黎元洪就職當天頒下三令：
第一令雲：“元洪於本月七日就大總統任，自維德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，鞏固共和，造成法治之國。官吏士庶，尚其共體茲意，協力同心，匡所不逮，有厚望焉！”
第二令雲：“現在時局顛危，本大總統驟膺重任，凡百政務，端資佐理，所有京外文武官吏，應仍舊供職，共濟時艱，勿得稍存諉卸。此令！”
第三令雲：“民國肇興，由於辛亥之役，前大總統贊成共和，奠定大局，苦心擘劃，昕夕勤勞，天不假年，遘疾長逝。追懷首績，薄海同悲。本大總統患難周旋，尤深痛愴。所有喪葬典禮，應由國務院轉飭辦理人員參酌中外典章，詳加擬議，務極優隆，用副國家崇德報功之至意！”
黎元洪雖然做了總統，可是他自己沒有實力。當時的中國，最有實力當屬北洋系，其次要屬國民黨，而黎既非北洋系，又不屬國民黨。
在北洋諸帥看來，黎不值得他們的擁戴；在國民黨人看來，黎在二次革命後投靠袁以自保，不是真正革命黨人。
可是黎元洪也有他的獨特優勢，因爲他不屬於任何一方，又是現任副總統，反而能被各方所接受。
但是，未必有人真的拿他這個總統當回事，所以黎元洪的處境是尷尬又艱難。
黎元洪就職後，國人便對《約法》的執行引起爭議。《約法》有兩個，執行哪一個？是新《約法》呢？還是舊《約法》？舊《約法》是民國元年的，新《約法》是民國三年的。
西南軍務院撫軍長唐繼堯於六月十日通電提出：
（一）請黎大總統即日宣言恢復民國元年公佈之《臨時約法》；
（二）請召集民國二年解散之國會，依法補選副總統，及要求同意任命國務員，組織正式國務院；
（三）請懲辦帝制禍首楊度、孫毓筠、嚴復、劉師培、李燮和、胡瑛、朱啓鈐、段芝貴、周自齊、樑士詒、張鎮芳、雷震春、袁乃寬等十三人；
（四）請下令召集軍事特別會議，由各省都督或將軍各派代表在上海開會，議決一切善後軍事問題。
西南軍務院副撫軍長岑春煊亦宣稱這四個條件是護國軍方面一致主張，如北京方面同意接受，撫軍院當立即撤銷。
唐、岑的通電發出後，在上海的唐紹儀、梁啓超、伍廷芳等則聯名通電呼應。國會議員谷鍾秀、孫洪伊等則在上海登報召集議員自行集會，以擁護法統，維持舊《約法》爲奮鬥的目標。
段祺瑞在黎元洪接任總統時提出的根據是新約法，自然不贊成恢復舊《約法》。
他沒徵求黎元洪意見，於六月二十二日以國務院名義通電各省：“黃陂繼任，元首得人。半月以來，舉國上下所齗齗致辯爭者，《約法》而已。然就《約法》而論，多人主張遵行元年《約法》。政.府初無成見。但此項辦法，多願命令宣佈，以期迅捷，政.府則期期以爲未可。蓋命令變更法律，爲各派法理所不容，貿然行之，後患不可勝言；是以遲徊審顧，未敢附和也。或謂三年《約法》，不得以法律論，雖以命令廢之，而無足議，此不可也！三年《約法》，履行已久，歷經依據，以爲行政之準，一語抹殺，則中國一切法令，皆將因而動搖，不惟國際條約關係自重，不容不再三審慎，而內國公債以及法庭判決，將無不可一翻前案，加之何其可也？
“或又謂三年《約法》出自約法會議；約法會議出自政.治.會.議，與議人士皆政.府命令所派，與民議不同，故此時以命令復行元年《約法》，只爲命令變更命令，不得以變更法律論，此又不可也。三年《約法》，所以不饜人望者，謂其起法之本，根於命令耳！而何以元年《約法》，獨不嫌以命令復之乎？且三年《約法》之爲世詬病，僉以其創法之始，不合法理，鄰於縱恣自爲耳！然尚經幾許諮諏，幾許轉折，然後始議修改。而今茲所望於政.府者，奈何欲其毅然一令，以復修改以前之法律乎？此事既一誤於前，今又何可再誤於後？知其不可而尤而效之，誠不知其可也。如謂法律不妨以命令復也，則亦不妨以命令廢矣！今日命令復之，明日命令廢之，將等法律爲何物？且甲氏命令復之，乙氏又何不可命令廢之？可施之於約法者，又何不可施之於憲法？如是則元首每有更代，法律隨爲轉移，人民將何所遵循乎？
“或謂國人之於元年《約法》，願見之誠，幾不終日，故以命令宣佈爲速。抑知法律爭良否，不爭遲速，法而良也，稍遲何害？法不良也，則愈速恐愈無以系天下之心，天下將蜂起而議其後矣！縱令人切望治，退無後言，猶不能不慮後世爭亂之源，或且舞法爲奸，授我以資爲先例，是千秋萬世，猶爲國史增一汗痕，決非政.府所敢出也。總之，復行元年《約法》，政.府初無成見，所審度者，復行之辦法耳！諸君子有何良策，尚祈無吝教言，俾資考鏡。”
唐紹儀、梁啓超、伍廷芳等則致電駁復，詞意堅決：“如此次我大總統依法繼任，政.府對內對外，迭經聲明，所依何法？非根據元年《約法》規定程序所衍生之大總統選舉法耶？使三年《約法》而爲法也，一法不容二存，則被該法所廢止之《大總統選舉法》，定當非法，云何能依？果爾，則何不於六月九日，開所謂石室金匱以別求元首？夫我總統正位，而國內外共仰爲合法者，無他焉，以三年《約法》之不成爲法也。又如我公今所長之機關爲國務院，國務院者，元年《約法》上之機關，三年《約法》所未嘗有也。三年《約法》若爲法，元年《約法》定非法，公所長之院何由成立？今發佈院令而中外共許爲合法者，無他焉，以三年《約法》之不成法也。揆諸法理如彼，徵諸事實如此，則三年《約法》之非法，確成鐵案。”
唐紹儀、梁啓超、伍廷芳等的電文，一語中的。如果按袁氏《約法》，現在的國務院都是非法的，何論其他。
其實，段祺瑞不會不知道，新約法突出的是總統的權力，這恐怕也是他不能接受的。但他實在是不想恢復舊《約法》和國會，於是想效法袁世凱，搞個約法會議，來修訂一個新約法。
這麼大的事段祺瑞不與自己這個大總統通氣，就自作主張，黎元洪索性作壁上觀。
舊《約法》和國會是辛亥的主要成果，是民主共和的基石，在革命黨人和有識之士看來，不恢復舊《約法》和國會，就不可能重造共和。
六月二十五日，發生了一件大事。駐滬海軍總司令李鼎新、第一艦隊司令林葆懌、練習艦隊司令曾兆麟發表聯合宣言，爲維護舊《約法》、捍衛共和，上海海軍宣告獨立。
他們通電全國：“自辛亥舉義，海上將士，擁護共和，天下共見。癸丑之役，以民國初基，不堪動搖，遂決定擁護中央。然保守共和之至誠，仍後先一轍，想亦天下所共諒。洎乎帝制發生，滇南首義，籌安黑幕，一朝揭破，天下鹹曉，然於所謂民意者，皆由僞造，所謂推戴者，皆由勢迫。人心憤激，全國擾，南北相持，解決無日。戰禍迫於眉睫，國家瀕於危亡。
“海上諸將士，僉以丁此奇變，不宜拘守常法，徒博服從美名，無補於大局，當與護國軍軍務院聯絡一致行動，冀挽危局。正在進行，袁氏已殞。今黎大總統雖已就職，北京政.府仍根據袁氏擅改之《約法》，以遺令宣佈，又豈能取信天下，饜服人心？其爲帝黨從中挾持，不問可知，我大總統陷於孤立，不克自由發表意見，即此可以類推。是則大難未已，後患方殷。
“今率海軍將士於六月二十五日加入護國軍，以擁護今大總統，保障共和爲目的，非俟恢復元年《約法》，國會開會，正式內閣成立後，北京海軍部之命令，斷不承受。誓爲一勞永逸之圖，勿貽姑息養奸之禍，庶幾海內一家，相接以誠，相守以法，共循正軌而臻治安矣。”
李鼎新（1862—1930），字成梅。福建省侯官縣（今福州市）人。 一八七五年（光緒元年）春，李鼎新考入福州船政學堂後學堂，爲第四期駕駛班學生，與劉冠雄同學。一八八零年李鼎新畢業，上“揚武”艦實習。一八八一年底，船政學堂派出第二批出洋學生，李鼎新是僅有的兩名駕駛學生之一。一八八二年春到英國，先入格林威治皇家海軍學院學習，畢業後在皇家海軍“斯衛福舒爾”艦實習，旋返格林威治海軍學院進修炮術，曾隨英艦遊歷北海及西印度羣島。
甲午戰爭爆發，李鼎新隨艦隊參加海戰，海軍提督丁汝昌在“定遠”艦指揮作戰中受傷，李鼎新協助管帶劉步蟾指揮作戰，發炮擊傷日艦多艘，表現出色。李鴻章奏保海軍出力員弁，李鼎新以參將儘先補用，並賞給“振勇巴圖魯”勇號。
民國成立，劉冠雄出任海軍部總長，李鼎新任海軍部參事，赴各省檢閱軍艦。授爲海軍少將。海軍總司令黃鐘瑛病逝，海軍總長劉冠雄保舉李鼎新接任，並晉授爲海軍中將，海軍總司令部駐上海高昌廟。
林葆懌(1863～1930年)，字悅卿，侯官縣(今福州市區)人。
清光緒六年(1880年)，考入福州船政學堂第九屆駕駛班。光緒十二年(1886年)，派赴英國學習，回國後在北洋水師任職。宣統二年(1910年)，任向英國際摩士莊船廠訂購“肇和”艦的監造員。民國元年(1912年)九月，任海軍部參事。不久，授海軍少將銜。民國二年八月，任第一艦隊司令。
曾兆麟（1865－1922），字少沂，福建閩侯人。一八八七年畢業於天津北洋水師學堂第二屆駕駛班。畢業後供職北洋水師。任“南琛”練艦管帶，海軍副參領。
民國建立後，先後任“飛鷹”艦艦長、南京臨時政.府海軍部教務局局長、海軍部軍衡司司長兼代軍法司司長、“通濟”練艦艦長、海軍上校、海軍少將。因“肇和”軍艦奪艦事件，練習艦隊司令徐振鵬被褫職，曾兆麟接任海軍練習艦隊司令。
上海海軍的獨立，段祺瑞認識到了關於“約法”問題的嚴重性，更看到了事態的嚴重。當時中國海軍共有三個艦隊，第一艦隊的上海海軍是海軍的主力。這次公然獨立，不僅嚴重地威脅北洋系勢力下沿海各省區，同時還可以幫助護國軍運兵北上。
這時，北洋系內部，也出現了不同聲音。馮國璋、朱家寶、趙倜、田文鏡等發聲支持恢復舊《約法》和國會，段祺瑞不能不讓步了。
幸好，黎元洪還可以出來收拾殘局。
經林長民、張國淦等積極奔走，六月二十九日由黎元洪正式申令，仍遵行民國元年公佈之《臨時約法》。
申令言道：“共和國體，首重民意。民意所壹，厥惟憲法。憲法之成，專待國會。我中華民國國會自三年一月十日停止以後，時越兩載，迄未召復，以致開國五年憲法未定，大本不立，庶政無由進行。亟應召集國會，速定憲法，以協民志而固國本。憲法未定以前，仍遵行中華民國元年三月十一日公佈之《臨時約法》，至憲法成立爲止。其二年十月五日宣佈之《大總統選舉法》，系憲法之一部，應仍有效。”
緊接着又申令：“依據《臨時約法》第五十三條，續行召集國會，定本年八月一日起，繼續開會。所有關於袁氏時期之立法院、國民會議各法令，應即撤銷，並裁撤參政院，特任段祺瑞爲國務院總理及各部總長。”
於是爭議不決的法統問題，遂告一段落。