有哪一個皇上真正將太子放在南京的，大都是偶爾去看看，到了萬曆年間，皇太子根本不會到南京去，基本都是留在京城的。
南京的皇宮，規模比北京的紫禁城要小一些，但這裡是大明朝廷開國的京城，當時稱之爲金陵，太祖朱元璋就是在這裡登基的，成立了大明王朝，後來朱棣從建文帝朱允文手中奪過皇位之後，遷都北京，將南京定爲留都，將朱元璋的老家鳳陽定位中都。
南京兵部尚書代表皇上管轄南直隸，包括中都鳳陽，鎮守太監代表皇上駐守在南京皇宮，直接管轄錦衣衛和諸多的太監，爲南京京營的監軍，守備勳臣代表皇上管轄南京京營，這三人是南直隸權力最大的人，三人以南京兵部尚書爲首。
南直隸的賦稅，大部分都留在了南京，由南京六部決定如何的開銷，不過隨着時間的推移，南京六部和都察院的權力越來越小，南直隸的賦稅，一部分被直接徵調到京城，進入了戶部的府庫，留給南京戶部開銷的賦稅，數量逐漸減少。
南直隸是大明最爲富庶的地方，儘管京城徵調了部分的賦稅，但留下來的賦稅還是不少的，崇禎元年以來，甚至出現過南京戶部結餘的銀子多餘京城戶部結餘的銀子。當然這不是從總量上面比較，而是在開銷之後，結餘的賦稅方面，南京超過了京城。
皇上曾經想着從南直隸徵調更多的賦稅和糧食支援遭受災害的北方。可遭遇到朝中大臣的激烈反對，最終不了了之。
南京六部的官吏，其身份地位與京城的是無法比較的，朝中文武大臣都明白，被派遣到南直隸。基本都是遭遇貶斥或者是年紀大了，安排一個地方頤養天年，南京六部尚書，除開兵部尚書稍微好一些，其餘的悉數都是閒職，沒有多少的事情做，也沒有多大的權力。
從個人的收入上面來說，那就更無法比較了，京城的官吏，只要是掌握實權的。每年獲取的地方官孝敬的冰敬和炭敬數量不少，這些銀兩足夠京城不少官吏過上奢侈舒心的日子，可南京六部和都察院的官吏就沒有這樣的待遇了，他們所能夠拿到的就是俸祿，其餘的收入幾乎沒有，誰都知道明朝的官吏，依靠俸祿是難以過日子的，不要說奢侈和舒心，能夠保證家人吃飽飯就不錯了。
不過南京六部的尚書，以及都察院的左右都御史。身份還是尊貴的，畢竟誰也不知道，什麼時候南京六部的尚書和左右都御史，就調到京城的六部和都察院。甚至是直接進入內閣了，出於這樣的考慮，沒有誰敢於明目張膽的得罪他們。
這麼多年過去，在不少人看來，留都的設立完全是多餘的，無非是安排了一些官吏。沒有起到任何的作用，早就該撤銷了，不過南京的地位不一樣，這關乎到皇家的顏面，故而沒有誰敢於說出來這樣的話語。
前往南京的鄭勳睿，早就是這樣的看法，在南京設立六部和都察院等官府，完全是勞民傷財，養上那麼多閒人幹什麼，將這些銀子集中起來，還能夠做不少的事情。儘管已經是南京兵部尚書，可鄭勳睿的看法是不會改變的。
當然，目前的情況之下，鄭勳睿也要慶幸那個篡位成功的明成祖朱棣，他這個南京兵部尚書，與之前的兵部尚書完全不一樣，他要依託這個職位，在最短的時間之內，完全控制南直隸，這裡是大明最爲富庶的地方，一旦控制了南直隸，可與朝廷分庭抗禮，接下來控制南面的浙江、江西、福建和廣東等地，以及北面的山東等地，就變得很容易了，至於說河南、湖廣、四川和山西等地，正是流寇肆掠的地方，鄭勳睿暫時沒有打算染指這些地方，就讓流寇好好的去鬧騰，讓朝廷頭疼去。
崇禎十二年九月十四日，鄭勳睿抵達南京。
其實這裡是他的家鄉，南京由上元縣和江寧縣組成，皇宮以及六部等機構，悉數都在上元縣，回到南京出任兵部尚書，鄭勳睿其實是回到了家鄉，這將成爲他掌控南直隸最大的助力，要知道鄭氏家族在這些年是空前的發展，其力量已經不容小覷。
鄭勳睿來到南京，與甘學闊的態度完全不一樣，他是秘密進入南京城的。
鄭勳睿的身邊，由洪欣瑜帶領的二十名親兵貼身護衛，其餘的四百八十名親兵，分散在四周，將鄭勳睿的周遭護衛的如同鐵桶一般，也正是因爲有了這樣的護衛，鄭勳睿的行蹤能夠完全保密。
鄭勳睿的首站，是江寧縣的谷裡鎮，他首先回家了。
徐佛家正在家裡等候。
知己知彼百戰不殆，鄭勳睿需要了解南直隸的情況，特別是南京六部、都察院、司禮監以及錦衣衛等的情況，包括南京京營，一旦清楚了南京的局勢，他才能夠有的放矢，一步步的施展手腳。
徐佛家的臉色有些潮紅，來到谷裡鎮，來到鄭勳睿的老家，她才認爲自己真正成爲了鄭家的一員。
“清靈，說說調查署偵查到的情況。”
“夫君，南京的情況有些複雜，妾身也被弄得有些糊塗了，一時間不知道從何說起。”
“首先說說南京的情況。”
“好的，根據調查署掌握的情報，南京如今最爲權勢的是司禮監太監方正化，方正化以司禮監太監的身份，出任南京鎮守太監，三個月之前才上任，就連前任的兵部尚書劉宗周大人，對方正化都是退避三舍，南京的京營、錦衣衛等等，悉數都是方正化掌控，不經過方正化的同意，任何人都不能夠調動一兵一卒。”
鄭勳睿微微點頭，方正化這人他聽說過，是大太監王承恩麾下的人，試想方正化得到了王承恩的信任，原南京兵部尚書劉宗周怎麼可能抗衡，再說劉宗周是奉行慎獨觀念的，恥於和太監爲伍，如此情況之下，肯定是退避三舍了。
方正化到南京出任鎮守太監，事情絕不簡單，要知道南京的鎮守太監，多半情況之下是在京城遭遇到貶斥的，或者是在權力博弈之中處於下風的，有一定地位的太監出任的，可謂是發配到南京來的，況且南京已經兵部尚書爲首，一般情況之下，鎮守太監要聽從兵部尚書的調遣，可方正化不是這樣的情況，其司禮監太監的頭銜依舊存在。
說白了，方正化在三個月之前來到南京，目的就是要限制他鄭勳睿的權力。
“妾身另外注意的是南京戶部尚書王鐸，王鐸是東林黨人，對於東林書院很是支持，平日裡與錢謙益等人的接觸也是很多的，錢謙益和瞿式耜時常到南京來，出入秦淮河，有些時候王鐸甚至親自到秦淮河去參與聚會，同時所謂東林四公子陳貞慧、冒襄、侯方域以及方以智等人，也時常陪同，前任兵部尚書劉宗周大人，不喜歡參與這樣的聚會，相反是王鐸表現的很是熱忱，調查署已經偵查到，近段時間，南京等地的東林書院、復社和應社的讀書人，聚會很多，錢謙益和瞿式耜等人，也時常停留在南京。。。”
鄭勳睿眯起了眼睛，東林黨人的這些動作，肯定是針對他的，換位思考，要是他在皇上的位置上，也會樂於看見東林黨人與鄭家軍之間產生巨大的矛盾，兩虎相爭必有一傷，何況東林黨人在南京、蘇州和揚州等地的影響是巨大的。
鄭勳睿到南京上任，無法避免與東林黨人之間的博弈，其實他也願意趁着這個機會，端掉東林黨人的根基，讓東林書院、復社和應社在大明徹底消失。
“妾身注意到的第三件事情，就是南直隸和浙江的駐軍，浙江總兵黃得功，其麾下號稱二十萬大軍，駐紮在杭州一帶，松江總兵劉良佐，麾下號稱十萬人，駐紮在松江府一帶，控制松江、蘇州、常州和鎮江等地，南京京營總兵賀人龍，控制應天府、寧國府、安慶府和徽州府一帶，特別需要說明的是，賀人龍是三個月之前調遣到南京京營的，以前一直都是在北方剿滅流寇。。。”
黃得功、劉良佐以及賀人龍等人，明末都是赫赫有名的，結局也各不相同，不過這些人說起來都是猛將，特別是賀人龍，是萬曆年間的武進士，一身本領是很不錯的。
這些號稱麾下掌控了多少的軍隊的總兵，鄭勳睿倒不是特別的在意，這些軍士基本都是烏合之衆，但他們控制的地方，倒是讓鄭勳睿頭疼，他們佔據的都是非常關鍵的地方，鄭勳睿想要掌控南直隸，首先就要驅逐這些人，如此鄭家軍才能真正掌控南直隸以及浙江等地。(。)