王廷相反對神秘的五行災異之說王廷相對於“五行分配十二支於四時”、“以五行配五臟六腑”、“以五行名星緯”、“以五行論造化生人物”等的妄說，都進行了批判。他從自然科學知識出發，駁斥“以五行分配十二支於四時”，首先指出，寒暑的變化與四季的循環，取決於得日光之多少：得日光多則熱，得日光少則寒，與“五氣之布無與焉”。其次，四季的每一季之中，均有金、木、水、火、土，如果說“春止爲木，則水、火、土、金之氛孰絕滅之乎？秋止爲金，則水、火、土、木之氣孰停留之乎？土惟旺於四季，則余月之氣孰把持而不使之運乎？”
他最後的結論是“書以辯物，數以衍歷，歷以紀時”。這裡，他把“物”看成第一性，而人爲的“書”、“數”和“歷”不過用來紀錄“物”的變化，因此不能離開自然變化來杜撰“書”、“數”和“歷”，而“五行配四時”的妄說就犯了這樣的錯誤。在王廷相看來，金、木、水、火、土只不過是五種物質元素，緯說以之附會於儒家的經典，是荒唐的。和緯說相對立，他從如何利用這五種物質元素爲人類服務，來解釋大禹謨：“大禹謨曰：‘政在養民，水、火、金、木、土、谷惟修’，言六者能修治之，使遂民用，則養生之具備矣。堤防祛害，灌溉通利，水行地中，則水政修矣。出火納火，鑽燧改火，昆蟲未蟄，不以火田，則火政修矣。裹蹄泉貨，鐵冶鼓鑄，金政修矣。山林有禁，取木有戒，斧斤時入，木政修矣。畫井限田，正疆別塗，高城深池，土政修矣。教民稼穡，播藝百穀，谷政修矣。六政既修，民用皆足，五者生養萬民之功成矣。”
因此他強調“人定能勝天”的道理，更由此出發猛烈抨擊五行災異的謬說。首先，他闡述自然現象的發生和變化，不受人們意志的支配，根本就不存在着所謂“和氣致祥、乖氣致異”的必然聯繫的現象，這從“堯仁如天，洪水降災；孫皓昏暴，瑞應式多”的事例就可得到證明（見答顧華玉雜論五首）。其次他強調只要把握住自然的規律，水旱之災是可以克服的，這就是明證：“堯盡治水之政，雖九年之波，而民罔魚憋；湯修救荒之政，雖七年之亢，而野無餓殍。人定亦能勝天者此也，水旱何爲乎哉？”對於緯書中的神秘思想和周敦頤的太極圖說，他也予以批判。他的看法是“天自是一物，包羅乎地，地是天內結聚者，且浮在水上”（地是天內凝結之物），論證是：“瓶倒於水而不沉，甕浮於水而不墜，內虛鼓之也。觀此則地所附可知”（出自玄渾考）。“觀掘一二十丈，其下皆爲水泥；又四海環於外方，故知地是水火凝結、物化糟粕而然”（地是天內凝結之物）。
這一解釋中的合理因素是：王廷相反對了對於天地形成的神秘解釋，而從物質本身的變化來加以闡明，但他的解釋也包含着侷限，亦即重複着一種古老的因襲觀念，認爲大地“浮於水上”。
王廷相依據當時的地質知識以及他自己的觀察所總結出的“地生而後生物”理論和五行家的妄說展開鬥爭。他說：“山是古地結聚，觀山上石子結爲大石可知；土是新沙流演，觀兩山之間，但有廣平之土，必有大川流於其中可知。因思（“思”是在“觀”的基礎上進行理論的概括）得有天即有水、火，有水則必下沉，水結而土生焉，有土則木生，有石則金生，有次序之實理如此。”
王廷相反對鬼神、風水等迷信王廷相雖然自述他以孔子“敬鬼神而遠之”爲“至論”，並聲言“天道（把“天道”和“天之道”區別開來，且與“人道”對立起來）遠而難知”，但實際上他已否認了鬼神的存在，而強調人世間的一切禍福都是人爲的，並沒有什麼鬼神在冥冥中發號施令。王廷相反對鬼神、風水等迷信，是依據“無形色則神滅”的唯物主義原則的。他在具體地運用這一原則時，則着重揭露鬼神風水福廕等妄說的違反邏輯。按照鬼神論者的邏輯，“善人”有“善報”。“惡人”有“惡報”；但客觀事實並不如此，“世之人物相戕相殺，無處無之，而鬼神之力不能報其冤”。在反對風水福廕的妄說時，他首先指出這類妄說是“邪術惑世以愚民”，接着敘述了一套關於喪禮的歷史：在古代，人死之後，“委之於壑”，有人曾見其父母的屍體爲狐狸所食，感到悲痛，於是用“樏梩而掩之”。後世的聖人不忍其親的屍體和泥土混在一起，用瓦棺、後世又用棺槨埋葬。因此，王廷相斷言，在從前的聖人看來，根本就不存在有什麼風水福廕之事。他接着說，如果說真的有什麼風水福廕之事，那麼若子若孫應當會得到同樣的好遭遇，但事實也不是如此，有的富，有的貧；有的壽，有的天；有的貴，有的賤；有的善，有的惡。可見風水福廕只是騙人的鬼話。但是這類鬼話的害處極大，“使人盜葬彊痊，鬥爭愬訟，死亡罪戾，無處無之”。
值得住意的是，王廷相還敢於接觸“邪說橫行”的社會根源，指出“由於在上之勢致之”。這裡所說的“上”就是指的封建的帝王，例如“漢光武好圖讖，故當時緯候之流，順風趣附”，而“中人”與“小人”又懾於時威，不但不敢反對，還加以渲染誇大，因而“正道湮塞、邪說橫行”。從這些言論中不難看出王廷相反對封建正統思想的戰鬥性格。王廷相的思想也有時代的侷限，他和其他啓蒙學者一樣，都以“推明”孔子之道爲旗幟，來進行思想戰線上的鬥爭，運用古代經典語言的形式，來裝璜自己的新義。他在答何柏齋造化論十四首中極力辯解他爲什麼要和所謂異端邪說展開辯論：
“愚謂學孔子者當推明其道以息邪說，庶天下後世崇正論、行正道，而不至陷於異端可也；何可謂自是一端，不必與辯？然則造化真實之理，聖人雅正之道，因而矇蔽晦蝕，是誰之咎？”他在與彭憲長論學書中，批判了董仲舒的神學思想之後，還強調指出應如何批判地對待傳統的“儒者之論”，他說：“故於儒者之論，合於聖人者，即聖人也，則信而守之；戾於聖人者，即異學也，則辯而正之，斯善學道者也。若曰出於先儒之言皆可以篤信而守之，此又委瑣淺陋，無以發揮聖人之蘊者爾，夫何足與議於道哉！”王廷相在此所說的“異端”，即指讖緯、五行災異等等的神學和各種唯心主義而言。與之相對立的，他稱之爲“道”。他所說的“道”，雖然不侷限於孔子的思想，但所謂儒者之道，究竟是一種承襲於古制的思想傳統，若是論及這一單，王廷相還是與程朱等人如出一轍，在這放面未有超脫。
而王廷相與韓邦奇、楊慎等都是同事和朋友，他們的觀點有偶合，有交流，有互相影響，尤其在氣本論上觀點比較一致。從理論上說，王廷相的氣學比他的朋友更具系統性，他的著作在當時具有相當的影響。但是王廷相的的確確沒有自覺地去建立所謂的“氣學派”，因爲他並不曾想“植立門戶”。由於羅欽順雖然對朱熹的思想有突破，但是仍以尊信朱子自居，像王廷相這樣激進的氣學理論在當時相對來說還是比較孤立的，這也正好說明他的思想的獨創性。王廷相與朱熹、王陽明等思想家不同，從正德初年登進士到嘉靖中期被罷官，這幾十年間一直從政。因此，他講學、辦書院、帶學生的機會並不多，而像薛蕙這樣的弟子又明顯地不滿師說，在人性論上堅持程頤的觀點，對王廷相的“性有善惡”論進行責難。清初孫奇逢在年寫就的《中州人物考》的《理學》篇中，借“議者”之口認爲，雖然司馬光、范仲淹可謂是理學之宗，但是不能與李侗、胡居人相提並論，因爲前者太重功業，而後者均未出仕，一生以求道爲己任。孫奇逢讚揚王廷相的獨立思考精神，但不同意王廷相對周敦頤主靜說，及其對孟子性善論的非議。孫奇逢像當時的其他許多思想家一樣，在明清鼎革之際，歸隱故里，屢徵不仕，似更加喜歡淡薄名利的學者。王廷相的修養論實際上是以士大夫爲中心的上層社會相適應而構築的，民衆的主體性並沒有進入他的視野”。這是說他的整個哲學思想構築基礎仍是士大夫階層，在這一點上他與朱熹並沒有區別。相反，“王陽明所揭示的不受既有規範約束的以主體性或自律性還有活潑性來肯定情的道德生活邏輯、以及這對於誰都具有親近感的良知遍具的邏輯產生了強烈的吸引力，這當然是陽明學在當時，無論是從上層士大夫、官員還是一般的百姓，甚至是位於社會最底層的人那裡都獲得如此大支持的原因。”