鄭家軍總人數已經達到了十二萬，分別駐紮在陝西西安、山東的蓬萊、復州、金州以及南直隸的淮安、南京等地，其中陝西三萬人，山東五萬人，包含駐紮在蓬萊的一萬水師，淮北一萬人，南京三萬人。
鄭家軍人數達到這個規模之後，暫時固定下來，按照鄭勳睿的意思，停止招募軍士。
鄭家軍一共七十個營，其中騎兵營三十個，神機營二十五個，炮兵營四個，斥候營四個，執法營四個，親兵營兩個，女兵營一個。
鄭家軍的建制，一直都是按照衛所軍隊之要求編營的，雖說後來進行了一些改變，例如騎兵營和神機營都是按照兩千人的編制進行編排，但總體的格局是按照衛所軍隊進行的，這樣的建制，隨着鄭家軍規模的擴大，越來越不能夠適應了。
軍隊是根本，沒有強悍的軍隊，一切都是枉然。
鄭勳睿是穿越之人，明白這一切的重要性嗎，他終於下定決心，要對鄭家軍的建制進行大規模的改動了，這一次的改動，將徹底突破大明王朝對軍隊的編制要求。
鄭勳睿之所以對鄭家軍要進行大規模的建制改動，一個最爲關鍵的因素，是淮安火器局生產的大量毛瑟槍、紅夷大炮、弗朗機裝備到了軍隊之中。
隨着火器的普及，騎兵營的作用明顯下降，無論是野外的戰鬥，還是攻城拔寨，火器都將發揮出來決定性的作用。從軍隊的開銷方面來說，騎兵營的開銷是最大的，戰馬的消耗比軍士要大很多。
軍隊的建制，自秦朝以來，經歷了很多的變動。但萬變不離其宗。
鄭勳睿重點考慮的是綜合性編制軍隊，還是專業性的編制軍隊。
所謂綜合性編制軍隊，就好比是幾百年之後的大軍區編制一樣。軍隊之中涵蓋了方方面面，陸海空一應俱全。所謂專業性編制軍隊，那就是明確騎兵營、炮兵營、神機營等等，相互之間可能有一定的交叉，但保持各自的重點。
兩種編制軍隊的性質，各有各的好處。
鄭勳睿偏向於綜合性編制軍隊。
包括鄭錦宏、楊賀、劉澤清、洪欣濤、洪欣貴、洪欣瑜、王允成、鄭凱濤等鄭家軍的總兵和副總兵，也是贊成綜合性編制鄭家軍。
綜合性的編制鄭家軍，已經展現出來不一般的氣勢，嚴格說起來。只有皇上和朝廷纔有資格綜合性編制軍隊，且鄭家軍就是朝廷編制的軍隊之中的一部分，現如今鄭勳睿單獨將鄭家軍實行綜合性編制，表露出來的意味就不一樣了。
大明軍隊分爲兩個系統，第一個是衛所制，這是沿襲幾百年的軍隊編制，另外一個就是衛所制度逐漸不適應形勢之後出現的總兵領兵制度。
鄭勳睿不打算突破這個制度，他計劃將兩種制度結合起來。
按照鄭家軍所處的地域，鄭勳睿將鄭家軍分爲三塊，南直隸爲第一塊。山東爲第二塊，陝西爲第三塊，分別以第一軍、第二軍和第三軍稱呼。在第一軍、第二軍和第三軍的基礎之上，設立旅一級的建制，以一萬人左右的軍士爲一個旅，旅直轄營，每一營依舊是兩千人左右的編制。
如此鄭家軍就形成了以軍、旅、營爲骨幹的編制，不過關於軍、旅、營的編制稱呼，僅限於鄭家軍內部，對外是不公開的，避免引發皇上和朝廷過度的猜忌。
第一軍、第二軍和第三軍都是混合型編制。包含有騎兵營、神機營、炮兵營、執法營、斥候營、騎兵營等等，第一軍有專門的女兵營。第二軍有專門的水師。
每一軍之中，單獨設立炮兵旅。突出炮兵的重要作用，第二軍之中單設水師旅。
南直隸的第一軍轄下四個旅，山東的第二軍下轄五個旅，陝西的第三軍轄下三個旅，每一旅由參將直接指揮，轄下五個到六個營，每一營由遊擊將軍直接指揮。
軍、旅、營都需要配備參謀官，由相應級別的軍官擔任，譬如說軍一級的參謀官，必須由副總兵擔任，其作用相當於監軍，或者說幾百年之後的政委。
軍官的配置方面，嚴格要求，不得突破，每一軍配備兩名副總兵，六名到十名參將，三十名到五十名遊擊將軍，遊擊將軍以下的軍官，按照原有的編制，不予變動。
鄭錦宏依舊爲鄭家軍的總兵，統領整個的鄭家軍，名義上領導鄭家軍的調查署。
南直隸的第一軍，由劉澤清直接指揮，洪欣貴出任總參謀官，山東的第二軍，由楊賀直接指揮，王允成出任總參謀官，陝西的第三軍，由洪欣濤直接指揮，鄭凱濤出任總參謀官。
內心裡面，鄭勳睿還是很想徹底打破大明軍隊之建制，重新來進行編制的，不過目前的時機不是特別的成熟，再說鄭家軍的將士，也不一定能夠接受幾百年之後的那些稱呼，而且在鄭勳睿的內心，還是有着濃厚的情節，那就是他率領的軍隊，將成爲全世界的楷模，他所決定的軍隊的建制，逐漸完善之後，將成爲全世界軍隊效仿的榜樣。
鄭家軍的建制編制完成之後，搬遷到南京秣陵鎮的講武堂，開始了又一輪的培訓，這一次的培訓，鄭家軍所有的軍官都要分批次的參與，培新的時間不長，每一期五天左右，重點就是講解鄭家軍的建制之變化，以及由於這個變化帶來的一系列的變動。
這一次的講武堂培訓，鄭勳睿親自給鄭家軍的總兵、副總兵、參將以及遊擊將軍授課，他授課的重點，一方面是講解重新編制鄭家軍建制的重要性，另外一個方面就是重點講解參謀官的重要作用了，參謀官不僅僅是承擔監軍的職責，還要負責軍紀軍規、思想動員等方面的事宜。
按說參謀官由文官出任是最好的，但目前的條件尚不成熟。
鄭勳睿非常嚴厲的強調了一件事情，那就是鄭家軍是一個整體，雖然根據地域形勢的不同，分爲第一軍、第二軍和第三軍，可一旦面臨大規模的戰鬥廝殺，三個軍的建制有可能打亂，根據戰鬥形勢的需要臨時編制，譬如說第一軍有可能指揮第二軍轄下的一個到兩個旅等等，這樣的交叉今後長期存在。
不過這種打亂建制的交叉，需要鄭家軍的總兵發佈命令。
鄭家軍同時設立總參謀部，總後勤部和總裝備部，凌駕於三軍之上，總參謀部、總後勤部和總裝備部由鄭錦宏、徐望華、馬祝葵、羅昌洛、李巖等人組成，鄭勳睿親自負責，總參謀部的主要任務就是決定鄭家軍對外的征伐、作戰部署以及軍士的招募等等事宜，總後勤部負責協調征伐所需要的糧草以及其他後勤事宜，以及平時的軍餉和糧草事宜，總裝備部負責火器、戰馬等等的協調。
鄭家軍的調查署納入到總參謀部的領導之下，淮安火器局納入到總裝備部的領導之下，今後的時機成熟了，三總部還將擴充職責。
此次培訓引發的震動是很大的，誰都知道，鄭家軍此次建制的調整，意味着其基本脫離了皇上和朝廷的節制，成立的三總部，其實就是代替了兵部，設立了參謀官，其實是摒棄了朝廷的監軍制度。
特別是設立三總部，凌駕於鄭家軍之上，由鄭勳睿直接負責指揮，等同於是鄭勳睿從明面上直接掌控了鄭家軍，而且掌控了一切與鄭家軍發展有關的事宜，這裡面就包括了後勤和裝備方面的事宜。
鄭家軍建制的大調整，雖然說內部通用，暫時不會對外宣佈，但朝廷遲早都是要知曉的，如今朝廷大軍正在與流寇展開廝殺，鄭勳睿在這個時候大規模調整鄭家軍的建制，一方面有規範鄭家軍的意圖，另外一個方面，也可能是對朝廷大軍剿滅流寇的戰鬥沒有多大的信心。
鄭家軍肯定是要參與到剿滅流寇的戰鬥之中去的，這一點鄭家軍的將士都是很清楚的，只不過參與的程度不好說，朝廷之中的紛爭，除非是鄭家軍副總兵以上的軍官纔可能知曉，也是因爲如此，不少的將士對於不能夠參與到剿滅流寇的戰鬥，表現出來了不服氣，流寇最爲懼怕的就是鄭家軍。
鄭家軍遊擊將軍以上的軍官，內心都是清楚的，那就是鄭家軍從規範建制的那一天開始，完全脫離了皇上和朝廷的掌控，開始獨自行使職能了。
培訓結束之後，鄭家軍開始了建制的調整，這對於諸多的將士來說影響不是很大，不過各級的軍官就需要規範了。
從十月開始，一直到十一月底，鄭家軍建制的調整全面完成。
建制調整完成之後，鄭家軍內部的文書來往也進行了規範，總參謀部、總後勤部和總裝備部的文書正式開始推行，文書上面由鄭勳睿和鄭錦宏兩人簽署名字，這樣的文書第一軍、第二軍和第三軍都是無條件的執行，當然文書也就是針對三軍的副總兵和參將，身爲總兵的鄭錦宏，一般情況之下不會單獨下達命令，絕大部分的命令都是以三總部爲準。