1921年9月18日，蔡元培回到北京。遠行歸來，環顧海內，依舊是紛爭不斷的武人政治和兵戎相見的戰亂。
北京教育界經歷了五四運動後又一次大風潮，剛剛恢復平靜。他的許多同志和朋友通過罷課請願，甚至受傷流血，才促使政府發放了拖欠已久的教育經費。
在軍閥主政的年月裡，蔡元培深知苦撐教育殘局的艱辛。但是，目睹歐美各國教育科學、文化的先進程度，出於一個教育家的天職和良知，他只能振奮自己；勸慰和勉勵他人共圖國家民族的百年大計。
在北大歡迎他歸來的大會上，他鼓勵師生們，從事教育工作的人，無論遇到怎樣的困苦，也不可以自行放棄天職。他甚至認爲罷課“是一種極端非常的手段。其損失比‘第三院做監獄’及‘新華門受傷’還要傷害得多”。
所謂“第三院做監獄”是指1919年五四事件之後。軍警大肆拘捕遊行示威的學生，並將其拘禁於北京大學第三院內。“新華門受傷”是指1921年6月3日，北京大學教職員工爲索薪在清華門，向政府請願時被軍警毆傷的事件。
從這一年的10月起，蔡元培在北大開學美學課程，並招手編寫《美學通論》一書。校長親自授課， 吸引了大批的學生。
據蔣復璁回憶：“他教的是美學，聲調不很高，可是很清晰。講到外國美術的時候，還帶圖畫給我們看，所以我們聽的很有味兒，把第一院的第二教室，完全擠滿了。擠的連臺上也站滿了人……於是沒有法子搬到第二院的大講堂。”
儘管蔡元培苦苦支撐。 但教育的現狀實在是難以維持。連年的窮兵黷武， 耗佔了國家的大部分收入， 教育經費在國家預算中都達不到1%。即使這樣，也還是得不到保障，經常被拖欠，大學教員很多的時候只能領到半個月工資。
蔡元培完成歐美考察後回來這段時間，正值徐世昌當政的後期。前邊不止一次的說過，這個時期，從財政上說，已經是頻臨破產的政.府了，教育經費的困難狀況可想而知。
學校的財務狀況是；教職員工的的半數工資都得不到保證，是購買書籍沒有錢，購買儀器沒有錢，購買實驗用的化學藥品沒有錢，乃至購買一切物品都沒有錢。
老師和學生人心惶惶， 都感覺到學校很難辦下去了。於是，各校要求教育經費獨立的呼聲日益高漲。
“教育獨立”作爲一種思潮，萌發於“五四”之前，發展興盛於20世紀20年代。是在軍閥混戰，經濟凋敝，教育經費奇絀，教育事業陷於難以爲繼的條件下，爲教育尋求出路。
“教育獨立”的主要思想是表現在兩個方面：
其一是教育應獨立於政黨。
教育要平衡發展人的個性和羣性，政黨則不然，它要造成一種特殊的羣性，爲本黨服務，抹殺受教育者的個性。教育是求遠效的，着眼於未來，其效果不可能在短期內表現出來，所以講“百年樹人”。而政黨是求近功的，往往只考慮眼前的利益。
在政黨政治背景下，政權在各黨派之間更迭，由政黨掌管教育，必然會影響教育方針政策的穩定，影響教育的成效。所以主張教育要超脫各派政黨之外。
其二是教育應獨立宗教。
教育講究尊重個性，而宗教總是要人盲從。教育追求前進，而宗教趨於保守，尤其是教會學校借辦學誘使青年信奉基督教，更是害人不淺，所以教育要擺脫宗教的影響。
蔡元培是教育獨立的積極主張者。
1922 年初，蔡元培在《新教育》雜誌上發表《教育獨立議》，提出：“教育事業當完全交與教育家，保有獨立的資格，毫不受各派政黨或各派教會的影響。”
李石曾發表《教育獨立建議》，主張教育立法採用議會制，教育行政採用合議制。
1922 年 2 月，全國教育獨立運動會在北京高等師範學校召開成立大會，發表教育獨立宣言書，要求教育經費獨立和教育制度獨立。主張教育清高說、教育中正說、教育至上說的人一般均持此觀點。
蔡元培認爲教育獨立應該包括：
第一，經費獨立，要求政府劃出某項固定收入，專作教育經費，不能移用。
第二，行政獨立，專管教育的機構不能附屬於政府部門之下，要由懂得教育的人充任，不能因政局而變動。
第三，思想獨立，不必依從某種信仰或觀念。
第四，教學內容獨立，能自由編輯、自由出版、自由採用教科書。
第五，以傳教爲主的人，不得參與教育事業。
蔡元培關於教育行政獨立的具體方案是：分全國爲若干個大學區，每區設立大學一所，區內的高等專門教育，中、小學教育，社會教育，文化學術事宜均由該大學校組織辦理。
大學的事務，由大學教授組成的教育委員會主持，校長由教育委員會選舉產生。各大學區大學的校長組成高等教育會議，處理各大學區間的事務。
教育部只負責處理經高等教育會議議決而與中央政府發生關係的事務，及教育統計報告等，不干涉各大學區事務，教育總長必經高等教育會議認可。
這裡不難看出，蔡元培在借鑑法國的大學區制。他的這一設想，也成爲後來的南京國民政.府初期，實施“大學區制”的框架基礎。
教育獨立的呼聲雖然喊了很多年，但是隻是學界的一廂情願，終究而沒有結果。
這一年的四、五月間，第一次直奉戰爭在京津地區附近爆發。雙方10餘萬兵力，在一個星期的時間內激烈廝殺。
爲了保證學校的安全，在蔡元培推動下，組建了北大保衛團。由李四光、丁燮林、白雄遠負責籌建，學生參加者達300多人。
不久前，北大剛剛舉辦的中斷六年之久的學校運動會，重視體育和體現“知識階層武化”的現實需求，使這個最高學府破天荒在出現的學生軍。這和蔡元培民國初年提出的，軍國民教育的思想倒是完全一致的。
直奉之戰以直系勝利而告終。直系這個有英美等國支持的軍閥集團，較之當時的皖系特別是奉系，似乎在政治上清明一些。特別是秀才出身的常勝將軍吳佩孚，頗得時人的好感。 由此，直系的當權，使不少期盼政治清明的人們一度想入非非。
曾經在留學回國之初，發誓20年不談政治的胡適，此時居然也第一次發表政論，寫了《我們的政治主張》一文。 他甚至覺得此文可用爲公開的宣言，便約請他的十餘名本校的同仁和校外的朋友，在蔡元培的住所會商此事。
衆人討論修訂後，於5月14日聯名發表。這篇書生議政的文字，主張好人應當站出來參與政治，組織一個爲各方面均能接受的好人政府，推行政治改革。首先實現南北議和，召集民國六年被解散的國會制定憲法，進以裁兵、裁官，使國內政治逐漸步入正規。
肯定地說，這一宣言反映了歐美派知識分子和平改良現實政治的善良願望，在當時的輿論界，引起了一定程度的共鳴。
蔡元培肯領銜發表這樣的宣言，表現了他同樣對直系抱有良好的希望，也和許多善良的人們一樣，希望國家能從不休止的紛爭中走出來。
故此，當直系的曹錕，吳佩孚完成了“法統重光”之後，他便電請孫中山， 中止北伐結束護法。儘管此舉遭到很多南方國民黨人的強烈反對，蔡元培仍然我行我素，在他看來，他這是在順應民意。
可以看出，在北大任職的這幾年，蔡元培基本上是作爲社會名流而涉足國內的政治，這也就使他較少顧及黨派的身份，在思想上有很大的自由度。
這一年的暑假，國內的教育界人士齊聚濟南，舉行的中華教育改進社的第一次年會。蔡元培作爲該社董事，向大會致開幕詞。會議重點是討論修改學制的問題。
中華教育改進社是1921年12月23日，新教育共進社、新教育雜誌社、實際教育調查社三者合併而成立。
當時正值中央政治腐朽、地方主義擡頭、教育領域出現權力真空的時期。教育現代化，很大程度上依靠教育社團的羣體力量得以實施和進行。由於當時教育團體猶如一盤散沙，難以於全國收統一之效，此會便應運而生。
改進社推舉孟祿、梁啓超、嚴修、張仲仁、李石曾五人爲名譽董事，蔡元培、範源濂、郭秉文、黃炎培、汪精衛、熊希齡、張伯苓、李湘辰、袁希濤九人爲董事，聘請陶行知爲總幹事。
該社以“調查教育實況，研究教育學術，力謀教育改進”爲宗旨，推進教育調查、教育測量、科學教育，是當時中國最大的教育社團。其成立對促進了中國教育科學化、民主化、世界化的進程，是發揮了較好的作用的。
2011年恢復重建的中華教育改進社，現有社員三百餘人，已形成有志教育改進者相互切磋和激勵的平臺，成爲非營利性、專業化的第三方智庫，這爲後話。
在中華教育改進社的推動下，1922年9月下旬，北京政.府教育部召開學制會議，審議和通過學校系統改革草案等議案。
蔡元培以會議主席的身份主持會議，隨後公佈的新學制《壬戌學制》。《壬戌學制》比起民國初年的《壬子癸丑學制》有了很大的改進。
壬戌學制的主要特點是：①縮短小學修業年限，延長中學修業年限。②若干措施注意根據地方實際需要，不作硬性規定。③重視學生的職業訓練和補習教育。④課程和教材內容側重實用。⑤實行選科制和分科教育，兼顧學生升學和就業兩種準備。
1922年制定的新學制，主要是採取當時美國一些州已經實行了10多年的“六三三制”，
也就是小學年限爲6年，初中與高中分別爲三年。
這表明中國現代教育制度從效法日本轉向了效法美國，由軍國民主義教育轉向了平民主義教育。但它卻並非盲從美製，而是中國教育界經過長期醞釀、集思廣益的結晶。新學制的頒佈和實施，標誌着中國新教育制度的確立，標誌着中國近代以來的學制體系建設的基本完成
“1922年學制”，“壬戌學制”，“新學制”“六三三學制”指的是同一個學制。
1922年《壬戌學制》，也是中國現代教育史上影響最深的一次變革。不僅提出了“多留各地方伸縮餘地”的彈性教育理念，而且自下而上的改革，民間知識分子教育羣體扮演了主角。
此次教育改革所確立的改革標準中，有發揮平民教育精神，謀個性之發展等內容。這與蔡元培平素的教育主張十分吻和，顯然他爲新學制的制定和實施付出了很大的努力。