剿滅東印度公司在印度羣島據點的戰鬥，更是異常的順利。
東印度公司的董事亨利被押解着跟隨作戰，親眼見到了鄭家軍水師的強悍之後，亨利很快明白，從這一刻開始，東印度公司失去了在南亞稱霸的地位，說的不客氣一些，這支強悍的水師，甚至能夠直接打到歐洲去，就看人家是不是有這樣的心思了。
亨利是商人，商人逐利，在大致明白了大明朝廷的意思之後，亨利馬上表示願意配合，遵從大明朝廷的要求，與南亞各地以及大明王朝做生意。、
亨利的態度，讓洪欣貴等人很是高興。
三月初七，戰船編隊抵達巴達維亞。
此時的戰船編隊，已經收穫巨大，剿滅東印度公司在臺南和印度羣島的據點，收穫巨大，沿途的一些小地方，見到了大明朝廷戰船編隊之後，紛紛表示順從，拿出來了大量的物資，進獻給大軍，以求自身的安寧，當然對於大軍提出來的要求，他們也是全盤接受的。
戰船編隊之中，已經有這些地方派遣出來的使者和人質，他們將跟隨戰船編隊抵達大明，親自向大明的皇上表示忠心。
駐守在巴達維亞的荷蘭東印度公司的總督是科恩。
這是一個傳奇性的人物。
科恩具有極強的戰略眼光，當時的荷蘭，尚未完全獨立，在西班牙的控制之下，而科恩率領的東印度公司，具有非同一般的地位，可以自組擁兵、自行發行貨幣、與其他國家簽訂正式的條約，同時對南亞諸多地方實施殖民統治的公司。
毫不客氣的說，當時的東印度公司。在名氣上面甚至超越了荷蘭。
臺南以及印度羣島的機構遭遇到毀滅性的打擊，這個消息尚未傳到巴達維亞，畢竟鄭家軍水師的動作太迅速了。此刻的科恩，還在準備傾盡全力抵禦即將到來的進攻。
東印度公司有接近兩萬的僱傭兵。擁有大型商船近兩百艘，大型戰船近五十艘，還有一些小型的戰船，戰鬥力也是不一般的，這些商船和戰船絕大部分都是駐紮在巴達維亞的，商船在南亞以及東海、南海等地航行，壟斷日本等地的海上貿易。
東印度公司曾經敗給鄭芝龍的戰船編隊，被迫接受鄭芝龍定下的規矩。每年需要拿出來大量的錢財，交給鄭芝龍，才能夠從事南海的貿易，這讓科恩很不舒服，後來聽聞鄭芝龍離開了福建泉州，覺得大明水師戰鬥力不強了，所以開始拒絕繳納保護費。
想不到一年不到的時間，大明水師就打到巴達維亞來了。
佔着對地形的熟悉，科恩決定狠狠的打擊大明水師。
巴達維亞是東印度公司總部所在地，不能夠有絲毫的閃失。否則東印度公司將失去在南亞的所有利益，代之的也將損失歐洲到南亞等地的所有海上貿易。
在獲悉大明水師抵達巴達維亞海域的時候，科恩已經做好了一切迎戰的準備。他甚至沒有打算與大明水師談判。
海上的戰鬥在三月初十打響。
又是一次一邊倒的戰鬥，龐大的鄭家軍水師戰船編隊，根本不是東印度公司戰船編隊所能夠抵禦的，親自指揮戰鬥的東印度公司總督科恩，眼睜睜看着身邊的戰船被炮彈炸的起火和沉默，很短的時間之內，就陷入到絕望之中。
戰鬥持續了大半天的時間之後，科恩麾下的戰船所剩無幾，而鄭家軍戰船編隊幾乎沒有遭受到多大的損失。
巴達維亞的碼頭很快被鄭家軍水師佔領。海上作戰失敗的科恩，來不及逃走。被鄭家軍水師生擒，具有諷刺意味的是。神情科恩的居然是不久之前加入鄭家軍的東印度公司的僱傭軍，這讓科恩更加的絕望。
陸地上的戰鬥幾乎沒有怎麼進行，東印度公司的總督科恩已經被生擒，公司的董事會亂作一團，根本無心去抵抗了，就在鄭家軍將士剛剛開始進攻的時候，東印度公司的董事會選擇了投降，他們是明智的，總督大人率領的戰船編隊全軍覆沒，總督大人被生擒，他們若是負隅頑抗，也就是死路一條。
這麼快就徹底摧毀了東印度公司，佔領了巴達維亞，這是洪欣貴沒有想到的。
進入巴達維亞城內，進入了東印度公司辦公的大樓裡面，洪欣貴拿出來了皇上寫的信函，這是皇上吩咐他佔領巴達維亞、摧毀了東印度公司公司之後，才能夠拆開的信函。
皇上在信函之中表明的意思非常明確。
留下兩個戰船編隊和一萬鄭家軍水師將領在巴達維亞，由洪欣貴出任總兵，親自率領這一萬鄭家軍的水師，控制南亞各地，控制南亞的海上貿易，巴達維亞與臺灣島駐紮的水師和戰船編隊，全部有洪欣貴率領。
摧毀東印度公司的武裝力量之後，必須吸納東印度公司貿易方面的人才，讓這些人留在巴達維亞做事情，幫助大明王朝來進行海上的貿易，不過東印度公司董事會的人，不能夠保留，這些人全部押解到大明京城來。
同時將東印度公司盤剝的錢財全部運送到大明京城。
看完信函之後，洪欣貴大爲吃驚，他也是進入到巴達維亞之後，才知道東印度公司有一個董事會，公司所有的事情都是這個董事會決定的，總督科恩就是董事會的頭頭，想不到皇上知道這一切，而且還準確在信函之中表述出來了。
皇上的命令，洪欣貴當然是執行的。
洪欣貴馬上召集了丁寶坤、鄭芝龍、鄭芝豹等人，共同商議。
這一次的商議，持續了足足兩整天的時間。
期間鄭芝龍提出來建議，讓弟弟鄭芝豹留在洪欣貴的身邊，幫忙做事情，鄭芝豹對於海上作戰的事宜是熟悉的，也知道很多海上貿易的事情。
洪欣貴同意了這個建議，專門寫下了奏摺，舉薦鄭芝豹出任鄭家軍的遊擊將軍，在他的身邊協助統領水師。
商議完全按照皇上提出來的要求進行，鄭芝龍提出來了不少的建議，對於如何管理東印度公司留下的攤子，如何徹底掌控這個公司等等，都提出來了好的見解，鄭芝龍提出來的最爲關鍵的一個建議，就是在水師帶來的商賈之中，挑選一部分精明強幹的人，進入到公司裡面做事情。
至此，東印度公司覆滅，代之的是大明皇家南洋公司。
南亞以及朝鮮、日本等地的所有海上貿易事宜，全部由大明皇家南洋公司直接負責，所有南亞各地的海上貿易交易，全部都需要給大明皇家南洋公司繳納所有貨物價值一成的賦稅，若是有誰不服從這個規定，那麼大明水師將查封其所有的貨物。
同時，交易地方也需要給大明皇家南洋公司繳納百分之五的交易稅。
這一筆的交易稅由各地方負責，你在購買海上貿易貨物的時候，就需要直接繳納。
包括遙遠的歐洲等地，也要遵循這個交易原則，否則就不要想着來到南亞各地做生意，當然，若是有歐洲某些地方表示不服氣，甚至對受到大明皇家南洋公司保護的商船實施打劫等的行爲，那麼大明水師會不辭辛苦的前往歐洲，教訓一下這些不服氣的國家。
這就是大明皇家南洋公司的職責。
就連做過海盜的鄭芝龍和鄭芝豹等人，看見了皇上的信函之後，都是倒吸一口涼氣，這該是多麼的霸道，鄭芝龍當時也就是統領南海等地的海上貿易，而皇上統領的，是整個大海上的貿易，就連遙遠的歐洲，都要遵循這個貿易準則，否則下場就是捱打。
憑着鄭家軍水師的強悍，打的歐洲的西班牙、荷蘭與葡萄牙等地滿地找牙，是肯定的事情。
鄭芝龍等人更是明白，從今以後，海上貿易的賦稅，將成爲大明朝廷最大的賦稅收入，遠遠超過商貿賦稅和農業賦稅，甚至可能是好幾倍，海上貿易利潤的巨大，一般人根本想象不到。
皇上偏偏知道這些。
到了這個時候，鄭芝龍對皇上是佩服的五體投地。
被俘的科恩，聽到了大明皇上做出的決定之後，臉如死灰，什麼話都說不出來，這個時候的抗議沒有任何的作用。
大明水師的強悍，讓科恩感覺到的是恐懼，這樣一支強悍的水師，征服海上是順理成章的事情，就算是曾經被稱之爲海上霸主的西班牙，在這樣的水師面前，還手之力都沒有。
科恩唯一的請求，是給荷蘭寫去一封信。
這封信的內容也是很明確的，懇求歐洲的西班牙、荷蘭以及葡萄牙等國，按照大明王朝的要求來做事情，千萬不要有什麼非分之想，大明王朝統治海上貿易是理所當然的事情，因爲大明水師是海上的巨無霸，沒有任何的海上軍隊能夠與之抗衡。
這封信被送到歐洲之後，引發了軒然大波，一些地方不服氣，認爲科恩言過其實，不過這些不服氣的地方，最終都是乖乖的按照大明皇家南洋公司的要求做事情了，那是因爲他們遭遇到大明水師毀滅性的打擊。
這都是後話了。（。）