一八九一年五月，清廷進行例行的海軍大校閱，黎元洪所在的“廣甲”艦，也參加了這次以北洋海軍爲主體的海上演練活動。
校閱進行了十八天，行程三千餘里。演練時各艦或炮擊模型艦，進行實彈射擊，或變換隊形，相互掩護、迂迴進攻、有序後撤。
一艘艘戰艦在海上乘風破浪，很威風也特別有氣勢。主持演練的李鴻章看到這胸偉壯觀的一幕，心潮彭湃。
事後他自豪地向朝廷奏報：“縱觀海軍戰備，尚能日新月異。目前限於餉力，未能擴充，但就渤海門戶而論，已有深固不搖之勢。”
由於在演練中，“廣甲”號和黎元洪表現突出，黎元洪演練結束不久，就被提升爲“旨准以千總儘先補用”。
一八九二年，黎元洪的職務晉升爲二等輪。
一八九三年，署理二廣總督的李鴻章，因黎元洪“頻年操巡，久歷風濤，著有勞績”，“奏保賞戴五品頂戴”，黎元洪由六品官升五品。
一八九四年四月，清廷進行又一次海軍校閱。這一次比上一次規模還大，北洋海軍全數參加，南洋海軍六艘戰艦，廣東水師的“廣甲”、“廣乙”、“廣丙”三艦參加。
黎元洪隨艦前往，同樣表現出色。特別是他負責保養的“廣甲”艦，在校閱中機械性能的表現，引起了海軍內行人的關注。
由於黎元洪忠於職守，技術水平高，判斷故障和排除故障的能力強，而深得“廣甲”號上各級官長的看重。又因爲他爲人厚道，真心待人，在同艦官兵中享有很高的威望，成爲中國近代海軍軍官中的佼佼者。
北洋海軍，自一八七五年由李鴻章創建以來，陸續從英國、德國購進軍艦，這時已有大小戰艦二十五艘。全軍由提督統領，設有總兵二員、參將四員、遊擊九員、都司二十七員、千總六員、把總九十員、經制外委四十員。有一套機構齊全、系統完備的體制。在當時的世界海軍中排名第六，總體實力已經超過日本。可以說，已經摘掉了海軍落後的帽子。
前邊提到過，一八九四年七月二十五日。日軍在沒宣戰的情況下在朝鮮牙山對中國軍隊發動突然進攻。同時在豐島海面偷襲中國商船，中日甲午戰爭爆發。
九月十二日，以北洋海軍爲主，包括黎元洪所在的“廣甲”號共計十二艘戰艦，在海軍提督丁汝昌的率領下前往迎敵。
九月十七日上午十一時，日本聯合艦隊向中國艦隊發起進攻，中國近代史上最悲狀的海戰在黃海海面打響。
丁汝昌所在的旗艦，“定遠”一馬當先，迎向敵艦隊。首戰告捷，中國艦的炮火擊中了日本的“先鋒”號。中國艦隊的旗艦也遭到攻擊。
日本海軍在大同江外海面，集中了十二艘軍艦，包括其全部精華，即吉野、高千穗、秋津洲、浪速、鬆島、千代田、嚴島、橋立等八艘五千馬力以上的主力艦和巡洋艦。
開戰初期雙方參戰兵力比較，當時的北洋水師和日本艦隊，按火炮 魚.雷發射管 總排水量 總兵力 平均航速等進行比對。
據英國海軍年鑑統計，日本艦隊的火力實際上相當於北洋艦隊的三倍。
戰鬥開始不久，北洋艦隊旗艦“定遠”艦由於下水十二年，久已失修，艦橋被突然開火的大炮震塌，丁汝昌摔傷，信旗被毀。
丁汝昌拒絕隨從把他扶入內艙，堅持坐在甲板上督戰，可是他只能鼓一艦士氣。
因旗艦信旗被毀，戰鬥剛開始，北洋艦隊就失去了指揮。日方的四艦利用航速優勢繞攻北洋艦隊右翼“超勇”、“揚威”，二艦相繼被擊中起火，退出戰鬥。
日艦“吉野”也被北洋艦隊擊中起火，但很快被撲滅。十三時三十分左右，“超勇”沉沒。
當日本的四艦繞攻北洋艦隊右翼時，本隊也與北洋艦隊主力交相攻擊。日艦“比睿”、“赤城”、“扶桑”、“西京丸”被北洋艦隊截擊。
“定遠”、“來遠”、“經遠”重創“比睿”、“赤城”；“赤城”艦長阪元八郎太當場斃命。“西京丸”也受重傷。
十四時十五分左右，日本部分軍艦繞至北洋艦隊背後，形成夾擊之勢。北洋艦隊腹背受敵，隊形更加混亂。在混戰中，北洋艦隊一直衝殺在前的“致遠”艦受到日“吉野”、“高千穗”等的集中轟擊，多處受傷，船身傾斜。
日本的“吉野”號艦衝在最前面，正遇上全身着火的“致遠”艦。管帶鄧世昌下令撞沉“吉野”。
“致遠”艦向“吉野”號右舷高速撞去。日艦官兵見狀大驚失色，拼命逃竄，並向“致遠”艦連連發射魚.雷。“致遠”艦躲過一條魚.雷後，不幸爲另一條擊中，全艦官兵二百五十二人壯烈戰死。
“經遠”繼續迎戰“吉野”，也中彈起火，管帶林永升、大副陳策陣亡，隨後艦也被敵魚.雷擊沉，全艦二百七十人除十六人獲救外，全部殉難。
“致遠”沉沒後，“濟遠”管帶方伯謙下令“濟遠”號撤出戰鬥。關於“濟遠” 號的撤出，有說是臨陣脫逃，有說是因中彈過多，暫時退出戰鬥，是避至大鹿島附近緊急修補損壞的機器。
但是，黎元洪所在的“廣甲”號管帶吳敬榮，竟指揮“廣甲”跟隨着“濟遠”號撤離了戰場。
廣甲號逃跑後，沿着海岸後撤，在大連灣三山島附近擱淺。
二十三日，被日本艦發現，管帶吳敬榮怕被俘，下令將“廣甲”號艦毀掉，顧自乘小艇逃跑。
黎元洪十幾個人也乘一艘小艇逃命，行駛不遠遭遇到日艦，大家棄小艇跳海逃生。
黎元洪雖爲海軍，卻沒學會游泳，幸好身旁有一救生衣。
他真的是大難不死，一起逃命的十二人有八人被日軍射殺或淹死。他一個不會游泳的人，在海上漂了三個多小時後，竟被海浪衝到了岸邊。
精疲力盡黎元洪掙扎着上了岸，此時天色已晚，他決定找地方先住下來。一摸口袋，自己藏好了的保命錢，幾塊銀元和一塊金錶還在，也算是不幸中的大幸。
這時，正好碰到了一位好心的長者，見黎元洪是一名海軍，樣子狼狽，收留了他；老人還爲他準備了晚飯和衣服。
第二天，吃過早飯，拜別了長者，黎元洪用了一天半的時間走到了旅順。路上，沒有吃的，農人在收洋芋。
當地人大部分都是逃荒過來的，逃荒的路上都得到過幫助，對趕路人有着一種特殊的情愫。這裡有個不成爲的規定，路人可以隨便吃地裡的洋芋，只是不能帶走。
黎元洪一路上就是吃洋芋，渴了討口水喝。有了那次從湖北到北塘的長途跋涉，走長路對黎元洪倒是等閒之事。
黎元洪還是想留在海軍，去投奔當地的海軍，沒有空額。黎元洪又趕到了天津，正趕上朝廷在追究“濟遠”號和“廣甲”號臨陣逃脫之責。“濟遠”號管帶方伯謙被處死，“廣甲”號管帶吳敬榮被撤職罷官。黎元洪也被算上是逃兵的一員，被監禁了幾個月後，被無罪釋放。
這次事件，黎元洪是很無辜的。但這一次經歷，在以後的歲月中，被有的別有用心之人，當成攻擊他的污點，惡意地叫他逃兵。
黎元洪從沒爲自己辯白，他只是常因此而勾起對那段經歷的回憶，想到那些曾和自己朝夕相處的好兄弟喪命大海，黎元洪總是很難過。
他常說的一句是，自己能活下來，就已經是很萬幸了。言外之意，自己是不是逃兵，已經是無所謂的事了。自己最大的錯應該是努力活下來，人活着是罪過嗎？
被無罪釋放後，黎元洪繼續爲爲留在海軍到處奔走。甲午戰爭，泱泱大國被一個彈丸小國打敗，特別是割地賠款的“馬關條約”地簽訂，給華夏大地帶來的震盪，是今天的人們很難想象的。
從上到下，形成了一個共識——練兵強國。所以，就有了袁世凱的小站練兵。與此同時，署理兩廣總督的張之洞也奏請朝廷，“依照洋法操練新軍”。
黎元洪這個時候，人正在上海，他還是想在海軍找份事做，但同樣沒能如願。這時，他偶然聽到了張之洞在南京招聘人材的消息。看到留在海軍已經希望渺茫，黎元洪覺得這也是一條出路。雖然，離開自己喜歡的海軍有些可惜，但想到父親爲了生活，二次從軍，從頭來過，自己換個兵種也實在算不了什麼。
這樣，他就來到了南京。張之洞在南京組建的這支新軍叫“自強軍”，共十三個營，二千六百人。張之洞大膽創新，聘請德國教官三十五人擔任正職，副職則由從天津、廣東的武備學堂的優秀畢業生中招聘。全部裝備，都是按當時歐洲先進國家的標準配置。