胡適在1935年7月26日致羅隆基信中，曾經把蔡元培既自我健全又與人爲善、既挺身負責又兼容幷包的不居功、不戀權的精神境界，與當時掌握最高權力的蔣介石進行比較：
“依我的觀察，蔣先生是一個天才，氣度也很廣闊，但微嫌近於細碎，終不能‘小事糊塗’。我與蔡孑民先生共事多年，覺得蔡先生有一種長處，可以補蔣先生之不足。蔡先生能充分信用他手下的人，每委人一事，他即付以全權，不再過問，遇有困難時，他卻挺身負其全責，若有成功，他每嘖嘖歸功於主任的人，然而外人每歸功於他老人家。因此，人每樂爲之用，又樂爲盡力。跡近於無爲，而實則盡人之才，此是做領袖的絕大本領。”
在蔡元培身上，固然有理想主義的色彩，但他確實又是一個實幹家。什麼事情，一旦他認定是必須做的事，就會百折不撓的堅持。
美國學者魏定熙特別注意到蔡元培支持創辦《北京大學日刊》的意義。《北京大學日刊》定期報道關於評議會和教職工會議的情況，使校方負責的內部事務公開化，從而取得了學生的信任。
顧頡剛回憶說： “如果學生們的建議有助於學校的進步，而且這些建議又是可行的話，那麼它們將登載在《北京大學日刊》上，這將是促成校方把這些建議付諸於實施。這樣，學生與學校之間就不再有距離感，而且，長期以來他們所深惡痛絕的校方的官僚習氣將不復存在。這是一個利用輿論的力量進行監督的典型例子。這樣的做法，對於一般的領導人來說，無疑是自找麻煩。而對於蔡元培先生而言，則是‘泰山不讓寸土，乃成其大’。”
有人說蔡元培先生既不幸又很幸運。說蔡先生幸運，是因爲他在新舊政權交接的空檔裡出任北大校長，可謂把握了千鈞一髮的時機。蔡元培先生雖沒能夠建構起一整套制度平臺，僅僅依靠自己的人格平臺支撐北大的發展，這同樣是一種“中國特色”。他憑藉的是他自己的聲望和社會輿論的力量。
說蔡先生不幸，是因爲環顧世界各大名校，沒有哪位校長對他所供職的大學產生過如此深刻的影響，也沒有哪所大學像北大一樣如此深刻地依賴一位校長。校以人名，這本身並非正常的情況。正常的情況是應當創設一套完整的制度，讓它在創始人離開之後依然能夠按部就班地運轉。但是，中國的環境沒有爲蔡元培提供這麼一個條件。北大離不開蔡元培，是蔡元培的驕傲，也是北大的悲哀。
或許，正是“沒能夠建構起一整套制度平臺”，蔡元培人格的魅力才如此重要。
有人說，要真正研究五四運動之後中國的思想史、政治史、教育史、史學史，有一個人是絕對不能避開的，因爲他實在太重要，他是那個時代的先鋒，是高舉大旗衝鋒陷陣的勇士，是舉足輕重的大師，這個人就是傅斯年。
傅斯年是胡適的高足，又是終生的朋友。雖然傅的影響沒有他的老師胡適大，但他卻是一個讓胡先生佩服到五體投地的人物。胡適一生，在許多領域裡都有開創性貢獻，道德文章，天下聞名，眼界自然很高，他不會輕易去讚美一個人。
然而，對於傅斯年，胡適卻給予了極高的評價。
適之先生說：他是“人間一個最稀有的天才。他的記憶力最強，理解力也最強。他能做最細密的繡花針工夫，他又有最大膽的大刀闊斧本領。他是最能做學問的學人，同時他又是最能辦事、最有組織才幹的天生領袖人物。他的情感是最有熱力，往往帶有爆炸性的；同時，他又是最溫柔、最富於理智、最有條理的一個可愛可親的人。這都是人世最難得合併在一個人身上的才性，而我們的孟真確能一身兼有這些最難兼有的品性與才能”。
被胡適譽爲一個最稀有的天才的傅斯年，有一篇短文紀念他的恩師蔡元培，現節錄如下：
“凡認識蔡先生的，總知道蔡先生寬以容衆，受教久的，更知道蔡先生的脾氣，不特不嚴責人，並且不濫獎人，不像有一種人的脾氣，稱揚則上天，貶責則入地。但少人知道，蔡先生有時也很嚴詞責人。我以受師訓備僚屬有二十五年之長久，頗見到蔡先生氣責人的事。他人的事我不敢說，說和我有關的。
“蔡先生到北大的第一年中，有一個同學，長成一副小官僚的面孔，又做些不滿人意的事，於是同學某某在西齋（寄宿舍之一）壁上貼了一張“討伐”的告示；兩天之內，滿牆上出了無窮的匿名文件，把這個同學罵了個‘不亦樂乎’。其中也有我的一件，因爲我也極討厭此人，而我的匿名揭帖之中，表面上都是替此君抱不平，深的語意，卻是挖苦他。爲同學們賞識，在其上濃圈密點，批評狼藉。這是一時學校中的大笑話。過了幾天，蔡先生在一大會中演說，最後說到此事，大意是說：
“諸位在牆壁上攻擊DD君的事，是不合做人的道理的。諸君對D君有不滿，可以規勸，這是同學的友誼。若以爲不可規勸，儘可對學校當局說。這纔是正當的辦法。至於匿名揭帖，受之者縱有過，也決不易改悔，而施之者則爲喪失品性之開端。凡作此事者，以後都要痛改前非，否則這種行動，必是品性沉淪之漸。
“這一篇話，在我心中生了一個大擺動。我小時，有一位先生教我“正心”“誠意”“不欺暗室”，雖然《大學》念得滾熟，卻與和尚唸經一樣，毫無知覺；受了此番教訓，方纔大徹大悟，從此做事，決不匿名，決不推自己責任。大家聽蔡先生這一段話之後印象如何我不得知，但北大的匿名“壁報文學”從此減少，幾至絕了跡。
“蔡先生第二次遊德國時，大約是在民國十三年吧，那時候我也是在柏林。蔡先生到後，我們幾個同學自告奮勇照料先生，凡在我的一份中，無事不辦了一個稀糟。我自己自然覺得非常慚愧，但蔡先生從無一毫責備。有一次，一個同學給蔡先生一個電報，說是要從萊比錫來看蔡先生。這個同學出名的性情荒謬，一面痛罵，一面要錢，我以爲他此行必是來要錢，而蔡先生正是窮得不得了，所以與三四同學主張去電謝絕他，以此意陳告先生。
“先生沉吟一下說：‘《論語》上有幾句話，人潔己以進，與其潔也，不保其往也，與其進也，不與其退也，唯何甚。你說他無聊，但這樣拒人於千里之外，他能改了他的無聊嗎？’
“於是我又知道讀《論語》是要這樣讀的。
“北伐勝利之後，我們的興致很高。有一天在先生家中吃飯，有幾個同學都喝醉了酒，蔡先生喝的更多，不記得如何說起，說到後來我便肆口亂說了。我說：‘我們國家整理好了，不特要滅了日本小鬼，就是西洋鬼子，也要把他趕出蘇伊士運河以西，自北冰洋至南冰洋，除印度、波斯、土耳其以外，都要郡縣之。’蔡先生聽到這裡，不耐煩了，說：‘這除非你作大將。’蔡先生說時，聲色俱厲，我的酒意也便醒了。
“此外如此類者尚多，或牽連他人，或言之太長，姑不提。即此三事，已足證先生貴人之態度是如何誠懇而嚴肅的，如何詞近而旨遠的。
“蔡先生之接物，有人以爲濫，這全不是事實，是他在一種高深的理想上，與衆不同。大凡中國人以及若干人，在法律之應用上，是先假定一個人有罪，除非證明其無罪；西洋近代之法律是先假定一人無罪，除非證明其有罪。蔡先生不特在法律上如此，一切待人接物，無不如此。他先假定一個人是善人，除非事實證明其不然。凡有人以一說進，先假定其意誠，其動機善，除非事實證明其相反。如此辦法，自然要上當，但這正是《孟子》所謂“君子可以欺其方，難罔以非其道”了。
“若以爲蔡先生能恕而不能嚴，便是大錯了，蔡先生在大事上是絲毫不苟的。有人若做了他以爲大不可之事，他雖不說，心中卻完全當數。至於臨艱危而不懼，有大難而不惑之處，直有古之大宗教家可比，雖然他是不重視宗教的。關於這一類的事，我只舉一個遠例。
“在五四前若干時，北京的空氣，已爲北大師生的作品動盪得很了。北洋政府很覺得不安，對蔡先生大施壓力與恫嚇，至於偵探之跟隨，是極小的事了。有一天晚上，蔡先生在他當時的一個“謀客”家中談起此事，還有一個謀客也在。當時蔡先生有此兩謀客，專商量如何對付北洋政府的，其中的那個老謀客說了無窮的話，勸蔡先生解陳獨秀先生之聘，並要約制胡適之先生一下，其理由無非是要保存機關，保存北方讀書人，一類似是而非之談。
“蔡先生一直不說一句話。直到他們說了幾個鐘頭以後，蔡先生站起來說：‘這些事我都不怕，我忍辱至此，皆爲學校，但忍辱是有止境的。北京大學一切的事，都在我蔡元培一人身上，與這些人毫不相干。’這話在現在聽來或不感覺如何，但試想當年的情景，北京城中，只是些北洋軍匪、安福賊徒、袁氏遺孽，具人形之識字者，寥寥可數，蔡先生一人在那裡辦北大，爲國家種下讀書愛國革命的種子，是何等大無畏的行事！
“蔡先生實在代表兩種偉大的文化，一是中國傳統聖賢之修養，一是法蘭西革命中標揭自由平等博愛之理想。此兩種偉大文化，具其一已難，兼備尤不可覯。先生歿後，此兩種偉大文化在中國之寄象已亡矣！至於復古之論，歐化之談，皆皮毛渣滓，不足論也。”
在民初的北京街頭和北大校園裡，辜鴻銘絕對是一大奇觀，奇就奇在他一副前清遺老的滑稽形象，灰白小辮、瓜皮小帽和油光可鑑的長袍馬褂，回頭率達到了百分之百。更奇的是他的一套奇談怪論，對西方文明鞭辟入裡的批判，反倒讓那些自以爲是的洋人們引爲高見；那些令人側目而視的奇行，更令國人將其當作怪物。
其實，一個人之所以能成爲一大奇觀，是以他深厚的文化底蘊爲基礎的，只不過，他的文化底蘊卻是以西學爲主，而他在致力維護中國文化和中國精神方面卻有失偏頗，因而他的“高見”引得國人爲之側目。但無論如何，辜鴻銘對於北京，對於那個新舊交替、中西交匯的時代，卻是一種文化上的“板塊碰撞”現象，碰撞出的，是一座絕塵仰止的高山。
辜鴻銘給北京這座古都，乃至這個古老的國度留下的最令人回味的一筆是他在北大當教授時留下的。1917年，蔡元培出任北大校長，提出了“兼容幷包”的辦學宗旨，他聘請辜鴻銘爲北大英文系教授。
有人表示異議，蔡元培說：“我請辜鴻銘，因爲他是一位學者、智者和賢者，絕不是一個物議飛騰的怪物，更不是政治上極端保守的頑固派。”
辜鴻銘看人的眼光極高，很少有人能入他的法眼，他打心眼裡敬佩之人，除了蔡元培很難找出第二人。
他在課堂上對學生們講過：“中國只有兩個好人，一個是蔡元培先生，一個是我。因爲蔡先生點了翰林之後不肯做官就去革命，到現在還是革命；我呢？自從跟張文襄做了前清的官員以後，到現在還是保皇。”
到了1919年6 月初，受“五四運動的影響，蔡元培校長的去留引起了當局和校方的爭議。北大教授們在紅樓開會，主題是挽留蔡元培校長，大家都表示贊成，只是具體怎麼交涉，還需要討論。
大家都表示了自己的看法，辜鴻銘也積極主張挽留校長，但他的理由和別人不一樣。他說：“校長是我們學校的皇帝，非得挽留不可。”
他這一說就顯得滑稽了，甚至有些荒唐，不過，足見蔡元培在他心中的位置。
1923年1月，蔡元培因教育總長彭允彝無理撤換法專、農專校長，憤而辭去北京大學校長一職，重赴歐洲。辜鴻銘與蔡元培同進退，隨即也辭去北大教職。