九月一日，非常國會根據“組織大綱”選舉大元帥，孫中山在九十一票中以八十四票當選。次日補選元帥二人，陸榮廷以七十六票，唐繼堯以九十三票當選。
九月十日軍政.府宣告成立，孫中山就大元帥職。非常國會同時選出唐紹儀爲財政總長、伍廷芳爲外交總長、孫洪伊爲內務總長、張開儒爲陸軍總長、胡漢民爲交通總長。
孫中山以大元帥名義任命李烈鈞爲參謀總長、林葆懌爲海軍總司令、方聲濤爲衛戍總司令、李福林爲親軍總司令、章炳麟爲秘書長、許崇智爲參軍長、李耀漢爲籌餉總辦。
護法政.府並未得到西南軍人的支持，雲南唐繼堯不理不睬，而桂系陸榮廷更爲冷淡。
非常國會選出唐繼堯爲元帥後，九月八日唐來電不受元帥。不久孫中山又發表唐繼堯爲川、滇、黔三省靖國軍總司令，唐態度仍不合作，甚至滇軍師長張開儒被護法政.府派爲陸軍總長，也不就職。
在非常國會選出陸榮廷爲元帥的當天，陸致電非常國會表示自己的政見。反對另組政.府，主張黎元洪總統復職，同時通電全國聲明“以後廣東發生任何問題，概不負責”。
非常國會對陸這個態度未敢譴責，而是提前到九月三日後補一項決定，迎接黎元洪南來繼續執行職權，孫中山也通電錶示迎黎的態度。
桂系的廣東督軍陳炳焜則表示另一種態度，他於九月八日招待廣州報界，表明了自己的立場。
言道：“馮代總統的地位是合法的，段內閣的地位是非法的，所以我們反段不反馮。”
有記者問道：“陳督軍對在廣州組織軍政.府問題，持何態度？”
他說：“我不能表示贊成的態度，也不願採取干涉的態度，但是廣東人民不能擔負軍政.府和非常國會的經費開支。”
陳炳焜（1868—1927），字舜琴，廣西馬平縣陽和村（今柳州市陽和開發區）人。
這是個有故事的人。
陳家先人曾是柳州當地的仕宦大戶，承襲祖蔭，陳炳焜幼年時便隨父母搬到柳州東門內磨盤街居住。其父陳養和，遊手好閒沉迷女色，後來竟然爲了要納小妾而將原配向氏（陳炳焜生母）逐出家門。
陳母輾轉流落到成團村鄉下，每日思兒心切，以淚洗面。族人同情向氏，於是偷偷到城內將小陳炳焜帶出，送到其母身邊。
此後幾年，向氏在劉姓地主家幫工，陳則幫着放牛。地主請了私塾先生到家中教兒子讀書，陳炳焜放牛回來便跑到一旁用心聆聽。先生見其聰明機靈，於是也常常給予輔導。陳炳焜因此而粗通文墨，後來成了舊桂系軍隊裡少有的“秀才”。
十三四歲時，陳炳焜隨母親回到柳州城內，靠做地攤小本生意維持溫飽，生活頗爲艱難。
光緒十一年（1885年），陳十七歲，聞知邊關謀事較易，遂話別母親，前往龍州。得同鄉龍雲庵巡捕介紹，在廣西提督衙門當衛士。
陳體格魁梧，有文化底子，頗爲提督蘇元春所喜愛。陳在提督衙門五、六年，所見所聞，多爲官場禮節和來往應酬，雖職位低微，也結識了一些當地的軍政大員。
光緒十七年（1891年），陳因事被提督蘇元春斥責，一氣之下憤然離去。
臨行向蘇叩頭告辭，說：“我不會侍候，致使大人生氣，我想回家，學好了再來侍候大人。”
說完，不待蘇元春開口，拔腿就走，蘇亦不加追究。
不數日，陳向統領馬盛治謀差事，馬素知其有才幹，當即錄用，派在鎮南營某哨任職。哨官宋雲甫爲人席懦，事無大小均與陳商量。陳頗賣力，得宋的信任。
光緒二十年（1894年），陸榮廷接受廣西提督蘇元春招安，得任管帶，駐軍於下凍、化峒等處，屬統領馬盛治統率。陳與陸榮廷、林紹斐（馬盛治統領部文案）等交遊，結拜爲把兄弟。
陳在馬盛治部時，因進攻遊勇有功，不數年間升至管帶。
一九○四年，陸榮廷升任統領，陳炳焜任職於陸的營務處，成爲陸的副手，這是他在陸榮廷部下任職的開始。陸榮廷對陳極爲信任，一切大計，均與之商量決定。
一九零七年十二月二日，孫中山親自領導和發動鎮南關起義。陳炳焜所部副中營前哨李哨長和駐守鎮北炮臺的士兵起而響應，革命黨人佔領了右輔山三座炮臺。孫中山親臨炮臺指揮作戰。清政.府大爲震驚，嚴電陸榮廷等限期收復。
陸責成陳炳焜戴罪立功，陳率部猛攻右輔山。革命黨人退出炮臺，鎮南關起義失敗。清政.府“論功行賞”：“守備陳炳焜以遊擊儘先補用”。
一九零八年春，清政.府在龍州開辦廣西陸軍講武堂和學兵營，陸榮廷保送陳炳焜進講武堂受訓併兼任學兵營的督隊官。陳在講武堂與受訓軍官交遊，拉攏他們擁護陸榮廷，對學兵營的訓練也極爲認真，這對於擴大陸榮廷的個人勢力起了很大的作用。
陳在講武堂畢業後，被陸保薦爲龍州新軍第二標標統。
一九一一年武昌起義爆發，十一月七日廣西宣佈獨立，沈秉堃爲廣西都督，王芝祥、陸榮廷爲副都督。不久，沈秉堃辭職，陳炳焜急電桂林，擁陸榮廷爲都督，省議會乃選陸繼任。陸即派陳率領龍州新軍第二標的第二、第三兩營開赴桂林駐守，委任陳爲都督府軍政司司長。一九一三年，陸榮廷改編全省軍隊，編成陸軍兩個師、一個混成旅和六個巡防隊。
陳炳焜任駐守桂林的陸軍第一師師長。
一九一六年三月十五日，陸榮廷與陳炳焜等聯名通電，參加討袁護國。其後，陸率軍入粵，陳則坐鎮南寧。袁死後，黎元洪繼任大總統，委任陸爲廣東督軍，陳爲廣西督軍。
一九一七年春，陸榮廷升任兩廣巡閱使，提名陳炳焜爲廣東督軍。
護法的軍政.府是設在廣州的黃埔公園。當時南來的國會議員可分爲三大系列；
（一）政學系
政學系自稱爲舊國民黨系的穩健派，其領袖李根源是擁護岑春煊的。岑和陸榮廷有部屬關係，而岑、陸又和李根源有護國時期在肇慶軍務院的關係，雲南唐繼堯亦因這種關係而有瓜葛，因此政學系在雲南和廣西佔有人和之利。
政學系內分爲兩派，一派是南關五十號，由楊永泰出資組織，爲民主政學系之一部分，約有三十餘議員，擁岑春煊爲領袖，重要人物有章士釗、冷遹、張耀曾、谷鍾秀、楊永泰、徐傅霖、李肇甫、文羣、孫光庭等。
一派是石行會館系，約佔七十餘議席，兩派主張完全一致，在南方稱爲主和派，與民友社的主戰派對立。政學系人數雖不多，但能量很大。
（二）益友系
益友系就是益友社，爲舊國民黨系嫡派中的溫和派，主張採進步的唯民的傾向，態度溫和，是政學系和民友社中間的調和人，也是非常國會中的多數黨，議席近三百餘人。以吳景濂、褚輔成、王正廷等爲領袖。這三人中吳爲衆院議長，褚爲副議長，王爲參議院副議長。
三）民友系
民友系就是民友社，是舊國民黨中的急進派，在國會中爲強硬派，故有主戰派之稱。其組成部分有同盟會嫡派，以林森、謝持、馬君武、丁象謙、居正、田桐等爲中堅。韜園俱樂部以孫洪伊爲首。還有爲共和派。
其他還有新俱樂部系，系新補兩院議員的集團，在非常國會中議席近二百人。其政治理念雖各有千秋，但大多數和益友社系較接近。著名人物有張知本、何陶、尹成福、劉雲昭、趙中鵠、孔昭成。
此外還有蒙古議員俱樂部、文社、廣東議員俱樂部、廣西議員俱樂部、雲南議員俱樂部等小政團。
原來國會議員南來參加護法的只有一百餘人，召集正式國會不足法定人數。便借用民國二年議院法第七條“議員於開會後滿一個月尚未到院者，應解其職”之規定，把沒有南來的參、衆兩院議員解職，然後由候補議員遞補，湊足法定人數。
護法軍政.府成立後，段祺瑞要下命令通緝孫中山和非常國會議長吳景濂。
馮國璋不肯簽署命令，只同意由北京檢察廳以“背叛民國”罪提起公訴，由司法機關行文全國，通緝孫中山。
段堅持要直接下通緝令，馮不想因這件事把兩個人的關係搞得太僵，於九月二十九日，很不情願的簽署通緝令。
護法軍政.府也下令通緝段祺瑞、梁啓超、湯化龍、倪嗣沖四人，以資報復。
段祺瑞第二次組閣後，雄心勃勃的想真正統一中國。他沒把廣東的軍政.府放在眼裡，倒是很高興能給他一個名正言順的出兵理由。尤其在借款有着落後，更急於對南方傭兵。
段的用兵計劃準備由四川進攻雲南和貴州，由湖南進攻兩廣。
在四川進展不理想的情況下，湖南就成了唯一的選擇。
湖南距離北洋派的佔領區最近，本身實力不強，是個理想通道。
段祺瑞正在琢磨派誰去當湖南督軍時，聽到有湖南人喊出“湘人治湘”的口號。
在北京的湖南著名人士，如熊希齡、範源濂等也主張湘人治湘，維持現狀，反對北軍入湘。
這倒使段想起一個人來，就是傅良佐。傅良佐是湖南人，又是他的鐵桿，是既可滿足“湘人治湘”，又可以由自己人督湘，何樂而不爲。
於是發表他最寵信的傅良佐爲湖南督軍，仍命譚延闓爲湖南省長，同時明確表示傅良佐雖督湘，但不帶北兵入湘。