七月十五日，段祺瑞在北京正式組閣：特任汪大燮爲外交總長，段自兼陸軍總長，劉冠雄爲海軍總長。
十七日繼續發表閣員名單，特任湯化龍爲內務總長，梁啓超爲財政總長，林長民爲司法總長，張國淦爲農業總長，曹汝霖爲交通總長，範源濂爲教育總長。這個內閣中，研究系佔了五席，是外交、內政、財政、司法、教育。梁啓超得到了以前求之不得的財政總長。對研究系而言，這是極盛時代。只是，到達高點後或許就開始走下坡路了。
林長民（1876—1925），字宗孟，漢族，福建閩侯（今福州）人。清末翰林林孝恂之子，才女林徽因的父親，烈士林覺民的堂兄。福建政法專門學校（福建師範大學前身之一）和福州二中的創辦人，第一任校長。
一九零二年赴日本留學，於日本私立第一學府早稻田大學學習研究政治、經濟。一九零九年回國，執教福州法政學堂。是年福建省諮議局成立，被聘爲秘書長。
武昌起義後赴上海，以福建省代表參加獨立各省臨時會議。次年初臨時參議院成立，爲秘書長，參與草擬《中華民國臨時約法》。參與組織共和黨，擔任幹事之一。
一九一三年被推爲衆議院議員，四月任秘書長。五月參與將共和黨與民主黨、統一黨合併爲進步黨，任政治部部長，擁戴袁世凱爲正式大總統。次年任北京政.府國務院參事。
範源濂（1875—1927），字靜生，出生於1875年，湖南長沙府湘陰縣（今湖南省岳陽市湘陰縣）人，中國近代著名教育家。早年就學於長沙時務學堂。參加戊戌變法，失敗後流亡日本，入東京高等師範學校學習，之後進入日本法政大學法政科。
清光緒三十一年（1905）回國，在北京任學部主事，並創辦法律學校和殖邊學堂。一九零五年後任清廷學部主事、參事，參與創辦清華學堂。辛亥革命後，曾任教育部次長、中華書局總編輯部部長。
也是在七月十七日這一天，國務院下令嚴緝康有爲、劉廷琛、萬繩栻、樑敦彥、胡嗣瑗。而真正的罪魁禍首張勳，只受到免職拿辦的處分。
據說張勳託庇於荷蘭公使館時，手裡拿着一份《復辟實錄》。
有說這《復辟實錄》分二個部分：第一部分爲徐州會議紀錄，是由幕僚根據回憶補寫的；第二部分爲北洋軍閥贊成復辟的函電，共計八十二件。
在張看來，手裡有了這些文件，便可以有恃無恐。
好像還真有人做賊心虛，王佔元、張懷芝、張作霖等人紛紛致電北京政.府，要求對張勳寬大處理。
段祺瑞除了在形式上曾向荷蘭公使要求引渡外，也無其他行動。
北洋派三領袖之一的王士珍自覺無顏見人，他的兩個老朋友都有功於民國再造，而他卻變成復辟的附從。他準備回正定原籍隱居，段祺瑞聽了後，馬上跑到他的寓邸安慰他，力勸他繼續擔任參謀總長。
王士珍之外，北京軍警長官江朝宗（步軍統領）、吳炳湘（警察總監）、陳光遠（第七師長）等附逆無罪，而且維持北京秩序有功，均不追究。江朝宗是段所不歡喜的人，調爲迪威將軍，步軍統領則調第八師長李長泰繼任。
復辟犯馮德麟因張作霖的保釋電而獲得自由，馮已經身敗名裂對張不構成威脅，張正好賣個人情。
張鎮芳、雷震春雖沒躲過牢獄之災，但兩人在獄中獲得優待。可自備菜餚，且特准吸食鴉片。
馮國璋於八月一日抵北京。
黎元洪本避住法國醫院，因馮抵京後要來看他，便回到東廠衚衕迎接。
馮抵京當天就去見黎，兩位總統相見，互相客套一番。馮殷勤地要迎黎回任總統，黎卻說了許多衆望所歸的話請馮繼任。
馮這次拜訪，只坐了半個鐘頭就走了。黎送馮走後，仍回到法國醫院去。
段不願意讓黎復任總統，卻也並不希望馮繼任總統，他本想暗示北方軍閥推舉徐世昌爲臨時總統。可是他的計劃還未啓動，北方軍人們不識段的心意，即紛紛電請代總統入京執行元首職權。
倪嗣沖在電報中呼馮爲“我大總統”，呼黎爲“前大總統”。這樣一來，段不好意思不讓馮代下去，只好作順水人情。
轉念想來，今後的總統只是一個位高而無爲的元首，馮當了這個毫無實權的總統，反而比在南京擁兵自重好得多。
馮國璋於是便正式坐上了總統大位。
馮國璋抵京時，清室派有代表到站歡迎。
八月四日馮特派內務總長湯化龍爲代表答謝遜清皇帝派代表歡迎他的盛意。
湯見到溥儀時，恭行三個鞠躬禮，大聲地說：“大中華民國大總統，謹派內務總長湯化龍，致謝大清皇帝，並敬問大清皇帝安好！”
世續代表溥儀也大聲地唱道：“大清皇帝謹謝大中華民國大總統答禮的盛意，並回問大總統安好！”
馮國璋就職後，派老搭檔張一麐爲秘書長，師景雲爲侍從武官兼軍事辦公處長，熊炳琦爲侍從武官兼參謀長，張宗昌爲侍從武官兼副官處長，殷鴻壽爲侍從武官兼執法處長。
侍從武官長仍爲蔭昌，總統府指揮使仍爲徐邦傑，這兩人是袁時代就擔任這項職務，歷事袁、黎、馮三位總統，可稱三朝元老。
如願當上了大總統，馮國璋看來是真心希望北洋三傑團結，以重振北洋聲勢。在他看來，今後府院一家，上下一致，內外一心。
他緊握着段的手說：“以後咱們再也沒有什麼府、院之爭了。”
又對王士珍和段祺瑞說：“咱們三人從此要一條心，通力合作，在咱們三個人中間，無所謂總統、總理、參謀總長。”
王士珍很感動，段祺瑞雖表面應承着，心裡不知作何想。
段祺瑞本來打算在馮入京後，即派段芝貴爲江蘇督軍。
小段在袁世凱時代是一大紅人，做過湖北督軍和奉天督軍，其後因帝制餘孽而被邊緣化了一段時間，這次討逆有功於“再造共和”， 又可以東山再起了。
這段芝貴是有奶就是孃的人，在段祺瑞看來，用他代替馮爲江蘇督軍，南京那邊也就收到自己囊中。
那知馮國璋早有他自己的安排。他在離開南京以前，就提出調任江西督軍李純爲江蘇督軍，升任駐南苑的第十二師長陳光遠爲江西督軍。
原來李純、陳光遠和湖北督軍王佔元在北洋派中都是親馮的。
早在鎮壓辛亥革命時，馮國璋統率北軍第一軍南下與革命軍作戰。第一軍是由第六鎮統制（即師長）李純，第二鎮協統（即旅長）王佔元，第四鎮協統陳光遠等混合編成，此後，，他們便逐漸在北洋系中形成一個小集團，也就是後來赫赫有名的“直系”。
直系名稱是因爲馮國璋是直隸人，這和段祺瑞的皖系是因爲段祺瑞是安徽合肥人相同。參加這兩系的軍閥們，並不完全是這兩省人，大都因爲個人利害關係。在直、皖兩系明爭暗鬥過程中，其成員也不斷變化，很難劃分清楚。
馮國璋不只是安排了江蘇督軍，同時也將一向由他自己親統的禁衛軍擴大爲兩個師，
禁衛軍是清朝末年成立的。那時馮爲禁衛軍統領，民國成立後，馮仍繼續統率這支軍隊，名稱也未變。
馮繼任總統後，禁衛軍改編爲兩個師。以王廷楨爲第十六師師長，留在南京，與由江西調來的第六師長齊燮元共同守衛江蘇地盤。另以劉詢爲第十五師長兼總統拱衛軍司令移駐北京。
這樣的安排，他在北京當總統便有自己的軍隊，而在長江一帶又有地盤。
齊燮元，原名齊英，字撫萬，號耀珊。直隸寧河縣（現天津市寧河縣）人。光緒年間秀才。
這是個有故事之人，考中秀才後，正逢保定陸軍軍官學堂招收學員，齊英認爲自己出人頭地的時候到了，忙打點行囊奔赴保定報考。
學堂考文韜武略，齊英並不發愁，發愁的是最後體檢。當時要求軍官身材魁梧、五官端正。齊英身材瘦小，一隻眼睛斜，想要錄取談何容易。
體檢這天，報考者從高到低一字排開，齊英只能排到最後一個。
負責體檢的於、楊兩個教官，從隊首檢查到隊尾，最後到了齊英面前。於教官負責責檢查身材，他看了齊英不由得搖了搖了頭。
齊英一看要壞，忙敬禮說道：“學生身雖小而志如鴻鵠。”
於教官聽了很驚奇，這個不起眼的小個子出口竟如此不凡。
接着楊教官過來檢查相貌，他看了齊英不由得嘬了一下牙花子。齊英一看又要壞，又是一個敬禮，說道：“學生眼雖斜而能識遠。”
楊教官是這次考試的主考，曾看過齊英的考卷，很賞識此人，他聽完齊英的申辯，點點頭，笑而不語地走了。
楊教官祖籍金陵，後舉家移居寧河縣蘆臺鎮，除對齊英賞識外，誰能肯定不帶一絲故鄉情？事後，楊教官徵求於教官意見，於教官心領神會，何不順水推舟成全此事。
就這樣，齊英成了該學堂炮兵科二期學員，畢業後更名爲齊燮元，開始了他直步青雲的生涯。
齊燮元原任十二旅旅長，因前任師長周炳文患精神病，齊乃升任。
這支軍隊一直駐防江西，它的前身是武衛右軍，後改第六鎮，再改第六師，段祺瑞、王士珍、吳祿貞、李純都帶過這支軍隊。