袁世凱對國民黨既然還有些投鼠忌器，對於北京的國民黨員就比較客氣一點。而身在北方虎穴中的國民黨員，也要比較有妥協性一些。這是沒有辦法的事，所謂人在房檐下，不能不低頭。
袁授意北京總檢察廳票傳國民黨北京支部部長吳景濂到案。質問黃興是不是國民黨的領袖，如果黃的“逆叛”行爲與國民黨有關，那麼國民黨就該負起“謀叛”的責任。如果黃的行爲與國民黨無關，國民黨就該立刻開除黃興黨籍以明責任，限吳景濂三天內答覆。
吳景濂拿這個難題無法解決，很想召開一次北京支部大會來研究處理，可是時間太倉促，會議召開不及。三天限期轉眼即到，吳景濂沒有辦法，只好想出一個應對之策。
他以個人名義在北京報紙上刊登一段啓事：“黃興除名一案，非經大會不能決定，但限期甚迫，不及召集大會，因即遵令除名。”
袁世凱和北洋系罵黃興是搗亂領袖，其實黃是很冤枉的。
其在宋案後一直是主張委曲求全的。對宋案本身言，黃主張純以法律解決，求是非，講法理。
對於袁政.府的態度，黃鑑於各國尚未承認民國，蒙藏風雲緊急，所以反對用武力對付袁。
他的主張受到多數人支持，因此在袁下令免三省都督前，國民黨對於解決糾紛的宗旨是：“宋案責成法院，借款責成議會。”並擬推岑春煊、王芝祥、章士釗、汪兆銘等爲調和專使前往北京。
袁免贛、皖、粵三省都督後，國民黨方面仍希望不致決裂。所以六月十日李烈鈞有電報告袁政.府“遵令免官”，並且通電將已經調動的部隊撤回原駐地點。
六月十六日胡漢民有電“請授赴藏方略”，並且解釋“宋案借款之爭，僅系建言作用，不敢出法律範圍”。而柏文蔚早在調任令發表之前就表示要辭職。這一切並非國民黨施緩兵之計，實在因爲國民黨的多數派還不打算對袁進行武裝抗爭。
在這紛擾的期間，又傳出了一個謠言，據說是日本在幕後策動的。就是要在南京另外組織一個政.府，推舉岑春煊爲總統。
民國二年七月二十八日熊希齡的通電，曾經揭破這個密謀：“報載四省獨立，有在寧設立政.府，推舉岑西林爲總統之謠。前南北議和時，犬養毅等於前年冬來華，運動南北分立，渠與希齡本屬舊交 ，屢至滬寓密告希齡，謂袁如得志，中國可危，不如勸孫、黃公推岑爲總統與袁對抗，並要求希齡介紹往見。希齡與張謇、湯壽潛、莊思緘、趙鳳昌諸君與犬養毅接談數次，竭力反對。幸黃興當時力主和議，岑亦病辭不見，犬乃回國。去年春間再到上海，乃不與希齡接洽矣。此日本民黨 利用我南北分立之實在情形也。”
岑春煊在南京組府之說，使袁世凱有了緊迫感。岑、袁兩人在清廷同朝爲官時就有大隙。宣統年間盛宣懷紅極一時，挾隆裕和載濤、載洵以自重。辛亥起義後，盛主張用岑，奕劻則主張起用袁，其後袁因緣時會，水到渠成。
岑在上海，據說孫、黃都去拜望他。他告訴訪客說：“別人都怕袁世凱，我是不怕他的，倒要和他較量一下。我本無意大總統，今既有現成的，就不妨試試看。”
爲了震懾和控制國民黨擁兵自重江西和南京，北洋軍分兩路南下：第一軍軍長段芝貴統率第二師師長王佔元、第六師師長李純兩部擔任湖北、江西之線。第二路軍包括馮國璋、張勳、雷震春等部（因第二路軍不止是一個軍，所以稱爲第二路軍），由馮國璋統率，沿津浦路南下試圖控制南京。
這都是北洋軍的嫡系。段芝貴和馮國璋都是袁的心腹大將，袁心目中的兩個重要棋子。袁心中內定段芝貴是湖北都督，馮國璋是江蘇都督。
肯定地說，北洋軍此刻的進兵，只能加劇緊張局勢，也是導致“二次革命”爆發的一個重要因素。雖然，南北已經名義上統一，袁政.府是全國的合法政.府，軍隊可以派到國家的任何地方，所謂，出師有名。
北洋軍來勢洶洶，咄咄逼人。
李烈鈞是國民黨四個都督中最有實力的，袁世凱也最嫉惡李。
李被免職後，孫中山派居正、白逾恆、吳鐵城前往南昌慰問。力勸李不受亂命，宣佈獨立。
李頗躊躇，認爲：“被免了職才起兵討袁，人將以爲戀棧挾嫌，豈能言順。”所以決定離江西至上海謁孫中山再作計較。
李烈鈞於六月十五日經安徽至上海，下榻斜橋路六十號。
柏文蔚是主張使用武力的，且打算首先在安徽發難，曾密赴上海向孫中山請示。孫因爲安徽逼近北方，且可拱衛南京，似不宜先動。最好由湖南、廣東、江 西各省先行獨立，迨袁出兵，安徽便可截擊，所以勸阻了柏。柏被袁免職即赴南京昇平橋小住。
李烈鈞在上海分別見到了孫中山、黃興、陳其美等，反覆會商今後對袁應付策略。中山先生在宋案後本就一直主張武力討袁，現在則起兵之心更加堅決。其他人也深感袁世凱這是在斬盡殺絕，再退讓下去，袁世凱只能是更加猖狂，更加有持無恐。當前只有一途，就是舉兵反抗。
黃興這時已派人在南京運動軍隊。
李烈鈞激於義憤，願任首難之責。遂於七月七日自上海輕裝潛返江西，七月八日抵達湖口。召集舊部第九、十兩團 ，及輜重工程兩營，於七月十二日佔領湖口炮臺，檄告中外，宣佈獨立。
李部混成團團長林虎，自告奮勇，願任九江前敵軍總指揮。第一師師長歐陽武，第二師師長劉世均，贛南第四旅旅長蔡森，均電告整軍備戰。
中華民國二年七月十三日，江西省議會公舉李烈鈞爲江西討袁軍總司令，慷慨誓師，發佈討袁檄文：
“民國肇造以來，凡吾國民，莫不欲達真正共和目的。袁世凱乘時竊柄，帝制自爲。滅絕人道，而暗殺元勳；弁髦約法，而擅借鉅款。金錢有靈，即輿論公道可收買！祿位無限，任腹心爪牙之把持。近腹盛暑興師，蹂躪 贛省，以兵威劫天下，視吾民若寇仇，實屬有負國民之委託。我國民宜亟起自衛，與天下共擊之！……”
這就是民國史上的“二次革命”，也稱“癸丑之役”、“贛寧之役”。
事實上李還未就討袁總司令以前，江西軍便已和北洋軍有了接觸。七月十二日晚北洋軍步兵第二十四團團長張敬堯，已率全團抵贛。
十二日拂曉，北軍開始攻擊，贛軍以一連應戰，士氣高漲，俘虜北軍百餘人，擄獲甚多。北軍第十二旅旅長馬繼增趕來增援，而贛軍已奏捷後鳴金收兵了。這一戰張敬堯慘敗，贛軍奪獲北軍槍枝百餘支，斃連長一名，排長五名，士兵二百餘人，俘虜營副一人。討袁軍只傷了士兵一人。
李烈鈞湖口倡義後，湖南都督譚延闓緊接着宣佈獨立，福建方面師長許崇智亦宣佈起義。福建都督孫道仁猶存觀望，許迫孫，孫不得已乃勉強加入討袁軍。
安徽方面柏文蔚交卸都督後，本已至南京小住。當李烈鈞返江西后，柏文蔚亦於七月十七日返安徽宣佈獨立，以響應江西。不料安徽軍師長鬍萬泰已被袁世凱收買，反戈對付柏，深夜勒兵圍攻都督府。柏文蔚不及躲避幾乎遇險，乃出走蕪湖。胡萬泰聯合海陸軍進攻蕪湖，柏力戰不支，慘遭失敗。
上海方面則由陳其美策劃部署。廣東由都督陳炯明與胡漢.民.聯.合於七月十八日宣佈獨立，本擬出兵援贛。但因廣西都督陸榮廷、巡防統領龍濟光投靠袁政.府。廣東受廣西牽制，乃不能出兵。四川方面川軍第三師長熊克武於八月四日組織討袁軍，宣佈獨立。
李烈鈞在江西發動討袁後，中山先生本打算親赴南京主持。黃興覺得戎伍之事非孫中山所長，乃自告奮勇請纓，於七月十四日赴南京。臨行急促甚至連其夫人均未通知，直到抵南京後才致書夫人。
黃抵寧後，即召集駐南京的第一、第八兩師軍官會於八府塘李鴻章相府。決議組織討袁軍，響應江西。
當時南京駐軍中，要塞司令吳紹璘，講武堂副長蒲鑑，要塞第二團教練官程鳳章均爲袁世凱的人 ，持反對態度。黃興當即將三人抓捕處死，以立軍威。
江蘇都督程德全棄職走上海後，南京方面以江蘇都督程德全名義宣佈獨立，並任命黃興爲江蘇討袁軍總司令。以黃葆倉爲參謀長，許崇灝爲參謀主任，秦效魯爲籌餉處長，沈縵云爲造幣廠廠長，朱壽頤爲接收馬府街袁政.府陸軍部倉庫專員。
同時檄令駐徐州第三師冷遹部堵擊南下袁軍，第一師章梓、第八師陳之驥出兵臨淮關控制要隘。
南京於七月十五日慷慨誓師。