蔡元培的中舉，在江浙一帶的學子中造成了一次震盪，大家爭相抄錄傳看其“怪八股”，視爲開風氣之先。坊間刻印的“怪八股”特刊，把蔡元培的文章當作壓卷。許多人在後來的科考中，也紛紛而效仿。
當然，也有老學究不屑一顧，將蔡元培斥爲“文妖”。
此事在上層也引起一些關注，時在北京做御史的李慈銘，閱完浙江官版《題名錄》時，在全省已醜恩科137名舉子中，只將蔡元培和沈寶琛的名字和籍貫寫入日記。
對於讀書人來說，中舉，是何等榮耀呀！
那個年代，讀書人讀書的目的就是爲了求取功名，一次次地考，一次次的名落孫山，一旦中了反而可能會發生意外；比如吳敬梓的《儒林外史》中的著名人物范進。
吳敬梓在《范進中舉》中寫道：
范進中舉的喜報到了，其本人卻不在。送喜報的人等着領賞，家人說新貴人去集上了，一鄰居自告奮勇去找尋。
“那鄰居飛奔到集上，一地裡尋不見；直尋到集東頭，見范進抱着雞，手裡插個草標，一步一踱的，東張西望，在那裡尋人買。鄰居道：‘範相公，快些回去!恭喜你中了舉人，報喜人擠了一屋裡。’范進當是哄他，只裝不聽見，低着頭往前走。鄰居見他不理，走上來，就要奪他手裡的雞。范進道：‘你奪我的雞怎的？你又不買。’鄰居道：‘你中了舉了，叫你家去打發報子哩。’范進道：‘高鄰，你曉得我今日沒有米，要賣這雞去救命，爲甚麼拿這話來混我？我又不同你頑，你自回去罷，莫誤了我賣雞。’鄰居見他不信，劈手把雞奪了，摜在地下，一把拉了回來。報錄人見了道：‘好了，新貴人回來了。’正要擁着他說話，范進三兩步走進屋裡來，見中間報帖已經升掛起來，上寫道：‘捷報貴府老爺範諱高中廣東鄉試第七名亞元。京報連登黃甲。’
“范進不看便罷，看了一遍，又念一遍，自己把兩手拍了一下，笑了一聲，道：‘噫!好了!我中了!’說着，往後一跤跌倒，牙關咬緊，不省人事。老太太慌了，慌將幾口開水灌了過來。他爬將起來，又拍着手大笑道：‘噫!好!我中了!’笑着，不由分說，就往門外飛跑，把報錄人和鄰居都嚇了一跳。走出大門不多路，一腳踹在塘裡，掙起來，頭髮都跌散了，兩手黃泥，淋淋漓漓一身的水。衆人拉他不住，拍着笑着，一直走到集上去了。衆人大眼望小眼，一齊道：‘原來新貴人歡喜瘋了。’”
這個一輩子屢試不第、窮困潦倒的范進，初聽人說自己中舉，根本就不相信這種天大的好事落到了他頭上，及至夢想一旦成真，不禁歡喜得過了度，一時間發了瘋。
《范進中舉》的故事固然是虛構的，但卻真實描繪出讀書人的辛酸和不幸。范進不管怎麼說還中舉了，那無數個考了一輩子都不中的人們又當如何呢？
16歲考中秀才，22歲便考中舉人，與那些數都數不過來的科場上的倒黴蛋不同，蔡元培的運氣似乎特別好。雖非一考而就，但也是少年得志，可謂一帆風順。
精通八股文的蔡元培，用“怪八股”來應答試卷是不是有幾分惡作劇的成分呢？我們不知道，但和范進一樣，能夠中舉蔡元培還是很意外的。雖然沒有像范進那樣歡喜得發瘋，但內心的欣喜若狂是無法言表的。
六叔和他一起參加了此次鄉試，又一次不中。當着六叔的面，爲了使其少受些刺激，蔡元培不好表現得過於興奮。但他的六叔卻表現得比他自己中了還要高興，覺得自己這些年來，在這個侄子身上下的功夫總算沒有白費。
收到蔡元培中舉的消息，他最先想到的事是，拉着蔡元培到其父母的墳前，把這特大的喜訊，告知兄嫂的在天之靈。
蔡家在他們住的那一片人緣極好，加上親朋好友，連日裡來賀喜的絡繹不絕。對於蔡家人來說，更是特大的節日。
按清代科舉慣例，恩科鄉試的次年，舉行恩科會試。剛剛中舉才數月的蔡元培，於1890年春初便出發入京趕考。
他與好友徐維則同行。先至杭州，然後到上海，住在徐維則家有股份的北京路一個客棧。因爲時間還早，在上海停留數日，徐維則帶着好朋友，遊歷了外灘，崇明島；兩個人還跑到蘇州，玩了拙政園和虎丘。
徐維則（1867～1919） 近代藏書家。字仲咫，號以愻，亦作一孫，別號貽孫。浙江紹興人。伯父徐樹蘭，父徐友蘭，均是著名藏書家和學者。蔡元培在光緒十二年至十六年（1886～1890）到徐家就是爲他做伴讀。與蔡元培爲同科舉人，那個年代，同科當然是不尋常的緣分。
兩人遊覽十里洋場之後，乘招商局輪船由海路北抵天津，換乘內河船到通州，再坐馬車進入北京。
會試，是中國古代科舉制度中的中央考試。因考試在春天舉行，故又稱爲春試或春闈。應考者爲各省的舉人，錄取者稱爲“貢士”，第一名稱爲“會元”。
蔡元培首先參加了會試的初試三場考試，會試房官王頌蔚閱讀完蔡的首場試卷，覺得簡直不像是八股文，特別的震驚。
“及二三場卷，則淵博無比，乃並三場薦之，且爲延譽”，蔡元培遂考取了第八十一名貢士。
清代科考還規定，會考中貢士的，須經過複試列出等次，再參加殿試考中即爲進士。不同的是，先前所有考卷，爲防作弊，試卷都是經人抄寫後，再交給考官去看。而複試和殿試的考卷是不用別人謄寫，直接呈上的。這樣，書法就顯得格外重要。
複試和殿試是在會考後進行，而蔡元培是兩年以後才完成的。
關於其中原因，說法不一。主流說法來源於南京國民黨政府時期，曾任中央圖書館館長的蔣復璁。
據他說，蔡元培會考結束後，就去看望鄉試中舉時的考官李文田。
李文田特別關心蔡元培這個學生，一見面顧不上客氣，就趕忙問答卷情況。蔡元培早有準備，把自己考卷的草稿呈上。
李文田接過仔細看過後捶胸頓足，一個勁的說自己該死。蔡元培驚問怎麼回事？
李說：“我早就想到了，本來要在你考前提醒你，一定要中規中矩。天算不如人算，就在你來京前，我有緊急公幹外出，剛剛回來。我應該委託別人和你講的，既然想到了……”
說完，李不住的嘆息，很是自責。
蔡元培想不到李大人對自己如此眷顧，十分感動，反而一個勁的安慰對方。
所謂皇帝不急太監急，李文田特別痛心，說會試通過雖然也很難，但和鄉試相比，參加的人數總是少很多；正常情況下，根據蔡元培的才學，過關是沒有問題的，只要不節外生枝。
“這一耽誤就是幾年。”說着，李文田又長長地嘆了口氣。
離開的時候，蔡元培還有些不死心，問李大人，真的一點希望都沒有嗎？
李肯定地說：“這些主考大員，人品都沒得說，可一個比一個頑固。像你這樣的文章，能把你的卷子閱完，已經是難爲他們了，想入他們這些墨守成規人的法眼，想都不要想。”
蔡元培聽了後，不能不心服口服。想自己能夠中舉，純屬運氣好，碰上欣賞自己文風的李大人。這樣的好事，能遇上一次，已經是千載難逢了，哪能再次降臨到自已頭上。
離開了李府後，回去收拾了東西，很快就離京返家了。得到高中的消息時，複試和殿試都已經結束了。
另一種說法是，因爲複試和殿試特別看重字寫得怎麼樣，蔡自知自己的書法很一般而知難而退。
蔡元培晚年所寫的《自寫年譜》有這樣的記述：“因殿試朝考的名次均已字爲標準，我自量寫得不好，留待下科殿試。”
行不行總得嘗試一下，蔡元培的字其實寫得並不差。再說書法水平到一定的層次再有大的提高，恐怕需要天賦，再練幾年就能有很大進步嗎？蔡元培這樣說，恐怕多半是不讓自己的恩師爲此而難過和自責。
什麼叫人品好？什麼叫素質高，什麼叫處處爲別人着想？從蔡元培的爲人看，前一種說法好像更有說服力。
不過，近年來，人們在李慈銘的日記中，看到如下的記載：“四月十三日，蔡進士（指蔡元培）；沈進士（指沈寶琛）來。兩生皆年少未習楷書，故不待複試而歸。”
好像證實了蔡元培晚年的說法。
但這裡也有個難解的矛盾：會試考中是獲貢士稱號，殿試考中後才爲進士，但李氏日記裡稱二人均爲“進士”，對一個普通人也許沒什麼，但對於當朝的御史大人，應該不太可能。此日記倒更象似是出在蔡元培兩年後中了進士之後。而說起爲什麼兩年後纔來複試，便有了“年少未習楷書”的說法，也未可知。
算了，我們還是不要在蔡元培的這件事上糾結了，反正蔡元培兩年以後完成複試和殿試總是事實。
蔡元培從京返回故里，會試高中貢士的消息已經不是新聞了。此期間他曾以貢士的身份，應邀擔任上虞縣誌館總纂一職。
蔡元培曾認真研讀過各朝各代寫得好的地方誌，年輕氣盛的他既是個做事認真，又勇於創新之人。
上任後他仔細研讀了先前寫的縣誌，看到把很大的筆墨用在爲當任的縣官歌功頌德上，是報喜而不報憂，沒法讓後來的人們瞭解這裡當時的實際情況，簡直和縣誌的本來面貌風馬牛不相及。
寫史最基本的要求是客觀真實。所謂你儘可以罵秦始皇爲暴君，也可以褒揚他爲千古一帝，只要把真實的歷史留下，就不妨礙後人站在更高的歷史高度認識和評價他。
於是，蔡元培下功夫寫出了《重修上虞縣誌例言》。很不客氣的指出先前縣誌的弊端，對如何寫好以後的縣誌，提出了一系列的意見和建議。特別對人物誌部分，提出要“盡革陋規，不辭矯枉過正之消”。
不料，他的意見遭到了大家的強烈反對。但他不願妥協，又寫出《罪言》一篇，把自己提出的編志體制與明代萬曆年間和清代嘉慶年間時所修舊縣誌列表比較，說明因革。但反對之聲的強烈仍一如既往，蔡元培沒得選擇，只能辭職回家。
但蔡元培的努力沒有白費。明白和正直的人總是有的，縣誌館長朱士黻，仔細研究了蔡元培的《重修上虞縣誌例言》和《罪言》，認爲他所擬體例“義例精當，卓然成家”，將其《例言》刊於新修縣誌卷末，用爲後人審識。
此後，蔡元培仍在徐樹蘭的鑄學齋讀書，在研讀經史的過程中，將讀書札記匯爲《知服堂日記》一冊。日記以節氣爲標識，自1890年（庚寅）霜降至次年（辛卯）小暑，歷時半年之久。這應當是蔡氏最早的日記。